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Institut français de bioinformatique

Présentation du laboratoire

L'IFB-core est le noeud national (hub) de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Le hub prend en charge les aspects administratifs et techniques pour l'IFB et met en oeuvre la politique scientifique et technologique définie par le Comité de Pilotage de l'IFB.

L'IFB rassemble 36 plateformes de bioinformatique dépendant des cinq principaux organismes publics de recherche, CNRS, INRA, INRIA, CEA, INSERM, des universités, du CIRAD, et des instituts Pasteur et Curie, regroupées en six pôles régionaux couvrant le territoire national.

L'IFB a pour mission de fournir des services de base en bioinformatique aux chercheurs et ingénieurs des sciences du vivant. L'IFB est une infrastructure de services en bioinformatique. Les services offerts peuvent être classés en 5 grandes catégories :
- Données : Mettre à disposition des collections de données à haute valeur ajoutée
- Outils : Fournir des outils et services innovants pour analyser les données
- Appui : Fournir un appui et un hébergement aux projets de recherche de la communauté des sciences du vivant
- Formations : Offrir des formations
- Infrastructure : Donner accès à une infrastructure informatique fournissant aussi bien des moyens matériels (CPU, stockage, réseau, etc.) que l'accès aux collections de données publiques classiques et aux nombreux outils de base du domaine

Les 20 dernières publications

Titre Auteurs Date de publication Source
The RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform: Accelerating diagnosis, research, and gene discovery for rare diseases David Salgado 01/06/2022 Human Mutation
Transcriptome-wide deregulation of gene expression by artificial light at night in tadpoles of common toads Vincent Navratil 20/04/2022 Science of the Total Environment
The era of reference genomes in conservation genomics Catherine M. Breton 01/03/2022 Trends in Ecology and Ecolution
Genomicus in 2022: comparative tools for thousands of genomes and reconstructed ancestors Jean Francois Dufayard 07/01/2022 Nucleic Acids Research
Wheat Panache: A pangenome graph database representing presence–absence variation across sixteen bread wheat genomes Éloi Durant, Mathieu Rouard 01/01/2022 Plant Genome
Managing High-Density Genotyping Data with Gigwa Guilhem Sempéré, Pierre Larmande, Mathieu Rouard 01/01/2022 Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
AgroLD: A Knowledge Graph Database for Plant Functional Genomics Pierre Larmande, Gildas Tagny Ngompe, Manuel Ruiz 01/01/2022 Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
Omics Analyses: How to Navigate Through a Constant Data Deluge Thomas Denecker 01/01/2022 Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
A chromosome-level reference genome of Ensete glaucum gives insight into diversity and chromosomal and repetitive sequence evolution in the Musaceae Mathieu Rouard, Gaëtan Droc 01/01/2022 GigaScience
ProMetIS, deep phenotyping of mouse models by combined proteomics and metabolomics analysis Alyssa Imbert, Claudine Medigue 01/12/2021 Scientific data
Panache: A web browser-based viewer for linearized pangenomes Éloi Durant, François Sabot, Mathieu Rouard 01/12/2021 Bioinformatics
Ten simple rules for switching from face-to-face to remote conference: An opportunity to estimate the reduction in GHG emissions Vincent Lefort 01/10/2021 PLoS Computational Biology
TAU : Pleasecheckandconfirmiftheeditsmadetothearticletitlearecorrecten simple rules for organizing a bioinformatics training course in low- And middle-income countries Victoria Dominguez del Angel 01/08/2021 PLoS Computational Biology
Erratum: GreenPhylDB v5: A comparative pangenomic database for plant genomes (Nucleic Acids Research (2021) 49 (D1464-D1471) DOI: 10.1093/nar/gkaa1068) Valentin Guignon, Gaëtan Droc, Jean Francois Dufayard, Mathieu Rouard 09/07/2021 Nucleic Acids Research
Proteo3Dnet: A web server for the integration of structural information with interactomics data Guillaume Postic 02/07/2021 Nucleic Acids Research
APE in the Wild: Automated Exploration of Proteomics Workflows in the bio.tools Registry Jon Ison 02/04/2021 Journal of Proteome Research
Tracing the origins of SARS-COV-2 in coronavirus phylogenies: a review Jacques van Helden 01/04/2021 Environmental Chemistry Letters
GreenPhylDB v5: a comparative pangenomic database for plant genomes Valentin Guignon, Droc Gaëtan, Dufayard Jean-François, Mathieu Rouard 08/01/2021 Nucleic Acids Research
AgroLD: A Knowledge Graph for the Plant Sciences Pierre Larmande 01/01/2021 Lecture Notes in Computer Science
biotoolsSchema: a formalized schema for bioinformatics software description Jon Ison, Alban Gaignard, Jacques van Helden, Hervé Ménager 01/01/2021 GigaScience

Nombre de publications du laboratoire par domaine scientifique

Chaque publication du laboratoire peut être rangée dans une ou plusieurs disciplines scientifiques : la figure ci-dessus présente le nombre de publications du laboratoire pour chaque discipline de la classification ASJC (Elsevier)