Structure et dynamique des systèmes vivants

L'école doctorale

L'ED SDSV (ED n°577) est une école doctorale de biologie abordant la recherche à la fois dans ces aspects fondamentaux et appliqués. Elle s’appuie sur un ensemble d'unités de recherche de haut niveau reconnues aux niveaux national et international.
L’objectif de SDSV est de former des docteurs en leur donnant les meilleures clefs pour la poursuite de leur carrière, qu’elle soit académique ou dans une entreprise privée.
Placée sous la tutelle de l'Université Paris-Saclay, l'école doctorale "Structure et Dynamique des Systèmes Vivants" est rattachée à trois établissements universitaires : Université Paris-Saclay (ex-Paris Sud), Université d'Évry-Val-d'Essonne, et Université de Versailles Saint-Quentin. L'université de recherche Paris Sciences et Lettres (PSL) est co-accréditée.
Depuis le 1er janvier 2020, l'école doctorale est dirigée par Florence GONNET, Professeure à l'Université d'Évry-Val d'Essonne.

Voir les actualités de l'ED SDSV

L’activité scientifique de l’ED SDSV englobe la génétique moléculaire, quantitative ou des populations, la génomique, la microbiologie, la biologie cellulaire, la biologie du développement et l'évolution moléculaire, la biologie structurale et la virologie, avec une émergence de plus en plus prégnante de la biologie des systèmes et synthétique, et des interaction avec la chimie, la physique, les mathématiques et l’informatique.

À cela s’ajoute une approche essentielle : la combinaison d’approches expérimentales et d’approches in silico (simulations) et théoriques (modélisations) allant de la séquence à la population, à partir de modèles biologiques issus de tous les grands groupes du vivant.

Cette pluralité des approches est une richesse de l'ED basée sur l’ensemble des compétences des unités de recherche. Cette dimension est indispensable pour développer une vision intégrative des questions biologiques fondamentales telles que la relation génotype-phénotype, l’intégration des phénomènes épigénétiques dans la dynamique du vivant, que l’échelle soit cellulaire, développementale ou évolutive.

Le périmètre scientifique de SDSV peut donc être résumé autour des principaux thèmes suivants :

  •     Structure et organisation spatiale des macromolécules
  •     Dynamique structurale et fonctionnelle des génomes
  •     Génomique et transcriptomique environnementales
  •     Processus moléculaires, cellulaires et développementaux
  •     Évolution moléculaire (structurale et fonctionnelle)
  •     Thérapies génique et cellulaire
  •     Microbiologie, virologie
  •     Immunologie, hématologie
  •     Génétique et génomique des populations et quantitatives
  •     Chimie, physique, mathématiques et bioinformatique pour la compréhension des systèmes dans une approche intégrative (Modélisation des systèmes vivants, Biologie des systèmes, Biologie synthétique).

Direction

• Directrice de l'ED SDSV

  • Florence GONNET, Professeure à l'Université d'Évry-Val d'Essonne
    Laboratoire : LAMBE, Évry - Adresse mail

• Directeurs adjoints de l'ED SDSV

  • Pierre CAPY, Professeur à l'Université Paris-Saclay
    Laboratoire : EGCE, Gif-sur-Yvette - Adresse mail
  • Isabelle GUENAL, Professeure à l'Université Versailles Saint-Quention-en-Yvelines, en biseau avec Bernard Mignotte
    Laboratoire : LGBC, EPHE, UVSQ - Adresse mail
  • Fabienne MALAGNAC, Professeure à l'Université Paris-Saclay, en biseau avec Jean-Luc Pernodet
    Laboratoire : I2BC, Orsay - Adresse mail
  • Bernard MIGNOTTE, Professeur à l'Université Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines
    Laboratoire : LGBC, EPHE, UVSQ - Adresse mail
  • Jean-Luc PERNODET, Directeur de Recherche au CNRS, Paris-Sud
    Laboratoire : I2BC, Orsay - Adresse mail
  • Graça RAPOSO : Directrice de Recherche CNRS à l'Institut Curie
    Laboratoire : Institut Curie, Paris - Adresse mail
  • Jean-Christophe SANDOZ, Directeur de recherche, en biseau avec Pierre Capy
    Laboratoire : EGCE, Gif-sur-Yvette - Adresse mail

> Adresse générique de la direction de l'ED : dir_sdsv@universite-paris-saclay.fr

Assistance

  • Sandrine LE BIHAN - Paris-Saclay et coordination
    GQE-Le Moulon, Ferme du Moulon 91190 Gif-sur-Yvette - Adresse mail
  • DREDV - UVSQ
    55 av. de Paris, 78035 Versailles Cedex - Adresse mail
  • Muriel LE POULARD - UEVE
    DRVT, Bt Ile-de-France, 23 bd Fr. Mitterand, 91025 Évry Cédex - Adresse mail

> Adresse générique de l'assistance de l'ED : ed.sdsv@universite-paris-saclay.fr

Conseil scientifique et Bureau

Ces deux instances appuient la direction de l'école doctorale :

Règlement intérieur

Le règlement intérieur de l'école doctorale a été voté par le conseil de l’école doctorale SDSV en date du 28 avril 2020 et adopté par le Conseil des Ecoles Doctorales de l’Université Paris-Saclay le 6 juillet 2020.

Téléchargement du règlement intérieur

Environ 330 chercheurs habilités à diriger les recherche (HDR), ou équivalents, sont rattachés à SDSV.

Voir la liste des chercheurs habilités à diriger des recherches affiliés à l'ED SDSV. Cette liste tient compte des données saisies dans ADUM par les chercheurs eux-mêmes. Il est possible que les données soient incomplète et/ou erronées.

Principes de la direction de thèse à SDSV

Le taux maximal d'encadrement est fixé à 300 % par HDR. Ce seuil nous paraît cohérent pour maintenir un encadrement de qualité.

Toutefois, l'ED tient compte des partages entre responsables de thèse (directeur obligatoirement HDR) et co-encadrant non HDR quand il y en a un. Le pourcentage d’encadrement du directeur de thèse est fixé au minimum à 50%. Les 50% restants peuvent être partagés entre les co-encadrants.

Le nom de tous les encadrants avec leur pourcentage d’encadrement sera précisé sur le dossier d’inscription (attention de bien vérifier que le docotorant a complété correctement les taux d'encadrement !). Cela permet notamment à de jeunes chercheurs ou enseignants-chercheurs d’acquérir une expérience d’encadrement dans la perspective de passer une HDR. L’expérience montre que cela les incite même à entamer cette procédure dès que leur dossier le permet.

Pour les co-tutelles, le doctorant sera rattaché à un seul HDR (celui de l’unité rattachée à l’ED). Les HDR auxquels les doctorants sont rattachés sont en charge de leur suivi au sein de l’unité. Ils seront également les référents pour l’ED.

Rattachement à l'ED

Si vous souhaitez vous rattacher à l'ED SDSV, il faut envoyer à ed.sdsv@universite-paris-saclay.fr les documents suivants :

  • la fiche de demande de rattachement complétée : téléchargement de la fiche
  • la liste de vos publications
  • un CV
  • quelques lignes sur votre projet de recherche (15-20 lignes maximum)

Après accord de la direction de l'ED SDSV, votre profil sera créé dans ADUM et un identifiant et un mot de passe vous seront envoyés.

Il est de votre responsabilité de mettre à jour régulièrement votre profil ADUM. Le cas échéant, vous auriez des problèmes pour déposer des sujets, gérer vos doctorants ou recevoir les mails de l'ED SDSV.

  1. RAPPEL : un chercheur ne peut être rattaché qu'à une seule école doctorale.
  2. RAPPEL  : seul un titulaire HDR ou un chercheur ayant obtenu une dérogation d'encadrement peut encadrer un doctorant.

Dérogation pour diriger une thèse sans HDR

Voir les informations

Chiffres-clefs (janvier 2020)

Les doctorants

  •  202 inscrits en doctorat en 2019-2020
  •  56 thèses soutenues en 2019
  •  58 % de femmes
  •  34 % de doctorants étrangers

L'encadrement

  •  326 HDR ou équivalence et 10 HDR en cours dans 63 unités de recherche.

Les moments forts de SDSV

La vie de SDSV est rythmée par des évènements réunissant les doctorants et/ou leurs encadrants.

Les doctorants nouveaux entrants sont  conviés à participer à une demi-journée de présentation de l'ED, qui a lieu sur l'un des sites de Paris-Saclay.

En cours d'année scolaire, un colloque annuel de l’école doctorale est organisé avec l'aide des représentants des doctorants. C'est l’occasion pour les doctorants de présenter leurs travaux, de se rencontrer et d’échanger entre eux et avec l’équipe de direction. Cette journée de l'ED se conclut avec l'exposé sur un thème fédérateur d'un conférencier invité prestigieux.

L'école doctorale programme également en cours d'année des journées thématiques pour présenter les dernières avancées sur des sujets d'intérêt pour la majorité des doctorants.

Enfin, on guettera les annonces des soutenances de thèse, évènements intrinsèquement marquants de la vie de l'école, et on consultera la liste des publications des doctorants, qui illustre la qualité des recherches menées dans le périmètre de l'ED et son dynamisme.

Les informations archivées de SDSV

L'histoire de SDSV est récente puisque l'école doctorale a été créée en 2015 avec la fusion des ex-écoles doctorales GGC (Gènes, Génomes, Cellules à Paris-Sud) et GAO (du Gène à l'Organisme à UEVE et UVSQ).

Bilan des primo-inscriptions par années universitaires

En raison de l'application de la loi informatique et libertés et du règlement général sur la protection des données (RRGPD), ces pages sont anonymisées.

Les soutenances

Les publications des doctorants

Liste non exhaustive. Les doctorants et leurs encadrants sont invités à transmettre les publications à SDSV dès qu'elles sont acceptées.

La journée de l'ED

  • 2020 : Paris-Saclay : annulée en raison de l'épidémie de Covid
  • 2019 : UVSQ
  • 2018 : Paris-Sud
  • 2017 : 15 mars, UEVE
  • 2016 : 9 mars, UVSQ

L'accueil des nouveaux entrants

Comptes rendus des instances

Inscription et réinscription

S'inscrire et se réinscrire en thèse à SDSV

►  Les procédures d'inscription et de réinscription à l'Université Paris-Saclay : voir sur le site de Paris-Saclay les documents fondateurs.

Inscription et réinscriptions en thèse se font en 2 étapes : inscription pédagogique auprès de l'école doctorale, sur le portail Adum, puis inscription administrative auprès de l’université.

La procédure d'inscription et de ré-inscription en thèse à l'ED SDSV est configurée selon l'établissement : Paris-Sud, UEVE, UVSQ, ENS, PSL.

► Première inscription en thèse

Voir la procédure SDSV en fonction des établissements

► Réinscription en thèse : 2ème, 3ème et 4ème années

Voir la procédure SDSV en fonction des établissements

 

Attention ! Pas de réinscription en  5ème année.

 

►  Pour plus d'informations pratiques, n'hésitez pas à contacter l'équipe de SDSV : assistantes et directeurs sont à votre écoute.

Déroulement du doctorat

Pendant la thèse

Le doctorant est accompagné tout au long de sa thèse par un comité de suivi et un tuteur.

Le comité de suivi individuel (ex-comité de thèse) : Paris-Saclay et PSL

Le comité de suivi individuel doit se réunir impérativement dans les 6 mois après la première inscription. Il se réunira ensuite chaque année avant la réinscription.

Le comité de suivi individuel est constitué d’au moins deux experts scientifiques extérieurs au laboratoire du doctorant (incluant le tuteur) et du directeur de thèse. Les experts sont proposés par le doctorant en concertation avec le directeur de thèse, et soumis à l’approbation de la direction de l’École doctorale. La composition du comité de suivi individuel doit être saisie dans ADUM.

L’organisation de la réunion est entièrement gérée par le doctorant qui doit contacter les personnes concernées suffisamment à l’avance pour respecter les délais.

Le déroulement proposé de ces réunions est le suivant :

  1. Exposé des travaux par le doctorant puis discussion scientifique
  2. Discussion sur le projet professionnel et les formations
  3. Entretiens séparés des experts extérieurs avec le(s) directeur(s) de thèse d’une part et avec le doctorant d’autre part.

À l’issue de la réunion, un court rapport sous forme de fiche est rédigé par les experts.

Téléchargement du formulaire de comité de suivi individuel à SDSV

Ce rapport doit en particulier donner l’avis du comité sur l’état d’avancement du projet de thèse, les acquis au moment de la réunion, les difficultés rencontrées, qu’elles soient scientifiques ou personnelles, et sur la poursuite ou non de la thèse. Il doit être signé par l'ensemble des membres du comité et transmise au secrétariat de l'ED.

Le tuteur de thèse : Paris-Saclay et PSL

03/10/16

Au moment des inscriptions en thèse, chaque doctorant de l’École devra nous indiquer le nom de son tuteur de thèse. La nomination des tuteurs s’effectuera lors de la signature de la fiche d’inscription par la direction de l’École Doctorale, qui validera la proposition du doctorant, ou à défaut, pourra nommer un autre tuteur.

Si les instituts ont déjà mis en place un tutorat spécifique, l’École ne souhaite évidemment pas en imposer un supplémentaire et elle acceptera le tuteur proposé par l’institut d’appartenance.

Dans les cas d’une co-direction de thèse, possible seulement pour les co-tutelles internationales, il n’est pas indispensable d’ajouter un tuteur.

Dans tous les autres cas, la direction de l’École invite les doctorants à discuter avec leur Directeur de thèse pour faire une proposition de tuteur à l’École. Il est souhaitable que le tuteur n’appartienne pas à la même unité de recherche que celle du Directeur de thèse. Le tuteur n'est pas forcément titulaire d'une HDR.

La formation complémentaire des doctorants est obligatoire.

Principe

Pour parfaire leur formation, les doctorants sont appelés à cumuler 100 heures de formation justifiées au cours de leur doctorat.

Une attestation de suivi, ou un certificat d'assiduité, précisant le nombre d'heures de formation devra être délivrée par le responsable des formations auxquelles participe le doctorant. Le cas échéant, le doctorant fournira une attestation sur l'honneur.

Les attestations seront postées par les doctorants dans leur dossier Adum.

C'est la direction de l'Ecole Doctorale qui validera les formations sur Adum, afin que soient comptabilisées les heures de formation en vue de l'autorisation de soutenance de thèse que la direction de l'ED est tenue de signer.

Quelles formations ?

L'ED SDSV recommande en priorité les enseignements de Master de l'Université Paris-Saclay qui complèteront leur formation initiale.

Les enseignements organisés par d'autres écoles doctorales de la région parisienne, de province ou encore européennes, pourront aussi être validés dans le cadre des cent heures de formation requises.

SDSV suggère également de participer à des écoles thématiques (type INSERM, CNRS, CEA...), des cours intensifs (type Institut Pasteur), des écoles d'été, des stages de formation permanente.

De même, pourra être validée toute forme de formation transversale qui préparera le doctorant à l'accès aux métiers de la recherche et qui améliorera ses savoir-faire : formations en langues, gestion de sa documentation scientifique, prise de parole, préparation à l'enseignement, et autres formations professionnalisantes...

On notera que l'Arrêté du 25 mai 2016 stipule que "Les écoles doctorales [...] veillent à ce que chaque doctorant reçoive une formation à l'éthique de la recherche et à l'intégrité scientifique".

>>> Voir des annonces de formations scientifiques

>>> Voir des annonces de formations transversales

Enfin, la participation à des congrès, à des stages, à des conférences spécifiques, pourra être validée par la direction de l'école au cas par cas. Toute communication orale sera validée.

Les laboratoires d'accueil doivent être disponibles pour financer, au moins en partie, la formation complémentaire des étudiants en thèse, qui ne sont pas seulement au laboratoire pour faire avancer un sujet de recherche mais aussi pour se former le plus largement possible.

Enfin, on notera que l'ED peut examiner des demandes de financement. La mission du doctorant sera gérée par son laboratoire et l'ED remboursera tout ou partie des frais après accord de la  direction de l'ED.

Attention ! Pour faire financer votre formation par l'ED, veillez à demander l'accord de l'ED avant votre inscription.

Concours et sujets de thèse

Financements de thèse : contrats doctoraux, compléments et mobilité

Aux contrats doctoraux et autres modes de financements de l'Université Paris-Saclay s'ajoutent les appels à candidatures de l'IDEX : Initiative Doctorale Interdisciplinaire (ADI) et contrats doctoraux handicap.
D'autres organismes ouvrent des appels à candidatures à des contrats doctoraux : la région (contrats DIM), le CNRS, la FRM, l'ANR avec les CIFRE.
Enfin les appels à candidatures de structures internationales telles que le Chinese Scolarship Council (CSC) et les bourses Taïwan sont exclusivement réservés aux doctorants chinois et taïwanais, respectivement.

Campagne 2020 d'attribution des contrats doctoraux ED SDSV

Voir les sujets de thèse

Vous souhaitez finaliser votre candidature --> Accès à mon espace de candidature

Note : Les étudiants bénéficiant d'un financement obtenu hors du concours d'attribution des contrats doctoraux de l'ED, et qui n'ont pas été auditionnés lors des auditions de juin, seront convoqués pour passer une audition en automne devant le Bureau Scientifique de l'ED.

Pour cela, ils devront avoir finalisé la procédure d'inscription sur Adum.

Appel à projets Initiative Doctorale Interdisciplinaire (ADI) de l'IDEX Paris-Saclay

Le programme de soutien de l'IDEX Paris-Saclay aux cotutelles internationales de thèses co-finance au moins 30 projets doctoraux en cotutelle, i.e. avec un partenaire étranger ou dans le cadre d'un programme d'un pays partenaire pour le doctorat.

La campagne 2020 est close

Contrats doctoraux handicap cofinancés par l'IDEX Paris-Saclay et le Ministère

La campagne 2020

Note : Les étudiants bénéficiant d'un financement obtenu hors du concours d'attribution des contrats doctoraux de l'ED, et qui n'ont pas été auditionnés lors des auditions de juin, seront convoqués pour passer une audition en automne devant le Bureau Scientifique de l'ED.

Pour cela, ils devront avoir finalisé la procédure d'inscription sur Adum.

Fondation pour la Recherche Médicale (FRM)

La Fondation pour la Recherche Médicale soutient des projets de recherche dans tous les domaines de la biologie et de la santé. Elle contribue activement à la formation des jeunes chercheurs et encourage les équipes de recherche innovantes.

Voir les appels à candidatures pour des prix destinés à financer des contrats doctoraux

The 2020 Franco-Thai Scholarship Program

For Thaï students only !

The 2020 Franco-Thai Scholarship Program

Deadline for online submission: February 19th, 2020

Campagne de recrutement doctorants Chinese Scolarship Council 2020 à Paris-Sud,

réservé à des étudiants chinois

Campagne 2020 close

Contrats doctoraux au CNRS

Recrutement de doctorants en situation de handicap

Date-limite de candidature : 5/06/20

Le dispositif CIFRE (Conventions Industrielles de Formation par la Recherche)

Information sur le site du Ministère

The Boehringer Ingelheim Fonds awards PhD fellowships

The Boehringer Ingelheim Fonds awards PhD fellowships to outstanding junior scientists who wish to pursue an ambitious PhD project of approximately 3 years in basic biomedical research in an internationally leading laboratory.

Deadlines of application: 1 February, 1 June, 1 October of each year.

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Activités hors-recherche

La Maison du Doctorat met en ligne sur ADUM les "fiches missions" pour le recrutement des doctorants sur les postes d'enseignement de chaque composante, ou de missions de valorisation de la recherche ou de médiation scientifique.

Les informations utiles et modalités de candidature sont sur la page "Missions doctorales" du site de l'université

Liste des activités hors recherche sur ADUM.

Financement de dernière année de thèse

AAC Sidaction jeunes chercheurs 2019

Financements de l'ARC

Aides à la mobilité

Financements pour partir en congrès ou en formation, via l'ED SDSV ou des bourses de voyage de sociétés savantes et d'autres sources de financement...

Voir dans l'onglet

Prix et distinctions

En cours

Participation de SDSV aux frais de mission des doctorants participant activement à des congrès

MàJ 5/09/18

L’ED SDSV peut participer à vos frais de conférence (uniquement en cas de communication : exposé ou poster) ou de formation (type workshop, anglais ou français, formations scientifiques, …)

Le montant alloué par l’ED SDSV sera de 50 % du total de la mission sans dépasser le plafond de 600 euros. Cette aide est attribuée une fois par an par doctorant.

Pour faire une demande, il faut envoyer un mail à ed.sdsv@universite-paris-saclay.fr en détaillant le montant total des frais engagés ainsi que le programme. Vous recevrez  (alors) un mail d’acceptation ou de refus de l’ED.

ATTENTION : il n'est plus possible de payer vous-même votre mission ; votre laboratoire devra avancer les frais.

À votre retour de mission, voici la procédure à suivre selon le statut de votre laboratoire vis-à-vis de Paris Sud :

Cas 1 - Le doctorant travaille dans une UMR rattachée à l’Université Paris-Saclay et qui dispose de crédits Paris-Saclay.
Il faut envoyer par mail à ed.sdsv@universite-paris-saclay.fr :

  • votre ordre de mission (ATTENTION : ne pas oublier de demander un ordre de mission sans frais Paris-Saclay si vous êtes salarié de l’université Paris-Saclay)
  • le programme du congrès (ou du colloque ou du cours)
  • les factures acquittées par votre laboratoire
  • le document ci-joint complété et signé
  • votre attestation de participation précisant que vous présentez bien une communication ou un poster

Cas 2 -Le doctorant travaille dans un laboratoire qui ne dispose  pas de crédits Paris-Sud.
Il faut envoyer par mail à ed.sdsv@universite-paris-saclay.fr :

  • votre ordre de mission (ATTENTION : ne pas oublier de demander un ordre de mission sans frais Paris-Saclay si vous êtes salarié de l’université Paris-Saclay)
  • le programme du congrès (ou du colloque ou du cours)
  • les factures acquittées par votre laboratoire
  • le document ci-joint complété et accompagné d'un RIB
  • votre attestation de participation précisant que vous présentez bien une communication ou poster
  • si cela est possible, l’idéal serait de joindre également la facture au nom de l’ED SDSV avec le montant accordé par l’ED et dans la désignation indiquer : « aide financière de l’ED SDSV aux frais de congrès de Mr ou Mme… »

Prise en charge par l'organisation d'un congrès

09/05/16

De nombreux congrès proposent des bourses de voyage aux doctorants pour leur permettre de présenter leurs travaux, d'élargir leurs connaissances et d'échanger avec des chercheurs de différents horizons. Selon les congrès, le financement peut comprendre la gratuité des frais d'inscription, le voyage, ou encore les frais de séjour.

Pour bénéficier de ce type d'aide, il faut remplir un dossier de candidature et le transmettre aux organisateurs le plus souvent bien en amont de la date-butoir d'inscription. Soyez donc vigilants pour postuler au plus tôt après l'ouverture du site web des congrès qui vous intéressent.

Attribution de bourses de voyage aux doctorants par les sociétés savantes

23/07/19

Plusieurs sociétés savantes attribuent aux doctorants des bourses de voyage pour les aider à se rendre en congrès, et à y présenter leurs travaux. Voir entre autres :

Voir aussi, entre autres ressources  :

Soutenance

Soutenance

Les procédure de soutenance à l'ED SDSV, pour les établissements Paris-Saclay (Paris-Sud, UEVE, UVSQ et ENS) et pour PSL sont décrits à l'adresse :

http://www.ed-sdsv.universite-paris-saclay.fr/soutenance/soutenance.html

Pour être autorisé à soutenir, le doctorant devra :

  • être inscrit pour l'année universitaire en cours lors de la soutenance. À Paris-Saclay, l'année universitaire débute le 1er septembre et se termine au 31 août. Donc à Paris-Saclay, se réinscrire en cas de soutenance entre le 1er septembre et le 31 décembre (déposer une demande d'exonération des droits d'inscription à son établissement), tandis que les doctorants de la ComUE PSL qui soutiendront avant fin décembre 2018 n'auront pas besoin de se réinscrire
  • avoir au minimum une publication acceptée en 1er auteur dans une  revue à comité de lecture
  • avoir effectué ses 100h de formation complémentaire
  • soutenir avant la fin de sa 4ème année. Une 5ème année n'est autorisée que de manière exceptionnelle et sur justificatif (maternité, maladie longue durée, …)

 

Soutenances passées et publications

La liste des soutenances des doctorants de l'ED SDSV depuis sa création en 2015 est consultable à partir de la page suivante :

http://www.ed-sdsv.universite-paris-saclay.fr/soutenance/soutenances-2020.html

Les publications des doctorants de l'ED SDSV en relation avec leur travail de thèse sont répertoriées à  la page suivante :

http://www.ed-sdsv.universite-paris-saclay.fr/publications/publications2020.html