M1 Genomics, Informatics and Mathematics for Health and Environment

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  • Places available
    15
  • Language(s) of instruction
    French, English
Présentation
Objectives

With the advent of high-speed data processing technology (genome sequencing, RNA and protein expression, metabolomics), different fields in life sciences (pharmaceutical industry, hospitals, biotechnologies, agro-industry, environment and fundamental research) need researchers and engineers with sound knowledge in biology and the ability to treat and analyse large quantities of heterogeneous data. This master's program, with a Biocomputing specialization, is a multidisciplinary program that satisfies this demand by enabling students to:
understand biology's complex and diverse issues in order to respond to current needs in research and innovation in academic research, the biotechnology industry, pharma and health;
deal with new challenges brought about by the evolution and rapid development of high-speed data production technologies;
master techniques associated with the analysis and modelling of biomedical data;
be autonomous when managing application development projects in a variety of programming languages, to propose innovative IT solutions and to carry out the analyses and necessary developments to test new methods and hypotheses for the living.

Location
EVRY
Course Prerequisites
* Etudiants ayant validé des connaissances et des compétences à la fois en Biologie et en Informatique au cours de leur cursus (par exemple : Double licence SDV-Informatique, licence sélective SDV-Info Paris Saclay, licence SDV parcours bioinformatique, licence informatique parcours bioinformatique, Ecole d'ingénieur....) . * Etudiants ayant un cursus en Biologie mais avec un intérêt particulier et des connaissances et compétences complémentaires validées en informatique.
Skills
  • Maitriser les concepts fondamentaux de l'analyse de séquences génomiques et de la modélisation en Biologie.

  • Concevoir un algorithme, un programme informatique ou une base de données afin de modéliser et/ou analyser des données génomiques.

  • Déterminer les méthodes statistiques à mettre en oeuvre pour l'analyse de données génomiques.

  • Rédiger et présenter oralement un projet et des résultats scientifiques en français ou en anglais.

Post-graduate profile

A la fin du M1 GENIOMHE, les étudiants auront acquis un premier niveau de compétences en :

Génomique et génétique humaine
Analyse de données génomiques et outils bioinformatiques et phylogénie
Bases de données Relationnelles et Bases de Données Avancées (XML, noSQL, …)
Algorithmique (notamment d’analyse de séquences), Structures de données, Graphes
Programmation impérative et orientée objet avec différents langages
Apprentissage statistique, Modélisation des Systèmes Biologiques
Statistiques multivariées et Planification d'expériences

Career prospects

Les débouchés concernent plutôt le M2 GENIOMHE qui est la poursuite d'étude classique pour les étudiants qui ont suivi le M1 GENIOMHE, mais
ils peuvent concerner de manière plus générale les M2 en Bioinformatique.

Collaboration(s)
Laboratories

Genoscope - DRF/JACOB
Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
Institut Génomique - DRF/JACOB
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry
Laboratoire Européen de Recherche pour la Polyarthrite rhumatoïde
Informatique, Biologie Intégrative & Systèmes Complexes
Approches génétiques intégrées et découvertes thérapeutiques pour les maladies rares
Vectorologie et thérapeutiques anticancéreuses.

Programme

Détail du S1: Le S1 est constitué d'une UE de Remise à niveau et d'UEs obligatoires.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Séquençage de génomes, application à la santé et aux maladies 2.5 16 9
Outils de la bioinformatique 3 12 12
Méthodologie de traitement de données NGS 2.5 24
Génomique structurale 2.5 12 12
Génétique des pathologies complexes : outils méthodologiques 2.5 12 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Masteriales 2.5 15
Anglais 1 2.5 9
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Programmation orientée objet 1 3 12 12
Apprentissage et fouille de données 3 12 12
Algorithmique de séquences 3 12 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Statistiques multivariées pour la génomique 3 12 12

Détail du S2 : Le S2 est constitué d'UEs obligatoires et d'un stage obligatoire.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Méthodes pour la Phylogénie 3 12 12
Les génomes procaryotes 3 12 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Planification d'expériences - UEVE 3 6 6 0 12
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Stage 10 30
Projet Scientifique 1 2 10
Anglais 2 2 9
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Programmation Orientée Objet 2 2 18
Modélisation et simulation des systèmes biologiques 3 15 18
Bases de données avancées 3 12 18
Modalités de candidatures
Application period
From 15/01/2020 to 07/07/2020
Compulsory supporting documents
  • Curriculum EU (description of the units of education followed) of the last two years.

  • Curriculum Vitae.

  • Motivation letter.

  • All transcripts of the years / semesters validated since the high school diploma at the date of application.

Additional supporting documents
  • VAP file (obligatory for all persons requesting a valuation of the assets to enter the diploma).

  • Certificate of English level (compulsory for non-English speakers).

  • Certificate of French (compulsory for non-French speakers).

Contact(s)
Course manager(s)
Administrative office
Aurélie Dekoninck - Aurelie.dekoninck@univ-evry.fr