La régression parcimonieuse structurée pour les études d’association pangénomiques.

Alia Dehman, Laboratoire de mathématiques et modélisation d'Evry (LaMME)

Chacun de nous possède dans le cœur de chaque cellule de son corps un grand « livre de cuisine » appelé ADN.

Ce livre, propre à chacun, contient des pages que l’on appelle « gènes » et sur lesquelles sont inscrites les recettes pour fabriquer tout son corps : une recette pour la couleur des cheveux, une autre pour la longueur du nez, etc.

Ce livre a aussi une particularité : s’il est écrit sans fautes d’orthographe, les recettes sont réussies. Si par contre il y a une faute d’orthographe dans une recette, cette dernière sera ratée et on peut assister à l’apparition de maladies dites « génétiques » comme par exemple le daltonisme.

Dans le cadre de ma thèse, je m’intéresse à ce qu’on appelle les études d’association, c’est-à-dire, pour une maladie génétique donnée comme le daltonisme, je sais que pour toutes les personnes daltoniennes une même faute d’orthographe s’est immiscée dans leur livre de cuisine et j’aimerais savoir laquelle pour pouvoir la corriger et donc guérir le daltonisme !

Vous allez me dire facile : cherchez dans chaque livre la recette pour la vue et appliquez le correcteur automatique d’orthographe !

À vrai dire, c’est un peu plus compliqué que cela parce que nos fameux livres de cuisine sont tous écrits dans une langue cryptée : avec seulement les lettres A, T, C, G…

D’accord, les avancées scientifiques ont permis d’identifier chaque recette et sa fonction mais comment peut-on retrouver la faute d’orthographe au milieu de ces A, T, C, G ? Et c’est là que les mathématiques interviennent pour nous proposer une solution : on peut superposer les livres de personnes daltoniennes et de personnes non daltoniennes pour peut-être remarquer que tous les daltoniens ont la lettre G à la 4ème position de la 3ème recette de leur livre de cuisine. Ah on la tient peut-être cette faute d’orthographe responsable du daltonisme ! Mais on a comparé une par une les millions de lettres du livre de cuisine !

Laborieuse comme méthode… Eh bien moi j’ai trouvé mieux, je fais apparaître des paragraphes dans ce livre de la vie, des paragraphes qu’on hérite intacts des livres de nos parents : non seulement cela va plus vite mais en plus je peux trouver plusieurs fautes d’orthographes à la fois.

Je ne vous en dis pas plus mais vous l’auriez deviné, ce qui me plaît le plus dans ma thèse c’est que pour guérir des maladies, je lis en chacun comme dans un livre ouvert !

 

Alia Dehman est en 2ème année de thèse au laboratoire de mathématiques et modélisation d'Evry (Université Evry Val D’Essonne).

Elle étudie "La régression parcimonieuse structurée pour les études d’association pangénomiques".