LDD3 Sciences de la vie cursus ENS

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de L2 en biochimie, biologie cellulaire, biologie moléculaire et quelques notions d’écologie.

Cette UE permet d’aborder les grandes thématiques de l’écologie via une approche moléculaire mêlant cours magistraux, conférences de recherche et projet réalisé en autonomie partielle.

Au travers des conférences, les étudiants abordent l’écologie d’une diversité de microorganismes (bactéries, archées, « champignons », eucaryotes unicellulaires, etc…), dans une diversité de milieux (terrestres, aquatiques, du sol, etc…) et ce dans différents champs de l’écologie (écologie fonctionnelle, écologie des populations, écologie des communautés, interactions interspécifiques, répartition et dynamique spatiale des populations, flux de matière dans les écosystèmes, etc…)

Les cours et conférences apportent à la fois un fond de connaissances en écologie, une introduction aux techniques utilisées en écologie moléculaire, que des exemples de démarches et d’approches expérimentales courantes en écologie. Autant de connaissances et d’outils que les étudiants doivent s’approprier et desquels ils peuvent s’inspirer pour construire leur projet.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence : 

• Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

- Maîtriser un corpus de connaissances permettant d’appréhender le fonctionnement du vivant aux échelles moléculaires, cellulaires et des écosystèmes.

- Connaitre et expliciter les principes des méthodes/techniques d’analyse du vivant à l’échelle moléculaire et écosystémique, leurs limites et applications.

- Mobiliser des concepts et outils de mathématiques, physique et de chimie pour expliquer le fonctionnement du vivant à l’échelle moléculaire et écosystémique.

- Formuler une problématique scientifique en lien avec le corpus de connaissances exigibles et proposer une démarche expérimentale permettant de la traiter. 

- Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentales ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

- Identifier les éléments structuraux d'un article scientifique.

- Lire un article simple (en anglais) ayant trait au corpus de connaissances exigibles, et présenter de façon synthétique sa problématique, sa méthodologie et ses principaux résultats et conclusions.

- Réaliser un exposé à l’écrit ou l’oral après une recherche documentaire sur un sujet ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

• Communicationnel :

- Communiquer de façon claire et rigoureuse en français et en anglais.

- Utiliser les outils numériques de références et les règles de sécurité informatique pour acquérir, traiter, produire et diffuser de l’information ainsi que pour collaborer en interne et en externe.

- Identifier, sélectionner diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet.

- Analyser et synthétiser des données en vue de leur exploitation.

- Développer une argumentation avec esprit critique.

- Faire preuve de créativité et d’initiative.

- Travailler de façon autonome et en équipe de façon responsable au service d’un projet.

L’UE mêle une partie de cours magistraux sous forme de conférences qui permettent d’expliciter quelques concepts fondamentaux en écologie et de présenter des approches d’écologie moléculaire ; et une partie projet au cours duquel les étudiants investiguent par petit groupe une question scientifique définie à partir d’une problématique sociétale. 

Dans le volet projet de l’UE, les étudiants doivent dans un premier temps circonscrire leur sujet d’étude puis formuler une question biologique et la démarche scientifique qu’ils mettraient en œuvre pour y répondre. La construction de l’ensemble du projet s’appuie sur les conférences de l’UE mais également sur des recherches et lectures bibliographiques réalisées par les étudiants, sous la supervision d’un enseignant. Le projet est réalisé par petits groupes et fait l’objet d’une présentation orale devant l’ensemble de la promotion à la fin de l’UE. 

Cours magistraux et projet sont répartis sur l’ensemble du second semestre de L3.

Connaissances niveau L2 en biologie végétale, physiologie végétale, biologie moléculaire et cellulaire, microbiologie.

Les plantes sont des organismes sessiles qui doivent constamment faire face à la pression exercée par des changements (contraintes ou facteurs de stress) de leur environnement biotique et abiotique. En réponse à une pression constante (ex : dérèglement climatique) ou une pression soudaine (ex : attaque d’un microorganisme), les plantes ont la capacité de répondre et de s’adapter à ces changements. Cette UE a pour objectif de donner aux étudiants une vision intégrée des réponses des plantes aux contraintes biotiques et abiotiques de l’environnement, et ceci à différentes échelles de l’organisme (de la cellule à l’organisme entier dans son environnement) et de temps.

Programme détaillé :
Cours (12h30) :
1. Innovations et adaptation des végétaux au milieu terrestre (1,5h)
2. Réponses des plantes aux contraintes abiotiques (eau, sel, température, métaux lourds) (3h)
3. Réponses des plantes aux contraintes biotiques (phytopathologie, symbiose) (6,5h)
4. La réponse redox des plantes au changement climatique (1,5h)
 
TD (4h30) :
1. Adaptations de l'appareil reproducteur en relation avec le mutualisme de pollinisation (1,5h) 
2. Contraintes abiotiques (1,5h)
3. Analyse d’articles (1,5h)
 
TP (28h) :
1. Adaptations de l'appareil végétatif à la contrainte hydrique (3h)
2. Réponses moléculaires, cellulaires et métaboliques de plantes soumises à un stress salin (9h)
3. Mise en évidence de l’implication du système de sécrétion de type 3 dans la virulence de la bactérie Pseudomonas syringae sur Arabidopsis thaliana (4,5h)
4. Etude de la production de H2O2 et de l’apparition de lésions foliaires chez différentes lignées mutantes d’Arabidopsis thaliana (4,5h)
5. Analyse d’une interaction symbiotique et de l’impact d'un stress abiotique sur celle-ci (7h)

Au terme de cet enseignement, l’étudiant sera capable de :
OAV1. Énumérer les grandes innovations et adaptations des végétaux au milieu terrestre, et les replacer dans leur contexte évolutif.
OAV2. Démontrer les différentes stratégies adaptatives des végétaux (morpho-anatomiques et physio-métaboliques) en les connectant avec les caractéristiques majeures de leur milieu de vie (transition saisonnière, milieux extrêmes).
OAV3. Décrire les principaux mécanismes (moléculaires, cellulaires et physiologiques) et principales voies de signalisation impliquées dans la réponse des plantes aux contraintes abiotiques (eau, sel, métaux lourds, changements climatiques – faibles/fortes températures, fort taux de CO2) et biotiques (organismes mutualistes/symbiotiques et parasitaires) de l’environnement.
OAV4. Expliquer comment les variations environnementales impactent le développement des plantes et leurs écosystèmes, et comment ces dernières y répondent pour s'y adapter. Illustrer l'influence de ces variations sur les enjeux sociétaux et écologiques.
OAV5. Appliquer un ensemble de techniques expérimentales variées et couramment utilisées dans le domaine des sciences du végétal, pour étudier l'influence de contraintes environnementales sur la croissance des plantes à différentes échelles (macroscopique, microscopique ou moléculaire/métabolique). Analyser, interpréter et discuter les résultats obtenus en regard des données de la littérature. Formuler des hypothèses et développer un esprit critique. Rédiger un compte-rendu écrit suivant le format d’un article scientifique.

L’UE est organisée en 2 blocs thématiques : après une brève introduction sur l’adaptation des plantes au milieu terrestre, l’UE se focalisera sur 1) les réponses des plantes aux contraintes abiotiques (stress salin, stress hydrique, températures extrêmes, fort CO2), et 2) les réponses des plantes aux contraintes biotiques (interactions parasitaires et mutualistes/symbiotiques). Chaque bloc comporte une partie de cours, complétée par plusieurs séances de TP visant à renforcer les connaissances théoriques et pratiques sur des exemples précis d’adaptation des plantes aux contraintes de l’environnement. En fin d’UE, une séance de TD sous la forme d’une analyse d’article permettra de mettre en relief un des aspects abordés lors du cours interactions symbiotiques.
L’évaluation de l’UE comporte 4 comptes-rendus notés de TP (dont 2 seront à rédiger sous la forme d’un article scientifique), un exercice noté (analyse de données issues de la littérature menée en parallèle d’expériences lors d’un TP), et une note d’examen écrit terminal. L’examen écrit porte sur toutes les notions vues au cours de l’UE (cours, TD et TP).

Marc-Andre Selosse, Jamais Seul ces microbes qui construisent les plantes les animaux et les civilisations, édition Acte Sud

Philippe Reignault, Ivan Sache, Mathias Choquer, Marie-France Corio-Costet, Alia Dellagi, Frédéric Suffert. Phytopathologie. Edition deboeck, 2e édition, août 2023, 384 pages - ISBN 978-2-8073-0288-4.

Connaissances niveau L2 en biologie animale et physiologie animale

Le système nerveux central et le système endocrinien constituent les deux principaux systèmes de communication de l’organisme. Ils assurent la transmission d’informations entre les tissus et les organes, permettant ainsi la régulation des grandes fonctions physiologiques et le maintien de l’homéostasie. 
L’unité d’enseignement Physiologie des Régulations Endocrines et Neurosciences a pour finalité d’apporter aux étudiant.es des connaissances théoriques solides dans les domaines de la physiologie endocrinienne et des neurosciences. Elle accorde également une place importante aux enseignements pratiques, afin de confronter précocement l’étudiant.e à la démarche expérimentale et de lui permettre d’acquérir les bases des bonnes pratiques de laboratoire.
Les enseignements de neurophysiologie visent à assurer la maîtrise de l’organisation anatomo-fonctionnelle globale des systèmes nerveux central et périphérique. Une attention particulière est portée à l’étude des réflexes spinaux, qui permettent d’illustrer les circuits neuronaux de base et l’organisation segmentaire de la moelle épinière. Ils abordent également le mouvement volontaire, en expliquant la coordination entre les structures cérébrales impliquées, les mécanismes de planification et d’exécution du geste, ainsi que le rôle des voies motrices descendantes dans la commande musculaire. Les enseignements d’endocrinologie ont pour objectif de faire acquérir la maîtrise de l’organisation anatomique et de la physiologie des principales glandes endocrines. Ils abordent les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation impliquées dans le contrôle hormonal du métabolisme et dans la régulation de l’homéostasie des grands systèmes de l’organisme, en considérant aussi bien les contextes physiologiques que physiopathologiques. En somme, ces enseignements visent non seulement à transmettre des connaissances fondamentales, mais aussi à développer une compréhension intégrée des interactions fonctionnelles entre les différentes composantes de la physiologie humaine.

OAV1 : Décrire et illustrer l’organisation anatomo-fonctionnelle du système nerveux.
Au terme de cet enseignement l’étudiant.e devra être capable de décrire et d’illustrer l’organisation anatomo-fonctionnelle globale des systèmes nerveux central et périphérique (ex. modulation des réflexes spinaux, contrôle central du mouvement), en identifiant les régions cérébrales associées à des fonctions spécifiques complexes. Cet enseignement permettra également à l’étudiant.e de consolider ses acquis en neuro-anatomie fonctionnelle  en intégrant les concepts cellulaires et moléculaires fondamentaux de la transmission et de la communication nerveuses.
OAV2 : Analyser, interpréter et présenter des données expérimentales extraites de publications scientifiques, relatives à l’organisation anatomique et au fonctionnement du système nerveux.
A l’issue de cet enseignement, l’étudiant.e devra maitriser l’analyse et l’interprétation de données expérimentales relatives à l’organisation anatomique et au fonctionnement du système nerveux dans des situations physiologiques et pathologiques. Il/elle devra être capable de mobiliser les connaissances théoriques acquises en neurosciences afin de résoudre des exercices construits à partir d’extraits de publications scientifiques.
OAV3 : Décrire l’anatomie et la fonction des principales glandes endocrines, ainsi que les mécanismes de contrôle de leurs sécrétions hormonales.
A l’issue de cet enseignement, l’étudiant.e sera capable d’identifier les principales glandes endocrines, décrire leur organisation anatomique et histologique, leur rôle physiologique et les mécanismes de régulation de leurs sécrétions hormonales. Il/elle sera en mesure d’exposer le rôle : 1/ des Hormones thyroïdiennes et de la médullo-surrénale ; 2/ de la Parathyroïde dans la régulation de l’équilibre calcium/phosphate 3/ du pancréas endocrine dans la régulation de la glycémie. Par ailleurs, ces enseignements permettront à l’étudiant.e de s’approprier les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la régulation centrale de la prise alimentaire, ainsi que dans le contrôle hormonal de la reproduction et de l’équilibre hydrominéral.

OAV4 : Lister et décrire les voies de signalisation contrôlées par les différentes hormones et leurs
régulations dans un contexte physiologique et physiopathologique.
Au terme de cet enseignement l’étudiant.e devra être capable de décrire et d’illustrer les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation impliquées dans le contrôle hormonal du métabolisme et de l’homéostasie des systèmes physiologiques. L’accent sera mis sur la signalisation via les récepteurs couplés aux protéines G, les récepteurs nucléaires, les récepteurs à activité tyrosine kinase et les récepteurs aux cytokines. L'étudiant.e devra également être en mesure de décrire et d’expliquer les conséquences des dérégulations de ces voies de signalisation dans le développement de pathologies métaboliques telles que l’obésité et le diabète.

OAV5 : Collecter, analyser, interpréter et présenter des données expérimentales.
A l’issue de cet enseignement l’étudiant.e sera initié.e à la conception d’un protocole expérimental, à l’acquisition, l’analyse et l’interprétation de données expérimentales collectées lors des séances de travaux pratiques (reflexe myotatique, anatomie de l’encéphale, histophysiologie des glandes endocrines, régulation hormonale de la reproduction, régulation centrale de prise alimentaire). Il/elle devra également développer ses compétences de communication scientifique à travers l’analyse et la présentation de résultats expérimentaux sous forme écrite et orale.

L’UE Physiologie des Régulations Endocrines et Neurosciences vise à fournir aux étudiants des connaissances théoriques solides et des compétences pratiques dans les domaines de la physiologie endocrinienne et des neurosciences.
En Neurosciences, les cours magistraux (10 h) apportent les bases théoriques sur l’organisation générale du système nerveux central, son rôle dans la régulation de l’information sensorielle et le contrôle spinal et central du mouvement. Les travaux pratiques (6 h) viennent approfondir ces notions par l’étude de la neuroanatomie fonctionnelle et des réflexes de la motricité volontaire. Les travaux dirigés (3h) permettent de consolider ces connaissances à travers l’apprentissage des techniques d’étude du système nerveux central.
En Endocrinologie, les cours magistraux (11 h) apportent les fondements théoriques sur le fonctionnement du système endocrinien, en abordant la régulation hormonale du métabolisme, de la glycémie, de la reproduction, ainsi que la neuroendocrinologie du comportement alimentaire. Les travaux pratiques (9 h) complètent ces notions par l’étude de l’histologie des glandes endocrines et des voies hypothalamiques de la régulation de prise alimentaire. Enfin, les travaux dirigés (6 h) permettent d’approfondir les connaissances sur la neuroendocrinologie, la régulation hormonale du métabolisme et la transduction du signal hormonal.
L’évaluation des connaissances et des compétences consiste, pour la première session, en un examen écrit (contrôle terminal) qui représente 70% de la note finale et un contrôle continu incluant les notes des comptes rendus des TP, et l’évaluation des TD qui représente 30 % de la note finale. 

L’examen de la deuxième session consiste en une épreuve orale.

Physiologie humaine : Une approche intégrée de Unglaub Silverthorn, Dee, Silverthorn, Andrew C, Johnson, Bruce R, Ober, William-C, ... ed. Pearson.   

Physiologie Humaine de Vander et al., McGraw Hill's Primis Custom Publishing.

Neurosciences. Purves, Augustine et al. - (1999, 2006, 2010 … ed. De BOECK)

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de L2 en biochimie et biologie cellulaire ainsi que quelques bases en physiologie.

Cette UE permet d’aborder les bases de la physiologie et de la physiopathologie humaine.

Thématiques abordées :

• Neurosciences : neurone, message nerveux, physiologie neuronale, électrophysiologie, maladies neurodégénératives
• Physiologie musculaire,
• Communications intercellulaires
• Exemples de pathologies humaines : cancers, maladies coronaires et AVC, maladies virales et bactériennes
• Introduction à la prise en charge et au traitement de maladies humaines à partir d’exemples

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Maîtriser un corpus de connaissances permettant d’appréhender le fonctionnement du vivant à l’échelle de l’organisme.

• Connaitre et expliciter les principes des méthodes/techniques d’analyse du vivant à l’échelle cellulaire et de l’organisme, leurs limites et applications.

• Mobiliser des concepts et outils de physique et de chimie pour expliquer le fonctionnement du vivant à l’échelle moléculaire.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentales ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

L’UE comprend essentiellement des cours magistraux théoriques qui permettent d’expliciter les principes et concepts fondamentaux, et quelques Travaux Dirigés permettant de mettre en application les concepts, de travailler la démarche scientifique et l’analyse de résultats expérimentaux.
Cours magistraux et TDs sont répartis sur l’ensemble du premier semestre de L3.
Les enseignements de physiopathologie sont organisés en étroite collaboration avec l’Institut Gustave Roussy et se déroulent pour partie sur le site de l’Institut Gustave Roussy.

Purves, Augustine, Fitzpatrick, Hall, Lamantia, Mc Namara, William. (2015). - Neurosciences. De Boeck éd.
Kandel et al, (2012) - Principles of Neural Science. McGraw-Hill Education / Medical éd.
Tritsch D., coll. (1998). - Physiologie du neurone. Doin éd.
Bear et al, (2016) - Neuroscience (exploring the brain). Lippincott Williams and Wilkins éd.
Boron & Boualpep (2016) – Medical physiology. Elsevier éd
Alberts B. & coll. (2011). - Biologie moléculaire de la cellule. Flammarion Médecine-Sciences éd.

L2 level knowledge in formal genetics and Molecular Biology

This course aims at describing what genetical analysis can bring to the understanding of any biological question. Methods for genetical analysis in eucaryotes and procaryotes will be taught, as well as the specifics of Human Genetics. The following approaches will be taught: screens in model systems; the significance of exceptions to complementation assay; biological significance of loss- and gain-of-function mutants, haplo-insufficiency. Genetic interactions: 1- suppressors, molecular interactions, functional redundancy; 2- Additivity, synergy, synthetic phenotypes, co-lethality; 3- epistasis, mapping functional pathways.
Human Genetics: simple and complex transmission of familial traits. Mapping, molecular markers, haplotyping, linkage analysis, sequencing. Mutations and polymorphism.

At the end of this course, the student will be able to :
OAV1. Remobilise the notions of Mendelian and bacterial genetics.
OAV2. Distinguish the different types of DNA lesions, their origins and differentiate the main DNA repair mechanisms. Deduce their impact in the emergence of mutations. To explore the relationship between the molecular nature of a mutation and the associated phenotype (heat sensitivity, cryosensitivity, loss/gain of function, polar mutation).
OAV3. Develop and exploit different strategies for isolating mutants.
OAV4. Establish a Genetic Mapping. Calculate a genetic distance and be aware of the limits of the methods used (tetrad analysis, three-point test).
OAV5. Explore the different gene interactions (exceptions to the functional complementation assay, epistasis, suppressions, synthetic aggravation). Formulate hypotheses regarding to the functional relationships that gene interactions imply in order to build gene networks.
OAV6. Apply the notions acquired in formal genetics to human genetics by discussing the future challenges of medicine.
OAV7. Communicate in English, using genetics as a subject of discussion.

Teaching is carried out through theoretical lessons concerning either revisions or new concepts. The tutorials are interspersed to reinforce and apply the concepts to specific examples.

Avoir suivi l’UE de Biochimie de L2 ou équivalent

- Rappels de cinétique et thermodynamique ; rappels sur les structures et fonctions chimiques des molécules énergétiques de base (oses, acides aminés, acides gras) ;
- Rappels et approfondissement des voies métaboliques essentielles : fonctionnement, régulation, mécanisme catalytique des enzymes les plus importantes ;
- Rappels sur la notion de récepteur membranaire, les interactions ligand/récepteur, notions d’équilibre et d’affinité, liaisons non spécifique et spécifique
- Structure et mode de fonctionnement des RCPG (b-adrénergique et glucagon), couplage aux protéines G, adénylylcyclase/AMP cyclique, régulation protéine kinase A
- Structure et mode de fonctionnement du récepteur de l’insuline et de la voie de signalisation IRS-1, PI 3’-kinase, PDK-PKB/AKT. Domaines PTB, SH2, PH.
- Structure et fonction des protéines kinases (S/T et Y), domaine conservé, boucle d’activation, pseudo substrat
- Intégration des voies glucagon/insuline au niveau du métabolisme du glycogène, des triglycérides et du transport de glucose.
- Rappels de bioénergétique (notions d’enthalpie libre, de potentiel chimique, de spontanéité d'une réaction, de couplage de deux transformations)
- Énergétique de la diffusion facilitée et du transport actif
- Mécanismes moléculaires qui sous-tendent le transport de molécules énergétiques comme le glucose
- Description des mécanismes associés aux transports actifs secondaires, notamment celui impliqué dans le transport du glucose.

- Maîtriser les bases indispensables à une compréhension globale des processus métaboliques et de leur régulation ;
- S’approprier les mécanismes moléculaires de réactions métaboliques et de réactions de transport ;
- Connaître certaines pathologies associées à des dysfonctionnements du métabolisme et du transport de solutés ;
- Décrire les processus cellulaires principaux de régulation hormonale du stockage des réserves énergétiques glucidiques et lipidiques ;
- Décrire, analyser et interpréter des documents dans l’optique d’acquérir une démarche scientifique ;
- Mettre en œuvre une démarche expérimentale pour étudier la régulation d’une voie métabolique au niveau de l’expression génique.

L'UE est découpée en cours magistraux, et séances de Travaux Dirigés et de Travaux Pratiques, comme suit :
- CM : 12 séances de 1h30 réparties en 3 grandes parties équivalentes : Transport membranaire, métabolisme énergétique, signalisation cellulaire ;
- TD : 8 séances de 2h, pour approfondir les notions vues en CM et/ou aborder des notions non vues en CM ;
- TP : 11h pour illustrer la régulation d’une voie métabolique au niveau de l’expression génique.

Biochimie et biophysique des membranes (Emanuel Shechter)
Biologie moléculaire de la cellule (Bruce Alberts et collaborateurs) Biochimie (Lubert Stryer)

Décrire et schématiser l’organisation d’un Vertébré (Xénope) et d’une plante à fleurs (Arabette) à différentes échelles, en mettant en évidence les symétries et polarités (L1S2).
Décrire les grandes étapes de leur développement embryonnaire et post-embryonnaire, et les enjeux de ces étapes (L1S2, L2S4).
Différencier quelques modalités de morphogenèse à l’échelle cellulaire : division cellulaire, migration, expansion cellulaire, différenciation (L2S4).
Décrire la structure et l’expression d’un gène eucaryote en identifiant les différents niveaux de sa régulation (e.g. transcriptionnelle et post-traductionnelle) et les acteurs moléculaires clé (e.g. RNA polymérase, facteur de transcription spécifique...) (L1S1, L2S4 et L3S5).
Décrire le concept d’une voie de signalisation impliquant les étapes ligand-récepteur-second messager-réponses cellulaires en l’illustrant au moins d’un exemple (L2S4 et L3S5).

Cet enseignement doit permettre aux étudiants  :

1. D’acquérir une compréhension intégrée des processus fondamentaux du développement chez les animaux et les végétaux, en mettant l’accent sur la mise en place des axes embryonnaires, la régionalisation tissulaire, le maintien des cellules souches et le rôle des signaux moléculaires et environnementaux.
2. D’explorer les différentes approches qui permettent d’analyser les processus du développement, depuis les méthodes classiques (greffes, ablations, analyse de mutants) jusqu’aux outils modernes d’altération de l’expression génique (ARN interférent, morpholinos, transgénèse, CRISPR/Cas9) et d’études spatio-temporelles de l’expression génique (gènes rapporteurs, hybridation in situ, immuno-détection).
3. De connaître et maîtriser certains des outils expérimentaux utiles dans ce domaine.

Programme détaillé :
Cours (17h) :
Développement animal – Modèle Drosophile (6h)
Développement animal – Modèle Vertébrés (5h)
Développement végétal – Modèle Plantes à fleurs (6h)

TD (15h30) :
Méthodologies couramment utilisées en génétique du développement
Bio-informatique
Réseau génétique et cascade de segmentation moléculaire I
Réseau génétique et cascade de segmentation moléculaire II
Dissection de séquences régulatrices d’un gène de développement
Approches Evo/Devo : étude des gènes homéotiques
Signalisation et développement végétal : exemple de SHR et SCR
Photomorphogenèse
La régionalisation du système nerveux embryonnaire
Régionalisation antéro-postérieure du bourgeon de membre

TP (12h30) :
TP-BA (2x3h) : Ovogenèse chez la Drosophile : Étude et caractérisation d’un phénotype affectant la fertilité à l’aide d’un gène rapporteur lacZ
TP-BV (3h + 3h30) : Signaux hormonaux : Effets sur le développement de l’Arabette

Au terme de cet enseignement, l’étudiant ou l'étudiante sera capable de :
OAV1. Décrire et comparer les grandes étapes du développement chez différentes espèces modèles animales (Drosophile, Xénope, Poulet) et végétale (Arabette). Utiliser les approches de biologie évolutive du développement (évo/dévo) pour expliquer l’apparition et/ou l’évolution de caractères clés au sein des métazoaires et des plantes à fleurs (gènes homéotiques).
OAV2. Décrire et expliquer, à différentes échelles (moléculaire et cellulaire) et chez plusieurs modèles (animal et végétal), la mise en place des axes principaux, de la segmentation et de la régionalisation de l’embryon. Expliquer les notions d’information de position, de centre organisateur, et de contrôle spatio-temporel de l’expression génique. Illustrer, à l’aide de 2 exemples, la régionalisation tissulaire chez les animaux (induction du tissu neural et mise en place du bourgeon de membre). 
OAV3. Décrire de façon intégrée les mécanismes moléculaires impliqués chez les végétaux dans le maintien des cellules souches au sein des méristèmes apicaux. Détailler les caractéristiques des voies de signalisation du développement post-embryonnaire végétal vues en cours : signaux hormonaux et environnementaux (lumière).
OAV4. Décrire les techniques couramment utilisées en biologie du développement (greffe, ablation, hybridation in situ, immuno-détection, détection de gènes rapporteurs, fusions protéiques, marqueurs fluorescents). Maitriser les principales applications des techniques d’altération de l’expression génique (transgènes, petits ARN interférents et morpholinos, knock-out, CRISPR/Cas9). et choisir la/les techniques appropriées pour répondre à des questions de développement. Utiliser les bases de données du centre de ressource NCBI et des outils simples d’analyse de séquence pour construire la structure de l’unité de transcription d’un gène eucaryote.
OAV5. Appliquer un protocole expérimental pour réaliser, à l’aide d’outils appropriés, des observations et/ou des mesures. Analyser, interpréter et discuter les résultats obtenus. Rédiger un compte-rendu écrit suivant le format d’un article scientifique.
OAV6. Décrire et interpréter des résultats expérimentaux, modéliser une cascade de régulation génétique sous forme de schémas, dans le contexte d’un organisme en développement, en tenant compte de l’espace et du temps. Formuler des hypothèses à partir de ces analyses et proposer des expériences permettant de tester ces hypothèses.

L’UE est organisée en 3 blocs thématiques : 1) Développement animal – Modèle Drosophile, 2) Développement animal – Modèle Vertébrés, et 3) Développement végétal – Modèle Plantes à fleurs. Chaque bloc comporte une partie de cours, complétée par plusieurs TD visant à illustrer les connaissances théoriques sur des exemples précis, et des TP. Un quizz sur la gastrulation aura lieu au début de la partie Modèle Vertébrés, de façon à vérifier les acquis sur ce point, avant de passer au développement du système nerveux.
L’évaluation de l’UE comporte 2 comptes rendus de TP notés et une note d’examen écrit terminal. L’examen écrit porte sur toutes les notions vues au cours de l’UE (cours, TD et TP).

Biologie du développement : les grands principes par Lewis Wolpert et al., Dunod (2017)
Biologie végétale : croissance et développement par JF Morot-Gaudry et al., Dunod (2021)

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de L2 en biochimie et biologie cellulaire.

Cette UE permet d’aborder les grands principes de la structure et du fonctionnement cellulaire sous l’angle de la biochimie en allant de l’échelle moléculaire à l’échelle cellulaire. Au travers des cours et des TDs, l’UE met particulièrement l’accent sur les méthodes d’étude. 

• Partie biochimie structurale : 

            - Structure des protéines, et leur repliement

            - Structure des acides nucléiques

             - Méthodes d’étude de la structure des macromolécules

• Partie enzymologie

- Principes de catalyse et de cinétique enzymatique

- Mécanismes réactionnels

- Utilisation des enzymes

• Partie biochimie cellulaire : 

- Structure et dynamique des membranes biologiques

- Structure et dynamique du cytosquelette des cellules eucaryotes

- Compartimentation et adressage des protéines dans les cellules eucaryotes

- Adhérence et motilité des cellules eucaryotes 

• Partie dynamique cellulaire

- Cycle cellulaire et son contrôle

- Les morts cellulaires

• Techniques et méthodes en biochimie et biologie cellulaire

Les techniques les plus courantes d’étude des interactions entre macromolécules, de caractérisation de la structure des protéines, d’étude de la motilité cellulaire et du cytosquelette, de génomique fonctionnelle, d’étude de l’apoptose …

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Maîtriser un corpus de connaissances permettant d’appréhender le fonctionnement du vivant aux échelles moléculaires et cellulaires.

• Connaitre et expliciter les principes des méthodes/techniques d’analyse du vivant à l’échelle moléculaire, leurs limites et applications.

• Mobiliser des concepts et outils de physique et de chimie pour expliquer le fonctionnement du vivant à l’échelle moléculaire.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentales ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

L’UE comprend une partie de cours magistraux théoriques qui permettent d’expliciter les principes et concepts fondamentaux, et une partie de Travaux Dirigés qui permettent de mettre en application les concepts, de travailler la démarche scientifique et l’analyse de résultats expérimentaux.
Cours magistraux et TDs sont répartis sur l’ensemble du premier semestre de L3.
Un contrôle continu est organisé sous la forme de TDs notés et d’un court examen à mi-semestre.

Alberts B. & coll. (2011). - Biologie moléculaire de la cellule. Flammarion Médecine-Sciences éd.
Lodish et al. (2014). - Biologie moléculaire de la cellule. De Boeck Université éd.
Karp G. (2010). - Biologie cellulaire et moléculaire. De Boeck éd.
Voet D & Voet J. G. (2016). - Biochimie. De Boeck Université éd.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de L2 en biologie moléculaire et biologie cellulaire et des bases en microbiologie et virologie.

Cette UE permet d’aborder les bases de quatre domaines de la biologie : l’immunologie, la virologie, la microbiologie et la biologie moléculaire.

• Partie biologie moléculaire

- Transcription eucaryote et bactérienne : modalités et contrôles

- Traduction eucaryote et bactérienne : modalités et contrôles

- Réplication eucaryote et bactérienne : modalités et contrôles

• Partie microbiologie

- Les microorganismes : Diversité, taxonomie, spécificités

- Les interactions hôte-bactéries

- les enveloppes bactériennes

• Partie immunologie :

- Approche historique et concepts fondamentaux

- L’immunité innée

- Les lymphocytes B et les immunoglobulines

- Les lymphocytes T et leurs rôles dans l’immunité

- La mise en œuvre intégrée de la réponse adaptative

• Partie virologie

Au travers de quelques exemples permettant de balayer la diversité des mécanismes, le cours aborde successivement : 

- Structure et classification des virus

- Multiplication des virus : entrée, expression, réplication et assemblage de nouveaux virions

- Pathogenèse virale

• Techniques et méthodes en biologie moléculaire, microbiologie et immunologie :

Les techniques d’étude de la virulence bactérienne, l’utilisation et la production des anticorps, les techniques classiques de biologie moléculaire, … etc

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Maîtriser un corpus de connaissances permettant d’appréhender le fonctionnement du vivant à l’échelle moléculaire et cellulaire.

• Connaitre et expliciter les principes des méthodes/techniques d’analyse du vivant à l’échelle moléculaire, leurs limites et applications.

• Mobiliser des concepts et outils de physique et de chimie pour expliquer le fonctionnement du vivant à l’échelle moléculaire.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentales ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

L’UE comprend une partie de cours magistraux théoriques qui permettent d’expliciter les principes et concepts fondamentaux, et une partie de Travaux Dirigés qui permettent de mettre en application les concepts, de travailler la démarche scientifique et l’analyse de résultats expérimentaux.
Cours magistraux et TDs sont répartis sur l’ensemble du premier semestre de L3.
Un contrôle continu est organisé sous la forme de TDs notés et d’un court examen à mi-semestre.

Griffiths et al (2013). - Introduction à l’analyse génétique. De Boeck Université éd.
Lewin B. (2013). – Genes XI. Flammarion Médecine-Sciences éd
Janeway, Travers , Welport, Schlomchik (2003 et 2009 et 2012). - Immunobiologie. De Boeck Université éd.
Prescott et Harley (2010 et 2013). - Microbiologie. De Boeck éd.

• Le stage de découverte en laboratoire de recherche : Chaque étudiant effectue un stage de 5 jours dans une équipe de recherche de l’agglomération parisienne. Pour cette première découverte du monde de la recherche, chaque étudiant suit les travaux d’un chercheur/d’une équipe. A l’issue du stage, il doit réaliser un poster résumant la thématique globale du projet et une partie des expériences suivies, puis les présenter à l’oral devant un jury.
• Le projet individuel d’orientation : Chaque étudiant rédige en fin d’année un document présentant  son/ses projets professionnels, et 1 à 3 parcours de formation possibles.  La rédaction de ce document fait suite à plusieurs réunions/présentations/moments d’échange qui peuvent varier en fonction des années mais comprenant a minima : une présentation des cursus au sein de l’ENS Paris-Saclay, une table ronde avec d’anciens étudiants de l’école aujourd’hui dans la vie active, une présentation des Master 2, une présentation des cursus de Master 1, des réunions de présentation des cursus spécifiques au sein de l’ENS Paris-Saclay (Corps d’état, IA, …). L’année est également ponctuée de 2 entretiens individuels permettant d’échanger plus spécifiquement avec l’étudiant sur ses projets.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence. Cette unité d’enseignement a  pour objectif de faire découvrir le monde universitaire et le monde de la recherche, débouché principal de la formation. 

Pré-professionnelles :

• Identifier les débouchés professionnels associés à sa formation.
• Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel.

Communicationnelles :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.
• Identifier, sélectionner diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet.

L’UE comprend 2 sous-parties complémentaires : 

• Un stage de découverte en laboratoire de recherche qui s’effectue dans un laboratoire de l’agglomération parisienne pendant 5 jours consécutifs au 1er semestre.
• Un ensemble de réunions, table ronde, présentations collectives et discussions individuelles qui débouchent sur la rédaction par l’étudiant d’un projet individuel d’orientation en fin d’année. Ces divers évènements sont organisés sur le site de l’ENS Paris-Saclay.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit avoir une maîtrise de base des 4 compétences de la langue anglaise (niveau A2 voire B1)

Cette UE permet de renforcer les compétences en anglais général des étudiants en vue de présenter la certification en fin d'année. 

Les enseignements sont conçus avec une continuité sur l'ensemble de l'année à raison de 2 à 3h par semaine, de manière à permettre une progression continue de chacun et chacune.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Communicationnel :

• Renforcer ses compétences actives et passives à l’écrit et à l’oral
• Améliorer son aisance et sa fluidité à l’oral
• Enrichir son lexique sur les grands champs lexicaux de la vie quotidienne
• Renforcer sa maîtrise des structures grammaticales simples voire complexes
• Préparer la certification de langue prévue en fin d’année

L’ensemble des cours se déroulent à l’ENS Paris-Saclay en petits groupes de niveau. Les activités proposées mêlent : 

• Travail sur des documents authentiques (écrit et oral) ainsi que des documents didactisés pour la préparation de la certification
• Discussion de classes et interactions en groupe et/ou en binôme
• Présentation en binôme sur un sujet donné avec diaporama

• Faire une présentation académique
• Formuler une opinion et l’étayer à l’écrit comme à l’oral
• Identifier les éléments pertinents dans un document écrit ou un document oral

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau à la fois théorique et pratique de niveau L3.

L’objectif du stage immersif en laboratoire est de permettre à chaque étudiant d’avoir une première expérience du monde de la recherche.

Les étudiants sont accompagnés dans leur recherche de stage par l’enseignant responsable mais libres de la thématique de recherche qu’ils souhaitent explorer.
L’objectif de ce stage est d’abord méthodologique. L’étudiant doit être capable de maîtriser les aspects théoriques et pratiques des principales méthodes expérimentales utilisées au cours du stage et en connaître leurs limites. Il doit également être capable de présenter avec méthode et rigueur les résultats expérimentaux obtenus, leur analyse, leur interprétation et le contexte scientifique dans lequel l’étude s’inscrit.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Connaitre et savoir mettre en œuvre les principes des méthodes/techniques d’analyse du vivant, leurs limites et applications.

• Formuler une problématique scientifique et proposer une démarche expérimentale permettant de la traiter.

• Identifier, sélectionner diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet.

• Réaliser une expérience en autonomie à la paillasse mettant en œuvre des techniques et une instrumentation courantes, en suivant un protocole fourni et en identifiant le principe et le but de chacune de ses étapes.

• Traiter des résultats expérimentaux en utilisant l’outil informatiques et des outils statistiques.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentale.

• Rédiger un rapport de stage en respectant les consignes méthodologiques fournies.

• Adopter un comportement scientifique éthique, déontologique et responsable.

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français ou en anglais, à l'écrit et à l'oral.

Ce stage se déroule dans le cadre du Diplôme de l’ENS Paris-Saclay et s’effectue à l’issue des enseignements du second semestre. Le choix du laboratoire de stage est libre (en France ou à l’étranger) mais doit être au préalable validé par l’enseignant responsable.

La durée minimale du stage est de 8 semaines.

Un rapport de stage est à rendre au début de l’année universitaire suivante et une soutenance est organisée sur la même période.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de connaissance dans les divers domaines de la Biologie.

Une des compétences attendues en Licence est d’être capable de rédiger un texte de synthèse répondant à une problématique biologique.

Pour accompagner les étudiants dans l’acquisition de cette compétence, une séance de méthodologie permettra de revenir sur les attendus de l’exercice de synthèse et la démarche à adopter. Un travail réalisé en autonomie et corrigé par les enseignants permettra de mettre en application la méthode.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Formuler une problématique scientifique en lien avec un sujet.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour répondre à une problématique.

• Maîtriser un corpus de connaissances permettant d’appréhender le fonctionnement du vivant à ses différentes échelles

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

• Développer une argumentation avec esprit critique.

L’UE comprend une séance de méthodologie et une mise en application à partir d’un exercice réalisé en autonomie et corrigé individuellement par un enseignant.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder des connaissances de base dans les différents domaines de la biologie.

Cette UE permet de présenter de grandes avancées de la recherche dans le domaine des sciences du vivant et à ses interfaces.

L’objectif est à la fois méthodologique et culturel.
Il s’agit d’une part de faire découvrir la recherche contemporaine dans le domaine des sciences du vivant, au travers de découvertes emblématiques traitées selon une approche historique, qui permettent de mettre en lumière les principaux ressorts et les principales limites de la démarche du chercheur, et ont donc valeurs de paradigme.
Il s’agit d’autre part de donner une culture scientifique solide, par la connaissance d’enjeux forts et de personnalités marquantes du domaine dans lequel ils inscrivent leurs trajectoires professionnelles.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Maîtriser un corpus de connaissances permettant d’appréhender le fonctionnement du vivant en y incluant une dimension historique.

• S’initier aux circuits de production de la connaissance en Sciences de la Vie notamment par l'approche épistémologique.

• Questionner les enjeux scientifiques, éthiques et sociétaux des Sciences de la Vie.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentales ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

L’UE comprend des séances de 2h réparties sur l’ensemble de l’année et abordant des sujets variés. Cette UE s’inscrit dans le cadre du Diplôme de l’ENS Paris-Saclay et les cours ont lieu à l’ENS Paris-Saclay.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de L2 en mathématiques.

L’UE est une introduction théorique et pratique aux statistiques utilisées dans le cadre de l’analyse de données biologiques, avec pour objectif de relier les méthodes statistiques aux problématiques expérimentales en biologie.

Les premières séances posent les bases des notions essentielles de probabilités et de statistiques (variables aléatoires, calcul des probabilités, principales lois de distribution, représentations graphiques, etc.). Le cours aborde ensuite les fondements des tests d’hypothèse, en présentant les principaux tests paramétriques et non paramétriques d’usage courant en biologie, ainsi que leurs conditions d’application. Une introduction aux modèles linéaires, à la planification expérimentale et aux corrections pour comparaisons multiples complète le volet théorique du programme. 

Ces connaissances sont ensuite mises en application pour l’analyse statistique exploratoire de données biologiques à l’aide du langage R et du logiciel RStudio. Les bases du langage R pour l’analyse de données sont fournies à travers un SPOC en ligne, complété par deux séances encadrées d’analyse de données biologiques.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Mobiliser des concepts et outils mathématiques pour traiter des résultats expérimentaux en utilisant des outils statistiques.
• Mobiliser des concepts et outils mathématiques pour traiter des résultats expérimentaux en utilisant des outils statistiques.
• Maitriser les principes sous-jacents aux principales méthodes statistiques couramment utilisées en Biologie
• Etre autonome dans le choix et la réalisation des tests d'hypothèse en fonction du type de données.
• Développer un regard critique sur les résultats et analyses statistiques fournis dans la littérature scientifique
• Maitriser le langage R et le logiciel Rstudio pour réaliser une analyse statistique exploratoire d'un jeu de données biologiques.

Les enseignements de Biostatistiques s’articulent en 2 volets : 

- un premier volet plus théorique mélangeant cours magistraux et Travaux Dirigés de mise en application 

- un second volet plus pratique, utilisant le logiciel RStudio et le langage R, réalisé partiellement en autonomie par les étudiants. 

Les cours se déroulent à l’ENS Paris-Saclay.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un bon niveau de L2 en biochimie, biologie cellulaire, biologie moléculaire et microbiologie.

Cette UE permet d’aborder les bases conceptuelles et manipulatoires dans quatre grands domaines de la biologie moderne :

• la biochimie (Production et purification de protéines recombinantes, dosages, spectrophotométrie, séparation électrophorétique et mesures d’enzymologie)
• la biologie moléculaire et la génétique (Utilisation des outils classiques de biologie moléculaire – enzymes de restriction, ligases, polymérases-, extraction et purification d’acides nucléiques, dosages, transformation bactérienne, clonage, conjugaison bactérienne)
• la microbiologie (Méthodes de culture et d’isolement en bactériologie, identification bactérienne par des tests courants, mutagenèse – test de Ames)
• la biologie cellulaire animale (Principes de la culture cellulaire animale in vitro, transfection, observations microscopiques, mesure d’activités enzymatiques)

Responsable : Guillaume Barthole

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Connaitre et savoir mettre en œuvre les principes des méthodes/techniques d’analyse du vivant à l’échelle cellulaire et moléculaire, leurs limites et applications.

• Mobiliser des concepts et outils de physique et de chimie pour expliquer le fonctionnement du vivant à l’échelle moléculaire et cellulaire.

• Mettre en œuvre les principales mesures de pre´vention en matiere d'hygiene et de se´curite´.

• Réaliser une expérience en autonomie à la paillasse mettant en œuvre des techniques et une instrumentation courantes, en suivant un protocole fourni et en identifiant le principe et le but de chacune de ses étapes.

• Traiter des résultats expérimentaux en utilisant l’outil informatiques et des outils statistiques.

• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour interpréter des données expérimentales.

  Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

L’UE comprend 5 séances de Travaux Pratiques organisées sur 4 jours consécutifs et réparties sur l’ensemble du premier semestre. Chaque étudiant est amené à réaliser des manipulations pour apprendre à maîtriser les gestes techniques de base. Des présentations jalonnent les TPs pour apporter des compléments à la fois théoriques et techniques.

L’ensemble des enseignements se déroulent à l’ENS Paris-Saclay.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un minimum de prérequis en mathématiques et biologie moléculaire, et éventuellement quelques bases d'algorithmique et programmation.

L’UE introduit les aspects fondamentaux de la bioinformatique, avec une attention particulière à l’équilibre entre connaissances théoriques et capacités pratiques. Les principaux défis de l’analyse de séquences nucléiques et protéiques sont présentés et notamment les méthodes de traitement les plus utilisées dans les laboratoires, de façon théorique et pratique. Les apprenants sont initiés à la programmation et manipulation de données biologiques avec R et à l’utilisation d’un environnement Unix. 

Les connaissances et compétences acquises sont mises en application pour la réalisation d’un atelier de métagénomique qui consiste à mettre en place un flux opérationnel (workflow) d’analyse et comparaison de séquences biologiques à partir de données génomiques pour reproduire une figure d’article scientifique. Ce workflow est ensuite utilisé dans le cadre d’une analyse originale encadrée portant sur d’autres jeux de données. Le workflow ainsi que les résultats obtenus font l’objet d’une présentation lors de l’examen oral.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Mobiliser des concepts ou outils informatiques dans le cadre des Sciences de la Vie.
• Traiter des résultats expérimentaux en utilisant des outils informatiques (dont logiciels d’acquisition/traitement de données).
•        Modéliser des résultats obtenus ou escomptés en étant accompagné.
• Concevoir un algorithme et construire un programme répondant efficacement à une question ou à un objectif défini.

Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français.

L’UE mêle cours magistraux, Travaux Dirigés et réalisation d'un atelier de bioinformatique à raison d’une séance par semaine sur l'ensemble du semestre. Un contrôle continu est organisé au cours de l’UE. L'ensemble des cours se déroule à l'ENS Paris-Saclay.

Pour aborder cette UE, l’étudiant doit posséder un minimum de pré-requis en anglais, ainsi qu’une connaissance suffisante des techniques couramment utilisées en recherche en Biologie.

L’objectif principal de l’UE est d’apprendre à lire et à comprendre la littérature scientifique, compétence indispensable à tout scientifique. Après un cours introductif de méthodologie, des séances de TDs permettent à chaque étudiant de se confronter à l’exercice. A tour de rôle, les étudiants présentent à l’oral un article scientifique, qu’ils ont lu et approfondi, devant leurs camarades et un enseignant. Les échanges avec l’enseignant et l’auditoire portent autant sur le fond scientifique de l’article et les méthodes employées que sur les aspects didactiques de la présentation.

Les objectifs d’apprentissage visés rejoignent ceux du référentiel de compétences de Licence :

Disciplinaire incluant les savoirs et savoir-faire :

• Identifier les éléments structuraux d'un article scientifique.
• Lire un article simple (en anglais) ayant trait au corpus de connaissances exigibles, et présenter de façon synthétique sa problématique, sa méthodologie et ses principaux résultats et conclusions.
• Appliquer méthodologiquement une démarche scientifique rigoureuse pour résoudre des problèmes ou interpréter des données expérimentales ayant trait au corpus de connaissances exigibles.

Communicationnel :

• Communiquer de façon claire et rigoureuse en français et en anglais.
• Identifier, sélectionner diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet.

Cette UE est essentiellement organisée sous forme de Travaux Dirigés. Après un cours d’introduction, à chaque séance, plusieurs étudiants présentent un article de recherche. La compréhension du fond scientifique et la forme de la présentation sont discutés avec l’ensemble de l’auditoire. Cet enseignement se déroule à l’ENS Paris-Saclay à raison d’une séance par semaine.