M1 Biologie Intégrative et Physiologie Animale

Elodie Marchadier, MC Université Paris Sud Sébastien Ollier, MC Université Paris Sud.

Tout l’enseignement, cours et travaux pratiques (en salles informatique) est obligatoire et présentiel.

L’objectif est d’apporter aux étudiants quelques notions de statistiques non développées en L, tout en restant dans les limites de ce qui peut être raisonnablement acquis dans le temps d’un module court. L’accent est mis sur les tests statistiques paramétriques.
Contenu :
Cours + exercices sur Excel et R (Rcmdr).

Septembre - Octobre - Novembre.

ORSAY

Moussa Benhamed Pr Université de Paris (coordinateur) Jean-Luc Ferat MC Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (coordinateur) Bénédicte Sturbois Pr Université d’Evry Val d’Essonne (coordinateur)

Equipe pédagogique : Karine Alix, Pr AgroParisTech Moussa Benhamed, Pr Université de Paris Jean-Luc Ferat, MC Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines Sophie Filleur, MC Université de Paris Florence Garnier, MC Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines Marc Nadal, Pr Université de Paris Bénédicte Sturbois Pr Université d’Evry Val d’Essonne.

En TD (9h) seront abordées les notions de gène et combinaison modulaire, duplication des génomes chez les eucaryotes, modification des histones et expression des gènes.

Cours magistraux pour définir les concepts nouveaux. TD de réflexion sur les concepts vus en cours ou exercices de mobilisation des connaissances pendant les cours.

Objectifs : Acquérir les connaissances fondamentales de l’organisation des génomes de bactéries, d’archées et d’eucaryotes. Connaître les principaux mécanismes impliqués dans l’évolution structurale des génomes et dans la dynamique de régulation de leur expression.

Contenu :
1. Organisation des génomes de bactéries, d’archées et d’eucaryotes (6h). On insistera sur les spécificités des génomes de chaque domaine du vivant en cherchant à mettre en évidence leurs similarités et leurs différences. Les compartiments codants et non-codants du génome seront décrits en détail, et présentés comme jouant un rôle majeur dans la création de diversité génomique. Les méthodes de séquençage nouvelle génération sont abordées ainsi que leurs applications. Les dernières connaissances acquises sur les génomes des virus et mégavirus seront exposées.
2. Introduction à la dynamique des génomes (4,5h) : caractérisation des processus impliqués dans la dynamique structurale des génomes (recombinaison, duplication, transposition dans l’évolution des structures chromosomiques).
3. Relations entre structure des génomes et expression des gènes (4,5h). Organisation des gènes (domaines protéiques) ; organisation chromatinienne (euchromatine, hétérochromatine) ; expression des gènes (modification d’histones) ; épissage alternatif.

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Thomas Heams.

Conférences par des enseignants d'AgroParisTech ou invités Etudes de textes et documents audiovisuels – Débats – Présentations Orales.

Objectifs :
L'histoire et la philosophie des sciences sont un complément nécessaire à la formation de l'esprit scientifique.
L'objectif de cet enseignement est de proposer une introduction à ces domaines, par le biais d'études de cas choisis dans les sciences du vivant. Il s'agit de développer une réflexion critique et autonome sur les méthodes et les objets de la science en général et de la biologie en particulier.
Contenu :
Sont abordées les questions suivantes :
• Le concept de méthode scientifique à travers les âges.
• Créer de la vie : defi technique ou défi théorique ?
• Qu'y a-t-il derrière un concept : histoire de la notion de programme génétique.
• Histoire des réceptions critiques du darwinisme.
• Doute nécessaire, doute instrumentalisé : le scientifique face à l'inconnu.
• Qu'est-ce qu'une imposture scientifique ?
• Science et société : nouvelles formes d'expertise, panels citoyens, débats public.
• Regards de philosophe sur l'Animal.

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Loïc Rajjou, Pr AgroParisTech (coordinateur) Alia Dellagi, Pr AgroParisTech Karine Alix, Pr AgroParisTech Lelandais Christine, MCU, Université de Paris Majeran Wojciek, MCU, Université de Paris Annick Méjean, PR, Université de Paris Nicolas Meunier, MCU, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines Olivier Sandra, Chercheur, INRA Eric Pailhoux, Chercheur, INRA.

Les cours abordent les grandes fonctions physiologiques chez les végétaux, les animaux et les microorganismes, mettant en évidence la diversité et l’évolution des organismes vivants, les adaptations ou spéciations : Métabolisme carboné chez les microorganismes et chez les plantes, reproduction animale et végétale, respiration animale, interactions hôte-pathogène. Les trois séances de TD sont dédiées à la réalisation d’une affiche à partir d’un article scientifique présentant des approches pluridisciplinaires en physiologie. Une journée est consacrée à la présentation orale (au choix en anglais ou en français) des affiches écrites en anglais. A l’issue de cette journée, le prix de la meilleure affiche est décerné par le jury constitué de l’ensemble des étudiants.

Cette UE a pour objectif d’illustrer la diversité des processus physiologiques mis en oeuvre par les organismes vivants. Des exemples de fonctions physiologiques associées à des adaptations ou des spéciations seront illustrés aussi bien chez les procaryotes que chez les eucaryotes. L’accent sera mis sur les approches pluridisciplinaires qui permettent d’étudier ces mécanismes physiologiques à diverses échelles (organe, organisme, population). A travers la réalisation d’une affiche, les étudiants seront aussi formés à la recherche bibliographique et la communication scientifique.
Contenu
Cours/conférences : 16,5h
Cours (13,5h) : Diversité et évolution des organismes vivants, grandes fonctions associées à des adaptations ou spéciations, approches pluridisciplinaires en physiologie (3h), Métabolisme carboné chez les microorganismes (3h) et chez les plantes (1,5h), reproduction végétale (1,5h), respiration animale (3h) et interactions hôte-pathogène (1,5h)
Conférences (3h) : Reproduction animale
TD : réalisation d’une affiche scientifique (7,5h)
Au terme de cette UE, l’étudiant pourra reconnaître et comparer les grandes fonctions physiologiques au sein des différents règnes et les illustrer par quelques exemples d’adaptations ou de spéciations; pourra décrire et analyser les résultats obtenus avec différentes méthodologies s’appliquant à diverses échelles (organe, organisme, population) et traduisant une approche interdisciplinaire de la physiologie.

Bases de physiologie et de métabolisme niveau licence sciences de la vie ou sciences de la vie et de la terre.

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Julie Fiévet, Xavier Rognon, Margaux Jullien (APT).

8 créneaux de 3h, dont 2 TD dédoublés en demi-groupes (1 en salle informatique).

- Cours introductif (3h) : principales notions de génétique des populations. - TD (3h) : influence des régimes de reproduction sur la diversité génétique. - TD info (3h) : effet de la sélection et de la dérive sur l’évolution des populations. - TD (3h) : balance entre mutation et sélection, cryptopolymorphisme. - TD (3h) : le polymorphisme en populations naturelles. Examen blanc. - Cours (3h) : diversité des animaux d’élevage. - Cours (3h) : diversité des plantes cultivées. - Cours (3h) : origine de la biodiversité spécifique, processus de spéciation.

Objectifs:
Ce module a pour but de présenter la notion de biodiversité dans son ensemble avec une emphase particulière sur son aspect génétique. Elle sera dans un premier temps introduite d'un point de vue historique et conceptuel puis étudiée d'un point de vue appliqué en distinguant ses composantes (diversité des populations naturelles, cultivées, d’élevage), et enfin seront abordés les processus à l’origine de la diversification biologique (spéciation). La première partie du module portera sur la révision et la consolidation des bases de la génétique des populations, au cours de laquelle les étudiants réfléchiront sur les mécanismes évolutifs générant de la diversité génétique au travers d’exemples concrets sous forme de problèmes et de simulations informatiques (séquence comprenant une séance de cours et 4 séances de TD dont une sur ordinateur, avec un examen blanc en fin de séquence). La deuxième partie portera sur des aspects appliqués des notions étudiées dans la première séquence, concernant la diversité des plantes cultivées et des animaux d’élevage, ainsi que le processus de divergence spécifique à l’origine de la diversité d’espèces dans les populations naturelles (séquence de 3 cours/conférences).

Aucun.

- Henry JP & Gouyon PH, Précis de génétique des populations, Ed Dunod - Rossignol JL et al, Génétique. Gènes et génomes, Ed Dunod.

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Enseignants responsables : C. Gaudichon (Pr, AgroParisTech), V. Berthelot (MC, AgroParisTech).

Cours.

L'objectif de cette UC est de comparer chez l'homme et chez l'animal les différents processus d'homéostasie permettant à l'organisme de s'adapter à des situations particulières ou critiques, telles que les situations d'effort, de synthèse intense ou de la sous alimentation et du jeûne. Dans ces situations la disponibilité des substrats devient limitante par rapport aux besoins et leur valorisation ainsi que leur distribution doit être optimisée. Certaines stratégies nutritionnelles sont alors susceptibles de favoriser cette optimisation.
Les thèmes suivants seront abordés : 1 Dynamique digestive et mise à disposition des nutriments (monogastriques, polygastriques) 2 Nutrition et efforts (chiens de traîneau, sportifs de haut niveau, treck....) 3. Epargne et déposition musculaire : statégies alimentaires. Adaptation à une production intense (production laitière). 4 Adaptation à la sous alimentation (sous alimentation dans les zones desertiques, jeûnes spirituels, jeûnes protestataires…).

Aucun pré-resquis.

Novembre.

PARIS

C. Domange (MC, AgroParisTech), H. Erhard (MC, AgroParisTech), responsables V. Berthelot (MC, AgroParisTech).

Tutorials / Visits / Lectures / Personal work /Debate/discussion/evaluation.

The objectives of this EU are:
- to illustrate the different roles of animals today (breeding, company, biomedical research, ...) and the
new challenges in animal production (nutritional and health qualities of products, animal welfare,
protection of biodiversity, use of new biotechnology tools),
- to provide basic information on the different aspects of animal production and
- to acquire the basic English vocabulary of zootechnics.

Aucun pre-requis.

Novembre.

PARIS

T. Heams (MC, AgroParisTech) et P. Calvel (MC, AgroParisTech) responsables Véronique Duranthon (INRA BDR) Catherine Patrat (APHP) Nelly Frydman (APHP) Charles Durand (UPMC).

Les étudiants devront être capable d’expliquer les étapes essentielles de la reproduction et du développement animal grâce: -Les visites sur le terrain ainsi que les entretiens et cours permettront aux étudiants d’observer les techniques et outils associés à la manipulation de l’embryon humain et animal, et de contextualiser leurs applications dans le domaine médical, vétérinaire ou de la recherche. -Grâce aux discussions avec les intervenants, les étudiants devront parvenir à analyser les cadres règlementaires et éthiques dans lesquels les acteurs du domaine évoluent en France et dans le monde, afin d’identifier les menaces et opportunités auxquelles ils font face. -A l’issue du module, les étudiants seront capable d’exposer et défendre auprès de leurs pairs une réflexion personnelle sur une question de leur choix, en lien avec l’embryon.

L'UC apportera des connaissances biologiques tout autant qu'un regard critique sur ces connaissances. Parmi les apports techniques : FIV, ICSI, cryoconservation, diagnostic pré-implantatoire, génomique fonctionnelle appliquée à l'embryon, cellules souches, transplantation. Pour l'analyse critique : table ronde autour de philosophes, juristes et acteurs de la recherche et de la réflexion bioéthique sur l'embryon.
Objectifs pédagogiques
Grâce à l'intervention de chercheurs, médecins, juristes et philosophes, on dressera sous plusieurs angles un état des lieux des biotechnologies appliquées à l'embryon humain et animal: procréation médicalement assistée, cryoconservation, génotypage, cellules souches embryonnaires, voire clonage et transgenèse. On s'interrogera sur les multiples enjeux de ces nouvelles biotechnologies.

Pas de pré-requis.

Novembre.

PARIS

C Loncke , Pierre Calvel et Ph Schmidely Coordinateurs

Ph. Schmidely (Pr) , V Berthelot (MC), K. SEMENOVSKAYA (MC), H Erhard (MC).

Les enseignements se déroulent à Paris (AgroParisTech) sur une période de 21 jours. Les enseignements sont dispensés au travers de cours sur les bases de physiologie digestive et metabolique et leur déterminant génétique associés à des TD d'application. Des travaux personnels (projets) sous forme d'études bibliographiques associés à un controle de connaissances constituent les bases d'évaluation.

Maitriser les connaissances physiologiques concernant la digestion et le métabolisme des espèces animales de production afin d’optimiser leur fonctionnement en élevage. Maitriser les connaissances concernant le determinisme génétique des différences inter-espèces concernant le métabolisme. Ces connaissances seront envisagées au travers de 2 grandes fonctions de production que sont la croissance et la lactation.

Aucun pré requis n'est demandé.

Une bibliographie spécifique en appui des travaux personnels étudiants est fournie.

Novembre - Décembre.

PARIS

P. Calvel (MC, APT), T. Heams (MC, APT), X Rognon (Pr, APT),.

Cours - Conférences - Visite de Centre de Recherche - Visite de Laboratoires d'Entreprises.

Les objectifs de cette UC sont : 1) de sensibiliser les étudiants à l'évolution rapide des biotechnologies animales et d'en mesurer les conséquences économiques, juridiques, mais également éthiques ; 2) de dresser un panorama des applications actuelles et potentielles des biotechnologies pour l'élevage et la recherche biomédicale ; 3) de dégager les voies d'avenir ou celles dont l'application potentielle permettra la plus grande marge de progrès sans compromettre les équilibres acquis (productions animales, qualité des produits, santé humaine, impact sur l'environnement).

Aucun prérequis.

Janvier.

PARIS

C. LELANDAIS, Université de Paris (coordinatrice) K. ALIX, AgroParisTech B. ALUNNI, Université Paris Sud M. CREN-REISDORF, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines A. DELLAGI, AgroParisTech Y. DEVEAUX, Université Paris Sud JD FAURE, AgroParisTech J. FIEVET, AgroParisTech S. FILLEUR, Université de Paris B. GAKIERE, Université Paris Sud (coordinateur) M. GARMIER, Université Paris Sud P. GERARD, AgroParisTech A. GRATIAS-WEILL, Université Paris Sud S. PFLIEGER, Université de Paris L. RAJJOU, AgroParisTech B. STURBOIS, Université Evry Val-d'Essonne Jean-Luc Ferat (UVSQ) (coordinateur) Florence Garnier (UVSQ) Stéphane Chaillou (INRA Jouy) Pierre Brézellec (UVSQ) Pierre Calvel, AgroParisTech (coordinateur) Philippe Schmidely, AgroParisTech Christelle Loncke, AgroParisTech Thomas Heams, AgroParisTech.

Evaluation : 50% écrit et 50% oral.

Stage en laboratoire ou en entreprise (2 mois, de mi-avril à mi-juin).

Contribuer à un projet de recherche en s'intégrant dans une équipe tout en faisant preuve d'autonomie et d'initiative ; mettre en œuvre une démarche scientifique pour répondre à une problématique donnée ; recueillir, analyser et synthétiser les informations de la bibliographie ; analyser et présenter à l'oral et à l'écrit des résultats expérimentaux.

Avril - Mai - Juin.

en laboratoire ou en entreprise

Lelandais-Brière Christine, Université de Paris (coordinateur) Anita Boisramé, AgroParisTech ; Nathalie Boudet, Université Evry Val d'Essonne ; Véronique Brunaud (INRA) ; Jean-Luc Caccas, AgroParisTech ; Pierre Calvel, AgroParisTech ; Stéphane Chaillou, INRA ; Natalia Conde e Silva, U Paris-Sud/Paris-Saclay ; Marie Dufresne, U Paris Sud/Paris-Saclay ; Sophie Filleur, U . Paris ; Florence Garnier, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ; Sandrine Middendorp, U. Paris ; Sylvie Soues, U. Paris ; Bénédicte Sturbois, Université Evry Val d'Essonne ; Colin Tinsley, AgroParisTech ; Vincent Sauveplane, AgroParisTech.

L’UE s’organise de la façon suivante : - Etude de l’accession (TP, salles informatiques, 21 h) - Bases de bio-informatique (TP, salles informatiques, 12h) - Comment étudier un gène ou une protéine ? méthodologies de biologie moléculaire (6h) - Formalisme scientifique (6h TD).

Au cours de cet enseignement, les étudiants apprendront à
1) rechercher de façon exhaustive puis synthétiser les informations accessibles dans les bases de données publiques concernant la structure et la fonction d'un gène d’intérêt (données bibliographiques et bases de données génomiques)
2) utiliser de façon raisonnée certains logiciels permettant l’analyse de séquences nucléotidiques et protéiques
3) identifier une question biologique pertinente à partir de leur synthèse
4) concevoir un mini-projet de recherche, destiné à répondre à cette question biologique et à approfondir les connaissances autour du gène et de sa fonction.

Bon niveau de Licence générale en Sciences du vivant en biologie moléculaire, génétique et génomique, anglais écrit, lu et parlé (niveau B1 ou B2?) Bases de bioinformatique (analyse de séquence).

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

V. Daux, B. Gabrielle, M.-J. Méric, les responsables de mention impliqués par cette UE.

L’évaluation de l’UE comporte un examen final sous la forme d’un rapport dont le thème est tiré au sort pour chaque étudiant dans la liste des conférences de l’année. Le rapport est constitué du résumé de la conférence et d’une discussion à développer à partir d’une question proposée par l’animateur de la conférence. Le format est imposé. Il n’y a pas de rattrapage et cette UE n’est pas compensable. Dix conférences-débats sont programmées. La conférence et le débat durent chacun 45 minutes. Les thématiques abordées balaient différentes thématiques propres aux Ecoles Graduées concernées. La programmation change d’une année à l’autre. Un animateur, choisi parmi les responsables des mentions des Ecoles Graduées, invite un conférencier parmi les enseignants-chercheurs et les chercheurs de l’Université Paris-Saclay ou un conférencier extérieur. Il anime la conférence, propose une question de réflexion pour l’examen final et assure la correction des devoirs portant sur cette conférence.

Cette unité d’enseignement de 1 ECTS est une UE d’ouverture dans le domaine de l’environnement qui a pour objectif de faire découvrir aux étudiants des concepts et des approches différentes de ceux qui sont enseignés dans leur filière. Elle fait partie d’un ensemble d’UE appelé Espace Pédagogique Commun sur l’Environnement, accessible depuis plusieurs masters de l’université Paris Saclay.

A l’issue de cette unité d’enseignement, les étudiant(e)s seront capables :
• D’identifier les grands enjeux environnementaux
• D’utiliser un vocabulaire et des références dans le domaine de l’environnement dans des disciplines connexes à celles enseignées dans leur filière
• De discuter des interactions entre biodiversité, alimentation, agriculture, société et environnement.

Aucun pré-requis: cette UE est accessible à tout étudiant de master de l’université Paris Saclay.

Variable d’une année à l’autre en fonction des conférences. Des sources bibliographiques seront précisées lors des conférences.

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre.

ORSAY

Christine LeLain Université Paris-Sud Kristin Kuster Université Paris-Sud Isabelle Jammes Université Paris-Sud Helen Curran Université Paris-Sud.

Début septembre :Test de niveau Septembre-Octobre-novembre : 8 semaines de TD de 3h et 3 semaines de TD de 2H suivi par une certification Janvier : certification.

Techniques de la présentation orale en sciences, rédaction d'abstract, décrire des graphiques, des expériences, simulation d’une conférence scientifique avec interaction, introduction à la certification en anglais
Un groupe (15-20 étudiants de bon niveau peuvent participer à un program de communication interculturel.Il s’agit de 8 semaines de visioconférences avec des étudiants étrangers (voir www. soliya.net), suivi par un rapport écrit et une présentation orale.

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre - Janvier.

GIF-SUR-YVETTE

C. Loncke (MC, APT), Ph SChmidely (Pr. , APT).

Association de cours theoriques (metaanalyses, modélisation mecaniste des organismes vivants) et de travaux pratiques (cas concrets).

Initier à la compréhension des systèmes complexes régulés que constituent les organismes animaux. Initier à l’approche de modélisation pour appréhender les articulations entre les différents niveaux d'organisation des systèmes vivants et leur contrôle.
Cette U.E. inclut une dimension quantitative aux connaissances de physiologie animale, en privilégiant l’animal d’élevage. La nutrition animale sera notamment abordée dans l’optique de l'approche dynamique des lois de réponse multiples de l'animal aux variations du régime alimentaire. Le volet modélisation, au sens statistique comme au sens prédictif du comportement d’un système sera abordé sous un aspect pratique et utilitaire dans le cadre de son application à la physiologie de la nutrition.

Aucun pre-requis.

Mars.

PARIS

H. Erhard (MC, AgroParisTech).

Tutorials / Lectures / Practical exercises.

The goal of this UC is to demonstrate the scientific approach (question, hypothesis, experimentation, observation, analysis, discussion, conclusion, communication From a scientific question to a scientific article: the scientific approach.
Courses on applied ethology, ethological methods, behavioral data analysis and the writing of a scientific paper will provide the foundation for field application. You will design a behavioral study, test your methods, conduct a behavioral study, analyze the data, present your project in oral and write a scientific article on it.

Skills in english and french to allow to follow tutorials ans lectures in English.

Février.

PARIS

C. Duvaux-Ponter (Pr, AgroParisTech), C. Domange (MC, AgroParisTech), H. Erhard (MC, AgroParisTech), X Rognon (Pr, AgroParisTech).

L’enseignement est dispensé sous forme de conférences (25h) et de visites (4 demi-journées - par exemple : élevage de cerfs, élevage de faisans, zoo, parc naturel, MNHN...).

Montrer comment l'action de l'Homme sur l'animal à travers la domestication a pu modifier les populations animales (réduction du nombre et de la diversité des espèces et des races exploitées).
- Montrer comment l'Homme peut gérer ces évolutions (gestion et préservation de la faune sauvage et des ressources génétiques, apparition de nouvelles espèces en élevage).
- Aider les étudiants à réfléchir à leur perception de l'animal sauvage et domestique et à la place de l'animal dans les sociétés humaines.

Pas de pré-requis.

Mars.

PARIS

Loïc Rajjou (PR, AgroParisTech) (coordinateur)

Equipe pédagogique : Frédéric Marion-Poll (PR, AgroParisTech) Loïc Rajjou (PR, AgroParisTech) François Mariotti (PR, AgroParisTech) Samir Mezdour (IR, AgroParisTech) Philippe Le Gall (IRD-EGCE) Denis Chereau (IMPROVE) Thomas Lefebvre (Ynsect).

L’UE sera réalisée sous la forme d’une série de conférences, de travaux dirigés et un projet personnel réalisés par les étudiants.

Dans un contexte de demande alimentaire croissante au niveau mondiale, un accent très fort est porté sur l’amélioration des rendements et de la productivité agricole. La production et la consommation de viande ne cessent d'augmenter sur la planète provoquant ainsi des effets indésirables sur l’environnement et sur la santé publique. Il est nécessaire d’envisager de nouvelles sources de protéines tant pour l’alimentation animale que pour la nutrition humaine. A partir d’une analyse des besoins nutritionnels, des aliments sur le marché et des projections disponibles concernant l’évolution à moyen terme de la consommation de protéines au niveau mondial, nous examinerons les solutions alternatives en utilisant de nouvelles sources protéiques provenant de plantes et d’insectes. Aussi, l’objectif sera de donner un panorama des déterminants génétiques, physiologiques, environnementaux afférents à la qualité de ces sources de protéines alternatives au travers de leurs modes de production. Cet enseignement illustrera la diversité génétique, les propriétés chimiques et les qualités technologiques et biotechnologiques des protéines de plantes et d’insectes. Cette analyse sera complétée par un examen de l’impact sur la santé et sur les opportunités de développements industriels et gastronomiques que représentent ces nouvelles sources de protéines.

Sabaté, J., &Soret, S. (2014). Sustainability of plant-based diets: back to the future. The American journal of clinical nutrition, 100(Supplement 1), 476S-482S. van Huis, A. (2013). Potential of insects as food and feed in assuring food security. Annual Review of Entomology, 58, 563-583.

Janvier.

PARIS

Fabrice Lequeux (MC Université Paris Sud); Jean-Marc Seng (MC Université Paris Sud) ; Alain Berger (HCC ext); Martine Guillaud (HDD ext.).

Les enseignements se déroulent à Paris Sud (Orsay) sur une période de 15 jours (UE massée).

L'UE a été créée afin de permettre à tout étudiant en Sciences d'appréhender le monde économique et le monde de l'entreprise: après une série de conférences d'Economie générale, le monde de l'entreprise est présenté à travers les grandes fonctions de l'entreprise, de la multinationale à la start up.
Ces enseignements s'appuient sur des enseignants ayant une expérience de création et des professionnels.

Aucun pré requis n'est demandé.

Pas de bibliographie spécifique recommandée.

Décembre.

ORSAY

Mathieu Jules, Pr AgroParisTech Agnès Ricroch, MC AgroParisTech Vincent Sauveplane, MC AgroParisTech.

Cours – Conférences – TD – Travaux personnels.

Modifier, corriger, ré-écrire le génome et l'épigénome avec les nouveaux outils (épi)génétiques ouvrent ainsi la voie à des innovations des organismes vivants pour effectuer des nouvelles fonctions ou répondre à des stress de l’environnement. La combinaison d'approches de la génétique, de la biochimie, la biologie des systèmes et des analyses structurales permet aujourd'hui de mieux comprendre les phénomènes mendéliens et non mendéliens, l'expression génique et les dynamiques épigénomiques. La biologie de synthèse développe une approche de type ingénierie pour industrialiser le procédé de design de fragments d’ADN. Les recherches relatives à l'utilisation des nanotechnologies dans le monde du végétal seront commentées. Outre les techniques et les applications, l’aspect de la protection industrielle de ces innovations - open access, brevetabilité du vivant (y compris synthétique) - sera discuté. Des séances porteront sur la situation actuelle du secteur, des contextes techniques et concurrentiels, à travers des études de cas : défense des végétaux, production de médicaments… Des conférenciers du secteur public et industriel seront invités à venir témoigner ainsi que des entrepreneurs.

Plant Biotechnology - Experience and Future Prospects (2014). Ricroch, Fleischer & Chopra (Editors). Springer Publisher International Au-delà des OGM (2018). Regnault-Roger, Houdebine & Ricroch (Editeurs). Les Presses des Mines – Académie d’agriculture de France.

Janvier.

PARIS

C. Mariojouls (Pr, AgroParisTech).

Outre quelques cours, cette UC est largement bâtie autour de la rencontre avec de nombreux professionnels : acteurs économiques (producteurs, transformateurs, représentants professionnels) et chercheurs, venant faire des présentations en salle ou lors de visites. NB: les rencontres avec des experts du monde professionnel représentent les 3/4h de l'UC.

* Donner les éléments-clés de compréhension du fonctionnement de la filière des produits aquatiques et les caractéristiques de sa dynamique à l'échelle mondiale, avec un focus particulier sur la situation française.
* Cerner l'état général des pêches mondiales, et des pêches françaises.
* Au travers d'exemples choisis traités par des experts du sujet, comprendre le fonctionnement de secteurs aquacoles, de la production aux marchés.
* Découvrir la transformation des produits aquatiques au travers d'exemples.

Pas de pré-requis.

Février.

PARIS

Responsables: A. Dellagi (Pr, AgroParisTech), L. Armand (MC, AgroParisTech).

La maîtrise des outils sera illustrée par des travaux expérimentaux qui constitueront une large part dans le module. Le module comprend exclusivement du travail expérimental et bibliographique. Il se déroule sur deux sites: site 1 : AgroParisTech, Paris Claude Bernard, site 2: INRA de Versailles.

Maîtriser les outils permettant l'expression stable ou transitoire de gènes d'intérêts dans des cellules cibles, aussi bien dans des cellules eucaryotes et procaryotes.
Ce module illustrera les potentialités de l'ingénierie cellulaire et les mécanismes biologiques sous-jacents :
Analyse de l'expression de gènes
Impact du génotype sur le phénotype
Clonage d'un gène et mutagenèse dirigée
Génomique fonctionnelle.

Février.

VERSAILLES - PARIS