Comment un champignon pathogène du blé s'adapte-t-il au changement climatique?
Les modifications de l’environnement, et notamment le changement climatique, affectent les organismes et les agro-écosystèmes, qui doivent s’y adapter. Cette adaptation a également lieu chez les espèces nuisibles ; leur capacité à évoluer rapidement peut même augmenter leur impact sur les cultures.
Cependant, on comprend peu comment la nature des changements de l’ADN (mutations) influence ces capacités d’évolution. Dans ce projet, nous étudierons l’influence des séquences génétiques mobiles (éléments transposables) sur l’adaptation à la température d’un champignon pathogène du blé, Zymoseptoria tritici.
Au cours d’un projet précédent, des lignées indépendantes ont pu évoluer à différentes températures dans des conditions de laboratoire contrôlées.
Dans le cadre de ce projet (2022-2023), nous souhaitons mesurer et analyser le rôle des mouvements des éléments transposables au cours de cette expérience d’évolution expérimentale. Ce projet nécessitera donc de séquencer l’ADN — pour estimer l’évolution génétique — et l’ARN — pour évaluer l’expression des gènes, et notamment l’activité des éléments transposables — de ce matériel de laboratoire, avant et après un an d’évolution. L’analyse bioinformatique de ces jeux de données, basée sur l’expertise et sur les briques logicielles développées par les partenaires, permettra d’identifier les mouvements d’éléments transposables au cours de l’évolution, et de les associer à des changements adaptatifs.
La dimension pédagogique du projet est assurée par le co-encadrement d’un stage de M2 et la réutilisation des données en TP de bio-informatique.
Le projet implique 2 laboratoires de C-BASC et 2 GS (Biophera et Life Sciences and Health). Les chercheurs sont Arnaud Le Rouzic (EGCE, CNRS) comme porteur, Anne Genissel (BIOGER, INRAE), Aurélie Hua-Van (EGCE, UPsaclay) et David Ogereau (EGCE, CNRS).
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