M2 Microbiologie (bactéries, virus, parasites) : Microbiotes, agents pathogènes et thérapeutiques anti-infectieuses

Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Pharmacie et Médecine de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Médecine et des Sciences de l'Université Versailles-Saint-Quentin Chercheurs de Paris-Saclay (I2BC, Micalis) Intervenants extérieurs, spécialistes de leur domaine.

L'UE se déroule en totalité dans une salle dédiée à la faculté de Pharmacie située à Châtenay-Malabry.

Les étudiants acquerront des connaissances approfondies sur les mécanismes moléculaires et cellulaires sous-tendant la virulence de micro-organismes "modèles" au travers de séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine, ainsi que sur les méthodes utilisées pour l'étude de ces interactions. Deux ateliers dirigés sur ces méthodes seront organisées. Les étudiants seront également entraînés à l'analyse critique d'articles scientifiques avec comme objectif secondaire d'apprendre à élaborer une démarche scientifique permettant de répondre à une question donnée dans le domaine des interactions hôte-micro-organisme.

L'objectif de cette UE est d'expliquer comment les interactions entre un micro-organisme (bactérie, virus, parasite) et son hôte peuvent aboutir au développement d'une pathologie infectieuse et de sa symptomatologie clinique. Le phénomène de virulence sera déchiffré d'un point de vue moléculaire et cellulaire, au travers d'exemples pertinents de maladies infectieuses humaines, présentées dans leur contexte. Les techniques d'études des interactions hôte-micro-organismes seront également abordées.
Au terme de cet enseignement, l'étudiant sera capable d'évaluer l'impact d'un micro-organisme pathogène sur un hôte en fonction du type d'interaction mise en oeuvre, et de définir une stratégie globale d'étude de ces interactions.
L'étudiant sera également capable de faire une analyse critique approfondie de la littérature du domaine, en lien avec les connaissances acquises.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries, les virus et les parasites importants en pathologie humaine. Notions sur les facteurs de virulence bactériens, les cycles de multiplication virale et les cycles parasitaires Notions sur les mécanismes de virulence des micro-organismes et sur le processus infectieux.

Septembre - Octobre.

CHATENAY

Chercheurs de Paris-Saclay (Micalis, CEA) Intervenants extérieurs (académiques et industriels), spécialistes de leur domaine.

L'UE se déroule sur 2 semaines, dans une salle dédiée, et se clôture sur un examen final d'une durée de 2h. Les conférences sont d'une durée de 2h. Elles sont préparées et présentées par des spécialistes de chaque domaine, décrivent les notions nécessaires à une bonne compréhension du sujet abordé puis retracent les résultats récents et notions majeures. L'une des conférences constitue quant à elle une préparation à l'examen avec la responsable de l'UE (description des attendus, modalités d'évaluation et correction des annales). Les étudiants bénéficieront également de deux séances pratiques sur l'analyse de microbiote (axées sur la problématique de l'extraction d'ADN et l'initiation à l'analyse des données).

Le rôle du microbiote dans la santé humaine est de mieux en mieux décrit et celui-ci constitue un levier pour prévenir et traiter certaines pathologies. Au cours de cette UE, nous abordons les approches mises en place pour étudier cet écosystème, les mécanismes associés à certaines maladies (digestives ou non), le rôle du microbiote dans le métabolisme des xénobiotiques mais aussi le potentiel pharmacologique et industriel du microbiote.
Au terme de cette UE, l'étudiant sera en mesure de:
- Déterminer l'outil d'analyse du microbiote le plus adapté à répondre à une question d'intérêt.
- Décrire les caractéristiques majeures du microbiote et leurs pertinences en terme de santé humaine
- Mobiliser les connaissances acquises afin de concevoir un projet de recherche pouvant faire intervenir études cliniques et/ou approches expérimentales sur modèles animaux
- Appréhender les mécanismes impliqués dans le lien entre microbiote et pathologies et proposer des approches thérapeutiques basées sur le microbiote pour les corriger.

Cette UE s'adresse à la fois à des étudiants en Biologie, sciences pharmaceutiques ou médecine. Pour les étudiants en biologie, les pré-requis sont d'être titulaire d'un Master 1 dans l'un des domaines suivants: Biologie – Microbiologie – Santé humaine. Les étudiants doivent posséder de bonnes notions en microbiologie, en physiologie du système digestif et du système immunitaire, ainsi que des notions de bases de nutrition.

Septembre - Novembre - Décembre.

CHATENAY

Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Pharmacie, Médecine et Sciences de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Intervenants extérieurs, spécialistes de leur domaine.

L'UE se déroule en totalité dans une salle dédiée à la faculté de Pharmacie située à Châtenay-Malabry. Les étudiants acquerront les connaissances au travers de séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine. Deux ateliers pratiques dédiés à l'acquisition de méthodologies largement utilisées dans les domaines de la recherche en anti-infectieux seront organisés, l'un sur les techniques de clonage et plus généralement de biologie moléculaire et l'autre sur la génomique et son apport dans l'identification du résistome. Les étudiants seront entraînés à l'analyse critique d'articles scientifiques avec comme objectif secondaire d'apprendre à élaborer une démarche scientifique permettant de répondre à une question scientifique donnée.

L'objectif de cette UE est d'apporter aux étudiants des connaissances approfondies sur les thérapeutiques anti-infectieuses : cibles de ces molécules ; approche moléculaire des mécanismes d'action ; mécanismes de résistance développés par les micro-organismes. L'épidémiologie de la résistance aux anti-infectieux est également abordée.
Au terme de cette UE, l'étudiant sera capable de décrire dans le détail les mécanismes d'action des principaux anti-infectieux (anti-bactériens, anti-viraux, anti-parasitaires, anti-fongiques), d'expliquer les différents mécanismes de résistance développés vis à vis de ces molécules, de relier l'analyse moléculaire à l'impact phénotypique et de combiner l'analyse génotypique à l'analyse phénotypique afin d'interpréter les profils de résistance.
L'étudiant sera également capable de faire une analyse critique approfondie de la littérature du domaine, en lien avec les connaissances acquises.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries, les virus et les parasites importants en pathologie humaine. Notions de génétique microbienne Notions de thérapeutiques anti-infectieuses, en particulier concernant leurs mécanismes d'action.

Septembre - Octobre.

CHATENAY

Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Pharmacie et Médecine de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Chercheurs de Paris-Saclay (Micalis, I2BC).

Les sujets, portant sur des questions scientifiques non encore résolues, seront proposés par des tuteurs spécialistes du domaine, dont le rôle sera d’animer la réflexion des groupes étudiants. Le travail de ces derniers consistera dans un premier temps à établir le contexte, le rationnel et les objectifs de la question posée grâce une analyse critique de la bibliographique existante ; dans un deuxième temps, les étudiants s'appuieront sur les enseignements dispensés au cours des autres UEs pour concevoir, planifier et justifier une démarche expérimentale répondant à la question. Ils rédigeront en anglais une proposition de 4 à 5 pages maximum. Le projet sera ensuite présenté en temps limité et cette présentation orale sera suivie d'une discussion avec le jury et les autres étudiants. Deux enseignements dirigés en présentiel avec le responsable de l'UE pour définir le cadre de ce projet sont prévus ainsi que des entretiens avec chaque tuteur pour discuter de la partie scientifique.

Les objectifs pédagogiques de cette UE sont d'initier les étudiants au montage et à la rédaction d'un projet de recherche à partir d'une question scientifique pertinente proposée par un spécialiste du domaine. Ce travail sera effectué en groupe de 2 ou 3.
Les étudiants devront établir le contexte, le positionnement et objectifs du projet et utiliser les connaissances et compétences acquises dans les UEs théoriques pour concevoir le projet de recherche correspondant. Le projet sera rédigé sous la forme d'une pré-proposition type ANR (4 à 5 pages). Le projet sera ensuite défendu au cours d'une présentation orale par les étudiants devant l'ensemble de la promotion.

Des connaissances de base en sciences et particulièrement en microbiologie de la santé sont indispensables.

Octobre - Novembre - Décembre - Janvier.

Cette UE se déroule sur une semaine. Des cours sont dispensés du lundi au jeudi, matin et après-midi par des intervenants français spécialistes de domaines liés à l’immunité innée anti-infectieuse. Différents types d’infection sont envisagés, ainsi que les principaux mécanismes cellulaires. Les intervenants sont des cliniciens, des chercheurs, des biologistes, immunologistes ou microbiologistes. Il existe donc un des enseignements de biologie fondamentale mais aussi translationnelle. Des applications thérapeutiques innovantes sont évoquées. Deux semaines environ avant le début des cours, des articles de haut niveau international sont proposés aux étudiants. Ils doivent en choisir un qu’ils exposeront en binôme à l’oral le dernier jour au cours de deux sessions parallèles en plus petit groupe. Cet exposé constituera la partie contrôle continu de leur note d’examen. L’autre partie sera un examen écrit anonyme, comprenant en général une analyse d’article et des questions de cours.

Cette UE de Master2 est à la frontière de l'immunologie et de la microbiologie. Elle est dédiée à la compréhension des mécanismes de l'immunité innée en réponse à une agression microbienne (bactérie, virus, parasite, champignon, bactériophage…) de l'hôte. L'accent est mis sur le rôle des cellules phagocytaires, en particulier les polynucléaires neutrophiles et leurs grandes fonctions (expression des récepteurs de type TLR et NLR, migration, explosion oxydative, dégranulation et synthèse de médiateurs, nétose, apoptose ...). Les mécanismes d'autophagie sont aussi exposés. Des exemples d'organes-cibles de cette réponse innée sont donnés, comme le poumon, le tube digestif ou les articulations. Les pistes thérapeutiques innovantes visant à moduler cette réponse innée dans le cadre d’infections sévères sont évaluées et discutées.
Les intervenants sont immunologistes ou microbiologistes, chercheurs ou cliniciens, afin d'assurer une formation translationnelle.
Une analyse critique d'article avec présentation orale permet à chaque étudiant de faire une synthèse de l'enseignement.

Connaissances solides en immunologie et microbiologie. Master1 ou équivalence validée.

Synergy between the Host Immune System and Bacteriophage Is Essential for Successful Phage Therapy against an Acute Respiratory Pathogen. Roach DR, Leung CY and Debarbieux L. Cell Host Microbe. 2017 Jul 12;22(1):38-47. SAPHO, autophagy, IL-1, FoxO1, and Propionibacterium (Cutibacterium) acnes. Berthelot JM, and Hayem G. Joint Bone Spine. 2018 Mar;85(2):171-176. Neutrophil Extracellular Traps Are Elevated in Patients with Pneumonia-related Acute Respiratory Distress Syndrome. Bendib I, de Chaisemartin L, Granger V, Chollet-Martin S, and de Prost N. Anesthesiology. 2019 Apr;130(4):581-591.

Novembre.

CHATENAY

Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Pharmacie et Médecine de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Intervenants extérieurs (académiques et industriels) spécialistes de leur domaine.

Les enseignements se dérouleront sous forme de séminaires thématiques interactifs (cours-ED) répartis sur une semaine dans une salle de la faculté de Pharmacie de Châtenay-Malabry dédiée au Master 2. A l’issue des enseignements, un examen écrit permettra le contrôle des connaissances acquises.

Cet enseignement s’inscrit dans le contexte de lutte contre l’antibiorésistance dont un des plans d’action est de stimuler la recherche et le développement de stratégies thérapeutiques alternatives à celles de l’utilisation des antibiotiques actuellement disponibles.
Au terme de cette UE, l’étudiant aura pris conscience des enjeux de l’antibiorésistance et pourra résumer les différentes étapes de la recherche et du développement d’un nouveau médicament ou d’un dispositif médical ainsi que les contraintes des industriels pour aller jusqu'à sa commercialisation. Il sera capable de décrire les principales stratégies alternatives développées : i) pour la prévention et le traitement des infections bactériennes ; ii) pour l’optimisation de l’utilisation des antibiotiques disponibles et la limitation des effets indésirables des antibiotiques sur les microbiotes.

Pour suivre cet enseignement, les étudiants devront avoir une connaissance globale des étapes du circuit de développement et d’enregistrement d’un nouveau médicament ou d’un dispositif médical et maîtriser les bases des stratégies thérapeutiques des infections bactériennes et des mécanismes d'action des antibiotiques actuels : ces connaissances seront acquises lors de l’UE "Thérapeutiques anti-infectieuses", obligatoire pour tous les étudiants de ce parcours de Master.

Octobre - Novembre - Décembre.

CHATENAY

Enseignants-chercheurs et chercheurs de l’UFR de Pharmacie de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Intervenants extérieurs spécialistes de leur domaine (académiques et industriels).

Cette UE se déroule en totalité dans une salle dédiée à la faculté de Pharmacie située à Châtenay-Malabry. Des approches pédagogiques différentes seront combinées : un apport de connaissances d'actualités sous la forme de séminaires interactifs faits soit par des spécialistes du domaine, sur des vaccins anti-infectieux en cours de développement, ou d’amélioration si un vaccin est déjà commercialisé (exemples : grippe, HIV, polio, pneumocoque...), soit sur des approches plus transversales comme la réponse immunitaire induite par les vaccins et les adjuvants. Un travail personnel de réflexion, mené en groupe (3-4 étudiants), sous la forme d'une analyse critique d'un article scientifique, nécessitant en amont un travail bibliographique de remise en contexte de la problématique. Ce travail sera présenté oralement devant l’ensemble de la promotion et pourra être discuté par les étudiants.

Les objectifs pédagogiques de cette UE sont d'apporter aux étudiants des connaissances pointues dans le domaines des vaccins anti-infectieux.
Au terme de cette UE, l’étudiant sera capable :
- de définir les stratégies de développement d’un vaccin,
- de connaitre les modalités d’évaluation de l’efficacité des vaccins
- d’identifier les limites des vaccins actuel et en développement
- d’exposer et de discuter une publication scientifique relative à la vaccination
- de concevoir un protocole expérimental visant à évaluer l’intérêt d’un candidat vaccin.

Notions générales de microbiologie (bactériologie, virologie), d'infectiologie et d’immunologie.

Novembre - Décembre.

CHATENAY

Tous les encadrants de stage (dans et hors Paris-Saclay).

Stage de 6 mois dans un laboratoire labellisé, au terme duquel l'étudiant rédigera un mémoire en deux parties : une partie bibliographique présentant le rationnel de son projet de recherche et les données de la littérature permettant de comprendre la question posée et les réponses que l'étudiant y aura apportées par son travail expérimental, qui constituera la deuxième partie du mémoire. Au terme de son stage, l'étudiant fera une présentation orale synthétique et en temps limité de son mémoire, devant le jury du master.

L'objectif pédagogique du stage de recherche est d'initier les étudiants à la recherche grâce à une immersion dans un laboratoire labellisé. Les étudiants seront encadrés par un chercheur ou enseignant-chercheur sur un projet spécifique. Ils devront mettre en oeuvre les moyens nécessaires pour répondre à la question posée et devront pour cela participer à la conception de la stratégie expérimentale, planifier leurs expériences, utiliser correctement des protocoles expérimentaux déjà décrits ou les modifier si nécessaire et interpréter leurs résultats. Ils expliqueront leur travail dans un mémoire et le défendront lors d'une présentation orale.
A la fin du stage, les étudiants seront donc capable de décrire de manière claire et synthétique leurs travaux de recherche, d'argumenter leurs choix expérimentaux, d'expliquer leur résultats et d'y porter un regard critique.

Janvier - Février - Mars - Avril - Mai - Juin.