Loïc Lepiniec : architecte de la biologie végétale, du génome aux graines

Attiré dans son enfance par la forêt et la nature, Loïc Lepiniec débute des études scientifiques à l’Université Paris-Sud (aujourd’hui Univ. Paris-Saclay) à Orsay et intègre l’École nationale supérieure d’agronomie de Nancy sans trop savoir si ce chemin le conduira vers la biologie, l’économie ou tout autre chose. C’est au cours d’un stage de trois mois dans un laboratoire d’Urbana-Champaign aux États-Unis, où il travaille sur Agrobacterium, la bactérie qui a permis les premières transformations génétiques de plantes, que sa vocation se précise. « Ce stage a été pour moi un déclic : c’est là-bas que j’ai compris que je voulais me consacrer à la biologie. »  De retour en France, il retrouve donc le campus de l’Université Paris-Sud à Orsay pour y suivre un DEA (l’équivalent d’un master 2 aujourd’hui) de biologie végétale, puis débute une thèse en 1990 sur la photosynthèse des plantes en C4, en particulier le sorgho, et enchaîne sur un post-doctorat à Gand, en Belgique, dans l’équipe de Marc Van Montagu - l’un des pères de la transgénèse végétale. « Ces premières années m’ont ouvert à la diversité des approches, de la biochimie à la génétique, et m’ont donné le goût des questions fondamentales », raconte-t-il.

Comprendre la graine : une trajectoire scientifique structurante

Recruté à l’INRA (aujourd’hui INRAE) de Versailles en 1994, Loïc Lepiniec rejoint Michel Caboche, grande figure de la génétique végétale française, pour participer à la création d’un laboratoire consacré à la biologie des semences, intégré en 2010 à l’Institut Jean-Pierre Bourgin. Il y développe avec plusieurs collègues, avec qui il travaille toujours, un programme scientifique qui renouvelle profondément la compréhension du développement des graines. « Depuis plus de vingt ans, nous travaillons à construire des ressources génétiques et génomiques - plus de 2 000 mutants d’Arabidopsis thaliana et le programme FST (40 000 séquences d’insertion) - qui permettent de mettre au jour l’architecture moléculaire de la graine. » Ses travaux éclairent notamment les gènes Transparent Testa (TT), le complexe TT2-TT8-TTG1 et le réseau LAFL (LEC1, ABI3, FUS3, LEC2), véritables piliers de la biosynthèse des flavonoïdes (des molécules antioxydantes produites par les végétaux), de la maturation embryonnaire et de la régulation de la synthèse des lipides. Pour Loïc Lepiniec, « la graine reste l’un des systèmes biologiques les plus intrigants à étudier ».

De la recherche fondamentale à l’agroécologie : élargir le champ des applications

Après plusieurs années de recherches très fondamentales, Loïc Lepiniec décide il y a une dizaine d’années de mettre les connaissances acquises autour d’Arabidopsis thaliana au service de l’agroécologie. D’abord très fondamentales, ses recherches s’orientent alors vers une approche plus appliquée. « Avec mon équipe, nous explorons désormais des plantes cultivées mais encore sous-utilisées comme la caméline, la lentille, l’amarante ou le chanvre pour améliorer la qualité et la composition des graines. » En travaillant sur les lipides, les protéines ou les métabolites spécialisés, Loïc Lepiniec contribue ainsi à développer des espèces plus résilientes et mieux adaptées aux transitions agricoles, prolongeant une démarche qui conjugue avancées fondamentales et bénéfices concrets pour les systèmes de production.

L’enseignement, un engagement constant

En parallèle de ses activités de recherche, Loïc Lepiniec a toujours eu à cœur d’enseigner, et pas uniquement en master de biologie. De 2010 à 2021, il assure ainsi un enseignement conséquent à l’École polytechnique. En plus de cours de biologie moléculaire et cellulaire, il propose aux élèves un enseignement structurant sur les biotechnologies, à une époque marquée par les controverses scientifiques et sociétales sur la transgénèse. « Je trouvais essentiel que de futures et futurs cadres soient formés à ces enjeux », explique-t-il. Il est aujourd’hui encore professeur consultant à AgroParisTech, avec un enseignement portant essentiellement sur ses thématiques de recherche.

Assumer des responsabilités nationales et piloter des projets structurants

Autre marqueur fort du parcours de Loïc Lepiniec : son engagement au service du collectif. Repéré pour son dynamisme scientifique, il prend en 2006 la direction du département de biologie végétale de l’INRAE – onze laboratoires à l’échelle nationale – à la demande de Marion Guillou, alors PDG de l’INRA. Une expérience qu’il décrit comme « intense et extraordinaire » et qui lui permet de « fédérer des équipes très différentes autour d’une vision commune ».

Mais c'est surtout avec la création des Laboratoires d’excellence (LabEx) du programme Investissements d’avenir que son rôle prend une dimension nouvelle. Il conçoit et dirige le LabEx Saclay Plant Sciences (SPS), qui fédère aujourd’hui près de 700 personnes issues de cinq instituts. Il en fait un pôle d’excellence reconnu internationalement, associant recherche, formation et innovation. Ce LabEx se prolonge en 2018 avec la Graduate School of Research SPS, qu’il pilote également. « L’idée, c’était vraiment de structurer une communauté, de créer une dynamique durable », résume-t-il. En 2021, il accepte à la demande du PDG de l’INRAE Philippe Mauguin, et malgré un agenda déjà bien rempli, le poste de délégué régional INRAE pour l’Île-de-France. Cette fonction stratégique se situe au croisement des enjeux de recherche, d’enseignement et de structuration du territoire Paris-Saclay. Il assume cette charge durant quatre années tout en continuant à diriger son équipe et le LabEx/EUR, avant de passer la main pour se recentrer sur la recherche et l’enseignement.

Un acteur clé de la construction de l’Université Paris-Saclay

À la croisée de ces engagements, une constante émerge : la volonté de construire. Construire des connaissances, des équipes, des réseaux, des projets, des institutions robustes et ouvertes, capables de porter la biologie végétale française au plus haut niveau. « J’ai toujours été convaincu de la nécessité d’un rapprochement structurel entre universités, organismes de recherche et écoles d’ingénieurs afin de faciliter les synergies entre recherche, formation et innovation », explique le chercheur. Pour lui, le campus Paris-Saclay est devenu l’un des rares écosystèmes capables de réunir une masse critique exceptionnelle en sciences végétales - l’Université Paris-Saclay, l’UVSQ, l’Université d’Évry, AgroParisTech, l’INRAE, le CEA et le CNRS - et de faire émerger des dynamiques collectives uniques en France. Au-delà de ces considérations stratégiques, Loïc Lepiniec reconnaît que son engagement au service de cet écosystème tient également d’une forme de fidélité personnelle à un territoire où il a tout vécu. « J’y ai fait mes études, y ai développé mes travaux et enseigné, mes enfants y sont passés, ma femme y enseigne. Bref, j’y suis profondément attaché », confie-t-il.

Retrouver le temps long de la recherche

Après avoir porté tant de responsabilités, Loïc Lepiniec fait aujourd’hui le choix de se consacrer à nouveau à ce qui a toujours été son moteur : comprendre les mécanismes cachés du vivant. Il poursuit donc ses recherches sur le contrôle génétique et épigénétique du développement des graines, tout en pilotant de nouveaux projets collectifs.  « Ce qui m’anime aujourd’hui, c’est de retrouver ce temps long de la science, celui où l’on peut revenir aux questions fondamentales », confie-t-il, convaincu que la compréhension intime des graines continue d’ouvrir des voies nouvelles, aussi bien pour la recherche que pour les transitions agricoles à venir.