Laboratoire Européen de Recherche pour la Polyarthrite rhumatoïde (GENHOTEL)

Présentation du laboratoire

L'objectif du laboratoire GenHotel est de préciser le déterminisme multifactoriel de la polyarthrite rhumatoïde. Dans ce contexte, notre activité vise à caractériser des variants génomiques de séquences, de nombre de copies et d'expression dans des échantillons familiaux. L'interaction entre les différents facteurs de risque est également investiguée.

Nous développons également une approche de biologie computationnelle des systèmes, avec la construction d'un réseau d'interactions maladie-spécifique en utilisant des données de petite échelle, des données multi-omiques et l'inférence automatique d'un model booléen afin de réaliser des études dynamiques et des simulations in silico du système.

Le but final est d'ouvrir de nouvelles pistes vers un traitement définitif, voire une prévention de la polyarthrite rhumatoïde, et d'étendre cette recherche à d'autres maladies multifactorielles d'importance majeure pour la santé publique par le biais de collaborations nationales et internationales.

Les 20 dernières publications

Titre Auteurs Date de publication Source
Metabolic reprogramming in Rheumatoid Arthritis Synovial Fibroblasts: A hybrid modeling approach Sahar Aghakhani, Anna Niarakis 01/12/2022 PLoS Computational Biology
Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology Henning Hermjakob 01/07/2022 Briefings in Bioinformatics
Toehold switch based biosensors for sensing the highly trafficked rosewood Dalbergia maritima Anna Niarakis 01/06/2022 Synthetic and Systems Biotechnology
Temporal Gene Expression Profiles Reflect the Dynamics of Lymphoid Differentiation Diana Tronik-Le Roux 01/02/2022 International Journal of Molecular Sciences
Boolean modelling as a logic-based dynamic approach in systems medicine Anna Niarakis 01/01/2022 Computational and Structural Biotechnology Journal
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms Anna Niarakis, Vidisha Singh 01/10/2021 Molecular Systems Biology
Inference of an integrative, executable network for rheumatoid arthritis combining data-driven machine learning approaches and a state-of-the-art mechanistic disease map Quentin Miagoux, Vidisha Singh, Dereck de Mézquita, Valerie Chaudru, Elisabeth Petit-Teixeira, Anna Niarakis 01/08/2021 Journal of Personalized Medicine
A practical guide to mechanistic systems modeling in biology using a logic-based approach Anna Niarakis 01/07/2021 Briefings in Bioinformatics
The status of causality in biological databases: Data resources and data retrieval possibilities to support logical modeling Anna Niarakis 01/07/2021 Briefings in Bioinformatics
Identification of biological pathways specific to phases preceding rheumatoid arthritis development through gene expression profiling Maëva Veyssiere, Elisabeth Petit-Teixeira 01/06/2021 International Journal of Immunogenetics
Metabolic reprogramming of fibroblasts as therapeutic target in rheumatoid arthritis and cancer: Deciphering key mechanisms using computational systems biology approaches Sahar Aghakhani, Naouel Zerrouk, Anna Niarakis 01/01/2021 Cancers
Identification of putative master regulators in rheumatoid arthritis synovial fibroblasts using gene expression data and network inference Naouel Zerrouk, Quentin Miagoux, Anna Niarakis 01/12/2020 Scientific Reports
Automated inference of Boolean models from molecular interaction maps using CaSQ Sara Sadat Aghamiri, Vidisha Singh, Anna Niarakis 15/08/2020 Bioinformatics
Computational complexity: An empirical view Maël Pégny 01/12/2013 6th AISB Symposium on Computing and Philosophy: The Scandal of Computation - What is Computation? - AISB Convention 2013
RA-map: building a state-of-the-art interactive knowledge base for rheumatoid arthritis Vidisha Singh, Maëva Veyssiere, Elisabeth Petit-Teixeira, Anna Niarakis 01/01/2020 Database : the journal of biological databases and curation
Association study of copy number variants in CCL3L1, FCGR3A and FCGR3B genes with risk of ankylosing spondylitis in a West Algerian population Elisabeth Petit-Teixeira 01/12/2019 International Journal of Immunogenetics
Community-driven roadmap for integrated disease maps Anna Niarakis 22/03/2019 Briefings in Bioinformatics
A novel nonsense variant in SUPT20H gene associated with Rheumatoid arthritis identified by whole exome sequencing of multiplex families Maëva Veyssiere, Javier Perea, Elisabeth Petit-Teixeira, Valerie Chaudru 01/03/2019 PLoS ONE
Effects of proteasome inhibitors on cytokines, metalloproteinases and their inhibitors and collagen type-I expression in periprosthetic tissues and fibroblasts from loose arthroplasty endoprostheses Anna Niarakis 01/01/2019 Connective Tissue Research
Measurement of absolute copy number variation of Glutathione S-Transferase M1 gene by digital droplet PCR and association analysis in Tunisian Rheumatoid Arthritis population Mohamed Sahbi Ben Kilani, Elisabeth Petit-Teixeira 01/03/2018 Journal of Clinical Laboratory Analysis

Nombre de publications du laboratoire par domaine scientifique (2016-2021)

Chaque publication du laboratoire peut être rangée dans une ou plusieurs disciplines scientifiques : la figure ci-dessus présente le nombre de publications du laboratoire pour chaque discipline de la classification ASJC (Elsevier)