[{"command":"insert","method":null,"selector":".course-modal-ajax-placeholder-955863","data":"\u003Cdiv class=\u0022container content-rte\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022row\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6 bg-primary text-white\u0022\u003E\n \u003Ch2 class=\u0022h1 text-left\u0022\u003E LLM pour les s\u00e9quences prot\u00e9iques\n\u003C\/h2\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EECTS :\n 2\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ESemestre calendaire :\n Semestre 1\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ED\u00e9tail du volume horaire\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003ECours magistraux :\u003C\/span\u003E\n \u003Cspan\u003E10\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003ETravaux pratiques :\u003C\/span\u003E\n \u003Cspan\u003E10\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ELangue d\u0026#039;enseignement\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003EFran\u00e7ais\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EEnseignement \u00e0 distance\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003Enon\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EPr\u00e9requis\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EMaitriser un langage de programmation. Bases de statistiques et de bioinformatique structurale.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EProgramme \/ plan \/ contenus\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EIntroduction de la r\u00e9volution de l\u0027IA dans la pr\u00e9diction des structures 3D des prot\u00e9ines, impact sur l\u0027annotation grande \u00e9chelle des m\u00e9tag\u00e9nomes. Introduction aux LLM de prot\u00e9ines. Analyse manuelle de quelques pr\u00e9dictions structurales et classification des pr\u00e9dictions en fonction de leur score de confiance. Analyse \u00e0 l\u0027\u00e9chelle d\u0027un prot\u00e9ome. Utilisation des embeddings de LLMs (ESMfold et ProtTrans) et de m\u00e9thodes de bioinformatique pour l\u0027analyse de s\u00e9quences et structures pour interpr\u00e9ter et classifier les cas pr\u00e9dits avec mauvais score de confiance (ie, utiliser d\u0027autres approches pour donner de la valeur aux cas pr\u00e9dits avec faible confiance, typiquement \u00e9cart\u00e9s des approches classiques). Tirer partie de cette analyse pour discuter des limites des LLM pour explorer des territoires inconnus (souvent le cas avec les donn\u00e9es de m\u00e9tag\u00e9nomiques venant d\u0027environnements extr\u00eames ou sous-\u00e9chantillonn\u00e9s). Cette analyse offrira un cas pratique id\u00e9al pour appliquer certaines m\u00e9thodes statistiques vues en cours (lois de m\u00e9lange, ...).\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EObjectifs d\u0026#039;apprentissage\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003E- Comprendre les mod\u00e8les LLM entrain\u00e9s sur les s\u00e9quences prot\u00e9iques : architecture et entrainement\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003E- Conna\u00eetre les applications principales des mod\u00e8les LLM des prot\u00e9ines (pr\u00e9diction de structure, function, ...)\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003E- Visualiser et interpr\u00e9ter les embeddings d\u0027un LLM\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003E- Analyse de donn\u00e9es \u00e0 grande \u00e9chelle (analyse d\u0027un prot\u00e9ome, puis de plusieurs dizaines de prot\u00e9omes\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003E- Mobiliser ses comp\u00e9tences en statistisques et programmation pour r\u00e9pondre \u00e0 une question concr\u00e8te et actuelle de la Biologie\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003E- Utiliser des m\u00e9thodes compl\u00e9mentaires de bioinformatique pour l\u0027interpr\u00e9tation des pr\u00e9dictions fournies par un LLM\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EOrganisation g\u00e9n\u00e9rale et modalit\u00e9s p\u00e9dagogiques\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003ELes cours se d\u00e9roulent en salle machine et alternent cours th\u00e9oriques et cours pratiques afin de s\u0027approprier les concepts pr\u00e9sent\u00e9s pendant les cours sur des exemples concrets et actuels de la biologie. L\u0027objectif est de faire rendre compte aux \u00e9tudiants du r\u00f4le et limites des m\u00e9thodes d\u0027apprentissage profond dans les questions actuelles de la biologie, \u00e0 savoir exploration et annotation des m\u00e9tag\u00e9nomes.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ENature de l\u0026#039;\u00e9valuation\u003C\/div\u003E\n \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n \u003Cspan\u003EEvaluation Continue non Int\u00e9grale\u003C\/span\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n \u003C\/div\u003E\n\u003C\/div\u003E\n","settings":null}]