M2 Microbiotes, Bactéries et Virus pathogènes, Thérapeutiques anti-infectieuses (MBVT)

Les étudiants doivent posséder de bonnes notions en microbiologie, en physiologie du système digestif et du système immunitaire, ainsi que des notions de bases de nutrition.

Les étudiants bénéficieront également de deux séances pratiques sur l'analyse de microbiote (axées sur l'initiation à l'analyse bioinformatique des données de séquençage d’amplicons 16S et l’analyse biostatistique de ces résultats via l’utilisation de l’outil Rstudio à l’aide de scripts fournis)

Le rôle du microbiote dans la santé humaine constitue un levier pour prévenir et traiter certaines pathologies. Au cours de cette UE, nous abordons les approches mises en place pour étudier cet écosystème, les mécanismes associés à certaines maladies, le rôle du microbiote dans le métabolisme des xénobiotiques mais aussi le potentiel pharmacologique et industriel du microbiote.
Au terme de cette UE, l'étudiant sera en mesure de:

• Déterminer l'outil d'analyse de microbiotes le plus adapté à répondre à une question d'intérêt.
• Décrire les caractéristiques majeures de microbiotes et leurs pertinences en termes de santé humaine
• Mobiliser les connaissances acquises afin de concevoir un projet de recherche pouvant faire intervenir études cliniques et/ou approches expérimentales sur modèles animaux
• Appréhender les mécanismes impliqués dans le lien entre microbiotes et pathologies et proposer des approches thérapeutiques basées sur le microbiote pour les corriger.

L'UE se déroule dans une salle dédiée du bâtiment Henri Moissan de l'Université Paris-Saclay.
Les informations et supports de cours sont accessibles aux étudiants via une plateforme en ligne.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries, les virus et les parasites importants en pathologie humaine.
Notions sur les facteurs de virulence bactériens, les cycles de multiplication virale.
Notions sur les mécanismes de virulence des micro-organismes et sur le processus infectieux.

Cette UE combine des rappels de cours sur des processus cellulaires et microbiens importants en pathologie humaine, un atelier boîte à outils sur les principales techniques utilisées pour étudier les interaction hôte-microorganismes, des séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine sur des virus et bactéries modèles ainsi que enseignements dirigés autour d'analyses d'articles et de corrections d'annales.
Les étudiants acquerront des connaissances approfondies sur les mécanismes moléculaires et cellulaires sous-tendant la virulence de micro-organismes "modèles", ainsi que sur les méthodes utilisées pour l'étude de ces interactions.

L'objectif de cette UE est la compréhension des mécanismes d'interactions entre un microorganisme et son hôte qui aboutissent au développement d'une pathologie infectieuse. Le phénomène de virulence sera déchiffré d'un point de vue moléculaire et cellulaire, au travers d'exemples pertinents de maladies bactériennes et virales humaines, présentées dans leur contexte. Les techniques d'études des interactions hôte-microorganismes seront également abordées.
Au terme de cet enseignement, l'étudiant sera capable de d'évaluer l'impact d'un microorganisme pathogène sur un hôte en fonction du type d'interaction mise en œuvre et se sera familiarisé avec l'élaboration d'une démarche scientifique permettant de répondre à une question donnée, dans le respect de l'éthique et de la rigueur scientifique.

L'UE se déroule dans une salle dédiée du bâtiment Henri Moissan de l'Université Paris-Saclay.
Les informations et supports de cours sont accessibles aux étudiants via une plateforme en ligne.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries et les virus importants en pathologie humaine. Notions sur le fonctionnement des vaccins.
Notions de génétique microbienne

Les étudiants acquerront les connaissances au travers de séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine. Ils devront analyser des articles de la littérature récente en rapport avec les thématiques traitées et proposer une démarche scientifique appropriée permettant d'aboutir à des conclusions étayées.

L'objectif de cette UE est d'apporter aux étudiants des connaissances approfondies sur les thérapeutiques anti-infectieuses préventives et curatives. Au terme de cette UE, l'étudiant sera capable de décrire dans le détail les mécanismes d'action des principaux vaccins, antibiotiques et antiviraux, d'expliquer les différents mécanismes de résistance développés vis à vis de ces molécules, de relier l'analyse moléculaire à l'impact phénotypique et de combiner l'analyse génotypique à l'analyse phénotypique afin d'interpréter les profils de résistance.
L'étudiant sera également capable de faire une analyse critique approfondie de la littérature du domaine, en lien avec les connaissances acquises. Il sera  également capable d'appréhender les limites du développement des vaccins.

L'UE se déroule dans une salle dédiée du bâtiment Henri Moissan de l'Université Paris-Saclay.
Les informations et supports de cours sont accessibles aux étudiants via une plateforme en ligne.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries, les virus et les parasites importants en pathologie humaine.  Bases en génomique, biochimie, biologie moléculaire et cellulaire. Connaissances en biotechnologie ( manipulation de microorganismes, techniques de biologie moléculaire, PCR, séquençage). Maîtrise des concepts de génétique et physiologie microbienne

Comprendre les mécanismes de stabilité, de plasticité et d’évolution des génomes microbiens. Maîtriser les processus de transfert de gènes, leur régulation, et leurs implications en écologie microbienne. Étudier les conséquences évolutives et les risques associés (multi-résistance aux antibiotiques, pathogènes émergents, etc.) Apprendre à utiliser des outils modernes de génomique, de bioinformatique et de biologie moléculaire pour analyser et modifier des génomes microbiens. Initier aux approches omiques (génomique, transcriptomique, protéomique).

Cette UE sera organisée sur une semaine. Les étudiants acquerront les bases pour analyser, modifier et exploiter les génomes microbiens,  au travers de deux ateliers pratiques dédiés à l'acquisition de méthodologies largement utilisées dans les domaines de la microbiologie. Le premier atelier sera dédié aux techniques de clonage et plus généralement de biologie moléculaire et l'autre portera sur la génomique et son apport dans l'identification du résistome.

Connaissances solides en immunologie et microbiologie.

Master 1 comportant des UE d'Immunologie.

Maîtrise de la langue française

Cette UE de Master2 est à la frontière de l'immunologie et de la microbiologie. Elle est dédiée à la compréhension des mécanismes de l'immunité innée en réponse à une agression microbienne de l’hôte (avec un accent sur la réponse antibactérienne).

Le rôle des cellules phagocytaires sera particulièrement développé, notamment les polynucléaires neutrophiles et leurs grandes fonctions (expression des récepteurs de type TLR et NLR, migration, explosion oxydative, dégranulation et synthèse de médiateurs, nétose, apoptose ...). Les mécanismes d'autophagie sont aussi exposés.  Des exemples d'organes-cibles de cette réponse innée sont donnés, comme le poumon au cours de la tuberculose, ou le tube digestif au cours des maladies inflammatoires chroniques intestinales qui sera l’occasion d’aborder le cas très particulier du microbiote.

Les pistes thérapeutiques innovantes visant à moduler cette réponse innée seront également discutées.

Comprendre les grands principes de la réponse innée anti-infectieuse via des données fondamentales et cliniques.

Les intervenants sont immunologistes ou microbiologistes, chercheurs ou cliniciens, afin d'assurer une formation translationnelle.

Une analyse critique d'article avec présentation orale permet à chaque étudiant de faire une synthèse de l'enseignement le dernier jour

L'enseignement est constitué de 24 heures de cours donnés par des intervenants de l'UPSud et exterieurs
à l'Université. Une demi-journée est, de plus, consacrée à une présentation orale d'analyse critique
d'article faite par chaque étudiant, en petit-groupe.

• Immunologie fondamentale et immunopathologie- 3ème édition  Editeur : Elsevier Masson
• Articles récents de revues spécialisées (Journal of leucocyte biology, Immunity, cell reports, Cell, Nature Immunology….).

Pour suivre cet enseignement, les étudiants devront avoir une connaissance globale des étapes du circuit de développement et d’enregistrement d’un nouveau médicament ou d’un dispositif médical et maîtriser les bases des stratégies thérapeutiques des infections bactériennes et des mécanismes d'action des antibiotiques actuels : ces dernières connaissances seront acquises lors de l’UE "Thérapeutiques anti-infectieuses", obligatoire pour tous les étudiants de ce parcours de Master.

Cette UE se déroule sous forme de séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine, d'une durée de 1 à 2h sur 4 journées. Le contenu portera sur des domaines variés puisque les alternatives innovantes aux antibiothérapies classiques peuvent concerner plusieurs disciplines comme par exemple l'immunothérapie, la phagothérapie, la formulation galénique pour la vectorisation des thérapeutiques, et le screening de nouvelles classes de molécules avec des mécanismes d'action originaux, 
Ces séminaires décrivent les notions nécessaires à la compréhension du sujet abordé puis présentent les résultats récents et notions importantes pour appréhender la démarche d'innovation.

Cet enseignement s’inscrit dans le contexte de lutte contre l’antibiorésistance dont un des plans d’action est de stimuler la recherche et le développement de stratégies thérapeutiques alternatives à celles de l’utilisation des antibiotiques actuellement disponibles.
Au terme de cette UE, l’étudiant aura pris conscience des enjeux de l’antibiorésistance et connaitra les différentes étapes de la recherche et du développement d’un nouveau médicament ainsi qu'aux contraintes des industriels pour aller jusqu'à sa commercialisation. Il sera capable de décrire des stratégies alternatives développées : i) pour la prévention et le traitement des infections bactériennes ; ii) pour l’optimisation de l’utilisation des antibiotiques disponibles et la limitation des effets indésirables des antibiotiques sur les microbiotes.

L'UE se déroule dans une salle dédiée du bâtiment Henri Moissan de l'Université Paris-Saclay.
Les informations et supports de cours sont accessibles aux étudiants via une plateforme en ligne.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation. Néanmoins, il serait souhaitable d’avoir suivi un cours introductif sur les virus en master 1.

L' UE porte sur les relations qui existent entre les virus et leurs hôtes, et plus particulièrement sur les stratégies d'adaptation que doivent mettre en place les virus pour se multiplier dans leur hôte (bactéries ou organismes eucaryotes). Dans ce cadre seront abordés :

1. l’origine des virus, ainsi que leur adaptation aux environnement extrêmes,

2. l'importance de la variabilité génétique dans l’adaptation du virus à son hôte,

3. la capacité de certains virus à persister dans l’organisme et pour certains à induire des cancers, 

4. l'importance des vecteurs de transmission dans la propagation des virus,

5. les conditions d'émergences de nouveaux virus,

6. les stratégies d'échappement des virus aux défenses de leurs hôtes.

7. les stratégies d’adaptation des agents non conventionnels (prions, transposons, virus défectifs) qui ont des modes de multiplication et de fonctionnement proches des virus classiques.

Cette UE permettra à l’étudiant d’acquérir une vue d ‘ensemble des différents niveaux d’adaptation mis en jeu lors d’une infection virale.  L’étudiant aura l’opportunité de discuter avec des chercheurs spécialistes du domaine.

L’UE se déroule sur 1 semaine, et est constituée de conférences de 2 heures données par des chercheurs, dont la recherche porte sur la thématique abordée lors de la conférence. L’évaluation de l’UE est constituée d’un examen écrit où il est demandé à l’étudiant de répondre à quelques questions synthétiques sur les conférences et d’analyser un article scientifique en lien avec l’adaptation des virus.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries et les virus importants en pathologie humaine.
Notions sur les facteurs de virulence bactériens, les cycles de multiplication virale.
Notions sur les mécanismes de virulence des micro-organismes et sur le processus infectieux.

Cette UE combine des séminaires interactifs avec des chercheurs ou enseignants-chercheurs qui viendront présentés leurs expériences de recherche, ainsi que des cours sur un virus et une bactérie modèles. A l'issue de ces cours et en s'aidant de recherches bibliographiques, les étudiants travailleront en groupe en présentiel avec un encadrant spécialiste du microorganisme, pour identifier des questions scientifiques non résolues sur ces microorganismes modèles, qu'ils leur semblent intéressantes de déchiffrer. Ils devront les formuler en précisant le rationnel et l'intérêt de la question, et proposeront des éléments de stratégies pour y répondre. Ces travaux feront l'objet d'un rendu oral devant l'ensemble des groupes.  
Les étudiants acquerront ainsi la capacité de formuler une question scientifique sur la base d'un état de l'art et d'en expliquer l'intérêt au regard du contexte.

L'objectif de cette UE est d'initier les étudiants à l'identification de la question scientifique, sur la base de cours et d'éléments bibliographiques qui leurs seront fournis sur une bactérie modèle et un virus modèle. Ce travail sera effectué en petit groupe et supervisé par des chercheurs/enseignants-chercheurs. Les étudiants suivront également quelques séminaires dont la présentation sera axée sur la problématique de la question scientifique.
A l'issue de cette UE, l'étudiant devra être capable de formuler une question scientifique en expliquant son rationnel et la portée de cette question.

L'UE se déroule dans une salle dédiée du bâtiment Henri Moissan de l'Université Paris-Saclay.
Les informations et supports de cours sont accessibles aux étudiants via une plateforme en ligne.

Travail en groupe en présentiel sur 2 jours, tutoré intégralement par un enseignant-chercheur ou chercheur spécialiste

Apprendre à formuler une question scientifique au regard de l'état de l'art
Travailler en groupe

Stage de 6 mois.
Présentation orale mi-février du projet de recherche par l'étudiant.

L'objectif pédagogique du stage de recherche est d'initier les étudiants à la recherche grâce à une immersion dans
un laboratoire labellisé. Les étudiants seront encadrés par un chercheur ou enseignant-chercheur sur un projet
spécifique. Ils devront mettre en œuvre les moyens nécessaires pour répondre à la question posée et devront pour cela participer à la conception de la stratégie expérimentale, planifier leurs expériences, utiliser correctement des
protocoles expérimentaux déjà décrits ou les modifier si nécessaire et interpréter leurs résultats. Ils expliqueront leur
travail dans un mémoire et le défendront lors d'une présentation orale.
A la fin du stage, les étudiants seront donc capable de décrire de manière claire et synthétique leurs travaux de
recherche, d'argumenter leurs choix expérimentaux, d'expliquer leur résultats et d'y porter un regard critique.

Des connaissances de base en microbiologie acquises grâce aux enseignements du bloc 1 sont nécessaires

Pour réaliser ce projet, les étudiants bénéficieront de 2 ED et seront tutorés par l'enseignant chercheur ayant proposé la question scientifique. Le projet sera rédigé sous la forme d'un poster et sera ensuite défendu au cours d'une présentation orale par les étudiants devant l'ensemble de la promotion.

Les objectifs pédagogiques de cette UE sont d'initier les étudiants au montage et à la rédaction d'un projet de recherche à partir d'une question scientifique pertinente proposée par enseignant chercheur. Ce travail sera
effectué par petit groupe.
Les étudiants devront établir le contexte, le positionnement et objectifs du projet et utiliser les connaissances et
compétences acquises dans les UEs théoriques pour concevoir le projet de recherche correspondant. Le projet sera
présenté sous la forme d'un poster et sera ensuite défendu au cours d'une présentation orale par les étudiants devant l'ensemble de la promotion.

L'UE se déroule dans une salle dédiée du bâtiment Henri Moissan de l'Université Paris-Saclay.
Les informations et supports de cours sont accessibles aux étudiants via une plateforme en ligne. Les étudiants ont également des rendez-vous avec leurs tuteurs.