M2 Biodiversité, Génomique et Environnement

Candidater à la formation
  • Capacité d'accueil
    16
  • Langue(s) d'enseignement
    Français, Anglais
  • Régime(s) d'inscription
    Formation initiale
Présentation
Objectifs pédagogiques de la formation

Les enseignements du parcours-type BGE traitent de la diversité dans le temps (Evolution), dans l'espace (Métagénomique) et dans les populations (Génomique des populations). Cette formation est naturellement associée avec les laboratoires de la région dont les thèmes de recherche correspondent aux objectifs de cette formation. En particulier, il est à noter l'implication de l'institut MICALIS et de l'I2BC. Cette association s'appuie sur des approches génomiques, métagénomiques, génétiques et microbiologiques développées dans le master BGE.
L'objectif de ce parcours-type est de donner aux étudiants une connaissance approfondie et suffisamment exhaustive des approches de la métagénomique et de la biodiversité fonctionnelle des écosystèmes d'une manière générale, et microbiens en particulier. L'objectif est de former des scientifiques compétents pour comprendre les écosystèmes microbiens (environnementaux, microbiotes humains et alimentaires, biotechnologies), les organismes qui les composent et les interactions qui les unissent. La formation vise aussi l'acquisition d'un savoir-faire concernant les outils d'analyse de la métagénomique microbienne à travers des cas concrets présentés par des professionnels de différents secteurs. L'accent est porté sur la formation par la recherche grâce à un cours pratique de 4 semaines (véritable projet tutoré en M1) au sein de l'institut MICALIS ou de l'I2BC. Les étudiants sont accompagnés par une équipe pédagogique composée de chercheurs de ces instituts et d'enseignants du parcours pour générer et analyser des données multi-échelles. L'apprentissage du travail en équipe s'articule autour de différents travaux collectifs au sein des UE théoriques et pratiques.

Lieu(x) d'enseignement
JOUY EN JOSAS
VERSAILLES
Pré-requis, profil d’entrée permettant d'intégrer la formation
Les étudiants issus du M1 Biodiversité Génomique et Environnement ou du M1 Biodiversité, Écologie, Évolution sont pris de plein droit. Les étudiants issus d'autres formations sont selectionnés sur dossier. L'acquisition des bases en Genomique et Biologie Moleculaire est l'élément principal évalué pour leur intégration. Les étudiants issus d'un M1 orienté Biodiversité/Ecologie avec enseignement de la Génomique ou issu de Biologie général peuvent donc postuler.
Compétences
  • Rédiger un rapport seul.

  • Colliger des informations scientifiques seul.

  • Questionner la fiabilité de résultats scientifiques seul.

  • Construire un protocole expérimental seul.

  • Développer la capacité de travailler en équipe.

  • Exprimer des données scientifiques en anglais.

Profil de sortie des étudiants ayant suivi la formation

Les étudiants du parcours-type BGE sont prepares a poursuivre un travail de thèse ou d'entrer dans la vie active avec fonction d'Ingénieur d'Etude.
Les métiers de la recherche et l'enseignement supérieur (après un doctorat) et les métiers de l'innovation dans plusieurs secteurs industriels leur sont ouverts.
Le cadre théorique d'enseignement, qui va de la diversité évolutive des génomes à celle des populations et des écosystèmes microbiens, permet aux étudiants du parcours-type BGE de faire valoir leurs connaissances multiples sur toute une diversité de services écosystémiques au cœur des enjeux de société (environnements agronomiques ou naturels et réchauffement climatique, alimentation saine et durable, microbiote intestinal et santé, gestion des déchets et dépollution, maîtrise des données à haut débit, épidémiologie).

Débouchés de la formation

Les différents débouchés (Thèses, Ingénieur de Recherche, Ingénieur d'Etude) sont portés à la connaissance des étudiants. La publicité de cette formation est faite dans les laboratoires associés ainsi que dans les établissements (UVSQ, UEVE, UPS, APT) y participant.
Les débouchés du Master concernent à la fois les métiers de la recherche et l'enseignement supérieur (après un doctorat) et les métiers de l'innovation dans plusieurs secteurs industriels (voir liste citée ci-dessous).
Des spécialistes en génomique sont demandés dans de nombreux secteurs de la recherche en biologie fondamentale, en écologie, en biologie évolutive et en biologie médicale, y compris en cosmétique.
Des débouchés existent également en recherche-développement dans des entreprises, notamment dans le secteur de l'agroalimentaire, de la nutrition humaine et animale ou de la valorisation des déchets organiques en agriculture. Il y a donc un fort potentiel de débouchés sur des thèses CIFRE notamment.

Collaboration(s)
Laboratoire(s) partenaire(s) de la formation

MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé Humaine
Institute for Integrative Biology of the Cell - DRF/JOLIOT
Metagenopolis
Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires
Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement.

Programme

Acquisition des fondamentaux thématiques et les méthodologies moléculaires de l'étude de la diversité 1) dans le temps (Evolution/phylogénie), 2) dans l'espace (métagénomique) et 3) dans les populations (Génomique des population). Acquisition de la méthodologie propre à la construction d'un projet de recherche scientifique.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Métagénomique et génomique des populations 3 12 8
Interactions microbiennes / Microbial Interactions 3 20
Droit et Environnement 3
Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Préparation au stage 5 20
Interaction des microorganismes avec leur environnement 3 20 5 15
Genomique, Evolution & Phylogenie 5 50
attending a meeting 2 15
analyse de donnees en metagenomique 5 10 20 20
a day with the speaker 7 25 20

Partie pratique. Acquisition des méthodologies expérimentales en laboratoire. Présentation de l'état d'avancement du travail (stratégies, analyses, perspectives). Utilisation de l'anglais comme outil de langage de communication scientifique.

Matières ECTS Cours TD TP Cours-TD Cours-TP TD-TP A distance Projet Tutorat
Stage 27 20
Anglais - suivi de stage 3 27
Modalités de candidatures
Période(s) de candidatures
Du 15/01/2020 au 17/07/2020
Pièces justificatives obligatoires
  • Curriculum Vitae.

  • Lettre de motivation.

  • Tous les relevés de notes des années/semestres validés depuis le BAC à la date de la candidature.

Pièces justificatives complémentaires
  • Attestation de français (obligatoire pour les non francophones).

  • Curriculum UE (descriptifs des UE suivies) des deux dernières années.

  • Fiche de choix de M2 (obligatoire pour les candidats inscrits en M1 à l'Université Paris-Saclay) à télécharger sur https://www.universite-paris-saclay.fr/admission/etre-candidat-nos-formations-master.

  • Dossier VAPP (obligatoire pour toutes les personnes demandant une validation des acquis pour accéder à la formation).

Contact(s)
Responsable(s) de la formation
Jean-Luc FERAT - jean-luc.ferat@uvsq.fr