MICRO-ORGANISMES : du gène aux écosystèmes

Le programme thématique « MICRO-ORGANISMES : du gène aux écosystèmes » structure des activités de formation et de recherche de la Graduate Shool Biosphera en lien avec les micro-organismes, pathogènes et non pathogènes, depuis l’échelle des gènes à celle des communautés microbiennes et des écosystèmes environnants, couvrant ainsi une grande variété de sujets et de disciplines.

De manière plus spécifique, le programme vise à comprendre le rôle et le fonctionnement des communautés microbiennes impliquées dans :
1°) l’assemblage des holobiontes, définis comme des unités fonctionnelles qui associent les microbiomes (animaux, humains, insectes) ou phytobiomes (plantes) à leurs hôtes
2°) l'amélioration de la transformation des aliments dans un contexte de transition sociétale, de changement climatique, de durabilité et de santé nutritionnelle
3°) la remédiation environnementale, le traitement et la valorisation des effluents et des bioressources résiduaires
4°) le fonctionnement des écosystèmes dans les cycles biogéochimiques

L’ambition du programme est d’avancer sur la connaissance du rôle des communautés microbiennes dans des environnements naturels et anthropisés, et sur la structuration des niches écologiques, afin notamment d’aboutir à une meilleure maîtrise des consortia microbiens, concernant leurs flux, leur gestion et leur pilotage. Les différentes échelles étudiées ont pour objectifs d’élucider les différents processus fonctionnels qui régissent les interactions entre ces organismes, et comment ces interactions les unissent. Le programme met un accent particulier sur le rôle de la biodiversité des espèces au sein de ces écosystèmes (bactéries, archées, champignons, protistes et virus). Il a également pour objectif d’utiliser les ressources microbiennes comme sources d’innovations.
Le champ thématique est donc au carrefour d’approches disciplinaires et interdisciplinaires qui mobilisent des connaissances, des méthodes et des plateformes en microbiologie, en génétique évolutive, en génomique, en métagénomique, en écologie moléculaire fonctionnelle et synthétique, en ingénierie écologique, et en science des données. L’émergence de ce programme thématique résulte du développement au cours des dernières années d’outils d’analyse qui permettent, en particulier, de s’exonérer de la contrainte de l’organisme modèle et du problème lié à l’incapacité de cultiver in vitro la plupart des organismes vivant.

Coordinateurs

• Ariane BIZE - PROSE - ariane.bize@inrae.fr
• Ludwig JARDILLIER - ESE  - ludwig.jardillier@universite-paris-saclay.fr