M1 Bio-informatique et biostatistiques

Candidater à la formation
  • Capacité d'accueil
    24
  • Langue(s) d'enseignement
    Français
  • Établissement référent
    Université Paris-Saclay
Année dans le diplôme
Master 1
Objectifs pédagogiques de la formation

Le Master Bioinformatique est axé sur les besoins en recherche et développement de haut niveau des
entreprises et des organismes de recherche en bioinformatique, biostatistiques et biotechnologies. Cette formation
pluridisciplinaire répond à cette demande en formant des spécialistes à l'interface de trois disciplines : Biologie,
Informatique et Mathématiques.
A l'issue du parcours-type M1 BIBS - M2 AMI2B, les étudiants maitrisent plusieurs langages de programmation, un certain nombre de
méthodes d'algorithmique, d'intelligence artificielle, de statistiques, et de bases de données, pour stocker et
analyser des données massives (Big Data) génomiques et biomédicales. Ils ont par ailleurs approfondi des
domaines de la bioinformatique (biologie des systèmes, biologie structurale, génomique fonctionnelle etc). Ils sont
capables de : (i) comprendre les problématiques actuelles de la complexité et de la diversité en biologie et d’être
performants en recherche et innovation dans les secteurs de la recherche académique, de l'industrie des
biotechnologies, de l’agro-industrie, du domaine pharmaceutique et de la santé ; (ii) faire face aux nouveaux défis
résultant de l'évolution et du développement très rapide des technologies de production de données à haut débit ;
(iii) maîtriser les techniques de l’information associées à l'analyse et à la modélisation des données biomédicales ;
(iv) prendre en charge de manière autonome des projets de développement d'applications dans divers langages de
programmation, de proposer des solutions informatiques innovantes et de réaliser les analyses et les
développements nécessaires pour tester de nouvelles méthodes et hypothèses pour le vivant.

Lieu(x) d'enseignement
ORSAY
Pré-requis, profil d’entrée permettant d'intégrer la formation
S'agissant d'une formation pluridisciplinaire en Biologie, Informatique et Mathématiques, les étudiants titulaires d'une Licence de Biologie, Licence de Mathématiques, Licence d'Informatique, d'une licence bi-disciplinaire (Info+Math, Info+Bio, Math+Bio), et tout diplôme jugé équivalent peuvent candidater à l'entrée dans la formation.
Compétences
  • Intégrer et expliquer les concepts fondamentaux de l'analyse de séquences, de la biologie structurale et de la modélisation en biologie.

  • Concevoir un algorithme, un programme informatique ou une base de données afin de modéliser et/ou d'analyser des données biologiques.

  • Proposer l'utilisation d'un certain nombre de méthodes statistiques et savoir les mettre en oeuvre en vue de l'analyse de données biologiques ou médicales.

  • Expliquer et présenter oralement une démarche scientifique en français et en anglais.

Profil de sortie des étudiants ayant suivi la formation

A l'issue de l'EF M1 BIBS, les étudiants maitrisent les concepts fondamentaux de l'analyse de séquences, de la biologie structurale et de la modélisation en biologie.
Ils savent concevoir un algorithme, un programme informatique ou une base de données afin de modéliser et/ou d'analyser des données biologiques.
Ils connaissent un certain nombre de techniques de statistiques qu'ils peuvent mettre en oeuvre en vue de l'analyse de données biologiques ou médicales.

Débouchés de la formation

Le débouché principal de l'EF M1 BIBS est la poursuite en seconde année dans l'EF M2 AMI2B.
Les étudiants de M1 BIBS peuvent aussi poursuivre en M2 dans un autre master de bioinformatique.

Laboratoire(s) partenaire(s) de la formation

Evolution, génomes, comportement et écologie
Ecologie Systématique et Evolution
Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon
Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay
Laboratoire de recherche en informatique
Laboratoire d'Informatique pour la Mécanique et les Sciences de l'Ingénieur
Institute for Integrative Biology of the Cell - DRF/JOLIOT
Laboratoire de mathématiques d'Orsay
Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry
Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée.

Le semestre 1 est constitué de 2 groupes d'unités d'enseignement :

Groupe 1 : Mises à niveau

L'UE Anglais 1 est obligatoire pour tous les étudiants.

Pour les étudiants ayant une formation initiale monodisciplinaire en Informatique, les deux UE "Mise à niveau en Biologie I et II et l'UE "Mise à niveau en Mathématiques sont obligatoires.
Pour les étudiants ayant une formation initiale monodisciplinaire en Mathématiques, les deux UE "Mise à niveau en Informatique I et II, et les deux UE "Mise à niveau en en biologie I et II sont obligatoires.
Pour les étudiants ayant une formation initiale monodisciplinaire en Biologie, les deux UE "Mise à niveau en Informatique I et II, et l'UE de "Mise à niveau en Mathématiques sont obligatoires.
Pour les étudiants ayant une formation initiale pluridisciplinaire, le choix des UEs de Mise à niveau se fera en fonction de leur formation initiale et un TER pourra également être proposé de façon à atteindre 30 ECTS pour l'ensemble du semestre.

Groupe 2 : Bioinformatique et biostatistiques I (introduction)

Toutes les UE sont obligatoires.bligatoires.

Matières Ects Cours TD TP
Droit fiscal 2: Fiscalité des groupes et internationale 3 21
Droit des sociétés 2 3 21
Entreprises en difficulté et procédures collectives 3 21
Droit des contrats et de la concurrence 3 24

Le semestre 2 est constitué de 3 groupes d'UE :

Groupe 1 : Bioinformatique et biostatistiques II (approfondissement)

Toutes les UEs de ce groupe sont obligatoires.

Groupe 2 : Algorithmique et programmation pour la biologie

Les étudiants ayant une formation initiale en Informatique suivront une ou deux UE(s) d'un autre master ainsi qu'un TER (Travail d'Etude et de Recherche, projet encadré d'initiation à la recherche en bioinformatique sous la supervision d'un enseignant) pour un total de 8 ECTS.

Les étudiants ayant une formation initiale dans une autre discipline que l'Informatique suivront obligatoirement l'UE "Algorithmique pour la biologie et fouille de données, l'UE "Python, et l'UE "Programmation Orientée Objet.

Tous les étudiants (quelle que soit leur formation initiale) suivront obligatoirement l'UE "Projet Programmation.

Groupe 3 : Préprofessionnalisation

Toutes les UEs sont obligatoires.atoires.

Matières Ects Cours TD TP
Biostatistiques : Statistiques multivariées 2 10 10
Modélisation en biologie 2 10 10
Bioinformatique structurale 2 2 10 11
Statistiques : Méthodes de vraisemblance 2 10 10
Matières Ects Cours TD TP
Programmation Orientée Objet 2 12 12
Algorithmique pour la biologie et fouille de données 3 15 15 4
Programmation Python 2 10 10
UE1 d'un autre master 2
TER stage à 3 ECTS 3
Projet programmation 2 2 12
TER stage à 5 ECTS 5
TER stage à 2.5 ECTS 2
TER stage à 2 ECTS 2
TER stage à 3.5 ECTS 3
Matières Ects Cours TD TP
Anglais 2 2 24
Stage 10
Stage d'été optionnel 0
Période(s) de candidatures
Pièces justificatives obligatoires
  • Attestation de français (obligatoire pour les non francophones)

  • Curriculum Vitae

  • Lettre de motivation

  • Tous les relevés de notes des années/semestres validés depuis le BAC à la date de la candidature

Pièces justificatives facultatives
  • Dossier VAPP (obligatoire pour toutes les personnes demandant une validation des acquis pour accéder à la formation)

  • Curriculum UE (descriptifs des UE suivies) des deux dernières années

Responsable(s) de la formation
Christine Froidevaux - christine.froidevaux@u-psud.fr
OLIVIER LESPINET - olivier.lespinet@u-psud.fr
Secrétariat pédagogique
Nathalie BEAUVOIS - nathalie.beauvois@u-psud.fr