Bio-informatique

Présentation
Objectifs pédagogiques de la mention

Le Master Bioinformatique est axé sur les besoins en recherche et développement de haut niveau des entreprises et des organismes de recherche en bioinformatique, biostatistiques et biotechnologies, auxquelles s'ajoutent sciences du vivant et agronomie.
Cette formation pluridisciplinaire répond à cette demande en formant des spécialistes à l'interface des disciplines : biologie, agronomie, informatique et mathématiques.
A l'issue du Master, les étudiants maitrisent plusieurs langages de programmation, un certain nombre de méthodes d'algorithmique, d'intelligence artificielle, de statistiques, et de bases de données, pour stocker et analyser des données massives (Big Data) génomiques et biomédicales. Ils ont par ailleurs approfondi des domaines de la bioinformatique (biologie des systèmes, biologie structurale, génomique fonctionnelle etc) et pu appliquer les méthodes apprises sur des projets variés, portant sur les sciences du vivant et du médical, ainsi que les sciences de l'environnement, et l'agronomie.
Ils sont capables de :
(i) comprendre les problématiques actuelles de la complexité et de la diversité en biologie, et sciences du vivant en général et d'être performants en recherche et innovation dans les secteurs de la recherche académique, de l'industrie des biotechnologies, de l'agro-industrie, du domaine pharmaceutique et de la santé ;
(ii) faire face aux nouveaux défis résultant de l'évolution et du développement très rapide des technologies de production de données à haut débit et provenant de sources multiples et hétérogènes ;
(iii) maîtriser les techniques de l'information associées à l'analyse et à la modélisation des données biomédicales ;
(iv) prendre en charge de manière autonome des projets de développement d'applications dans des contextes multi-disciplinaires avec divers langages de programmation, de proposer des solutions informatiques innovantes et de réaliser les analyses et les développements nécessaires pour tester de nouvelles méthodes et hypothèses pour le vivant.

Profil de sortie des étudiants

Le Master Bioinformatique vise à une insertion professionnelle des étudiants, tant dans le monde académique (recherche dans les laboratoires ou gestion de plates‐formes en bioinformatique), que dans le secteur privé (entreprises de biotechnologies, industries pharmaceutiques, agro‐industries). Ils peuvent ainsi :
‐ accéder à des postes d’ingénieur en bioinformatique, typiquement en R&D, par exemple : concepteur et développeur de Bases de Données et sites web en biologie, santé, agronomie ou environnement ; concepteur et développeur d'algorithmes et de logiciels de bioinformatique ; analyste de données biomédicales ; gestionnaires de plates‐formes en bioinformatique.
‐ ou poursuivre par une thèse en Sciences de la Vie et de la Santé ou en Informatique avec une orientation bioinformatique, par exemple dans les Ecoles doctorales de Paris‐Saclay : STIC (Sciences et Technologies de l'Information et de la communication), Interfaces, SDSV (Structure et Dynamique des Systèmes Vivants) et BioSigne (Signalisations et réseaux intégratifs en biologie).

Passerelle(s)

Passerelles possibles sous réserve d'approbation des jurys pédagogiques d'admission en M2 entre les éléments de formation BIBS et GENIOMHE à la fin du M1.
Les offres de stage sont mutualisées entre les deux parcours-types.

Prérequis

Le master Bioinformatique s'adresse à un public très divers avec deux parcours-types complémentaires Biologie Computationnelle : Analyse, Modélisation et Ingénierie de l'Information Biologique et Médicale (M1 BIBS-M2 AMI2B) et GENomics InfOrmatics and Mathematics for Health and Environment (M1 GENIOMHE-M2 GENIOMHE). Le M2 AMI2B est davantage tourné vers les approches algorithmiques et la science des données pour le de traitement des Big Data biomédicales, et offre la possibilité de personnaliser son cursus par le choix d'options, tandis que le M2 GENIOMHE forme en anglais à l'analyse à grande échelle de données génomiques pour la médecine génomique, basées notamment sur des méthodes computationnelles avancées en algorithmique, apprentissage automatique et IA, Big Data, et autres.

Schéma de la mention
Compétences
Les compétences à acquérir au sein de la mention sont :
  • Choisir, évaluer et optimiser les différentes méthodes informatiques et statistiques issues de la science des données et de l’intelligence artificielle à mettre en oeuvre pour analyser des données biologiques massives et hétérogènes.

  • Analyser un problème biologique ou biomédical et concevoir une modélisation ou une résolution de ce problème en s'appuyant sur des méthodes informatiques et statistiques existantes ou en en proposant de nouvelles.

  • S'intégrer dans un projet et travailler de manière collaborative en appliquant une méthode de conduite de projet.

  • Expliquer et présenter oralement et par écrit un projet et des résultats scientifiques, en français et en anglais.

Compétences attestées de la mention - Fiche nationale du Répertoire National des Certifications Professionnelles (RNCP)

N° et intitulé du bloc Liste de compétences Modalités d'évaluation
RNCP34129BC01

Usages avancés et spécialisés des outils numériques

- Identifier les usages numériques et les impacts de leur   évolution sur le ou les domaines concernés par la mention 

- Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour   un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine     

Chaque certificateur accrédité met en œuvre les modalités qu’il juge   adaptées : rendu de travaux, mise en situation, évaluation de projet, etc.   Ces modalités d’évaluation peuvent être adaptées en fonction du chemin   d’accès à la certification : formation initiale, VAE, formation continue.     

RNCP34129BC02

Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés

- Mobiliser des savoirs hautement   spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de   travail ou d’études, comme base d’une pensée originale 

- Développer une conscience critique des   savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines  

- Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de   nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines 

- Apporter   des contributions novatrices dans le cadre d’échanges de haut niveau, et dans   des contextes internationaux 

- Conduire une analyse réflexive et   distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité   d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées   et/ou innovantes en respect des évolutions de la réglementation     

Chaque certificateur accrédité met en œuvre les modalités qu’il juge   adaptées : rendu de travaux, mise en situation, évaluation de projet, etc.   Ces modalités d’évaluation peuvent être adaptées en fonction du chemin   d’accès à la certification : formation initiale, VAE, formation continue.     

RNCP34129BC03

Communication spécialisée pour le transfert de connaissances

- Identifier, sélectionner et   analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour   documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation 

- Communiquer à des fins de formation ou de transfert de   connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue   étrangère     

Chaque certificateur accrédité met en œuvre les modalités qu’il juge   adaptées : rendu de travaux, mise en situation, évaluation de projet, etc.   Ces modalités d’évaluation peuvent être adaptées en fonction du chemin   d’accès à la certification : formation initiale, VAE, formation continue.     

RNCP34129BC04

Appui à la transformation en contexte professionnel

- Gérer des   contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui   nécessitent des approches stratégiques nouvelles 

- Prendre   des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques   professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe 

- Conduire un projet (conception,   pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation,   diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un   cadre collaboratif  

- Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer   pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité 

- Respecter les principes   d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale     

Chaque certificateur accrédité met en œuvre les modalités qu’il juge   adaptées : rendu de travaux, mise en situation, évaluation de projet, etc.   Ces modalités d’évaluation peuvent être adaptées en fonction du chemin   d’accès à la certification : formation initiale, VAE, formation continue.