En règle générale, un candidat ne peut être admis à poursuivre en doctorat qu'à la condition d'avoir déjà de très solides connaissances au niveau master dans son domaine de formation initiale. Aussi un module de master n'est-il habituellement pas validable comme une formation doctorale. Si une mise à niveau d'un doctorant s'avérait néanmoins nécessaire celle-ci devrait alors venir en préalable et en complément de la formation doctorale et ne pas s'y substituer. 

Des doctorants sont parfois amenés à suivre un module de master dans le cadre de leur formation doctorale, par exemple, parce que leur sujet de thèse est interdisciplinaire et peut requérir un complément de formation de base, au niveau master, dans un domaine scientifique autre que celui de leur formation initiale.

C'est le directeur de l'école doctorale qui valide le plan de formation de chaque doctorant et qui peut autoriser un doctorant à suivre un module de master dans le cadre de sa formation doctorale, voire même le lui conseiller. Le directeur de thèse contribue également à conseiller le doctorant sur le choix des formations collectives.

Remarque : lorsque la poursuite en doctorat ne fait pas partie des objectifs d'une formation donnant le grade de master, les attendus des formations pourront être assez différentes de ce qui est attendu au niveau doctorat. Au niveau master, les formations pourront porter principalement sur des connaissances, des méthodes, des concepts, solides, maîtrisés et bien établis, destinés à être mobilisés dans l'activité professionnelle dès l'issue du diplôme de master, d'ingénieur ou d'école de commerce. Au niveau doctorat, la formation doctorale collective aura plutôt pour objet de développer la culture scientifique des doctorants sur les champs de recherche les plus actuels, sur ce qui est en devenir et ce qui est questionné et qui n'est donc pas mobilisable directement dans l'activité professionnelle. Il est attendu des formations proposées au niveau doctorat qu'elles suscitent le questionnement scientifique, l'ouverture et la créativité.