Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE)

Présentation du laboratoire

L'unité de recherche MaIAGE regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes autour de questions de biologie et agro-écologie, allant de l'échelle moléculaire à l'échelle du paysage en passant par l'étude de l'individu, de populations ou d'écosystèmes. L'unité développe des méthodes mathématiques et informatiques motivées par des problèmes biologiques précis. Elle s'implique aussi dans la mise à disposition de bases de données et de logiciels permettant aux biologistes d'utiliser les outils dans de bonnes conditions ou d'exploiter automatiquement la littérature scientifique.
L'inférence statistique et la modélisation dynamique sont des compétences fortes de l'unité, auxquelles s'ajoutent la bioinformatique, l'automatique et l'algorithmique. Les activités de recherche et d'ingénierie s'appuient également sur une forte implication dans les disciplines destinatrices : écologie, environnement, biologie moléculaire et biologie des systèmes.

Les 20 dernières publications

Titre Auteurs Date de publication Source
Investigation of the Genus Flavobacterium as a Reservoir for Fish-Pathogenic Bacterial Species: the Case of Flavobacterium collinsii Pierre Nicolas 26/04/2023 Applied and Environmental Microbiology
Greedy reduction of Bacillus subtilis genome yields emergent phenotypes of high resistance to a DNA damaging agent and low evolvability Etienne Dervyn, Anne Gaëlle Planson, Kosei Tanaka, François Lecointe, Philippe Noirot, Matthieu Jules 11/04/2023 Nucleic Acids Research
A HDG Method for Elliptic Problems with Integral Boundary Condition: Theory and Applications Lorenzo Sala 01/04/2023 Journal of Scientific Computing
Comparative analysis of bacterial diversity in clouds and aerosols Olivier Rué 01/04/2023 Atmospheric Environment
Inferring ASF transmission in domestic pigs and wild boars using a paired model iterative approach François Deslandes, Elisabeta Vergu 01/03/2023 Epidemics
RNA-seq analysis of the active chick embryo chorioallantoic membrane reveals genes that encode proteins assigned to ion transport and innate immunity Christelle Hennequet-Antier 01/03/2023 Genomics
Qualitative Behavior of a Metabolic Pathway with Hybrid Feedback∗ Claudia Lopez-Zazueta, Vincent Fromion 01/03/2023 SIAM Journal on Applied Dynamical Systems
A New Integrative and Mobilizable Element Is a Major Contributor to Tetracycline Resistance in Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis Julie Lao, Hélène Chiapello, Thomas Lacroix 01/03/2023 Antibiotics
Termination factor Rho mediates transcriptional reprogramming of Bacillus subtilis stationary phase Pierre Nicolas, Cyprien Guérin, Sandra Derozier 03/02/2023 PLoS Genetics
Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection Pierre Nicolas 01/02/2023 PLoS Pathogens
Tumorigenesis and axons regulation for the pancreatic cancer: A mathematical approach Mathieu Mezache 07/01/2023 Journal of Theoretical Biology
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Derozier, Robert Bossy, Louise Deléger, Mouhamadou Ba, Estelle Chaix, Valentin Loux, Claire Nédellec 01/01/2023 PLoS ONE
Tell me if you prefer bovine or poultry sectors and I’ll tell you who you are: Characterization of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Mbandaka in France Madeleine De Sousa Violante, M. Y. Mistou 01/01/2023 Frontiers in Microbiology
Learning and strategic imitation in modelling farmers' dynamic decisions on bovine viral diarrhoea vaccination Lina Cristancho-Fajardo, Elisabeta Vergu 02/12/2022 Veterinary Research
Predicting veal-calf trading events in France Elisabeta Vergu 01/12/2022 Preventive Veterinary Medicine
Adaptation of the gut pathobiont Enterococcus faecalis to deoxycholate and taurocholate bile acids Benoit Quinquis 01/12/2022 Scientific Reports
Single Seed Microbiota: Assembly and Transmission from Parent Plant to Seedling Beatrice Laroche 01/12/2022 mBio
Retrospective analysis of SARS-CoV-2 omicron invasion over delta in French regions in 2021–22: a status-based multi-variant model Elisabeta Vergu 01/12/2022 BMC Infectious Diseases
A unique, newly discovered four-member protein family involved in extracellular fatty acid binding in Yarrowia lipolytica Véronique Martin, Gwenaëlle André 01/12/2022 Microbial Cell Factories
FirmiData: a set of 40 genomes of Firmicutes with a curated annotation of ICEs and IMEs Julie Lao, Thomas Lacroix, Hélène Chiapello 01/12/2022 BMC Research Notes

Nombre de publications du laboratoire par domaine scientifique (2016-2021)

Chaque publication du laboratoire peut être rangée dans une ou plusieurs disciplines scientifiques : la figure ci-dessus présente le nombre de publications du laboratoire pour chaque discipline de la classification ASJC (Elsevier)