M1 Genomics, Informatics and Mathematics for Health and Environment

Candidater à la formation
  • Capacité d'accueil
    15
  • Langue(s) d'enseignement
    Français, Anglais
  • Régime(s) d'inscription
    Formation initiale
    Formation continue
Présentation
Objectifs pédagogiques de la formation

Avec l’avènement des méthodes de production de données à haut débit (séquençage des génomes, expression des ARN et des protéines, ...), les différents secteurs des sciences de la vie (industrie pharmaceutique, hôpitaux, biotechnologies, agro-industrie, environnement et recherche fondamentale) ont besoin de chercheurs et d’ingénieurs ayant de bonnes connaissances biologiques et capables de traiter et analyser des grandes quantités de données hétérogènes. Le Master mention Bioinformatique est une formation pluridisciplinaire qui répond à cette demande en permettant aux étudiants de :

* comprendre les problématiques actuelles de la complexité et de la diversité en biologie pour répondre aux besoins actuels de la recherche et de l'innovation dans les secteurs de la recherche académique, de l'industrie des biotechnologies, du domaine pharmaceutique et de la santé ;
* faire face aux nouveaux défis résultant de l'évolution et du développement très rapide des technologies de production de données à haut débit ;
* maîtriser les techniques de l’information associées à l'analyse et à la modélisation des données biomédicales ;
* prendre en charge de manière autonome des projets de développement d'applications dans divers langages de programmation, de proposer des solutions informatiques innovantes et de réaliser les analyses et les développements nécessaires pour tester de nouvelles méthodes et hypothèses pour le vivant.

Lieu(x) d'enseignement
EVRY
Pré-requis, profil d’entrée permettant d'intégrer la formation
* Etudiants ayant validé des connaissances et des compétences à la fois en Biologie et en Informatique au cours de leur cursus (par exemple : Double licence SDV-Informatique, licence sélective SDV-Info Paris Saclay, licence SDV parcours bioinformatique, licence informatique parcours bioinformatique, Ecole d'ingénieur....) . * Etudiants ayant un cursus en Biologie mais avec un intérêt particulier et des connaissances et compétences complémentaires validées en informatique.
Compétences
  • Maitriser les concepts fondamentaux de l'analyse de séquences génomiques et de la modélisation en Biologie.

  • Concevoir un algorithme, un programme informatique ou une base de données afin de modéliser et/ou analyser des données génomiques.

  • Déterminer les méthodes statistiques à mettre en oeuvre pour l'analyse de données génomiques.

  • Rédiger et présenter oralement un projet et des résultats scientifiques en français ou en anglais.

Profil de sortie des étudiants ayant suivi la formation

A la fin du M1 GENIOMHE, les étudiants auront acquis un premier niveau de compétences en :

Génomique et génétique humaine
Analyse de données génomiques et outils bioinformatiques et phylogénie
Bases de données Relationnelles et Bases de Données Avancées (XML, noSQL, …)
Algorithmique (notamment d’analyse de séquences), Structures de données, Graphes
Programmation impérative et orientée objet avec différents langages
Apprentissage statistique, Modélisation des Systèmes Biologiques
Statistiques multivariées et Planification d'expériences

Débouchés de la formation

Les débouchés concernent plutôt le M2 GENIOMHE qui est la poursuite d'étude classique pour les étudiants qui ont suivi le M1 GENIOMHE, mais
ils peuvent concerner de manière plus générale les M2 en Bioinformatique.

Collaboration(s)
Laboratoire(s) partenaire(s) de la formation

Genoscope - DRF/JACOB
Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
Institut Génomique - DRF/JACOB
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry
Laboratoire Européen de Recherche pour la Polyarthrite rhumatoïde
Informatique, Biologie Intégrative & Systèmes Complexes
Approches génétiques intégrées et découvertes thérapeutiques pour les maladies rares
Vectorologie et thérapeutiques anticancéreuses.

Programme

Détail du S1: Le S1 est constitué d'une UE de Remise à niveau et d'UEs obligatoires.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Séquençage de génomes, application à la santé et aux maladies 2.5 16 9
Outils de la bioinformatique 3 12 12
Méthodologie de traitement de données NGS 2.5 24
Génomique structurale 2.5 12 12
Génétique des pathologies complexes : outils méthodologiques 2.5 12 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Masteriales 2.5 15
Anglais 1 2.5 9
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Programmation orientée objet 1 3 12 12
Apprentissage et fouille de données 3 12 12
Algorithmique de séquences 3 12 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Statistiques multivariées pour la génomique 3 12 12

Détail du S2 : Le S2 est constitué d'UEs obligatoires et d'un stage obligatoire.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Méthodes pour la Phylogénie 3 12 12
Les génomes procaryotes 3 12 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Planification d'expériences - UEVE 3 6 6 0 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Stage 10 30
Projet Scientifique 1 2 10
Anglais 2 2 9
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Programmation Orientée Objet 2 2 18
Modélisation et simulation des systèmes biologiques 3 15 18
Bases de données avancées 3 12 18
Modalités de candidatures
Période(s) de candidatures
Du 15/01/2020 au 07/07/2020
Pièces justificatives obligatoires
  • Curriculum UE (descriptifs des UE suivies) des deux dernières années.

  • Curriculum Vitae.

  • Lettre de motivation.

  • Tous les relevés de notes des années/semestres validés depuis le BAC à la date de la candidature.

Pièces justificatives complémentaires
  • Dossier VAPP (obligatoire pour toutes les personnes demandant une validation des acquis pour accéder à la formation).

  • Attestation de niveau d'anglais (obligatoire pour les non anglophones).

  • Attestation de français (obligatoire pour les non francophones).

Contact(s)
Responsable(s) de la formation
Secrétariat pédagogique
Aurélie Dekoninck - Aurelie.dekoninck@univ-evry.fr