M1 Microbiologie - Apprentissage -Site Orsay

• Niveau B1+ ou B2 du CECRL (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues).
• Etre familiarisé avec l'anglais scientifique

techniques de présentation, grammaire et vocabulaire pour décrire des données, expériences,

compétences en anglais pour l'écriture et présentation scientifique

Etre capable de rédiger un abstract avec concision, décrire des données, des expériences, la démarche scientifique.

Présentiel en parallèle de l'UE Biomex, une demi-journée (3h) par semaine

B2 level in English

(English version below)

Via des apports théoriques sur la communication interculturelle et la mise en pratique dans le cadre des échanges avec des étudiants d’autres universités faisant partie de EUGLOH et d’un projet commun à faire entre eux, les étudiants sont amenés à comprendre les valeurs, comportements, stratégies de communication et de collaboration différentes à travers des cultures et disciplines variées , et ainsi développer leur compétences interculturelles nécessaires pour collaborer efficacement dans un monde  globalisé . Les étudiants ayant validé ce cours recevront une certificat attestant des compétences décrites dans des textes de Conseil de l’Europe.

English version

Through theoretical input on intercultural communication and practical application in exchanges with students from other universities belonging to EUGLOH and a joint project to be carried out between them, students are led to understand the different values, behaviors, communication and collaboration strategies across various cultures and disciplines, and thus develop the intercultural skills necessary to collaborate effectively in a globalized world. Students who successfully complete this course will receive a certificate attesting to the skills described in the Council of Europe texts.

24h de cours en présentiel, 3h/semaine pendant la période socle et dans le créneau d’anglais et 5 visio conférences faites en petit groupes entre étudiants d’universités partenaires de l’Alliance EUGLOH en dehors des cours.

"Mediating communication"  selon le   Common European Framework of Languages :

(https://rm.coe.int/cefr-companion-volume-with-new-descriptors-2018/1680787989)

“Competences for Democratic Culture and Intercultural Dialogue” selon le  Council of Europe Reference Framework of Competences for Democratic Culture :

(https://www.coe.int/en/web/reference-framework-of-competences-for-democratic-culture)

Mémoriser et restituer des informations relatives aux mécanismes et concepts fondamentaux du vivant

Type d’activité dans lesquelles cet OAV sera travaillé : Cours/TD/TP

Décrire objectivement et méthodiquement des données scientifiques, conclure sans extrapoler et interpréter/modéliser/questionner les résultats.

On s’attachera particulièrement à prendre en compte les contrôles dans la description et à distinguer conclusion immédiate de l’expérience et interprétation/formulation d’hypothèses. Les étudiants seront amenés à présenter leurs analyses par écrit ou par oral.

Limites à préciser  : le type de stratégies expérimentales, contextes biologiques des expériences…

Types d’activité dans lesquelles cet OAV sera travaillé : TD méthodologique + autres TD à définir

Proposer et justifier le choix d’une technique en lien avec une question biologique.

On s’attachera particulièrement à souligner les avantages/limites de la technique en question.

à préciser: panel de techniques devant être maîtrisées par les étudiants

Types d’activité dans lesquelles cet OAV sera travaillé : TD/Cours/TP

Utiliser des outils/logiciels permettant l’analyse ou la modélisation de données biologiques.

Les outils concernés sont Fiji, Alphafold, R studio, Excel (autres ?)

Décliner sous-OAV éventuels pour préciser ce que les étudiants doivent précisément savoir faire avec ces outils/logiciels

Type d’activité dans lesquelles cet OAV sera travaillé : TP

Concevoir en équipe un poster intégrant des données scientifiques multi-échelles et le présenter.

Le poster devra inclure une introduction sur le contexte biologique, des données expérimentales sélectionnées dans des articles scientifiques abordant une même problématique à différentes échelles et une modélisation finale intégrant l’ensemble des données.

Le Projet Intégration Multi-échelle (PIME) est un travail tutoré, effectué par quadrinôme. Il inclut un travail présentiel encadré par les Enseignants-Chercheurs, et un travail de groupe en autonomie (15 heures à organiser par les trinômes en fonction de leurs disponibilités, hors des temps de cours, TP et TD de l'UE Biomex).

L'UE BIOMEX contribue au développement des compétences communes aux 4 mentions la Graduate School Life Sciences and Health, et en particulier aux éléments de compétences suivants (extraits du référentiel de compétences commun aux quatre mentions de master):

C1.4 : (Produire, valider et) analyser des données scientifiques.

C2.1 : Actualiser ses connaissances théoriques et technologiques par une veille dans son domaine en relation avec l’état de la recherche.

C2.2 : Synthétiser et structurer un état de l’art sur une problématique définie, en autonomie, dans un contexte lié à la recherche scientifique et/ou recherche & développement.

C3.1 : Extraire et questionner des informations pertinentes d’un document scientifique ou de conférences en anglais.

C3.2 : Structurer et présenter des données et concepts scientifiques à des spécialistes ou à des néophytes.

C3.3 : Argumenter les choix méthodologiques et les interprétations d’une étude.

C4.1 : Travailler en autonomie et collaborer avec les membres d’une équipe afin d’atteindre des objectifs communs.

Bases en biologie moléculaire, biochimie et biologie cellulaire.

Physiologie et Biologie animale (niveau Licence)

Cet enseignement est essentiellement composé de TP où nous étudions : En I) Les grands types d’interactions (mutualisme, commensalisme, parasitisme), avec notamment les relations symbiotiques à l’aide des modèles mycorhizes et termites. En II) Nous montrons l’omniprésence et la diversité des parasites dans différents hôtes (poissons, blattes). En III) Nous étudions l’importance des vecteurs grâce à une collaboration avec l’Institut Pasteur (dissection d’anophèles infectés par des parasites de rongeurs) et l’école vétérinaire d’Alfort (pour le modèle tiques). En IV) Nous montrons que des parasites (acanthocéphales) peuvent manipuler le comportement de leurs hôtes (gammares) par des tests comportementaux.

Appréhender la diversité des parasites et leur adaptation à la vie parasitaire en prenant appui sur plusieurs exemples chez les Eucaryotes pluricellulaires

Développer les compétences techniques utiles à l'étude des parasites (dissections, observations microscopiques, analyses comportementales)

CM et TP, 

Contrôle continu : questions liées aux séances, étude de documents, synthèse 

Compte-rendu présentant toutes les séances de travaux pratiques et les résultats obtenus sous forme d'un dossier de synthèse illustré de 20 pages à rédiger en binôme.

Enseignement majoritairement composé de TP. Travail et rendu évalué à effectuer en binôme

Connaissances en Microbiologie et Biologie moléculaire

Objectifs d’apprentissage visés : Connaitre et comprendre les récents développements de la microbiologie appliquée à différents secteurs d’activité : agronomie, alimentation, environnement, industrie transverse, pharmaceutique et médical.

CM : 30h (en présentiel) + Projet pédagogique en binôme

L’UE se compose de 30 h d’enseignement sous forme de cours / conférences et d’un projet mené en autonomie par les étudiants. Les projets sont menés par binôme et portent sur des sujets d’actualité en lien avec les biotechnologies et/ou la sécurité microbiologique. Ces projets sont encadrés et évalués par des membres de l’équipe pédagogique. Chaque encadrant met à disposition des étudiants des documents (articles, comptes rendus de colloques etc..) en leur soumettant une problématique ou une question. Ces documents devront être analysés et complétés par les étudiants. Ce travail sera restitué et évalué sous la forme d’une synthèse et d’une présentation orale.
Lors de ce travail, des RDV réguliers sont organisés entre l’encadrant du projet et les binômes.

Knowledge base in General Microbiology, Genetics, Molecular and Cell Biology, Biochemistry
Open for Paris-Saclay International track

The purpose of this teaching unit is to propose to students to explore a scientific question in Microbiology in an integrated way, both in terms of scale of analysis (from the molecule to the ecosystem) and methodologies or applications.
The students will carry out a personal project framed around a given aspect that they have chosen and that will be part of a general theme common to the whole class. Thus, collectively, the multiple facets of a current issue around an infectious agent will be taken into consideration, from the physiology and pathogenesis of the agent, to the interactions it maintains with the microbial communities and/or the host, to the practical implications of this knowledge in health or biotechnology. For example, Clostridium difficile infection may be a topic that can generate personal projects based on microbial interactions within intestinal microbiota (dysbiosis, bacteriophages), epidemiology (hypervirulent strains, recurrent infections) and therapeutic strategies. In connection with the problem addressed, students will be trained to use metagenomic data to compare the composition of the microbiota under standard conditions or following disturbances induced by antibiotic treatments and pathogen development.

By the end of the course, students will be able to: 
Discuss what a microbiome is and where it is found 
Discuss the ecology and evolution of host-associated microbiomes 
Discuss how the microbiome is related to health and disease 
Apply current research methods of microbiome investigation
More broadly, students will acquire an ability to:
Find and explore and critically review the relevant literature 
Carry out the investigations, including collecting and analysing data 
Draw valid conclusions from the analysis of the data 
Discuss the relevance of the conclusions in the context of previous findings

Conferences on microbiota and applications, Tutorial classes on methodology and bioinformatics analysis of metagenomic data (beginner level), Personal work in groups on selected topic for final oral presentation (eCampus documents provided)

Notions de microbiologie (niveau licence)

Les avancées récentes en microbiologie ont transformé notre compréhension du monde bactérien, révélant une complexité insoupçonnée. Nous savons désormais que la majorité des bactéries vivent en communautés organisées appelées biofilms, où elles adoptent une physiologie et un mode de vie distincts des conditions classiques de culture en laboratoire.
Cet enseignement explore les dernières avancées en génétique et physiologie bactérienne, offrant une approche intégrée des connaissances en bactériologie à plusieurs échelles : de la molécule à la cellule bactérienne, en passant par les communautés et leurs interactions avec d'autres organismes vivants et l'environnement, jusqu'aux aspects évolutifs. Il initie ainsi les étudiants aux concepts récents de la sociomicrobiologie, incluant les stratégies de division du travail, les mécanismes de communication et les comportements collectifs.
Déroulement et organisation pratique : 7 journées : 25 h cours/conférences, 5 TD de 3h, une journée dédiée à un symposium (présentation d'articles) et au contrôle continu.
Travaux dirigés : 21 h

Mots-clés : sociomicrobiologie ; interactions microbiennes ; quorum sensing ; sécrétion ; biofilms ; métabolisme ; génétique ; adaptation

Objectifs pédagogiques visés (OAV) :

OAV 1 : Connaître les mécanismes moléculaires gouvernant la physiologie bactérienne en terme de métabolisme, structure, signalisation, sécrétion, motilité et adaptation au stress. Ces connaissances pourront s'appliquer à la compréhension des mécanismes impliqués dans la résistance aux antibiotiques.

OAV 2 : Connaître et discuter des différents types d'interactions microbiennes (compétition, coopération, pathogénicité, symbiose) au travers d'exemples diversifiés.

OAV 3 : Connaître et discuter l'organisation en biofilms des bactéries et les principaux concepts de la sociomicrobiologie.

OAV 4 : Communiquer à l'oral des résultats scientifiques (présentation orale d'un article).

OAV 5 : Savoir exploiter des articles de recherche rédigés en anglais.

Présentiel

7 journées : 24 h cours/conférences, 5 TD de 3h, une séance "Symposium" au cours de laquelle les étudiants font une présentation d'articles.

Nombreuses ressources sur eCAMPUS ; symposium autour du modèle biomédical Pseudomonas aeruginosa ; documents autorisés lors de l'examen écrit

Capacité à présenter les travaux d'un article de recherche portant sur la bactérie Pseudomonas aeruginosa et ses interactions microbiennes (contrôle continu) ; Capacité à intégrer des travaux de recherche en bactériologie de natures différentes (contrôle continu) ; Capacité à analyser des résultats issus d'articles de recherche à la lumière des phénomènes biologiques présentés durant les cours et les TD

niveau licence en physiologie générale, microbiologie, biologie cellulaire

Dans cette UE, nous abordons à la fois le rôle des aliments « microbiens » (aliments fermentés, pré, pro, -biotiques) dans la santé humaine et les risques microbiologiques alimentaires avec l’étude de deux pathogènes alimentaires Listeria monocytogenes et Bacillus cereus

- définir la dysbiose intestinale et comprendre ses conséquences sur la santé humaine 

- savoir distinguer les probiotiques des postbiotiques et des prébiotiques

 -définir le couple danger/risque en analyse de risque des pathogènes alimentaires -connaitre les principales méthodes de laboratoire (métagénomique descriptive et fonctionnelle) utilisées pour l’analyse des communautés bactériennes du microbiote intestinal et des écosystèmes microbiens d’aliments fermentés, d’origine animale ou végétale.

Cours en présentiel + 3h TD (cours principalement assurés par des chercheurs de l’unité Micalis-INRAe sur le site INRAe de Jouy-en-Josas).

Bachelor-level knowledge of Molecular and Cellular Biology of eukaryotic and prokaryotic organisms and their Genetics

Course Description: Dive into the fascinating world of viruses through a problem-based learning (PBL) approach, where you’ll tackle real-world challenges in prokaryotic and eukaryotic virology. Viruses are among the most influential yet enigmatic entities in biology—shaping ecosystems, driving evolution, and posing both threats and opportunities to human health, agriculture, and biotechnology. Studying virology is critical not only for understanding infectious diseases and developing vaccines or therapies but also for harnessing viruses as tools in gene editing, biotechnology, and even environmental remediation. This course equips you with the knowledge and skills to explore these microscopic powerhouses and their profound impact on life.

This course is structured around three immersive missions, each designed to deepen your understanding of viral biology while developing critical thinking, collaboration, and research skills. In each mission, you’ll work both in groups and individually to analyze and propose solutions to complex virological problems. Class time will be dedicated to group discussions, brainstorming, and collaborative problem-solving, while individual work will focus on reading scientific literature, learning new concepts, and preparing contributions to advance your team’s progress.

Key Learning Themes: 
By the end of this course, you will explore and apply knowledge in:
- Viral structure and composition: Understand the molecular architecture of viruses and how it influences their function
- Life cycles of viruses: Compare and contrast the replication strategies of prokaryotic (e.g., bacteriophages) and eukaryotic viruses
- Techniques in virology: Learn about key experimental methods used to study viruses
- Replication strategies: Investigate how viruses hijack host machinery and the factors that determine their replication efficiency
- Host range and tropisms: Analyze the biological and environmental elements that influence viral specificity and host interactions

Keywords: virus, host-virus interactions, viral life cycles

Learning outcomes (LO)
LO1: Critically evaluate and select specialized resources to research a topic, synthesizing key information for effective use and application. 
LO2: Develop new knowledge in virology by solving complex problems, and integrate these findings with molecular and cellular biology principles across eukaryotic and prokaryotic systems. 
LO3: Produce formal reports, service notes, press releases, and oral presentations that effectively summarize the problem, proposed solutions, and outcomes of biological research. 
LO4: Collaborate effectively in a team by defining and fulfilling individual roles and responsibilities to achieve shared goals efficiently;

General organization of the teaching unit and teaching methods: This course adopts a Problem-Based Learning (PBL) approach, structured around three immersive missions. Each mission is designed to deepen your understanding of viral biology while fostering critical thinking, collaboration, and research skills. In the PBL format, you’ll engage with virological challenges, working both in groups and individually to analyze data, propose solutions, and refine your approach. During in-class sessions, you’ll participate in group discussions, brainstorming, and collaborative problem-solving—mirroring the teamwork essential to scientific research. Outside of class, individual work will focus on reading scientific literature, mastering new concepts, and preparing contributions to advance your team’s progress toward solving each mission’s objectives.

Problem-based learning, group work

Ability to analyze research findings by connecting them to the biological phenomena explored in tutorials and assignments. 

Skill in delivering a concise oral presentation synthesizing information from documents

L’enseignement commence par une présentation des fondements de la qualité et de ses spécificités dans le secteur biologique. Les étudiants seront ensuite familiarisés avec les principales normes, règlementations et référentiels utilisés dans les laboratoires et entreprises de biotechnologie (par exemple normes ISO, Bonnes Pratiques de Fabrication). Des études de cas concrètes permettront d’appliquer les outils vus en cours à des situations réelles de résolution de problèmes. Enfin, une table ronde réunira des professionnels du management de la qualité, qui partageront leur parcours, leurs expériences et les défis de leur métier.

Cet enseignement a pour objectif d’initier les étudiants aux principes fondamentaux et aux applications de la gestion de la qualité dans le domaine de la biologie. Ils apprendront comment les démarches qualité permettent d’assurer la fiabilité, la sécurité et l’efficacité des activités biologiques et biotechnologiques, tout en répondant aux exigences réglementaires et éthiques du secteur. Grâce à des exemples concrets et à des échanges avec des professionnels, les étudiants comprendront comment la culture de la qualité s’intègre dans la recherche, le diagnostic, la production ou encore l’innovation biotechnologique.

6 heures de CM pour présenter les principes généraux de la gestion de la qualité dans le domaine de la biologie. TD sous forme de projets tutorés portant sur 3 à 4 études de cas, afin d’expérimenter la démarche qualité sur des exemples concrets. Table ronde animée par des experts du secteur de la Medtech, BioTech et HealthTech

Table ronde et projet tutoré

Présentation d'une plateforme de prestation de service recherche dans son environnement socio-professionnel: Immersion sur une plateforme technique dédiée à la prestation de service en biosciences pour acquérir les compétences techniques, maîtriser le contrôle qualité en bio-production, et appréhender le fonctionnement administratif de la plateforme (organisation et outils utilisés (gestion devis, procédures, machines, ressources et promotion du service)).

Après une journée dédiée à la présentation d’une plateforme, de ses enjeux et de ses outils, les apprentis seront en immersion technique durant 4 jours sur site. La deuxième semaine est consacrée à la découverte de la logistique et de la gestion administrative. A cette occasion, les étudiants développeront un projet : par exemple la promotion de la prestation de service de recherche, ou le développement d’un nouvel outil, ou encore l’amélioration continue du contact clientèle.

- Identifier les missions et l’organisation d’une plateforme technologique en biotechnologies.

- Mettre en œuvre des techniques ou outils adaptés à un projet expérimental concret.

- Communiquer les résultats de façon claire et rigoureuse (rapport, présentation, poster…).

- Appréhender les enjeux de gestion, d’assurance qualité et de valorisation associés à une structure de prestation scientifique.

Présentiel CM et TD, sur le site des plateformes pour TP

Mettre en œuvre une démarche expérimentale.

Communiquer et valoriser sur une expertise scientifique.

Intégrer les contraintes administratives, économiques, réglementaires imposées par la relation client.

Travailler en équipe et en contexte interdisciplinaire.

Cadrage et accompagnement méthodologique:

Présentation des objectifs de l’UE et des attendus du PPA (contexte, livrable et méthodes).

Aide à la formalisation du projet et validation en accord avec le maître d’apprentissage.

Tutorat et accompagnement individuel:

Encadrement par le tuteur pédagogique et le maître d’apprentissage de l’entreprise.

Suivi : 3 points distanciels avec des avancées résumées par écrit et une visite sur site.

Restitution et formalisation:

Analyse réflexive de la démarche professionnelle à engager pour le bon suivi du projet et remise d’un dossier écrit avant le retour en entreprise (avril).

Cet enseignement favorise le développement d’une posture d’ingénierie de projet, il vise à accompagner l’apprenti·e dans la conception, la formalisation et la planification d’un projet en lien avec sa mission d’apprentissage en entreprise.

Le Projet Professionnel d’Apprentissage (PPA) constitue une étape préparatoire à la mise en œuvre d’un projet scientifique, technique ou organisationnel. Il permet d’intégrer à la réflexion les dimensions contextuelles, sociétales, économiques, environnementales et réglementaires qui encadrent la mission. Le tout sera consigné dans un rapport écrit.

· analyser le contexte et les enjeux du projet;

· préciser le cadre normatif et réglementaire, s’il y a lieu;

· définir les objectifs et livrables;

· planifier les ressources, les moyens, et la méthode;

· proposer une démarche de conduite et d’évaluation du projet (rétroplanning);

· savoir présenter le projet par écrit.

CM en présentiel, projet tutoré en distanciel et 1 visite sur site

Aucun prérequis spécifique n’est exigé.

Une connaissance préalable des bases en microbiologie et procédés biotechnologiques est toutefois recommandée.

À partir du second semestre de la dernière année de licence, l’étudiant, accompagné par l’équipe pédagogique, engage une démarche de recherche d’un contrat d’alternance d’une durée de 24 mois dans le domaine de la microbiologie et du génie biologique. Les missions envisagées dans le cadre de ce contrat doivent impérativement être validées par les responsables de la formation avant toute inscription.

Au cours de la première année de master, et à l’issue des 20 premières semaines passées en entreprise (sur un total de 30), l’apprentissage fait l’objet d’une évaluation reposant sur la rédaction d’un rapport et une soutenance orale devant un jury composé d’enseignants du master, dont le tuteur, ainsi que du maître d’apprentissage. Dans ce cadre l’étudiant présente le déroulement de ses missions, les principales étapes et résultats obtenus, puis propose une analyse critique confrontant ces réalisations aux objectifs initiaux fixés par la structure d’accueil. L’approche métier y est également détaillée afin de mettre en valeur les compétences mobilisées et les méthodes utilisées.

Un travail préparatoire, réalisé dans l’UE Projet Personnel d’Apprentissage (PPA) du bloc Immersion Professionnel, permet à l’étudiant de présenter la conception, la mise en œuvre et l’analyse d’une mission professionnelle, servant d’introduction à l’alternance (UE Formation en entreprise). Ces deux UE sont étroitement complémentaires : la première porte sur la planification de la mission, tandis que la seconde en assure la mise en œuvre et l’analyse des résultats.

Le mémoire se conclut par une réflexion personnelle sur le parcours d’apprentissage, mettant en lumière les compétences acquises, les difficultés rencontrées et l’évolution professionnelle de l’apprenti.

L’ensemble de ces dispositifs assure à la fois une évaluation formative et certificative de l’expérience en entreprise, tout en favorisant la prise de recul, la professionnalisation et la valorisation du parcours de l’étudiant.

L’alternance en entreprise constitue une étape clé du parcours, permettant à l’étudiant de mettre en pratique ses connaissances en microbiologie et génie biologique dans un contexte professionnel réel. Il réalise une mission concrète et développe des compétences méthodologiques, analytiques et organisationnelles. L’évaluation repose sur un rapport écrit et une soutenance orale devant un jury, favorisant la réflexion sur les résultats obtenus, la valorisation des compétences mobilisées et la professionnalisation de l’étudiant.

OAV professionnels

- Comprendre le fonctionnement global d’une structure d’accueil (entreprise, laboratoire, institution).

- S’approprier les missions et responsabilités liées au poste occupé.

- Développer des compétences techniques spécifiques aux métiers de la microbiologie.

- Mettre en pratique les savoirs théoriques dans des contextes professionnels réels.

- Participer activement à des projets collectifs de recherche, d’innovation ou de développement.

OAV méthodologiques

- Organiser son travail de manière autonome et structurée.

- Élaborer des méthodes de planification et de suivi des activités.

- Utiliser les outils et instruments spécifiques au secteur d’activité.

- Adopter une démarche d’analyse, de résolution de problèmes et d’amélioration continue.

OAV personnels et transversaux

- Renforcer la confiance en soi et le sens des responsabilités.

- Développer la communication écrite et orale en contexte professionnel.

- Favoriser l’esprit d’équipe et la capacité d’adaptation.

- Construire un projet professionnel cohérent et évolutif.

- Intégrer les principes d’éthique, de déontologie, de dimensions numérique et écologique dans ses pratiques.

Missions possibles de l’apprenti

- Recherche fondamentale ou appliquée en microbiologie et génie biologique (secteur académique ou industriel) ;

- Hygiène et sécurité microbiologique ;

- Gestion de la qualité et conformité réglementaire ;

- Développement, validation ou qualification de méthodes et d’équipements ;

- Innovation, positionnement et valorisation de produits ou services.

- Périodes : alternance entre périodes en entreprise et périodes à l’université.

- Lieux : entreprise d’accueil et Université Paris-Saclay.