La formation doctorale est principalement une formation par le projet doctoral. Le doctorant mène, sous la direction scientifique de son directeur de thèse, un projet de recherche s'inscrivant dans une durée définie lors de la première inscription (habituellement 36 mois).

Ainsi, un doctorant se voit confier un projet d'ampleur (au minimum, une personne à temps plein, le doctorant, sur 36 mois) et de haut niveau scientifique et technique. Même si le doctorant est placé sous le contrôle et la responsabilité de son directeur de thèse, le doctorant est le porteur de ce projet : 

  • il rend des comptes sur le projet (pour la ré-inscription, pour la soutenance...),
  • il doit en maîtriser l'inscription dans le temps et gèrer son achèvement dans la durée de référence prévue initialement ou justifier le besoin d'une extension de sa durée,
  • il est l'auteur de la thèse.

Il est attendu d'un doctorant qu'il prenne des initiatives et qu'il avance dans son travail de manière relativement autonome. Le directeur de thèse a un rôle essentiel dans la définition du sujet et de la démarche de recherche, il accompagne et guide le doctorant pendant toute la durée du doctorat. Cet accompagnement est plus étroit au début de la préparation d'un doctorat et, ensuite, progressivement, l'autonomie du doctorant s'affirme et il assume la responsabilité de son projet doctoral.

Autonomie ne signifie pas travailler seul, bien au contraire. Le directeur de thèse forme le doctorant à la recherche, en l'aidant à développer des méthodes de travail nécessaires à chaque chercheur, mais transférables à d'autres métiers, parmi lesquelles sont essentiels l'échange critique, la culture du questionnement, le débat argumenté avec les pairs et avec les spécialistes internationaux du domaine et des interfaces de celui-ci. Le doctorant devient un scientifique autonome notamment lorsqu'il a appris à susciter des retours critiques de la part de son réseau et à les utiliser à bon escient, à collaborer avec des experts de son domaine, à partager ses résultats, à les publier, à les disséminer etc. 

Au cours de son doctorat, un doctorant développe ainsi des compétences en gestion de projet innovant et des compétences comportementales qui seront précieuses tout au long de sa future carrière, pour lui-même comme pour ceux qui feront appel à ses compétences.

Pour l'admission en doctorat, il est attendu que chaque candidat sache défendre son projet devant un auditoire extérieur à celui-ci.

Les aptitudes des candidats à synthétiser, structurer et exposer leur projet de manière convaincante sont essentielles (capacité de synthèse d'informations complexes, maîtrise des outils de communication, gestion du temps et stress, aisance orale, enthousiasme et dynamisme)

Chaque candidat doit savoir faire apprécier les enjeux et l'ambition de son projet, en démontrer la faisabilité et convaincre son auditoire de sa capacité à le mener à bien. 

Pour cela, il doit présenter :

  • la démarche de recherche qu'il compte suivre,
  • les méthodes qu'il compte utiliser,
  • les étapes principales du projet,
  • son inscription dans la durée,
  • les risques éventuels qu'il comporte etc.   

Cet exercice permet à chaque doctorant de commencer son doctorat en ayant cerné les caractéristiques principales de son projet doctoral et en ayant déjà bénéficié d'un premier retour critique extérieur dès son admission. 

Après l'admission, le projet doctoral, comme tout projet, est généralement appelé à évoluer