M2 Microbiologie fondamentale

Candidater à la formation
  • Capacité d'accueil
    14
  • Langue(s) d'enseignement
    Français, Anglais
  • Régime(s) d'inscription
    Formation initiale
Présentation
Objectifs pédagogiques de la formation

Le parcours de Microbiologie fondamentale s’appuie sur les avancées récentes en génétique, génomique, biologie cellulaire et physiologie microbienne pour apporter une formation pluridisciplinaire à la recherche et par la recherche. Elle permet d’étudier par des approches ciblées, globales et/ou relevant du génie génétique sur des échelles d’analyses moléculaires, cellulaires ou intégrées (communautés microbiennes, organisme hôte). La Microbiologie fondamentale couvre un large éventail de thématiques de façon à comprendre et maîtriser l’immense variété des processus microbiens.

Niveau M2, le parcours est composé d'enseignements théoriques sur les avancées en biologie de la cellule microbienne, la génomique fonctionnelle, les interactions microbiennes, une initiation aux concepts de la microbiologie synthétique et à la manipulation de données à l'aide d'outils bioinformatiques.
Ces enseignements théoriques sont complétés niveau M2 par un cours pratique de Microbiologie intégrative de 3 semaines. Ce cours labélisé « Paris-Saclay » est organisé autour de thématiques-phares de la communauté des microbiologistes de Paris-Saclay (I2BC, Micalis, par exemple). Elle vise à mettre l'étudiant en situation "Recherche". Cet ancrage fort dans l'environnement Recherche s'illustre par l'implication des équipes de Recherche dans les enseignements et par le fait que l'enseignement se déroule au sein même des Instituts.

L'étudiant(e) réalise un stage de M2 en laboratoire qui correspond à une formation qualifiante à travers une activité de recherche de 6 mois dans un domaine ayant trait à la Microbiologie. Il permet de former l'étudiant(e) aux techniques expérimentales mais aussi à la rédaction de projet(s) et à la communication scientifique orale. Le stage peut se dérouler au sein des laboratoires de Paris-Saclay, des grands instituts de recherche de Paris centre (Institut Pasteur, Institut Jacques Monod), en région ou à l'étranger.

Lieu(x) d'enseignement
GIF SUR YVETTE
PARIS 15
MASSY
VERSAILLES
CHATENAY MALABRY
LE KREMLIN BICETRE
MONTIGNY LE BRETONNEUX
JOUY EN JOSAS
EVRY
Pré-requis, profil d’entrée permettant d'intégrer la formation
Ce parcours s'adresse aux étudiants ayant validé niveau M1 des compétences en génétique et biologie moléculaire, et des connaissances théoriques et/ou expérimentales dans le domaine de la Microbiologie. A titre d'exemple, nous recommandons aux étudiants du M1 Biologie-Santé de suivre, en plus du socle (qui permet de valider des compétences en génétique, génomique, biologie cellulaire, notamment), l'unité d'enseignement de l’UE « Génétique et physiologie microbienne ». En fonction de la teinte que l’étudiant souhaite donner à son parcours de M2, une UE de Virologie peut être intéressante à suivre dès le M1.
Compétences
  • Maîtriser les connaissances fondamentales concernant la diversité du monde microbien et les domaines de la génétique, génomique et biologie de la cellule microbienne (des interactions moléculaires aux interactions cellulaires).

  • Développer un savoir-faire expérimental et une maîtrise des approches ciblées et globales dans le domaine de la Microbiologie (design expérimental, clonage, culture microbienne, extraction et analyses quantitatives d’acides nucléiques ou de protéines, analyse et représentation de jeux de données, notamment).

  • Développer un savoir-faire dans le domaine de la manipulation de données (niveau : initiation à l’utilisation de R).

  • Communiquer en anglais dans le contexte scientifique (comprendre des séminaires, recevoir des instructions, présenter des résultats expérimentaux, poser des questions et répondre à des questions en anglais).

  • Mener en toute autonomie un projet scientifique, et pouvoir communiquer une analyse critique des résultats, à l’oral et l’écrit, en respectant les standards internationaux dans le domaine de la Microbiologie.

  • Développer la capacité à travailler en équipe autour de projets bibliographiques et expérimentaux ayant trait à la Microbiologie.

Profil de sortie des étudiants ayant suivi la formation

Le taux de poursuite en thèse des étudiants diplômés du M2 Microbiologie est de plus de 70 % (calculs basés sur 4 promotions / 2016-2019). Environ 10 % des diplômés s’insèrent dans le monde socio-économique à Bac+5 (emploi d’ingénieur d’études ou d’enseignants agrégés ou de chargé de communication au sein d'une institut de Recherche) et environ 20 % poursuivent leurs études notamment dans la filière médicale.

Débouchés de la formation

Débouché principal : Recherche expérimentale en secteur académique ou privé au sein de nombreux laboratoires (Paris Saclay, Institut Pasteur, Institut Jacques Monod), en région, ou à l'étranger.
Autres débouchés : Recherche et développement en filière biotechnologique, enseignement, veille scientifique, communication scientifique. Possibilité d'intégrer des cursus complémentaires (écoles HEC ou ESSEC, informatique, management des entreprises, marketing).

Collaboration(s)
Laboratoire(s) partenaire(s) de la formation

Institute for Integrative Biology of the Cell - DRF/JOLIOT
MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé Humaine
Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée.

IDEEV, Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure (pour l'UE "Frontiers in Microbial Systems").

Programme

Deux groupes d'UE : 1 groupe d'UE obligatoires, 1 groupe d'UE optionnelles.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Practical course of integrative microbiology 9 10 10 70
Molecular and cellular microbiology 3 25 5
Interactions microbiennes / Microbial Interactions 3 20
Initiation to data manipulation with R software 3 10 10
Functional Genomics 3 25
Cellular innovations and synthetic microbiology concepts 3 20
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Virologie moléculaire et cellulaire - UPSay 3 16 14
UE1 libre à 3 ECTS 3
Stability and Evolution of genomes 3 25
Projet de recherche / Scientific project 3 3
Microbial structures and signals 3 12 6 14
Microbial Ecology of Fermented Food Products 6 50
Medico-pharmaceutical applications of microbial biodiversity 6 42 8
Introduction à la statistique avec R (MOOC) 3 2
Frontiers in Microbial Systems 3 20 5
Environmental and Microbial Biotechnologies 6 42 3
ARN non-codants et épigénétique / ncRNA and Epigenetics 3 25

Stage en laboratoire.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Stage en laboratoire / Lab training 30 10
Modalités de candidatures
Période(s) de candidatures
Du 24/01/2020 au 28/02/2020
Du 15/04/2020 au 20/07/2020
Pièces justificatives obligatoires
  • Curriculum Vitae.

  • Lettre de motivation.

  • Tous les relevés de notes des années/semestres validés depuis le BAC à la date de la candidature.

Pièces justificatives complémentaires
Contact(s)
Responsable(s) de la formation