M2 Pharmacologie Préclinique, Pharmacologie clinique et Pharmacocinétique

Des connaissances préalables sont nécessaires pour faciliter l’intégration des notions abordées au cours de cette UE : 

• Etapes clés du devenir du médicament dans l’organisme (absorption, distribution, métabolisme, excrétion)
• Paramètres pharmacocinétiques
• Principes des approches non compartimentale et compartimentale pour l’analyse des données
• Principaux facteurs de variabilité de la pharmacocinétique
• Principes de linéarité et stationnarité de la pharmacocinétique

Jour 1

• Rappels
• Définition des principaux paramètres PK
• Analyse non compartimentale : principe et détermination des paramètres pharmacocinétiques
• Analyse compartimentale : principe, équations mathématiques et paramètres pharmacocinétiques (AUC, Volume de distribution…), application aux voies intravasculaire (bolus/perfusion) et extravasculaire
• Facteurs de variabilités de la PK (principes et illustrations avec des exemples : insuffisance rénale, insuffisance hépatique, âge…)
• Modèles PK/PD
• Modèles physiologiques PB/PK

Jour 2

• Principes de l’approche de population et de l’adaptation de posologie individualisée
• Pharmacocinétique des anticorps monoclonaux
• Applications de la pharmacocinétique de population pour le suivi thérapeutique en cancérologie

Jour 3

• Méthodologie des études de pharmacocinétique clinique (patients à risque : insuffisants rénaux, insuffisants hépato-cellulaires, interactions médicamenteuses, bioéquivalence)
• Approches PK individuelle & populationnelle : Introduction à la pharmacométrie. Point de vue industriel

Jour 4

• Analyse d’études pharmacocinétiques dans le cadre du développement d’un médicament
• Préparation encadrée des présentations de LCA et du projet tutoré 

Jour 5

• Présentation des articles par groupe
• Projet tutoré : Travail de groupe sur la PK d’un médicament : synthèse

• Compléter les connaissances en pharmacocinétique acquises durant les formations de médecine, pharmacie ou du M1 Sciences du Médicament et des Produits de santé (ou équivalent) : 
  • Modélisation : modèles PK-PD, modèle PB-PK, pharmacocinétique de population
  • Protocoles de recherche clinique pour le développement du médicament
• Rechercher des informations (bibliographie) et en faire la synthèse
• Mettre en application les connaissances acquises : 
  • Mettre en place un plan d’expérimentations pour répondre à une problématique pharmacocinétique
  • Analyser et interpréter des données pharmacocinétiques

L’UE est organisée sur 5 jours et associe les enseignements suivants :

• Cours : 19h
  • Cours Magistraux (CM)
  • Classes inversées (CI)
• Enseignements dirigés (ED) : 9h
  • Analyse de données
  • Lecture critique d’articles (LCA) avec présentation
• Projet tutoré (PT) : 4h

Modalités pédagogiques

Pour les CI, la présentation des LCA et le projet tutoré, les étudiants seront répartis par groupe. Au cours de l’UE, chaque groupe présentera un cours, un article et une partie du projet tutoré.

Les intervenants sont des enseignants hospitalo-universitaires et industriels experts dans leur domaine.

Une évaluation écrite finale permet de valider les acquis théoriques.

• Pharmacocinétique, les fondamentaux, Étienne Chatelut (coord.), Edimark, 2018.
• Rowland and Tozer's Clinical pharmacokinetics and pharmacodynamics : concepts and applications (Hartmut Derendorf, Stephan Schmidt, Malcolm Rowland, Thomas N Tozer), 2020, Wolters Kluwer Health/Lippincott William & Wilkins
• Basic Pharmacokinetics. Second Edition/ CRC Press. Mohsen Hedaya
• Essential Pharmacokinetics. A primer for pharmaceutical Scienticts. Academic Press. Thorsteinn Loftsson
• Physiologically Based Pharmacokinetic (PBPK) Modeling: Methods and Applications in Toxicology and Risk Assessment, Jeffrey W. Fisher, Zhoumeng Lin, Jeffrey M. Gearhart (Elsevier, 2020)
• Pharmacokinetic and Pharmacodynamic Data Analysis: Concepts and Applications, Johan Gabrielsson & Daniel Weiner (2016)
• Guidelines européennes et américaines pour la réalisation d’études pharmacocinétiques cliniques (EMA, FDA)
• Articles récents de revues spécialisées (Clinical Pharmacokinetics, British Journal of Pharmacology, Drug metabolism and pharmacokinetics …)

• Bases en pharmacologie générale (récepteurs, PK/PD)
• Bases en physiologie et biochimie, biologie cellulaire, et génétique (mendélienne et moléculaire : gènes, variants, haplotypes, expression)
• Connaissances en méthodologies expérimentales (cultures cellulaires notamment), en recherche clinique et en pharmacocinétique clinique (ADME, interactions)
• Notions de biostatistiques (variables, tests usuels, intervalles de confiance), d’analyse critique d’article et compréhension de lectures scientifiques en anglais
• Maîtrise des outils de recherche bibliographique (PubMed)
• Sensibilisation aux aspects réglementaires/éthiques de la recherche clinique

• Exploration du métabolisme des médicaments in vitro/chez l’animal
• Exploration du métabolisme des médicaments chez l’Homme
• Transport des médicaments / Modèles d’étude in vitro le plus souvent utilisés
• Transporteurs hépatiques : des modèles in vitro aux applications en clinique
• Effet de premier passage intestinal
• Le génome humain, organisation et variabilité
• Pharmacogénétique des cytochromes
• Pharmacogénétique des transporteurs de médicaments
• Études d’association en génétique
• Pharmacogénétique des Cibles des Médicaments – Exemple en cancérologie
• Pharmacogénétique en Transplantation d’Organe
• Utilisation de la pharmacogénétique pour l’optimisation thérapeutique des médicaments cardiovasculaires
• Médecine Personnalisée et Médicaments Psychotropes
• Imagerie pharmacologique 
• Transport des médicaments au niveau de la BHE 
• ED – Utilisation des banques génomiques, les SNP, les Haplotypes, la Cartographie Génétique

À l’issue de l’UE, l’étudiant sera capable de :

• Expliquer les bases PK/PD et le système ADME
• Distinguer le rôle des enzymes (phase I/II) et des transporteurs (influx/efflux)
• Décrire l’organisation du génome humain, les différents types de variants (SNP, indels, CNV, SV) et la notion de polymorphisme fonctionnel
• Expliquer la notion de relation génotype-phénotype, notamment concernant le métabolisme des médicaments, leur transport et la réponse pharmacologique
• Identifier les polymorphismes majeurs des CYP (ex. CYP2C19) et des transporteurs (ex. SLCO1B1, ABCB1) et relier génotypes, phénotypes et conséquences cliniques (efficacité, toxicité, interactions)
• Concevoir une stratégie d’exploration du métabolisme d’un médicament : choix de modèles in vitro/animaux/homme, sélection de « probe substrates », études d’induction/inhibition, limites et transposabilité
• Exploiter les informations réglementaires relatives au métabolisme et au transport et les traduire en recommandations thérapeutiques concrètes
• Interroger des bases génomiques (SNP, haplotypes, LD, cartographie), comprendre les formats usuels et esquisser un mini-workflow « variant-to-phenotype ».
• Mettre en œuvre les fondamentaux de l’analyse de données en pharmacogénétique : définir des variables et critères de jugement, estimer des tailles d’effet et IC95 %, interpréter des tests usuels, envisager la stratification par génotype et gérer la multiplicité des tests
• Résoudre des cas cliniques guidés et formuler une décision personnalisée
• Discuter les enjeux éthiques, réglementaires, d’équité et de généralisabilité en pharmacogénomique et médecine personnalisée.
• Réaliser une veille bibliographique (formuler une question, sélectionner, hiérarchiser, synthétiser), évaluer le niveau de preuve et produire des supports visuels de qualité (figures plutôt que tableaux)
• Communiquer à l’oral : structurer un plan, respecter le temps, citer les sources, livrer un « take-home message » hiérarchisé et répondre aux questions

• L’UE comprend 14h de cours magistraux par des enseignants de pharmacologie
• L’UE comprend 14h de travaux dirigés en utilisant la pédagogie inversée et d’activité pratique sur l’utilisation des outils de génomique
• L’UE comprend 4h d’enseignement pour la présentation d’articles par les étudiants

1.           Katzung’s Basic & Clinical Pharmacology, 16th Edition - Todd W. Vanderah

2.           Goodman & Gilman's: The Pharmacological Basis of Therapeutics, 14th Edition – Laurence L. Brunton, Björn C. Knollmann

3.           Suivi thérapeutique pharmacologique – Pour la personnalisation des traitements médicamenteux – Société Française de Pharmacologie et de Thérapeutique (SFPT), Françoise Goirand, Françoise Stanke

Des connaissances en physiologie cardiaque et en physiopathologie cardiovasculaire seraient appréciées. Sans être indispensables, des notions basiques sur les mécanismes impliqués dans le développement et la progression des maladies cardiovasculaires sont souhaitables pour faciliter l’intégration des notions avancées abordées dans cette UE.

Le programme est intégralement traité au moyen d’enseignements en présentiel. 

Plan de l’UE

• Jour1
  • Physiologie cardiaque
  • Physiopathologie de l’insuffisance cardiaque
  • Physiopathologie des maladies coronariennes
  • Dérégulations hormonales et leurs rôles dans la progression de l’insuffisance cardiaque
• Jour2
  • Cibles thérapeutiques de l’insuffisance cardiaque
  • Cibles thérapeutiques des maladies coronariennes
  • Intérêts diagnostiques des peptides natriurétiques
• Jour3
  • Biomarqueurs de la dysfonction cardiaque et vasculaire
  • Médecine personnalisée pour le traitement de l’insuffisance cardiaque
  • Immunologie et maladies cardiovasculaires
  • Cardiotoxicité des traitements anti-cancéreux
• Jour 4
  • Examen écrit

Contenu de l’UE

• Notions élémentaires nécessaires à la compréhension du fonctionnement de la pompe cardiaque
• Présentation des mécanismes physiopathologiques de l’insuffisance cardiaque et des maladies coronariennes
• Présentation des voies de signalisation impliquées dans l’automatisme cardiaque et dans l’adaptation de la fonction cardiaque aux besoins de l’organisme
• Identification des cibles thérapeutiques de l’insuffisance cardiaque et des maladies coronariennes
• Présentation des traitements actuels, de leur mécanisme d’action et de leurs bénéfices chez les patients
• Système immunitaire et cœur :  rôles dans la physiologie, dérégulations dans les maladies cardiovasculaires et cibles potentielles en thérapeutiques
• Cardiotoxicité des thérapies anticancéreuses : mécanismes moléculaires, cibles thérapeutiques potentielles.
• Biomarqueurs :  leur identification, leurs intérêts pour le diagnostic, pour le suivi des patients et la personnalisation de la prise en charge

• Intégrer les notions élémentaires de la cardiologie pour ensuite comprendre les mécanismes physiopathologiques des maladies cardiaques les plus courantes telles que l’insuffisance cardiaque et les maladies coronariennes.
• Identifier les principales voies de signalisation impliquées dans ces maladies et leurs rôles éventuels dans l’innovation thérapeutique.
• Connaître les acteurs moléculaires étant au cœur de stratégies diagnostiques actuelles.
• Maîtriser les bases des approches thérapeutiques ciblées figurant en tête de liste de l’arsenal thérapeutique des maladies cardiovasculaires.
• Intégrer les différents aspects biologiques et cliniques pour une prise en charge globale et personnalisée des maladies cardiovasculaires.
• Comprendre le raisonnement scientifique et les démarches de recherche qui conduisent au développement d’innovations diagnostiques et thérapeutiques en cardiologie.

L’UE est organisée sur quatre journées. Les intervenants sont des enseignants-chercheurs et cliniciens experts dans leur domaine. Une évaluation écrite finale permet de valider les acquis théoriques.

• Cardiologie et maladies cardiovasculaires - Editeur : Elsevier Masson 
• Les fondamentaux de la pathologie cardiovasculaire - Editeur : Elsevier Masson 
• Médecine cardiovasculaire - Editeur : Elsevier Masson
• Recommandations de l’European Society of Cardiology (ESC). 
• Articles récents de revues spécialisées (Nature Reviews, Circulation, Cardiovascular Research, Journal of the American College of Cardiology, …).

Bases de neurobiologie (structure du SNC, neurotransmetteurs), pharmacologie générale (pharmacodynamie), ainsi que la biochimie des neurotransmetteurs. Des connaissances en pathologies neurologiques (dépression, Parkinson, etc.) et en méthodologie expérimentale (modèles animaux) sont souhaitables pour faciliter l’intégration des notions avancées abordées dans cette UE.

Physiopathologie

• Physiopathologie de la maladie d’Alzheimer
• Physiopathologie de la maladie de Parkinson
• Bases neurobiologique des addictions
• Physiopathologie des épisodes dépressifs caractérisés

Biomarqueurs en Neuro/Psychiatrie

• Biomarqueurs dans la maladie d’Alzheimer
• Biomarqueurs de la réponse aux antidépresseurs 
• Biologie et chimie pour le traitement de la maladie d’Alzheimer

Les nouvelles cibles thérapeutiques

• Les cibles thérapeutiques pour le traitement de l’épisode dépressif caractérisé
• Les effets pro-cognitifs des modulateurs allostériques gabaergiques 
• Les récepteurs 5-HT4 : Nouvelles cibles thérapeutiques
• Cibles thérapeutiques pour les maladies neuropsychiatriques : voie Kynurenine.

• Comprendre les mécanismes biologiques et pharmacologiques impliqués dans les troubles neurologiques et psychiatriques.
• Analyser le rôle des différents systèmes de neurotransmission (sérotoninergique, dopaminergique, GABAergique, nicotinique, etc.) dans la régulation de l’humeur, de l’addiction et de la cognition.
• Définir ce qu’est un biomarqueur en neurologie et psychiatrie, leur évaluation et validation.
• Étudier les effets pharmacologiques de traitements innovants ou combinés (ex. antidépresseurs, kétamine, psilocybine, exercice physique).
• Développer des compétences méthodologiques en analyse de données appliquées à la recherche en neurologie et psychiatrie.

L’UE comprend 20h de cours magistraux répartis sur 3,5 jours, et d’un travail d’analyse de la littérature sur 0,5 jours. L’enseignement est assuré en présentiel par des chercheurs et enseignants-chercheurs experts dans le domaine de la neurologie, de la cognition, de la psychopharmacologie, principalement issus de Université Paris-Saclay, ainsi que d’autres laboratoires de recherche français. 

Les modalités pédagogiques sont les suivantes : i) cours magistraux interactifs, ii) études de cas expérimentaux issus de la recherche actuelle, iii) approche pluridisciplinaire, combinant pharmacologie, neurosciences, neurologie physiologie, biochimie et imagerie.

• Kandel, E. R., Schwartz, J. H., Jessell, T. M., Siegelbaum, S. A., & Hudspeth, A. J. (2013). Principles of Neural Science(5ᵉ éd.). New York, NY : McGraw-Hill Education.
• Nestler, E. J., Hyman, S. E., & Malenka, R. C. (2015). Molecular Neuropharmacology: A Foundation for Clinical Neuroscience (3ᵉ éd.). New York, NY : McGraw-Hill Education.
• Sadock, B. J., Sadock, V. A., & Ruiz, P. (2017). Kaplan & Sadock’s Comprehensive Textbook of Psychiatry (10ᵉ éd., 2 vol.). Philadelphia, PA : Wolters Kluwer.
• Factor, S. A., & Weiner, W. J. (Éds.). (2008). Parkinson’s Disease: Diagnosis and Clinical Management (2ᵉ éd.). New York, NY : Demos Medical Publishing.
• Jucker, M., & Walker, L. C. (Éds.). (2018). Alzheimer’s Disease: A Century of Scientific and Clinical Research. Cham : Springer International Publishing.

• Bases de neurobiologie (structure du SNC, neurotransmetteurs)
• Pharmacologie générale (pharmacodynamie, pharmacocinétique)
• Biochimie des neurotransmetteurs.
• Des connaissances sur les pathologies neurologiques (dépression, Parkinson, etc.) et sur les méthodologies expérimentales (modèles animaux) sont souhaitables pour faciliter l’intégration des notions avancées abordées dans cette UE.

Jour 1 :

• Les récepteurs 5-HT3 dans les altérations cardiaques en situation de stress chronique : implications en psychiatrie
• L'axe intestin-cerveau : Focus sur les troubles neuropsychiatriques

Jour 2 :

• Le récepteur 5-HT4 : une nouvelle cible dans le traitement des troubles de l’humeur
• Effets musculaires et mitochondriaux d'un traitement chronique à la fluoxétine, combiné à un exercice physique d'endurance
• La kétamine, un antidépresseur à action rapide et antagoniste du récepteur NMDA du glutamate

Jour 3 :

• Rôle des systèmes dopaminergiques et sérotoninergiques dans les troubles compulsifs
• Pharmacologie (PK/PD) des nouveaux produits de synthèse (NPS) 
• Modulation nicotinique de la vulnérabilité aux troubles mentaux
• Bases des statistiques utilisées en pharmacologie (ANOVA, etc.)

Jour 4 :

• La mélatonine : un agent pharmacologique agissant sur le rythme circadien
• Mécanisme d’action antidépresseur des agonistes des récepteurs 5-HT2A hallucinogènes et non hallucinogènes 
• Imagerie translationnelle pour la neuropharmacologie

Jour 5 :

• Le récepteur 5-HT4 : rôle dans la plasticité synaptique hippocampique et la mémoire
• GABA PAM pour le traitement des troubles de l'humeur et des déficits cognitifs

• Comprendre les mécanismes biologiques et pharmacologiques impliqués dans les troubles neuropsychiatriques
• Analyser le rôle des différents systèmes de neurotransmission (sérotoninergique, dopaminergique, GABAergique, nicotinique, etc.) dans la régulation de l’humeur et de la cognition.
• Explorer les interactions entre le microbiote intestinal et la santé mentale.
• Étudier les effets pharmacologiques de traitements innovants ou combinés (ex. antidépresseurs, kétamine, psilocybine, exercice physique).
• Comprendre l’impact de la modulation du rythme circadien sur la santé mentale.
• Développer des compétences méthodologiques en analyse de données et en statistiques appliquées à la recherche pharmacologique.

• L’UE se déroule sur une semaine intensive, avec des cours répartis sur des sessions en matinée et après-midi. 
• L’enseignement est assuré en présentiel par des chercheurs et enseignants-chercheurs experts dans le domaine de la neuropharmacologie, principalement issus de l’Université Paris-Saclay, ainsi que d’autres laboratoires de Recherche français. 
• Les modalités pédagogiques sont les suivantes :

1. cours magistraux interactifs
2. études de cas expérimentaux issus de la recherche actuelle
3. approche pluridisciplinaire, combinant pharmacologie, neurosciences, physiologie, biochimie et imagerie, iv) temps d’échange en fin de séance pour favoriser les questions et les discussions.

Lors de cette UE les étudiants seront invités à consulter des articles récents de revues spécialisées dans le domaine (Neuropharmacology, ECNP guidelines, J of Psychopharmacol, Biological Psychiatry, …) aussi que le livre « Stahl's Essential Psychopharmacology: Neuroscientific Basis and Practical Applications », 5e édition (2019).

- Connaissances solides de pharmacologie moléculaire, cellulaire et fondamentale.

- Connaissances de base de physiologie et des paramètres associés pour caractériser la fonction cardiovasculaire.

- ‎Connaissances de base en pharmacologie cardiovasculaire : cibles pharmacologiques et les principales transmissions impliquées (systèmes adrénergique, rénine-angiotensine-aldostérone).

- Notions de physiopathologie cardiovasculaire et des classes thérapeutiques associées au domaine cardiovasculaire.

- Explorer des pistes innovantes de recherche en pharmacologie préclinique cardiovasculaire (notamment dans le cadre de l’insuffisance cardiaque, la dysfonction endothéliale, l’insuffisance coronarienne…) pour identifier de nouvelles cibles pharmacologiques et proposer de nouvelles stratégies thérapeutiques dans le domaine cardiovasculaire.

- Appréhender les enjeux d’un projet de Recherche et Développement (R&D), du développement non-clinique au développement clinique d’un nouveau médicament.

- L’UE se déroule sur une semaine intensive, avec des cours répartis sur des sessions en matinée et après-midi. 

- L’enseignement est assuré en présentiel par des chercheurs et enseignants-chercheurs experts dans le domaine de la pharmacologie cardiovasculaire, issus de l’Université Paris-Saclay, ainsi que d’autres laboratoires de Recherche français. 

- Les modalités pédagogiques incluent des cours magistraux interactifs avec des experts s’appuyant sur leurs propres thématiques de recherche, un cours de pédagogie inversée et une séance d’analyse d’articles.

- Mobiliser des savoirs pour comprendre une démarche scientifique et expérimentale visant à établir une preuve de concept et à démontrer l’activité pharmacologique d’un médicament-candidat.

- Développer des compétences méthodologiques en analyse de données et en statistiques appliquées à la recherche pharmacologique.

- Analyser avec esprit critique des données d’articles scientifiques et les synthétiser en vue de leur présentation. 

- Communiquer oralement des données scientifiques.

Connaissances des notions de pharmacologie et des principes de l’évaluation pharmacologique des médicaments : 

• Mots clés : cible pharmacologique, récepteur, enzyme, canal ionique, affinité, activité, agoniste, antagoniste, sélectivité, puissance, efficacité. 
• Les paramètres associés et les méthodologies classiques permettant de les déterminer.
• La biologie cellulaire des principales voies de couplage des récepteurs membranaires : récepteurs couplés à des protéine G, à activité enzymatique, ionotropiques ou nucléaires.

• Rappels sur la pharmacologie moléculaire : maîtriser les notions clés, les paramètres
• Perfectionnement en Pharmacométrie : cas de caractérisations complexes (modulateurs allostériques, agonistes inverses, agonistes biaisés)
• Diversité des voies de transduction du signal : voies « canoniques » et « non-canoniques », et les grandes fonctions biologiques associées.
• Méthodologies classiques de caractérisation pharmacologique et leur perfectionnement
• Exemples d’autres méthodologies et leurs applications (Technologies Kinexa, Biacore, biosenseurs FRET, BRET, cristallographie, intelligence artificielle)

• Identifier et intégrer les différentes données pharmacologiques caractérisant l’action de entités moléculaires sur leur cible.
• Interpréter les résultats d’expériences visant à mettre en évidence ces propriétés par des méthodologies classiques ou innovantes.
• Communiquer clairement et précisément les données pharmacologiques expérimentales.
• Mettre en perspective les propriétés moléculaires des agents pharmacologiques en termes d’utilisation thérapeutique.

• L’UE comprend 8h de cours magistraux (CM)

- des cours magistraux dispensés par des enseignants de pharmacologie

- des interventions de chercheurs experts utilisant les méthodologies de pharmacologie moléculaire pour leurs travaux.

• Des travaux dirigés intensifs (12h) permettront de forger les capacités d’analyse à partir d’études de cas de complexité croissante. Des séances auront lieu en salle informatique afin de profiter du logiciel Graphpad Prism dans l’analyse des données et l’élaboration de graphiques.
• Travail en autonomie (4h) d’élaboration de compte-rendu

1.           Hill, S.J. G-protein-coupled receptors: past, present and future. Br J Pharmacol 2006, 147 Suppl 1, S27-37, doi:10.1038/sj.bjp.0706455.

2.           Pearce, A.; Redfern-Nichols, T.; Wills, E.; Rosa, M.; Manulak, I.; Sisk, C.; Huang, X.; Atakpa-Adaji, P.; Prole, D.L.; Ladds, G. Quantitative approaches for studying G protein-coupled receptor signalling and pharmacology. J Cell Sci 2025, 138, doi:10.1242/jcs.263434.

3.           Gregory, K.J.; Sexton, P.M.; Christopoulos, A. Overview of receptor allosterism. Curr Protoc Pharmacol 2010, Chapter 1, Unit 1 21, doi:10.1002/0471141755.ph0121s51.

4.           Rang, H.P.R., J.M.; Flower R.J.; Henderson, G. , (Ed.) Rang and Dale's pharmacology. Eighth edition ed.; [United Kingdom] : Elsevier Churchill Livingstone, [2016]: 2016.

Des connaissances de base en biologie cellulaire, physiopathologie, pharmacologie et biotechnologies sont recommandées. Une familiarité avec les approches expérimentales de la recherche biomédicale et les grands principes de développement thérapeutique facilitera l’intégration des notions interdisciplinaires abordées dans cette UE.

Module 1 – Introduction et panorama de l’innovation thérapeutique (2h)

• De la molécule à la médecine personnalisée : grandes ruptures historiques
• Tendances actuelles : biothérapies, santé numérique, immunothérapies

Module 2 – Technologies émergentes et concepts innovants (20h)

Ce module explore les approches de rupture et les technologies interdisciplinaires qui redéfinissent la recherche biomédicale, du niveau cellulaire à l’analyse systémique.

2.1. Innovations thérapeutiques de rupture

• Thérapies cellulaires et géniques (CAR-T, CRISPR, RNA) 
• Biomatériaux intelligents et immuno-ingénierie 
• Empreinte tissulaire et reprogrammation cellulaire
• Vaccins de nouvelle génération et néo-antigènes

2.2. Microbiote, environnement et régulations intégrées

• Microbiote, virome et organoïdes comme cibles et outils 
• Épigénétique de la grossesse et plasticité cellulaire
• Sexe biologique et traitements différenciés
• Chronobiologie, immunité et cancer : rythmes circadiens, migration cellulaire et efficacité vaccinale

2.3. Approches multi-omiques et modélisation intégrative

• Médecine multi-omique : génomique, protéomique, métabolomique 
• Intelligence artificielle et modélisation prédictive en découverte thérapeutique 
• Imagerie translationnelle : diagnostiques et suivi des réponses thérapeutiques 
• Plateformes technologiques et approches analytiques innovantes : Hyperion, analyses spatiales 

Module 3 – De la recherche à la clinique : enjeux translationnels (2h)

• Validation préclinique et modèles alternatifs (cultures 3D, organoïdes, in silico)
• Étapes et obstacles du transfert clinique
• Réglementation, éthique, thérapies innovantes (ATMP) et données de santé
• Propriété intellectuelle, valorisation et partenariats industriels

Cette UE vise à donner aux étudiants une vision intégrée, critique et prospective des innovations émergentes dans le domaine thérapeutique, à l’interface de la biologie, de la médecine, de la technologie et de la régulation.
Les objectifs sont :

• Comprendre les nouvelles approches thérapeutiques issues de la recherche fondamentale et translationnelle.
• Identifier les ruptures technologiques et les concepts émergents en innovation biomédicale.
• Appréhender les enjeux scientifiques, éthiques, réglementaires et économiques de l’innovation thérapeutique.
• Développer une capacité d’analyse critique et de veille scientifique stratégique.

Compétences visées :

• Analyser un concept thérapeutique innovant dans son contexte scientifique et clinique.
• Comprendre les approches multidisciplinaires (biologie, ingénierie, IA, pharmacologie).
• Identifier les défis du transfert vers la clinique et le marché.

L’UE combine cours magistraux et séminaires thématiques. Les enseignements alternent présentiel et distanciel synchrone, avec participation d’experts académiques et industriels. L’évaluation repose sur la participation active des étudiants.

• Analyser un concept thérapeutique innovant dans son contexte scientifique et clinique.
• Comprendre les approches multidisciplinaires (biologie, ingénierie, IA, pharmacologie).
• Identifier les défis du transfert vers la clinique et le marché.

• Rapports de l’EMA (European Medicines Agency) et de la HAS (Haute Autorité de Santé) sur les thérapies innovantes.
• Sélection d’articles récents sur les thématiques traitées dans l’UE (Nature Reviews Drug Discovery, Nature Biotechnology, Science Translational Medicine…)
• U.S. Food & Drug Administration. Advancing Health Through Innovation: New Drug Therapy Approvals 2024. Center for Drug Evaluation and Research (CDER), April 2025

Des connaissances de base en biologie sont requises ainsi que la compréhension des techniques et modèles classiques utilisés en recherche. Une maîtrise minimale de la lecture de l’anglais scientifique est requise.

Présentation de l’UE le 1er jour du M2, composition des groupes par les étudiants (3 à 4 étudiants par groupe), article pour le poster donné aux étudiants

A environ J7 du M2 : ½ journée pour présentation de la méthodologie d’élaboration pour poster + accompagnement par groupe pour poster

A environ J20 du M2 : ½ journée accompagnement par groupe pour poster et présentation de la méthodologie d’analyse d’article, article donné à chaque étudiant

A environ J40 du M2 : ½ journée d’accompagnement individualisé de l’analyse d’article

A environ J60 du M2 : oraux d’évaluation

+ trois ½ journées de travail en autonomie balisées dans le programme

Objectifs communs aux exercices poster et article :

Savoir comment lire un article scientifique : reconnaître les différentes structures de l’article, comment lire les figures, où chercher des informations précises.

Savoir effectuer une présentation orale scientifique : utilisation du vocabulaire scientifique, présentation de figures.

Dégager la démarche scientifique d’un article et savoir l’expliquer.

Savoir critiquer la démarche scientifique.

Objectifs du poster :

Savoir extraire les messages principaux et mettre en évidence la démarche  scientifique.

Savoir choisir les figures les plus adaptées aux propos.

Dégager des perspectives au travail présenté.

Savoir organiser l’espace d’un poster en termes de lisibilité et de compréhension.

Savoir présenter à l’oral le poster dans un temps imparti.

Savoir travailler en groupe.

Objectifs de l’analyse d’article :

Analyser le contexte de publication (impact factor…).

Expliquer en détail la démarche scientifique.

Expliquer en détail les techniques utilisées, leurs intérêts et leurs limites.

Expliquer les modèles choisis et analyser ces choix.

Mettre en perspective le travail par rapport à la littérature actuelle.

Savoir présenter à l’oral dans un temps imparti.

L’UE est organisée sur 6 demi-journées (voir programme) réparties de novembre à décembre. L’examen comporte deux oraux : 

Présentation du poster en groupe : 20 minutes, 10 minutes de questions.

Présentation individuelle de l’article : 15 minutes, 5 minutes de questions

Les étudiants assistent à la totalité des présentations.

How to write a paper in scientific journal style and format, Department of Biology

Bates College, Lewiston, ME, 2014

https://pro.inserm.fr/rubriques/en-labo/science-ouverte/bien-choisir-sa-revue-pour-publier

Présentation du projet de recherche avant le stage: résumé écrit et présentation orale devant un jury

Bases de statistiques : Savoir déterminer dans quelles conditions des tests paramétriques  (Student, Anova) ou non-paramétriques (Mann et Whitney, Wilcoxon) doivent etre réalisés

Séance 1 – Introduction à l’analyse statistique en pharmacologie

• Objectifs : Comprendre le rôle des statistiques dans la recherche biomédicale ; identifier les types de données et leurs implications analytiques.
• Contenus :
  • Rappels sur les variables quantitatives et qualitatives.
  • Présentation de GraphPad Prism : interface, jeux de données, types de graphiques.
  • Importation et préparation de données expérimentales.
• Compétences acquises : Organisation et visualisation initiale des données pharmacologiques.

Séance 2 –Plans expérimentaux

• Objectifs : Concevoir un protocole expérimental rigoureux en pharmacologie et déterminer le nombre de sujets requis pour garantir la puissance statistique des analyses.
• Contenus :
  • Principes fondamentaux du design expérimental : randomisation, contrôle, aveugle, facteurs et interactions.
  • ypes de plans : comparaisons simples, blocs randomisés, mesures répétées, plans factoriels.
  • Concepts de puissance statistique, seuil de signification (α), effet minimal cliniquement pertinent, variance et taille d’échantillon.
  • Utilisation de GraphPad Prism pour le calcul d’effectif selon le type de test (t de Student, ANOVA, comparaison de proportions, corrélation).
  • Ajustement de l’effectif pour les pertes au suivi et les comparaisons multiples.
  • Illustration sur des cas pratiques : essai préclinique de dose-réponse et étude clinique de tolérance.
• Compétences acquises :  Capacité à concevoir un plan expérimental adapté aux objectifs scientifiques, à estimer la taille d’échantillon nécessaire à la détection d’un effet pertinent, et à justifier ces choix méthodologiques dans un protocole de recherche.

Séance 3 – Statistiques descriptives et représentations graphiques, Tests statistiques paramétriques et non paramétriques

• Objectifs : Décrire et résumer un jeu de données ; représenter les tendances centrales et la variabilité. Choisir et appliquer le test adapté à la nature des données et à l’hypothèse de recherche.
• Contenus :
  • Moyenne, médiane, écart-type, erreur standard, intervalles de confiance.
  • Choix des représentations : barres, boîtes, nuages de points, courbes dose-réponse.
  • Exercices pratiques sur des données de cytotoxicité ou d’efficacité in vitro.
  • Tests de normalité et d’homogénéité des variances.
  • Comparaisons de moyennes : t de Student, ANOVA, Mann-Whitney, Kruskal-Wallis.
  • Application sur des séries expérimentales pharmacologiques.
• Compétences acquises : Présenter et interpréter des données expérimentales avec rigueur. Sélection et interprétation de tests comparatifs avec GraphPad Prism.

Séance 4 – Corrélations et régressions linéaires

• Objectifs : Évaluer les relations entre variables biologiques.
• Contenus :
  • Coefficient de corrélation (Pearson, Spearman).
  • Régression linéaire simple et multiple.
  • Visualisation et interprétation des ajustements.
  • Étude pratique : relation dose-effet, concentration-réponse.
• Compétences acquises : Évaluation quantitative de relations pharmacologiques.

Séance 5 – Analyses de courbes dose-réponse et modèles non linéaires

• Objectifs : Modéliser les effets pharmacologiques selon la dose.
• Contenus :
  • Ajustement de modèles logistiques et sigmoïdes.
  • Estimation des paramètres : EC₅₀, IC₅₀, Emax.
  • Comparaison de courbes entre traitements ou conditions.
• Compétences acquises : Utilisation de Prism pour la modélisation pharmacodynamique.

Séance 6 – Comparaisons multiples et analyses de variance complexes

• Objectifs : Gérer des plans expérimentaux multifactoriels.
• Contenus :
  • ANOVA à un ou deux facteurs, avec mesures répétées.
  • Tests post hoc (Tukey, Bonferroni, Dunnett).
  • Étude de cas : interaction entre dose et temps sur la réponse cellulaire.
• Compétences acquises : Interprétation des effets simples et d’interaction dans des études expérimentales.

Séance 7 – Présentation et communication des résultats statistiques

• Objectifs : Structurer et présenter les résultats selon les standards scientifiques.
• Contenus :
  • Exportation de tableaux et graphiques pour publication.
  • Présentation des valeurs p et intervalles de confiance.
  • Bonnes pratiques de transparence et reproductibilité.
  • Mini-projet : analyse complète d’un jeu de données pharmacologiques.
• Compétences acquises : Production de figures et analyses prêtes pour la communication scientifique.

Cet ensemble de cours vise à doter les étudiants d’une maîtrise approfondie des méthodes statistiques appliquées à la recherche biomédicale et pharmaceutique. À l’issue de la formation, ils seront capables de concevoir, analyser et interpréter des études expérimentales ou observationnelles dans un cadre de rigueur scientifique et réglementaire.

Les étudiants apprendront à :

• mobiliser les outils de statistique descriptive et inférentielle pour explorer et synthétiser des données issues d’expériences précliniques et cliniques ;
• formuler des hypothèses, choisir les tests adaptés, et interpréter les résultats dans le respect des principes de significativité, de puissance et d’erreur ;
• maîtriser les modèles linéaires, non linéaires et mixtes pour l’analyse de données longitudinales, de mesures répétées ou d’essais multi-centriques ;
• appliquer les méthodes de modélisation pharmacocinétique et pharmacodynamique, ainsi que les approches bayésiennes de prédiction individuelle ;
• utiliser des logiciels statistiques (Graphpad Prism) pour la gestion, la visualisation et la reproductibilité des analyses ;
• adopter une démarche critique vis-à-vis des résultats statistiques publiés et intégrer l’incertitude dans la prise de décision scientifique ;
• communiquer efficacement les conclusions d’une analyse à un public de chercheurs, cliniciens ou décideurs réglementaires.
• Ces apprentissages permettront aux étudiants de développer une autonomie méthodologique, un raisonnement quantitatif solide et une capacité à concevoir des stratégies d’analyse innovantes pour répondre aux enjeux contemporains de la recherche pharmacologique.

L’UE comprend 2h de cours magistral et 7 séances de TD/TP de 2h répartis tout au long des 2,5 mois d’enseignement du master. 

Les modalités pédagogiques sont les suivantes : i) cours magistral interactif, ii) analyse de données en pharmacologie et pharmacocinétique, préclinique et clinique. Les TD/TP seront réalisés en salle informatique, utilisant le logiciel Graphpad Prism..

Analyse statistiques

Présentation des résultats

Les étudiants doivent disposer d’un niveau d’anglais général minimum B1+ à B2 du Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).
→ Cela implique qu’ils sont capables de :

• Comprendre les points essentiels d’un texte scientifique ou d’une discussion sur un sujet familier.
• Produire un discours clair sur des sujets connus.
• Rédiger un texte simple mais structuré (résumé, mail professionnel, paragraphe argumenté).

Les étudiants doivent :

• Avoir déjà eu une initiation à la lecture et à la rédaction d’articles scientifiques (en français ou en anglais).
• Savoir résumer et présenter un article ou un projet de recherche.
• Avoir une expérience de travail en groupe et une capacité à participer à des discussions scientifiques.

L’UE comprend 2h de cours magistral et 5 séances de TD/TP de 2h répartis tout au long des 2,5 mois d’enseignement du master. 

Les modalités pédagogiques sont les suivantes : i) cours magistral interactif, ii) Rédaction d’abstract en anglais et rédaction d’un projet de recherche en anglais

1) Objectif général

Permettre aux étudiants d’acquérir les compétences linguistiques et communicationnelles nécessaires pour lire, comprendre, rédiger et présenter en anglais des travaux scientifiques dans le domaine de la pharmacologie et des sciences biomédicales.

2)Objectifs spécifiques

2.1. Compréhension écrite et analyse critique

Les étudiants seront capables de :

• Lire et comprendre un article scientifique en anglais dans leur domaine de recherche et faire ressortir efficacement les informations clés.
• Identifier la structure d’un article (abstract, introduction, methods, results, discussion).
• Dégager les idées principales, la méthodologie et les conclusions.
• Expliquer les résultats en anglais à l’oral ou à l’écrit.

2.2. Production écrite scientifique

Les étudiants seront capables de :

• Rédiger un résumé (abstract) clair et structuré d’un article ou d’un projet.
• Écrire une introduction courte présentant un sujet de recherche.
• Employer le vocabulaire et les structures grammaticales typiques de la communication scientifique.

2.3. Expression orale scientifique

Les étudiants seront capables de :

• Préparer et présenter en anglais une présentation scientifique orale (10–15 min) avec support PowerPoint.
• Utiliser les expressions et transitions typiques des présentations (introducing the topic, describing data, discussing results, concluding).
• Répondre à des questions en anglais après une présentation.
• Participer activement à une discussion ou un travail de groupe en anglais.

2.4. Compétences transversales

Les étudiants seront capables de :

• Communiquer efficacement dans un contexte international de recherche.
• Adapter leur niveau de langue et leur ton selon le public (scientifique, académique, professionnel).
• Développer leur autonomie dans l’apprentissage de l’anglais scientifique (vocabulaire, expressions idiomatiques, prononciation).

1. Cours magistral (3h)

Objectif : donner le cadre, les attentes et les outils méthodologiques pour comprendre et produire un anglais scientifique pertinent.

Contenu :

• Introduction au langage scientifique en anglais :
  • Caractéristiques de l’anglais académique (précision, concision, objectivité).
  • Différences entre l’anglais général et l’anglais scientifique.
  • Les types de documents scientifiques : article, abstract, poster, présentation, e-mail.
• Structure de l’article scientifique :
  • IMRaD (Introduction, Methods, Results, and Discussion).
  • Principes de rédaction et expressions clés pour chaque section.
• Méthodologie de communication scientifique :
  • Comment présenter un travail de recherche à l’oral.
  • Les erreurs fréquentes des francophones en anglais scientifique.
  • Ressources pour l’auto-apprentissage (glossaires, dictionnaires, outils linguistiques).

💬 2. Travaux dirigés (13h)

Organisation suggérée : 5 séances de 2-3h

Séance 1 — Diagnostic linguistique et vocabulaire de la recherche

• Évaluation du niveau de départ (lecture courte, mini présentation, grammaire ciblée).
• Lexique de la recherche biomédicale et pharmacologique : drug development, assays, trials, targets, toxicity, efficacy, etc.
• Activité : glossaire collaboratif + quiz lexical.

Séance 2 — Rédaction d’un résumé scientifique (abstract)

• Analyse de bons et mauvais exemples d’abstracts.
• Identification des verbes et temps caractéristiques.
• Activité : rédaction d’un abstract à partir d’un article ou du sujet de recherche personnel.
• Correction et feedback en groupe.

Séance 3 — Présenter sa recherche à l’oral

• Structure d’une présentation scientifique efficace.
• Langage des transitions, des figures et des résultats.
• Activité : préparation d’une mini-présentation de 5 minutes sur le projet de recherche de l’étudiant.
• Prononciation, rythme, intonation et gestion du stress.
• Simulation de présentation en groupe.
• Feedback collectif (langue, posture, clarté visuelle des slides).

Séance 4 — Communication professionnelle

• Rédaction d’e-mails scientifiques (soumission d’article, demande d’information, candidature à un stage ou une conférence).
• Langage formel vs informel.
• Activité : rédaction d’un e-mail complet + correction croisée.

Séance 5 — Discussion scientifique et peer review

• Simuler une discussion scientifique : poser des questions, argumenter, reformuler.
• Simulation d’un comité de lecture : critique constructive d’un abstract ou d’une présentation.
• Activité finale : débat scientifique court en anglais.

• English for Biomedical Scientists (Elsevier, 2020)
• Academic Writing for Graduate Students (Swales & Feak)
• Plateformes :
  • PubMed (lecture d’articles authentiques)
  • Grammarly, DeepL Write (auto-correction et amélioration stylistique)
  • Oxford Learner’s Dictionaries (prononciation et collocations)

Etudiants inscrits au M2 de Pharmacologie