M2 Microbiologie et génie biologique

Céline Fabret (MCF UPSay), Eric Espagne (MCF UPSay), Aurore Gorlas (MCF UPSay), Cécile Labarre (MCF UPSay), Pascale Servant (MCF UPSay), Gaëlle Lelandais (Pr UPSay). Conférenciers invités : Sophie Haen (IR Eau de PARIS), Didier Hilaire (DR DGA), Laeticia Joubert (IR Abolis), Sylvie Lautru (CR CNRS), Séverine Layec (MCF APT), Raphael Lefèvre (IR Nanobactérie), Fabienne Malagnac (Pr UPSay), Tristan Rossignol (CR INRA), Claire Saulou-Bérion (MCF APT), Vincent Sauveplane (MCF APT), Christophe Sola (Pr UPSay).

Méthodologies des 3 sujets 1) Les étudiants sont impliqués dans un projet de recherche, par plusieurs approches scientifiques menées en parallèle, sur l’étude d’un micro-organisme modèle aux propriétés exceptionnelles d’adaptation et de résistance aux radiations ionisantes : criblage de mutants suppresseurs, analyse physiologique des mutants, caractérisation du mécanisme de régulation génétique. 2) Apprentissage de l’utilisation de procédés industriels pour la production par voie microbienne de biomolécules par l’utilisation de bioréacteurs, la maîtrise des cinétiques microbiennes, l’exploitation d’un outil eucaryote de sécrétion de protéines recombinantes (levure méthylotrophe P. pastoris) et l’analyse du métabolisme cellulaire de l’hôte (HPLC et PCRq). 3) Validation d’une méthode alternative de diagnostic (Cytométrie en flux) en matrice complexe alimentaire au regard de la norme NF EN-ISO16140-2, et analyse de la qualité microbiologique d’un environnement de production.

Description du programme pédagogique :
Le tronc commun est dispensé sous la forme de conférences de 2h afin de donner aux étudiants une vue d’ensemble des potentialités de la microbiologie appliquée et des outils modernes nécessaires à la mise en œuvre de ces potentialités. Elles sont organisées en 2 grands thèmes :
A) les méthodes d’études en microbiologie (cytologiques, biochimiques, génomiques, métaboliques et traitement statistiques)
B) l’exploitation de la biodiversité microbienne pour les biotechnologies de la santé, de l’industrie (synthons et biopolymères), de l’environnement et de l’alimentation.

Les approches expérimentales qui en découlent ont 3 objectifs professionnels majeurs :
1)L’étude d’un micro-organisme modèle radiorésistant : Deinococcus radiodurans
2)L’exploitation biotechnologique des micro-organismes
3)La maitrise de la contamination microbienne.

Par 3 semaines de cours pratiques, les étudiants abordent un à deux des trois projets proposés, au regard de leur parcours et ambition professionnelle.

Microbiologie, biologie moléculaire, biotechnologies, biochimie, métabolisme microbien.

Septembre - Octobre.

ORSAY

Learning objectives:
To give students an understanding of scientific formalism (scientific and technical concepts, report and article writing rules);
To improve the quality of the synthesis from useful bibliographical information databases
Skills referred:
To analyze a scientific problematic ;
To manage scientific project ;
To monitor scientific, technical development ;
To practice a scientific and technical communication in front to an intended audience, in French and English both spoken and written
Content of teaching unit:
Scientific formalism.

Octobre - Novembre - Décembre - Janvier.

ORSAY

S. van der Werf (PU P7, Institut Pasteur), O. Dussurget (PU P7, Institut Pasteur), S. Bretagne (PUPH P7, Institut Pasteur), I. Florent (Pr, MNHN), F. Botterel (PUPH, Université Paris Est), A.G. Marcelin (PUPH, Faculté de Médecine Sorbonne Université), S. Cauchemez (DR, Institut Pasteur), E. Varon (PH, CRCB Créteil), S. Kerneis (PUPH, P5), E. Grimprel (PUPH, P6), S. Le Poder (MCU, ENVA), M.K. Taha (DR, Institut Pasteur), S. Deuffic-Burban (CR, Inserm), L. Fluckiger (ANSM), E. Ruppé (MCUPH, P7),.

Objectif en termes de connaissances :
Donner aux étudiants une vision intégrée des maladies infectieuses en
présentant leurs aspects scientifiques, économiques et sociologiques.
Compétences visées :
Connaissances approfondies en infectiologie. Maîtrise des aspects économiques et réglementaires. Aptitude à analyser un problème. Capacité à travailler en anglais
Contenu de l’UE :
Stratégies de lutte contre les pathogènes viraux
Stratégies de lutte contre les pathogènes bactériens
Stratégies de lutte contre les pathogènes fongiques
Stratégies de lutte contre les protozoaires pathogènes
Impact de la diversité microbienne dans la lutte contre les infections
Résistance aux antirétroviraux
Modélisation des maladies infectieuses
Résistance aux antibiotiques des pneumocoques
Epidémiologie vaccinale
Vaccinologie
Vaccins vétérinaires
Vaccins bactériens
Aspects médico-économiques de la prise en charge des maladies infectieuses
Réglementation relative aux recherches impliquant la personne humaine
Antibiotiques et dynamique de l'évolution de la résistance bactérienne.

Janvier.

Université de PARIS (DIDEROT)

Florence Garnier (MC UVSQ), Guillaume Sapriel (MC UVSQ), conférenciers invités.

Cette unité d’enseignement vise à présenter les données récentes sur l’étude de la biodiversité de micro-organismes de niches écologiques variées avec une approche la plus exhaustive qu’est la métagénomique. Il sera exposé tout l’enjeu de l’ensemble de ces données qui permettent de mieux comprendre le fonctionnement d’une niche écologique et l’importance de certains taxons phylogénétiques dans l’équilibre d’un écosystème. La collecte de telles informations permet également de contribuer à une meilleure identification des différents types d’organismes impliqués dans les cycles de matière, tel que le cycle du carbone ou de l’azote. Plusieurs conférences seront également dédiées à souligner l’importance des virus dans la gestion des écosystèmes et de leur évolution. L’adaptation à un environnement extrême sera également traitée. Enfin il sera aussi étudié comment une meilleure compréhension du fonctionnement d’un écosystème peut contribuer à une optimisation du traitement biologique des déchets, un enjeu sociétal majeur.

Décembre.

VERSAILLES

Florence Garnier (MC UVSQ), Fabienne Malagnac (Pr UPSay), invited speakers.

Session 1 et session 2 : F EE (written examination).

This teaching unit highlights different types of possible microbial interactions with other organisms. The relationships of mutualism and parasitism will be exposed through different examples involving bacteria, fungi, micro-algae or protists hosted by plants, animals or even other micro-organisms. The context of interaction between individuals of the same species will be addressed by presenting the molecular mechanisms of microbial communication (quorum-sensing). The modalities of biofilm formation will also be presented.

Microbiology, Biochemistry, Molecular biology.

Décembre.

VERSAILLES

Christophe Sola, Olga Soutourina, Alessia Zamborlini, Florence Doucet-Populaire, Isabelle Turbica, Veronique Esteve-Daix (Sanofi), Michel Huc, Sophie Lefevre, Mathieu Picardeau, Richard Dailly.

Academic lectures given by experts, conferences given by private-sectors experts, Seminars led by students. Session 1 : F 0.7 EE+0.3 OO - Session 2 : F 1 EE; one third of the final mark is obtained through an oral presentation in English on an analysis of a paper in the field of CRISPR sciences, run in groups of 2 students.

Giving a broad professional and scientific culture of current R&D issues into the biomedical field. Practical applications of current transversal research carried out in microbiology and biotechnologies will be approached, particularly targeting public health research (bacterial diversity at the genome level, CRISPR-Cas systems and their applications, drug-resistance, food-borne and emerging pathogens, biosecurity, biosafety, water microbiology) including for diagnostics & pharmaceutical industries (process and products innovation, methods of analysis, new outlets for biotechnologies, quality, ethical and legal aspects); new strategies for the fight against infectious diseases and new problems in a global and one-health perspective (vaccines, biotechnology-derived medicines). All issues are targeted with an integrative perspective.

M1 in microbiology or other Health Sciences.

Any Medical, Pharmaceutical or Industrial microbiology articles and books.

Janvier - Février.

Anne Marie Davila (MCF, APT) Colin Tinsley (PU, APT).

Cette UE comprend : (i) des cours et des conférences dispensés par des chercheurs ou des acteurs dans le domaine de la santé, (ii) un TD de mise en pratique d’outils utilisés pour le profilage des microbiotes. Une large part est faite à un projet expérimental collectif qui permet de mettre en évidence (chez le rat) les conséquences de la manipulation du régime alimentaire sur la composition et les activités du microbiote intestinal et sur la santé de l’hôte. Les étudiants sont évalués sur la base de la conduite du projet et de la restitution orale du projet. Ce dernier exercice est préparé au préalable par un TD sur l’étude bibliographique du contexte du projet et par un TD sur l’analyse et le traitement des résultats expérimentaux.

Les connaissances sur la composition et les activités du microbiote intestinal ont augmentées de façon considérablement en seulement quelques années. Ces progrès sont liés à la levée de verrous techniques qui limitaient l’étude détaillée d’écosystèmes microbiens complexes. Ils ont permis de mettre en évidence l’importance du microbiote intestinal comme facteur de santé de son hôte au niveau local (intestin) mais aussi systémique (intervention sur axe intestin-foie, axe intestin-cerveau, etc). L’évaluation et la compréhension du rôle du microbiote intestinal en physiologie et physiopathologie humaine et animale est un sujet en développement sur le plan scientifique. Il laisse entrevoir de nombreuses applications dans le domaine de la santé. Le contenu développé dans cette UE permet, dans un premier temps, de définir et de décrire l'écosystème digestif. Les fonctions physiologiques de cet écosystème sont ensuite détaillées en signalant particulièrement l’impact du compartiment microbien. Une part importante de cette UE est consacrée à l’étude des interactions entre le microbiote intestinal et l'hôte et leurs impacts connus sur la santé de l’hôte.

Bonnes bases en biologie, biologie cellulaire et moléculaire, et en microbiologie. Bonne maîtrise de la lecture de l’anglais scientifique.

Décembre.

PARIS

Lecturers from Paris-Saclay University and invited lecturers.

Teaching methods: Courses and conferences by lecturers specialized in the field, as well as preparation of “mini conferences” by the students themselves.

Description:
This teaching unit aims to update students' knowledge on the latest advances in microbial cell biology. This teaching unit will cover cytoskeleton, membrane dynamics, cell cycle, stress response, polarity, differentiation, aging and programmed death of unicellular cells. Other themes are likely to be addressed, depending on current events, some of which are chosen and presented by the students themselves.

Octobre.

ORSAY

Sandra Helinck (MCF APT), S. Layec, S. Landaud (MCF APT), Hervé Blottiere (DR, INRA), F. Fonseca (DR, INRA), Eric Spinnler (PR AgroParisTech).

Conferences from professors and scientists from INRA. (Sandra Helinck (MCF APT), S. Layec, S. Landaud (MCF APT), Hervé Blottiere (DR, INRA), F. Fonseca (DR, INRA), Eric Spinnler (PR AgroParisTech)).

A visit of a cheese factory will complete the module

Conference subjects : Technico-economic presentation of the food sector- Intellectual and industrial property - Fundamental knowledge on microbial ecology - Gut, microbiote and dysbiosis - Microbiote/host relationship- fonctional Interactomic Effect of Technology on the sequence of species development in cheese manufacturing with a special care for soft cheeses. White and red wine technology- Microbial processes in wine – Special vinifications- Taints and troubleshooting in wine making. Fermentations of cured meat products. Microbiology in brewery - Food alterations. Flavour biosynthesis by micro-organisms – Starter production and conservation.

The objective is to give the students expertise when approaching food microbial ecosystems (mainly fermented foods) in their biological, biochemical and technological context and to understand their functions. General principals will be taught through different fermented foods used as examples. The complexity of microbial food ecosystems will be presented. On the basis of some models, microbial (microflora in combination, barriers to microorganisms, ...), biochemical (evolution of the composition during fermentation, heterogeneity of solid fermented products, ...) and technological (industrial hygiene and cleaning, production and implementation, stabilization of products) phenomenon will be considered in the context of the fermentation systems. The roles of microbial ecosystems in the protection of food and in the development of sensory qualities (flavour production, color and texture) will be deepened. Parallel to the implementation of the production methods. Interaction of microflora of foods with the operation of the digestive tract will also be considered.

Montet D., Ramesh C. Ray (2016) Fermented Foods, Part I : Biochemistry and biotechnology Ramesh C. Ray , Didier Montet (2017) Fermented Foods, Part II : Technological Interventions Paul McSweeney Patrick Fox Paul Cotter David Everett (2017) Cheese: Chemistry, Physics and Microbiology (vol 1 et 2).

Novembre.

MASSY

T. Bouchez (Consulting Professor APT), A. Bize (Research Fellow, INRAe), C. Duquennoi (Research Fellow, INRAe), A. Filali (Research Fellow, INRAe), A. Goubet (Research Fellow, INRAe), L. Mazéas (Resaerch Fellow, INRAe), C. Midoux (Bioinformatics scientist, INRAe).

Learning objectives:
To give students an integrated view of bioprocesses (wastewater treatment plant, waste methanizer…) applied into the depollution taking into account the scientific concepts, economic and environmental challenges.
In-depth of knowledge of microbial communities applied to bioprocesses in waste treatment;

Introduction of the teaching unit: context of waste treatment;
Biological treatment of effluents: context and challenges;
Anaerobic digestion;
Towards environmental biorefineries;
The waste of the Big Bang of our day;
Ecology of communities in the water treatment plant: protists, floc structure and bioindicator;
Exploitation of microbial functions for the depollution and recovery of wastewater;
Sizing concept and modeling of biological treatment processes;
Meta-omics methods and theirs application for bioprocesses: principles and application;
Understanding and predicting the metabolic activities of microbial communities: thermodynamic approaches;
Deciphering the operation of purification microbial communities: coupling of molecular microbiology and isotope biogeochemistry.
Seminars on the activities carried out at the IRSTEA (National Institute for Research in Science and Technology for the Environment and Agriculture).

Novembre.

MASSY

Jean-Marc Seng (MC, Paris Sud)

Fabrice Lequeux (MC, Paris Sud).

Trente heure en présentiel, 20h de travail en non présentiel.

Présentiel: Grandes Fonctions de l'Entreprise, l'innovation (de rupture et incrémentale), la faisabilité du projet et le scale up. Des évaluations régulières sont faites par l'équipe enseignant afin de mesurer l'avancée des projets.

Cette UE est un enseignement dédié à la conduite de projet innovant en entreprise. Après les rappels fondamentaux sur les Grandes Fonctions de l'Entreprise, l'Innovation et ses champs d'application l’étudiant en biologie conduit un projet en équipe sur une période de 3 mois.
Le projet est proposé par les étudiants (groupes de 2 à 4 personnes) en fonction de leur centre d'intérêt (Microbiologie alimentaire, Pharmacie, Cosmétique, Environnement) puis validé et scénarisé par l'équipe enseignante.
Les étudiants en Master de Biologie, qui n’ont encore jamais abordé l’économie (ou très succinctement) peuvent suivre avec succès cette UE.
Une importance particulière est donnée au travail en équipe permettant d'aboutir à un projet réaliste après 3 mois.

Pas de pré requis pour cette unité d'Enseignement.

Manager un Projet avec Succès (Les références de la Harward Business review, Austin D. & Luecke R., 2019).

Septembre - Octobre - Novembre - Décembre - Janvier.

ORSAY

Christophe Sola, Olga Soutourina, Alessia Zamborlini, Florence Doucet-Populaire, Isabelle Turbica, Veronique Esteve-Daix (Sanofi), Michel Huc, Sophie Lefevre, Mathieu Picardeau, Richard Dailly.

Academic lectures given by experts, conferences given by private-sectors experts, Seminars led by students. Session 1 : F 0.7 EE+0.3 OO - Session 2 : F 1 EE; one third of the final mark is obtained through an oral presentation in English on an analysis of a paper in the field of CRISPR sciences, run in groups of 2 students.

Giving a broad professional and scientific culture of current R&D issues into the biomedical field. Practical applications of current transversal research carried out in microbiology and biotechnologies will be approached, particularly targeting public health research (bacterial diversity at the genome level, CRISPR-Cas systems and their applications, drug-resistance, food-borne and emerging pathogens, biosecurity, biosafety, water microbiology) including for diagnostics & pharmaceutical industries (process and products innovation, methods of analysis, new outlets for biotechnologies, quality, ethical and legal aspects); new strategies for the fight against infectious diseases and new problems in a global and one-health perspective (vaccines, biotechnology-derived medicines). All issues are targeted with an integrative perspective.

M1 in microbiology or other Health Sciences.

Any Medical, Pharmaceutical or Industrial microbiology articles and books.

Janvier - Février.

Learning objectives:
To give students an understanding of scientific formalism (scientific and technical concepts, report and article writing rules);
To improve the quality of the synthesis from useful bibliographical information databases
Skills referred:
To analyze a scientific problematic ;
To manage scientific project ;
To monitor scientific, technical development ;
To practice a scientific and technical communication in front to an intended audience, in French and English both spoken and written
Content of teaching unit:
Scientific formalism.

Octobre - Novembre - Décembre - Janvier.

ORSAY

S. van der Werf (PU P7, Institut Pasteur), O. Dussurget (PU P7, Institut Pasteur), S. Bretagne (PUPH P7, Institut Pasteur), I. Florent (Pr, MNHN), F. Botterel (PUPH, Université Paris Est), A.G. Marcelin (PUPH, Faculté de Médecine Sorbonne Université), S. Cauchemez (DR, Institut Pasteur), E. Varon (PH, CRCB Créteil), S. Kerneis (PUPH, P5), E. Grimprel (PUPH, P6), S. Le Poder (MCU, ENVA), M.K. Taha (DR, Institut Pasteur), S. Deuffic-Burban (CR, Inserm), L. Fluckiger (ANSM), E. Ruppé (MCUPH, P7),.

Objectif en termes de connaissances :
Donner aux étudiants une vision intégrée des maladies infectieuses en
présentant leurs aspects scientifiques, économiques et sociologiques.
Compétences visées :
Connaissances approfondies en infectiologie. Maîtrise des aspects économiques et réglementaires. Aptitude à analyser un problème. Capacité à travailler en anglais
Contenu de l’UE :
Stratégies de lutte contre les pathogènes viraux
Stratégies de lutte contre les pathogènes bactériens
Stratégies de lutte contre les pathogènes fongiques
Stratégies de lutte contre les protozoaires pathogènes
Impact de la diversité microbienne dans la lutte contre les infections
Résistance aux antirétroviraux
Modélisation des maladies infectieuses
Résistance aux antibiotiques des pneumocoques
Epidémiologie vaccinale
Vaccinologie
Vaccins vétérinaires
Vaccins bactériens
Aspects médico-économiques de la prise en charge des maladies infectieuses
Réglementation relative aux recherches impliquant la personne humaine
Antibiotiques et dynamique de l'évolution de la résistance bactérienne.

Janvier.

Université de PARIS (DIDEROT)

Fabrice Lequeux (MC, Paris Sud) Jean-Marc Seng (MC, Paris Sud) Alain Berger (Chef d'Entreprise).

En présentiel, l'UE se décline en cours magistraux (principes fondamentaux) et cours de travaux dirigés (plan marketing). Ce cours s’articule en 4 grandes parties : I.Etudes de marché (5 forces de Porter, Enquêtes et sondages) II.Marketing stratégique (SWOT, PESTEL, segmentation, positionnement) III.Marketing opérationnel (produit, prix, distribution, communication) IV.Réalisation d’un plan marketing.

Cette UE est un enseignement dédié au marketing, qui donne à l’étudiant en biologie une compréhension et une pratique des concepts fondamentaux en marketing, tels que l’analyse du marché, la segmentation, le positionnement et le mix marketing (produit, prix, distribution, communication). L’objectif est de donner aux étudiants la capacité de comprendre et de mettre en œuvre un plan marketing, afin de leur ouvrir, par la suite, un accès à des postes de chef produits ou chef marché junior en entreprise.
Ce cours s’adresse aux étudiants en Master de Biologie, qui n’ont encore jamais étudié l’économie et la gestion (ou très succinctement). Délibérément interactif et appliqué, ce cours place l’étudiant au centre de l’analyse du marché : analysant à la fois les forces de la concurrence, les besoins du consommateur et les contraintes du régulateur, l’étudiant appréhende concrètement l’environnement concurrentiel de l’entreprise et le positionnement marketing de ses produits.

Pas de prérequis, hormis un niveau M1.

Armstrong Gary & Kotler Philip (2017), Principes de marketing, 13ème édition, Pearson.

Kruger Alain, Ferrandi Jean-Marc, Ingarao Aurore, Carpentier Laurent (2010), Mini manuel de marketing, Dunod.

Octobre.

ORSAY

En présentiel, l'UE se décline en cours magistraux (Grandes Fonctions et types dEntreprise) travaux dirigés (créativité, bases du marketing).

L’enseignement dispensé vise à fournir aux étudiants les connaissances et les méthodologies nécessaires pour comprendre l’organisation et le fonctionnement des entreprises, de la start up, à la PME et la multinationale.
Il place les étudiants devant les problématiques de transformations de l’entreprise et de gestion de sa croissance, de l’internalisation ou l’externalisation de ses grandes fonctions, de la coopération inter firmes et des relations avec les sous-traitants.

Pas de pré requis.

Octobre.

ORSAY

F. Dubois-Brissonnet (PU APT), I. Vilarem, C. Labarre ( MCF UPSay, M. Darsonval (MCF APT) Conférenciers : industriels (Carrefour, Ferme de la tremblaye...), consultants, DGAL, DGCCRF, ANSES.

L’UV est organisée sur 2 semaines en décembre et 1 semaine en janvier. Les cours et TD se déroulent majoritairement en décembre. Des créneaux sont libérés à l’emploi du temps en décembre et en janvier pour le projet bibliographique réalisé par binôme. L’examen se déroule en janvier : il s’agit d’une présentation orale du projet bibliographique et d’un examen écrit sous forme de QROC (questions à réponse ouverte et concise). Une visite d’usine et des conférences des industriels (responsables qualité,..) sont également programmées.

L’UV MQSA a pour objectifs d’apporter des connaissances scientifiques aux étudiants dans les domaines de la maîtrise de la sécurité sanitaire des aliments: principaux dangers biologiques (bactéries, virus, parasites), évaluation et gestion des risques. Les étudiants pourront ainsi identifier et caractériser les dangers microbiologiques et connaître les moyens de maîtrise utilisés pour les industriels. Des notions d’épidémiologie, de règlementation et de salubrité des aliments (altération) sont également apportées aux étudiants. L’approche pédagogique choisie est de coupler cours, TD (HACCP, microbiologie prévisionnelle) et conférences de responsables qualité travaillant en IAA ou au ministère de l’agriculture. En parallèle, les étudiants travailleront en autonomie, par binôme, sur des dangers spécifiques de certains aliments et/ou de nouvelles méthodes de détection de ces dangers. Ce travail est basé sur une recherche bibliographique.

Connaissances en microbiologie générale.

Décembre - Janvier.

Christophe Sola, Olga Soutourina, Alessia Zamborlini, Florence Doucet-Populaire, Isabelle Turbica, Veronique Esteve-Daix (Sanofi), Michel Huc, Sophie Lefevre, Mathieu Picardeau, Richard Dailly.

Academic lectures given by experts, conferences given by private-sectors experts, Seminars led by students. Session 1 : F 0.7 EE+0.3 OO - Session 2 : F 1 EE; one third of the final mark is obtained through an oral presentation in English on an analysis of a paper in the field of CRISPR sciences, run in groups of 2 students.

Giving a broad professional and scientific culture of current R&D issues into the biomedical field. Practical applications of current transversal research carried out in microbiology and biotechnologies will be approached, particularly targeting public health research (bacterial diversity at the genome level, CRISPR-Cas systems and their applications, drug-resistance, food-borne and emerging pathogens, biosecurity, biosafety, water microbiology) including for diagnostics & pharmaceutical industries (process and products innovation, methods of analysis, new outlets for biotechnologies, quality, ethical and legal aspects); new strategies for the fight against infectious diseases and new problems in a global and one-health perspective (vaccines, biotechnology-derived medicines). All issues are targeted with an integrative perspective.

M1 in microbiology or other Health Sciences.

Any Medical, Pharmaceutical or Industrial microbiology articles and books.

Janvier - Février.

Florence Garnier (MC UVSQ), Guillaume Sapriel (MC UVSQ), conférenciers invités.

Cette unité d’enseignement vise à présenter les données récentes sur l’étude de la biodiversité de micro-organismes de niches écologiques variées avec une approche moderne telle que la méta-génomique. Il sera exposé tout l’enjeu de l’ensemble de ces données qui permettent de mieux comprendre le fonctionnement d’une niche écologique et l’importance de certains taxons phylogénétiques dans l’équilibre d’un écosystème. La collecte de telles informations permet également de contribuer à une meilleure identification des différents types d’organismes impliqués dans les cycles de matière, tel que le cycle du carbone ou de l’azote. Plusieurs conférences seront également dédiées à souligner l’importance des virus dans la gestion des écosystèmes et de leur évolution. Enfin il sera également étudié comment une meilleure compréhension du fonctionnement d’un écosystème peut contribuer à une optimisation du traitement biologique des déchets, un enjeu sociétal majeur.

Décembre.

VERSAILLES

Florence Garnier (MC UVSQ), Fabienne Malagnac (Pr UPSay), invited speakers.

Session 1 et session 2 : F EE (written examination).

This teaching unit highlights different types of possible microbial interactions with other organisms. The relationships of mutualism and parasitism will be exposed through different examples involving bacteria, fungi, micro-algae or protists hosted by plants, animals or even other micro-organisms. The context of interaction between individuals of the same species will be addressed by presenting the molecular mechanisms of microbial communication (quorum-sensing). The modalities of biofilm formation will also be presented.

Microbiology, Biochemistry, Molecular biology.

Décembre.

VERSAILLES

F. Dubois-Brissonnet (PU APT), I. Vilarem, C. Labarre ( MCF UPSay, M. Darsonval (MCF APT) Conférenciers : industriels (Carrefour, Ferme de la tremblaye...), consultants, DGAL, DGCCRF, ANSES.

L’UV est organisée sur 2 semaines en décembre et 1 semaine en janvier. Les cours et TD se déroulent majoritairement en décembre. Des créneaux sont libérés à l’emploi du temps en décembre et en janvier pour le projet bibliographique réalisé par binôme. L’examen se déroule en janvier : il s’agit d’une présentation orale du projet bibliographique et d’un examen écrit sous forme de QROC (questions à réponse ouverte et concise). Une visite d’usine et des conférences des industriels (responsables qualité,..) sont également programmées.

L’UV MQSA a pour objectifs d’apporter des connaissances scientifiques aux étudiants dans les domaines de la maîtrise de la sécurité sanitaire des aliments: principaux dangers biologiques (bactéries, virus, parasites), évaluation et gestion des risques. Les étudiants pourront ainsi identifier et caractériser les dangers microbiologiques et connaître les moyens de maîtrise utilisés pour les industriels. Des notions d’épidémiologie, de règlementation et de salubrité des aliments (altération) sont également apportées aux étudiants. L’approche pédagogique choisie est de coupler cours, TD (HACCP, microbiologie prévisionnelle) et conférences de responsables qualité travaillant en IAA ou au ministère de l’agriculture. En parallèle, les étudiants travailleront en autonomie, par binôme, sur des dangers spécifiques de certains aliments et/ou de nouvelles méthodes de détection de ces dangers. Ce travail est basé sur une recherche bibliographique.

Connaissances en microbiologie générale.

Décembre - Janvier.

Marc NADAL (PU, U PARIS : Diderot), Severine LAYEC (MCF, APT), Pascale SERVANT (MCF, UPSACLAY(SUD), Aurore GORLAS ((MCF, UPSACLAY(SUD), Christine HOUSSIN (MCF, UPSACLAY(SUD), Eric SPINNLER (PU, APT); Olivier DUSSURGET (PU U de PARIS : Diderot).

L’année de master 2 de l’axe « Etude et Exploitation des microorganismes » se clôture au deuxième semestre par un stage de recherche d’une durée de 6 mois au sein d’un laboratoire de recherche partenaire de la formation.

Janvier - Février - Mars - Avril - Mai - Juin.

PARIS

Florence CONSTANTINESCO (MCF, UPSACLAY(SUD), Marc NADAL (PU, U PARIS : Diderot), Severine LAYEC (MCF, APT), Cecile LABARRE (MCF, UPSACLAY(SUD), Pascale SERVANT (MCF, UPSACLAY(SUD), Aurore GORLAS ((MCF, UPSACLAY(SUD).

La formation par alternance sera choisie par l’étudiant avec un avis pédagogique de l’équipe enseignante, sur la propre initiative de l’étudiant, et avec le support du réseau de connaissances et de relations industrielles de la formation. Le contrat est signé avec le centre de formation à l’apprentissage FORMASUP.
L’apprenti reçoit sa formation en alternant des périodes professionnelles au sein de sa structure d’accueil et de périodes académiques à l’université.
Plusieurs types de missions peuvent être proposées, nécessitant toutes une expertise en microbiologie : recherche ; développement ou validation de procédés, de méthodes, de produits, management de la qualité, diagnostic microbiologique, missions marketing, technico-commerciales ou de communication scientifique.

Aout - Septembre - Octobre - Novembre - Décembre - Janvier - Février - Mars - Avril - Mai - Juin - Juillet.

PARIS

Florence CONSTANTINESCO (MCF, UPSACLAY(SUD), Marc NADAL (PU, U PARIS : Diderot), Severine LAYEC (MCF, APT), Cecile LABARRE (MCF, UPSACLAY(SUD), Aurore GORLAS ((MCF, UPSACLAY(SUD), C. SOLA (PU, UPSACLAY(SUD) ; ), Sandra HELINK (MCF, APT), Eric SPINNLER (PU, APT); Olivier DUSSURGET (PU U de PARIS : Diderot).

L’année de master 2 de l’axe « Microbiologie Appliquée et Génie Biologique » se clôture au deuxième semestre par un stage d’une durée de 6 mois au sein d’une structure professionnelle partenaire de la formation. Plusieurs types de missions peuvent être proposées, nécessitant toutes une expertise en microbiologie : recherche appliquée ; développement ou validation de procédés, de méthodes, de produits, management de la qualité, diagnostic microbiologique, missions marketing, technico-commerciales ou de communication scientifique.

Aout - Février - Mars - Avril - Mai - Juin - Juillet.

PARIS