M1 Applied Systems and Synthetic Biology

Matthieu Jules Vincent Sauveplane Wolfram Liebermeister.

The course module is organized in 15h of lectures and 10h of tutorials to introduce knowledge and methodological tools.

In recent years the dynamics of biological systems has been increasingly described using concepts and terminology borrowed from economics: cells face trade-offs between different strategies for survival; metabolism can be viewed as a resource allocation problem; biomolecules can be associated with a “value” within the free energy “market” of the cell, etc. These concepts indicate the emergence of a new way of thinking about problems in biology.
In this course, we will explore biological questions that can be addressed using concepts of resource allocation, efficiency and optimality on (1) genome-scale cellular metabolism, (2) gene expression and protein synthesis, (3) cellular fitness and (4) game theory in cellular and multicellular biology.
At the end of the course, students will be able to:
•Explain the principles of cellular economics and resource allocation in living systems
•Analyse simple growth strategies of living systems in a competitive environment
•Describe simple models and identify their advantages and limitations.

Several first semester optional modules are highly recommended: Systems Biology I Systems Biology II.

Recent and past scientific articles, to explain the fundamentals and scientific advances in game theory, cellular resource allocation, cellular fitness, growth strategies etc. For instance, relevant publications are: •Shifts in growth strategies reflect tradeoffs in cellular economics. Molenaar D, van Berlo R, de Ridder D, Teusink B. ; Mol Syst Biol. 2009 •Mechanistic links between cellular trade-offs, gene expression, and growth. Weiße AY, Oyarzún DA, Danos V, Swain PS. ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 •Plant height and evolutionary games. DS Falster and M Westoby; TRENDS in Ecology and

Décembre - Janvier.

JOUY-EN-JOSAS

Claire Lurin, Etienne Delannoy, Véronique Brunaud, Marie-Laure Martin Magniette, Jean Bigeard, Florence Gonnet.

Course Objectives:
Integrative approaches are key steps in the thorough exploitation of omics data and their translation into knowledge. In this module, students will have courses on the architecture and the machinery of the cell, and on the genome and epigenome organization. They will learn how to combine predictive and experimental approaches to decode the genomic information through the structural and functional annotation of genomes. The integration and the querying of heterogeneous data imply to perfectly know their origin in order to take into consideration their quality, relevance and confidence levels. The understanding of this approach is the basis of holistic analyses for systems biology. Students will see different methods to produce transcriptome, ORFeome, proteome and interactome resources and how to integrate them in modeling approaches to have new insights on cellular processes.

On completion of the course students should be able to :
The students should have a good understanding of the challenges posed by integration of omics data. They should be able to understand and summarize a scientific paper in the field.

Novembre.

EVRY

Matthieu Jules (AgroParisTech, Micalis), Vincent Fromion (INRA, MaIAGE), Anne Goelzer (INRA, MaIAGE), Vincent Sauveplane (AgroParisTech, Micalis), Laurent Tournier (INRA, MaIAGE).

The course module is organized in 16h of lectures and 9h of tutorials to introduce knowledge and methodological tools.

Global analyses (omics) currently generate large datasets that do not capture the complexity of living systems. Systems Biology is an approach where omics data are integrated and exploited (compared) through mathematical models of biological systems or sub-systems. The complexity of biological systems and the diversity of issues to be considered require the use of different types of modelling.
In this course, students will explore a number of mathematical approaches to tackle biological issues through the integration of "omics" data. The mathematical approaches include the methods known as constraint-based modeling, i.e. flux balance analysis, resource balance analysis, but also tools specific to the analysis of dynamic systems and Boolean systems.
On completion of the course students will be able to :
•understand and explain the challenges of using constraint-based modeling approaches to describe cellular behaviors
•summarize and present a scientific paper in the field.

The ability to use Matlab will be an asset but is not a prerequisite.

Recent and past scientific articles, to explain the fundamentals and scientific advances in systems biology. Two general references on these approaches : Systems Biology [Textbook], E. Klipp et al, Wiley-Blackwell, 2011. Metabolic engineering in the post genomic era, ed. B.N. Kholodenko, H.V. Westerhoff, Taylor & Francis, 2004.

Décembre.

JOUY-EN-JOSAS

Matthieu Jules Vincent Sauveplane Jean-Denis Faure.

In each session, students will evaluate each other. The “teacher” will be evaluated on the basis of his 2-hour lecture while the “students” will be evaluated through the 1-hour tutorial.

Systems biology (SB) is an attempt to understand cells (or other biological systems) as complex systems by studying their basic building blocks and their interactions, and connecting this reductionist view with a holistic, systemic perspective. To understand biological functions, it often does not suffice to study single proteins, single genes, single cells, or single organism. Rather, the ability of living matter to perform amazing tasks relies on an ensemble of actors acting collectively. Those tasks, involving for example decision making or information processing, can thus be understood only at the system level.
The Teach Systems Biology project has the ambition to train students in new concepts (at the interface in life sciences) and teaching them how to communicate their knowledge (self-learning).
Briefly, following a short introduction lecture, students will have to prepare a 2-hour lecture and a 1-hour tutorial on a sub-theme of SB for the whole class.
At the end of the course, students will be able to:
•describe biological systems at the system level as a list of units and their interactions, or as a combination of modules, and the resulting dynamics
•self-evaluate their knowledge and ability to communicate on biological systems.

Septembre - Octobre.

JOUY-EN-JOSAS

Matthieu Jules, Jean-Denis Faure.

Each week, students will exchange with their mentor to provide a 10-page report on the envisioned research project. The project will be evaluated on the basis of the report and through the 1-hour presentation of the project proposal.

Functional genomics is a field of molecular biology that attempts to describe gene (and protein) functions and interactions. It aims to relate the phenotype and genotype on genome level and includes processes such as transcription, translation, protein-protein interaction and epigenetic regulation.
For this module, the students will have to seek for a mentor, a researcher from one of the partner laboratories of the M1 ASSB, and build a research project in functional analysis of living systems.
At the end of the course, students will be able to:
•write a research project
•explain in detail a research project during a 1-hour oral presentation
•self-evaluate their knowledge and ability to communicate.

Septembre - Octobre.

ORSAY - EVRY - GIF-SUR-YVETTE - VERSAILLES - PARIS - PALAISEAU - JOUY-EN-JOSAS

Matthieu Jules, Jean-Denis Faure.

The internship will take place on average 3 days per week for about 3 months.

Short-term internship on the research project proposed by each student in the module “Research project in Functional analysis of living systems” and mentored by a researcher from one of the partner laboratory of M1 ASSB. The internship will take place in the laboratory of the mentor and be evaluated on the basis of an internship report and an oral presentation.

Septembre - Octobre - Novembre.

Pierre Gérard (MC APT), Julie Fievet (MC APT), Margaux Jullien (MCC APT), Xavier Rognon (Pr APT).

Déroulement de Biodiversité et génétique (EN3585): - Cours introductif (3h) : principales notions de génétique des populations. - TD (3h) : influence des régimes de reproduction sur la diversité génétique. - TD info (3h) : effet de la sélection et de la dérive sur l’évolution des populations. - TD (3h) : balance entre mutation et sélection, cryptopolymorphisme. - TD (3h) : le polymorphisme en populations naturelles. Examen blanc. - Cours (3h) : diversité des animaux d’élevage. - Cours (3h) : diversité des plantes cultivées. - Cours (3h) : origine de la biodiversité spécifique, processus de spéciation.

Ce module a pour but de présenter la notion de biodiversité dans son ensemble avec une emphase particulière sur son aspect génétique. Elle sera dans un premier temps introduite d'un point de vue historique et conceptuel puis étudiée d'un point de vue appliqué en distinguant ses composantes (diversité des populations naturelles, cultivées, d’élevage), et enfin seront abordés les processus à l’origine de la diversification biologique (spéciation). La première partie du module portera sur la révision et la consolidation des bases de la génétique des populations, au cours de laquelle les étudiants réfléchiront sur les mécanismes évolutifs générant de la diversité génétique au travers d’exemples concrets sous forme de problèmes et de simulations informatiques (séquence comprenant une séance de cours et 4 séances de TD dont une sur ordinateur, avec un examen blanc en fin de séquence). La deuxième partie portera sur des aspects appliqués des notions étudiées dans la première séquence, concernant la diversité des plantes cultivées et des animaux d’élevage, ainsi que le processus de divergence spécifique à l’origine de la diversité d’espèces dans les populations naturelles (séquence de 3 cours/conférences).

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Les cours abordent les grandes fonctions physiologiques chez les végétaux, les animaux et les microorganismes, mettant en évidence la diversité et l’évolution des organismes vivants, les adaptations ou spéciations : Métabolisme carboné chez les microorganismes et chez les plantes, reproduction animale et végétale, respiration animale, interactions hôte-pathogène. Les trois séances de TD sont dédiées à la réalisation d’une affiche à partir d’un article scientifique présentant des approches pluridisciplinaires en physiologie. Une journée est consacrée à la présentation orale (au choix en anglais ou en français) des affiches écrites en anglais. A l’issue de cette journée, le prix de la meilleure affiche est décerné par le jury constitué de l’ensemble des étudiants.

Objectifs pédagogiques visés :
•Au terme de cette UE, l’étudiant aura conscience de la complexité et la diversité du fonctionnement des organismes vivants.
•Il pourra reconnaître et comparer les grandes fonctions physiologiques au sein des différents règnes et les illustrer par quelques exemples d’adaptations ou de spéciations.
•Il pourra décrire et analyser les résultats obtenus avec différentes méthodologies s’appliquant à diverses échelles (organe, organisme, population) et traduisant une approche interdisciplinaire de la physiologie.
•Il saura chercher des informations scientifiques rédigées en anglais sur un thème et en réaliser une synthèse.
•Il saura rédiger une synthèse scientifique en anglais, sous la forme d’une affiche qu’il commentera oralement en public de manière claire et concise.
•Il saura manipuler les outils de bureautique permettant la réalisation concrète de l’affiche.
•Il appréhendra les avantages et les contraintes du travail en groupe.

Bases de physiologie et de métabolisme niveau licence sciences de la vie.

Septembre - Octobre - Novembre.

Mathieu Jules, Pr AgroParisTech Agnès Ricroch, MC AgroParisTech Vincent Sauveplane, MC AgroParisTech Chercheurs et conférenciers, experts du domaine.

Mode de contrôle des connaissances Session 1 : 100% Exposé basé sur un article scientifique Session 2 : 100% Epreuve orale.

Modifier, corriger, ré-écrire le génome et l'épigénome avec les nouveaux outils (épi)génétiques ouvrent ainsi la voie à des innovations des organismes vivants pour effectuer des nouvelles fonctions ou répondre à des stress de l’environnement. La combinaison d'approches de la génétique, de la biochimie, la biologie des systèmes et des analyses structurales permet aujourd'hui de mieux comprendre les phénomènes mendéliens et non mendéliens, l'expression génique et les dynamiques épigénomiques. La biologie de synthèse développe une approche de type ingénierie pour industrialiser le procédé de design de fragments d’ADN. Les recherches relatives à l'utilisation des nanotechnologies dans le monde du végétal seront commentées. Outre les techniques et les applications, l’aspect de la protection industrielle de ces innovations - open access, brevetabilité du vivant (y compris synthétique) - sera discuté. Des séances porteront sur la situation actuelle du secteur, des contextes techniques et concurrentiels, à travers des études de cas : défense des végétaux, production de médicaments… Des conférenciers du secteur public et industriel seront invités à venir témoigner ainsi que des entrepreneurs.

Plant Biotechnology - Experience and Future Prospects (2014). Ricroch, Fleischer & Chopra (Editors). Springer Publisher International Au-delà des OGM (2018). Regnault-Roger, Houdebine & Ricroch (Editeurs). Les Presses des Mines – Académie d’agriculture de France.

Janvier.

PARIS - PALAISEAU

Thomas Heams, MC AgroParisTech.

Mode de contrôle des connaissances Session 1 : Présentation orale L’assiduité et la participation sont également prises en compte dans l’évaluation Session 2 : Oral ou écrit selon le nombre d’étudiants.

L'histoire et la philosophie des sciences sont un complément nécessaire à la formation de l'esprit scientifique.
L'objectif de cet enseignement est de proposer une introduction à ces domaines, par le biais d'études de cas choisis dans les sciences du vivant. Il s'agit de développer une réflexion critique et autonome sur les méthodes et les objets de la science en général et de la biologie en particulier.
Sont abordées les questions suivantes :
• Le concept de méthode scientifique à travers les âges.
• Créer de la vie : defi technique ou défi théorique ?
• Qu'y a-t-il derrière un concept : histoire de la notion de programme génétique.
• Histoire des réceptions critiques du darwinisme.
• Doute nécessaire, doute instrumentalisé : le scientifique face à l'inconnu.
• Qu'est-ce qu'une imposture scientifique ?
• Science et société : nouvelles formes d'expertise, panels citoyens, débats public.
• Regards de philosophe sur l'Animal.
Conférences par des enseignants d'AgroParisTech ou invités
Etudes de textes et documents audiovisuels – Débats – Présentations Orales.

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS - PALAISEAU

Coordinateurs : Karine Alix Pr AgroParisTech Moussa Benhamed Pr Université Paris-Diderot Jean-Luc Ferat MC UVSQ Bénédicte Sturbois Pr CNU66 Université d’Evry Val d’Essonne Equipe pédagogique : Karine Alix, Pr AgroParisTech Moussa Benhamed, Pr Université Paris-Diderot Jean-Luc Ferat, MC UVSQ Sophie Filleur, MC Université Paris-Diderot Florence Garnier, MC UVSQ Marc Nadal, Pr Université Paris-Diderot Bénédicte Sturbois Pr CNU66 Université d’Evry Val d’Essonne.

Mode de contrôle des connaissances Session 1 : examen écrit : 100% Seront également prises en compte l’assiduité et la participation aux cours. Session 2 : 100% examen écrit si > 4 étudiants et 100% oral si ? 4 étudiants.

1. Organisation des génomes de bactéries, d’archées et d’eucaryotes (6h). On insistera sur les spécificités des génomes de chaque domaine du vivant en cherchant à mettre en évidence leurs similarités et leurs différences. Les compartiments codants et non-codants du génome seront décrits en détail, et présentés comme jouant un rôle majeur dans la création de diversité génomique. Les méthodes de séquençage nouvelle génération sont abordées ainsi que leurs applications. Les dernières connaissances acquises sur les génomes des virus et mégavirus seront exposées.
2. Introduction à la dynamique des génomes (4,5h) : caractérisation des processus impliqués dans la dynamique structurale des génomes (recombinaison, duplication, transposition dans l’évolution des structures chromosomiques).
3. Relations entre structure des génomes et expression des gènes (4,5h). Organisation des gènes (domaines protéiques) ; organisation chromatinienne (euchromatine, hétérochromatine) ; expression des gènes (modification d’histones) ; épissage alternatif.
En TD (9h) seront abordées les notions de gène et combinaison modulaire, duplication des génomes chez les eucaryotes, modification des histones et expression des gènes.

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Fabrice Lequeux (MC); Jean-Marc Seng (MC) ; Alain Berger (HCC ext); Martine Guillaud (HDD ext.).

Les enseignements se déroulent à Paris Sud (Orsay) sur une période de 15 jours (UE massée).

L'UE a été créée afin de permettre à tout étudiant en Sciences d'appréhender le monde économique et le monde de l'entreprise: après une série de conférences d'Economie générale, le monde de l'entreprise est présenté à travers les grandes fonctions de l'entreprise, de la multinationale à la start up.
Ces enseignements s'appuient sur des enseignants ayant une expérience de création d’entreprise et des professionnels.

Aucun pré requis n'est demandé.

Pas de bibliographie spécifique recommandée.

Décembre.

ORSAY

Coordinateurs : Frédéric Marion-Poll (PR, AgroParisTech) Loïc Rajjou (PR, AgroParisTech) Equipe pédagogique : Frédéric Marion-Poll (PR, AgroParisTech) Loïc Rajjou (PR, AgroParisTech) François Mariotti (PR, AgroParisTech) Samir Mezdour (IR, AgroParisTech) Philippe Le Gall (IRD-EGCE) Denis Chereau (IMPROVE) Thomas Lefebvre (Ynsect).

L’UE sera réalisée sous la forme d’une série de conférences, de travaux dirigés et un projet personnel réalisé par les étudiants.

Dans un contexte de demande alimentaire croissante au niveau mondiale, un accent très fort est porté sur l’amélioration des rendements et de la productivité agricole. La production et la consommation de viande ne cessent d'augmenter sur la planète provoquant ainsi des effets indésirables sur l’environnement et sur la santé publique. Il est nécessaire d’envisager de nouvelles sources de protéines tant pour l’alimentation animale que pour la nutrition humaine. A partir d’une analyse des besoins nutritionnels, des aliments sur le marché et des projections disponibles concernant l’évolution à moyen terme de la consommation de protéines au niveau mondial, nous examinerons les solutions alternatives en utilisant de nouvelles sources protéiques provenant de plantes et d’insectes. Aussi, l’objectif sera de donner un panorama des déterminants génétiques, physiologiques, environnementaux afférents à la qualité de ces sources de protéines alternatives au travers de leurs modes de production. Cet enseignement illustrera la diversité génétique, les propriétés chimiques et les qualités technologiques et biotechnologiques des protéines de plantes et d’insectes. Cette analyse sera complétée par un examen de l’impact sur la santé et sur les opportunités de développements industriels et gastronomiques que représentent ces nouvelles sources de protéines.

- Sabaté, J.,& Soret, S. (2014). Sustainability of plant-based diets: back to the future. The American journal of clinical nutrition, 100(Supplement 1), 476S-482S. - van Huis, A. (2013). Potential of insects as food and feed in assuring food security. Ann.

Janvier.

PARIS - PALAISEAU

- cours: Les technologies d’ingénierie des génomes, biologie de synthèse et ARN interférence: principes, mécanismes moléculaires sous-jacents et applications. - TD: exemples d’applications - TP: le silencing chez les plantes Au cours du TP, les étudiant.

Cet enseignement a pour objectifs 1) de former les étudiants aux méthodologies d’ingénierie et édition des génomes, de biologie de synthèse et aux technologies médiées par les ARNs, en particulier l’extinction génique par ARN interférence 2) de décrire les bases moléculaires des mécanismes de régulation génique médiés par des ARN non codants et de réparation/recombinaison de l’ADN sous-jacents à ces technologies 3) de présenter des développements envisagés et des applications dans les domaines des productions végétales et de la santé 4) de réfléchir aux défis sociétaux, environnementaux et éthiques associés au développement de ces biotechnologies.
L’UE se déroule sur une période de 2 semaines, sous la forme de cours (14h), travaux dirigés (6h), séminaires d’intervenants professionnels (4h) et de travaux pratiques (24h).

Bon niveau en biologie moléculaire et biologie cellulaire d’une Licence générale en Sciences du vivant.

-Biotechnologies. Les promesses du vivant, 2015, Vanessa Proux, Collectif, Fyp -Stable RNA interference rules for silencing, Fellmann and Lowe, 2014, Nature Cell Biology, vol 16 - https://www.cell.com/nucleus-CRISPR - Synthetic biology: Recent progress, b.

Mars.

PARIS

Coordinateurs : Domenica Manicacci, MCU Université Paris-Sud Equipe pédagogique : Elodie Marchadier, MCU Université Paris-Sud Sébastien Ollier, MCU Université Paris-Sud.

Tout l’enseignement, cours et travaux pratiques (en salles informatique) est obligatoire et présentiel.

Objectifs :
L’objectif est d’apporter aux étudiants quelques notions de statistiques non développées en L, tout en restant dans les limites de ce qui peut être raisonnablement acquis dans le temps d’un module court. L’accent est mis sur les tests statistiques paramétriques.
Contenu :
Cours + exercices sur Excel et R (Rcmdr).
Manipulation de jeux de données, définition de questions statistiques et identification de la méthode statistique à mettre en œuvre pour y répondre, autonomie en analyse de données courante (description de données, comparaison de distributions, de moyennes, corrélation et régression) grâce à un logiciel simple (Excel, R via l’interface Rcmdr).

Septembre - Octobre - Novembre.

ORSAY

Coordinateurs : Csilla Ducrocq, Université Paris-Sud Equipe pédagogique : Christine LeLain Université Paris-Sud Kristin Kuster Université Paris-Sud Isabelle Jammes Université Paris-Sud Helen Curran Université Paris-Sud.

Début septembre :Test de niveau Septembre-Octobre-novembre : 8 semaines de TD de 3h et 3 semaines de TD de 2H suivi par une certification Janvier : certification Volume horaire total 150 hr (+20h pour le groupe travaillant sur l’interculturalité avec Soliya).

Techniques de la présentation orale en sciences, rédaction d'abstract, décrire des graphiques, des expériences, simulation d’une conférence scientifique avec interaction, introduction à la certification en anglais
Un groupe (15-20 étudiants de bon niveau peuvent participer à un program de communication interculturel.Il s’agoit de 8 semaines de visioconférences avec des étudiants étrangers (voir www. soliya.net), suivi par un rapport écrit et une présentation orale.
- Savoir présenter et participer à un conférence scientifique, appliquer les règles d’une communication écrite, obtenir le niveau B2 minimum lors de la certification en anglais
- Production orale et écrite, interaction à l'orale, compréhension de l'orale et de l'écrit
Compétences complémentaires :
- savoir préparer et parler avec une prononciation adéquate (notamment des termes scientifiques)
Savoir interagir avec le public de manière formelle lors de la séance de questions/réponses d’une conférence scientifique
-Savoir présenter avec un langage corporel approprié.

Septembre - Octobre - Novembre.

GIF-SUR-YVETTE

V. Daux, B. Gabrielle, M.-J. Méric + les responsables des mentions impliquées par cette UE.

L’évaluation de l’UE comporte un examen final sous la forme d’un rapport dont le thème est tiré au sort pour chaque étudiant dans la liste des conférences de l’année. Le rapport est constitué du résumé de la conférence et d’une discussion à développer à partir d’une question proposée par l’animateur de la conférence. Le format est imposé. Il n’y a pas de rattrapage et cette UE n’est pas compensable. Dix conférences-débats sont programmées. La conférence et le débat durent chacun 45 minutes. Les thématiques abordées balaient différentes thématiques propres aux Ecoles Graduées concernées. La programmation change d’une année à l’autre. Un animateur, choisi parmi les responsables des mentions des Ecoles Graduées, invite un conférencier parmi les enseignants-chercheurs et les chercheurs de l’Université Paris-Saclay ou un conférencier extérieur. Il anime la conférence, propose une question de réflexion pour l’examen final et assure la correction des devoirs portant sur cette conférence.

Cette unité d’enseignement de 1 ECTS est une UE d’ouverture dans le domaine de l’environnement qui a pour objectif de faire découvrir aux étudiants des concepts et des approches différentes de ceux qui sont enseignés dans leur filière. Elle fait partie d’un ensemble d’UE appelé Espace Pédagogique Commun sur l’Environnement, accessible depuis plusieurs masters de l’université Paris Saclay.

A l’issue de cette unité d’enseignement, les étudiant(e)s seront capables :
• D’identifier les grands enjeux environnementaux
• D’utiliser un vocabulaire et des références dans le domaine de l’environnement dans des disciplines connexes à celles enseignées dans leur filière
• De discuter des interactions entre biodiversité, alimentation, agriculture, société et environnement.

Aucun pré-requis: cette UE est accessible à tout étudiant de master de l’université Paris Saclay.

Variable d’une année à l’autre en fonction des conférences. Des sources bibliographiques seront précisées lors des conférences.

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre.

ORSAY

Coordinateurs de l'UE Nom : Faure Prénom : Jean-Denis Courriel institutionnel : jean-denis.faure@agroparistech.fr Etablissement : AgroParisTech

Nom : Lelandais-Brière Prénom : Christine Courriel institutionnel : christine.lelandais@univ-paris-diderot.fr Etablissement : Université de Paris.

L’UE s’organise de la façon suivante : - Etude de l’accession (TP, salles informatiques, 21 h) - Bases de bio-informatique (TP, salles informatiques, 12h) - Comment étudier un gène ou une protéine ? méthodologies de biologie moléculaire (6h) - Formalisme scientifique (6h TD).

Au cours de cet enseignement, les étudiants apprendront à 1) rechercher de façon exhaustive puis synthétiser les informations accessibles dans les bases de données publiques concernant la structure et la fonction d'un gène d’intérêt (données bibliographiques et bases de données génomiques) 2) utiliser de façon raisonnée certains logiciels permettant l’analyse de séquences nucléotidiques et protéiques 3) identifier une question biologique pertinente à partir de leur synthèse 4) concevoir un mini-projet de recherche, destiné à répondre à cette question biologique et à approfondir les connaissances autour du gène et de sa fonction.

Bon niveau de Licence générale en Sciences du vivant en biologie moléculaire, génétique et génomique, anglais écrit, lu et parlé bases de bioinformatique (analyse de séquence).

Septembre - Octobre - Novembre.

PARIS

Coordinateur : Marie Garmier

C. LELANDAIS/ B. GAKIERE/ K. ALIX/ B.STURBOIS/ JD FAURE/.

Contribuer à un projet de recherche en s'intégrant dans une équipe tout en faisant preuve d'autonomie et d'initiative ; mettre en œuvre une démarche scientifique pour répondre à une problématique donnée ; recueillir, analyser et synthétiser les informations de la bibliographie ; analyser et présenter à l'oral et à l'écrit des résultats expérimentaux.
Stage en laboratoire ou en entreprise
(2 mois, de mi-avril à mi-juin).

Avril - Mai - Juin.

Ioana Popescu Matthieu Jules Cécile Gasse.

The course module is organized in 16h of lectures and 9h of tutorials to introduce knowledge and methodological tools.

The aim of this module is to give students perspectives in Synthetic Biology, a field where novel biological and biologically based parts, devices and systems are (re)designed and constructed to perform new functions that do not exist in nature.
At the end of the course, students will be able to:
- Explain the strategies employed in the field of metabolic engineering for the production of sustainable biobased compounds
- Analyse simple synthetic regulatory circuits
- Explain the principles of genome engineering techniques and illustrate the synthetic genomics approaches
- Describe several orthogonal systems and analyse their advantages and limitations
Thus, students will have a strategic vision on how to progress in the field of synthetic biology: from the extraction of innovative knowledge from the available biological data to the transformation of the data into new rational and useful knowledge.

Several first semester optional modules are highly recommended: Systems Biology I Systems Biology II Cellular Economics.

Paul S Freemont (Editor) and Richard I Kitney (Editor). Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, 2012. Daniel G. Gibson (Editor), Clyde A. Hutchison (III) (Editor), Hamilton Othanel Smith (Editor) and J. Craig Venter (Editor). Synthetic Biology: Tools for Engineering Biological Systems. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2017. Christina Smolke (Editor), Sang Yup Lee (Series Editor), Jens Nielsen (Series Editor) and Gregory Stephanopoulos (Series Editor). Synthetic Biology: Parts, Devices and Applications. Wiley-Blackwell, 2018.

Février - Mars - Avril.

EVRY

Matthieu Jules, Jean-Denis Faure.

Each week, students will exchange with their mentor to provide a 10-page report on the envisioned research project. The project will be evaluated on the basis of the report and through the 1-hour presentation of the project proposal.

Synthetic Biology is a field where novel biological and biologically based parts, devices and systems are (re)designed and constructed to perform new functions that do not exist in nature. For this module, the students will have to seek for a mentor, a researcher from one of the partner laboratories of the M1 ASSB, and build a collaborative research project in synthetic biology. Such a collaborative research project will be built between two laboratories with complementary expertise by two students of ASSB.
At the end of the course, students will be able to:
•write a collaborative research project in Synthetic Biology
•explain in detail a research project during a 1-hour oral presentation
•self-evaluate their knowledge and ability to communicate
•collaborate in an interdisciplinary team
Thus, students will have a strategic vision on how to progress in the field of synthetic biology: from the extraction of innovative knowledge from the available biological data to the transformation of the data into new rational and useful knowledge.

Janvier - Février.

ORSAY - EVRY - GIF-SUR-YVETTE - VERSAILLES - PARIS - JOUY-EN-JOSAS

Matthieu Jules, Jean-Denis Faure, several researchers from INRA, CNRS, INRIA, etc.

The internship will take place on average 3 days per week for about 3 months.

Short-term internship in Synthetic Biology (iGEM-like) on the research project proposed by each student in the module “Research project in Synthetic Biology” and mentored by two researchers from two different partner laboratory of M1 ASSB. The internship will take place in the laboratories of the mentors and be evaluated on the basis of an internship report and an oral presentation.

Janvier - Février - Mars.