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M1 Bio-informatique et biostatistiques

Candidater à la formation
  • Capacité d'accueil
    24
  • Langue(s) d'enseignement
    Français
  • Régime(s) d'inscription
    Formation initiale
    Formation continue
Présentation
Objectifs pédagogiques de la formation

Les candidatures en M1 se font sur MonMaster du 26 février au 24 mars (https://www.monmaster.gouv.fr/) sauf pour le public concerné par la procédure dérogatoire et qui doit candidater sur INCEPTION aux dates indiquées sur cette page.

Le Master Bioinformatique est axé sur les besoins en recherche et développement de haut niveau des entreprises et des organismes de recherche en bioinformatique, biostatistiques et biotechnologies. Cette formation pluridisciplinaire répond à cette demande en formant des spécialistes à l'interface de trois disciplines : Biologie, Informatique et Mathématiques.

A l'issue du parcours-type M1 BIBS - M2 AMI2B, les étudiants maitrisent plusieurs langages de programmation, un certain nombre de méthodes d'algorithmique, d'intelligence artificielle, de statistiques, et de bases de données, pour stocker et analyser des données massives (Big Data) génomiques et biomédicales. Ils ont par  ailleurs approfondi des domaines de la bioinformatique (biologie des systèmes, biologie structurale, génomique fonctionnelle etc). Ils sont capables de : (i) comprendre les problématiques actuelles de la complexité et de la diversité en biologie et d’être performants en recherche et innovation dans les secteurs de la recherche  académique, de l'industrie des biotechnologies, de l’agro-industrie, du domaine pharmaceutique et de la santé ; (ii) faire face aux nouveaux défis résultant de l'évolution et du développement très rapide des technologies de production de données à haut débit ; (iii) maîtriser les techniques de l’information associées à l'analyse et à la modélisation des données biomédicales ; (iv) prendre en charge de manière autonome des projets de développement d'applications dans divers langages de programmation, de proposer des solutions informatiques innovantes et de réaliser les analyses et les développements nécessaires pour tester de nouvelles méthodes et hypothèses pour le vivant.

Lieu(x) d'enseignement
ORSAY
Pré-requis, profil d’entrée permettant d'intégrer la formation

S'agissant d'une formation pluridisciplinaire en Biologie, Informatique et Mathématiques, les étudiants titulaires d'une Licence de Biologie, Licence de Mathématiques, Licence d'Informatique, d'une licence bi-disciplinaire (Info+Math, Info+Bio, Math+Bio), et tout diplôme jugé équivalent peuvent candidater à l'entrée dans la formation.

Compétences
  • Intégrer et expliquer les concepts fondamentaux de l'analyse de séquences, de la biologie structurale et de la modélisation en biologie.

  • Concevoir un algorithme, un programme informatique ou une base de données afin de modéliser et/ou d'analyser des données biologiques.

  • Proposer l'utilisation d'un certain nombre de méthodes statistiques et savoir les mettre en oeuvre en vue de l'analyse de données biologiques ou médicales.

  • Expliquer et présenter oralement une démarche scientifique en français et en anglais.

Profil de sortie des étudiants ayant suivi la formation

A l'issue de l'EF M1 BIBS, les étudiants maitrisent les concepts fondamentaux de l'analyse de séquences, de la biologie structurale et de la modélisation en biologie.
Ils savent concevoir un algorithme, un programme informatique ou une base de données afin de modéliser et/ou d'analyser des données biologiques.
Ils connaissent un certain nombre de techniques de statistiques qu'ils peuvent mettre en oeuvre en vue de l'analyse de données biologiques ou médicales.

Débouchés de la formation

Le débouché principal de l'EF M1 BIBS est la poursuite en seconde année dans l'EF M2 AMI2B.
Les étudiants de M1 BIBS peuvent aussi poursuivre en M2 dans un autre master de bioinformatique.

Collaboration(s)
Laboratoire(s) partenaire(s) de la formation

Evolution, génomes, comportement et écologie
Ecologie Systématique et Evolution
Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon
Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
Laboratoire de recherche en informatique
Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur
Institute for Integrative Biology of the Cell - DRF/JOLIOT
Laboratoire de mathématiques d'Orsay
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry
Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée.

Programme

Le semestre 1 est constitué de 2 groupes d'unités d'enseignement :

Groupe 1 : Mises à niveau

L'UE Anglais 1 est obligatoire pour tous les étudiants.

Pour les étudiants ayant une formation initiale monodisciplinaire en Informatique, les deux UE "Mise à niveau en Biologie I et II et l'UE "Mise à niveau en Mathématiques sont obligatoires.
Pour les étudiants ayant une formation initiale monodisciplinaire en Mathématiques, les deux UE "Mise à niveau en Informatique I et II, et les deux UE "Mise à niveau en en biologie I et II sont obligatoires.
Pour les étudiants ayant une formation initiale monodisciplinaire en Biologie, les deux UE "Mise à niveau en Informatique I et II, et l'UE de "Mise à niveau en Mathématiques sont obligatoires.
Pour les étudiants ayant une formation initiale pluridisciplinaire, le choix des UEs de Mise à niveau se fera en fonction de leur formation initiale et un TER pourra également être proposé de façon à atteindre 30 ECTS pour l'ensemble du semestre.

Groupe 2 : Bioinformatique et biostatistiques I (introduction)

Toutes les UE sont obligatoires.bligatoires.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Anglais 1 2 24 3 5
MiNiBio 1 6.5 30 20 25
MiNiBio 2 (TER) 2 25 15
MiNiInfo 1 : Introduction à l'algorithmique, à Unix et à la programmation en C 5.5 30 15 21 3
MiNiInfo2 : Introduction aux Bases de Données et au Génie Logiciel 3 12 6 16 10
MiNiMaths 8.5 40 30 30
TER stage à 2 ECTS 2 25 18
TER stage à 3 ECTS 3 34 18
TER stage à 5,5 ECTS 5.5 66 18
TER stage à 6.5 ECTS 6.5 75 18
TER stage à 8.5 ECTS 8.5 100 18
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Analyse de séquences. 4 26 16
Bioinformatique structurale 1 2 10.5 10.5
Introduction à la recherche clinique et épidémiologique 3 15 15 8
Modélisation des systèmes et réseaux biologiques 2 10.5 10.5

Le semestre 2 est constitué de 3 groupes d'UE :

Groupe 1 : Bioinformatique et biostatistiques II (approfondissement)

Toutes les UEs de ce groupe sont obligatoires.

Groupe 2 : Algorithmique et programmation pour la biologie

Les étudiants ayant une formation initiale en Informatique suivront une ou deux UE(s) d'un autre master ainsi qu'un TER (Travail d'Etude et de Recherche, projet encadré d'initiation à la recherche en bioinformatique sous la supervision d'un enseignant) pour un total de 8 ECTS.

Les étudiants ayant une formation initiale dans une autre discipline que l'Informatique suivront obligatoirement l'UE "Algorithmique pour la biologie et fouille de données, l'UE "Python, et l'UE "Programmation Orientée Objet.

Tous les étudiants (quelle que soit leur formation initiale) suivront obligatoirement l'UE "Projet Programmation.

Groupe 3 : Préprofessionnalisation

Toutes les UEs sont obligatoires.atoires.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Bioinformatique structurale 2 2 10 11
Biostatistiques : Statistiques multivariées 2 10.5 10.5
Modélisation en biologie 2 10.5 10.5
Statistiques : Méthodes de vraisemblance 2 10.5 10.5
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Algorithmique pour la biologie et fouille de données 3.5 15 15 4
Programmation Orientée Objet 2.5 12 12
Programmation Python 2 10.5 10.5
Projet programmation 2 2 12 12
TER stage à 2 ECTS 2 21 18
TER stage à 2.5 ECTS 2.5 24 18
TER stage à 3 ECTS 3 30 18
TER stage à 3.5 ECTS 3.5 34 18
TER stage à 5 ECTS 5 55 18
UE1 d'un autre master 2.5
UE2 d'un autre master 2.5
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Anglais 2 2 24 5 10
Stage 10 100 10
Stage d'été optionnel 0 100
Modalités de candidatures
Période(s) de candidatures
Du 22/03/2024 au 20/04/2024
Modalités description
Les candidatures en M1 se font sur MonMaster du 26 février au 24 mars (www.monmaster.gouv.fr) sauf pour le public concerné par la procédure dérogatoire et qui doit candidater sur INCEPTION aux dates indiquées ci-dessus.
Pour connaître votre situation : https://www.universite-paris-saclay.fr/admission/etre-candidat-un-master-paris-saclay
Pièces justificatives obligatoires
  • Lettre de motivation.

  • Tous les relevés de notes des années/semestres validés depuis le BAC à la date de la candidature.

  • Curriculum Vitae.

Pièces justificatives complémentaires
  • Attestation de français (obligatoire pour les non francophones).

  • Dossier VAPP (obligatoire pour toutes les personnes demandant une validation des acquis pour accéder à la formation) https://www.universite-paris-saclay.fr/formation/formation-continue/validation-des-acquis-de-lexperience.

  • Document justificatif des candidats exilés ayant un statut de réfugié, protection subsidiaire ou protection temporaire en France ou à l’étranger (facultatif mais recommandé, un seul document à fournir) :
    - Carte de séjour mention réfugié du pays du premier asile
    - OU récépissé mention réfugié du pays du premier asile
    - OU document du Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés reconnaissant le statut de réfugié
    - OU récépissé mention réfugié délivré en France
    - OU carte de séjour avec mention réfugié délivré en France
    - OU document faisant état du statut de bénéficiaire de la protection subsidiaire en France ou à l’étranger.

Contact(s)
Responsable(s) de la formation