[{"command":"insert","method":null,"selector":".course-modal-ajax-placeholder-956891","data":"\u003Cdiv class=\u0022container content-rte\u0022\u003E\n  \u003Cdiv class=\u0022row\u0022\u003E\n    \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6 bg-primary text-white\u0022\u003E\n      \u003Ch2 class=\u0022h1 text-left\u0022\u003E  NGS\n\u003C\/h2\u003E\n                  \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EECTS :\n          3\n        \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n                  \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ESemestre calendaire :\n          Semestre 2\n        \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n            \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ED\u00e9tail du volume horaire\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                          \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003ECours magistraux :\u003C\/span\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E10\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                                \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                          \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003ETravaux pratiques :\u003C\/span\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E11\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                                                                          \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ELangue d\u0026#039;enseignement\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003EFran\u00e7ais\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EEnseignement \u00e0 distance\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003Enon\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n    \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6\u0022\u003E\n            \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EPr\u00e9requis\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EConnaissance de base du shell Unix. Bonnes notions de biologie mol\u00e9culaire (ADN, structure des g\u00e8nes, transcription, \u00e9pissage)\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EProgramme \/ plan \/ contenus\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003ELe cours pr\u00e9sente les technologies NGS, leurs grandes d\u00e9clinaisons (RNA-seq, DNA-seq, ChIP-seq, etc.), et leurs applications en biologie humaine, particuli\u00e8rement dans le domaine de la m\u00e9decine g\u00e9nomique. Le principe des pipelines Unix est ensuite pr\u00e9sent\u00e9, ainsi que les principales briques commun\u00e9mement utilis\u00e9es dans les protocoles NGS: contr\u00f4le qualit\u00e9 et alignement sur un g\u00e9nome de r\u00e9f\u00e9rence. Les \u00e9tudiants appliquent ensuite ces connaissances \u00e0 la r\u00e9alisation de 2 pipelines sous forme de scripts shell Unix, qui sont ex\u00e9cut\u00e9s sur le cloud de l\u0027Institut Fran\u00e7ais de Bioinformatique. Les pipelines ont pour objet: (1) l\u0027analyse de transcriptome (RNA-seq) et (2) l\u0027analyse de variants somatiques dans le cancer (whole-exome-seq). Un accent particulier est mis la capacit\u00e9 de l\u0027\u00e9tudiant \u00e0 interpr\u00e9ter les r\u00e9sultats et \u00e0 comprendre l\u0027int\u00e9r\u00eat biologique de chaque \u00e9tape. La qualit\u00e9 du code et sa reproducibilit\u00e9 sont \u00e9galement \u00e9valu\u00e9s.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EObjectifs d\u0026#039;apprentissage\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EComprendre les m\u00e9thodes d\u0027analyse de donn\u00e9es de s\u00e9quences de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration (NGS)\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EImplementer un protocole Unix d\u0027analyse NGS sur le cloud\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EInterpr\u00e9ter les r\u00e9sultats de protocoles RNA-seq et whole exome-sequencing\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n                                        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ENature de l\u0026#039;\u00e9valuation\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003EEvaluation Continue non Int\u00e9grale\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n  \u003C\/div\u003E\n\u003C\/div\u003E\n","settings":null}]