LDD3 Mathématiques, Sciences de la vie

Compétences à acquérir

Comprendre la méthodologie génétique eucaryote et procaryote, les spécificités de la génétique humaine Comprendre l’apport informatif des interactions génétiques

Description du contenu de l'enseignement

Apport de la génétique dans la compréhension d’un problème biologique. Méthodologies génétiques chez les eucaryotes et les procaryotes. Spécificités de la génétique humaine. Systèmes modèles: Cribles. Approfondissement du test de complémentation et signification des exceptions. Signification biologique des mutations gain et perte de fonction, haploinsuffisance. Cartographie. Apport informatif des interactions génétiques: 1) Suppression, mise en évidence d'interactants moléculaires, de redondance fonctionnelle 2) Additivité, Synergie, phénotype synthétique, colétalité, 3) épistasie, établissement de cascades fonctionnelles Génétique humaine: Transmission simple et complexe de syndromes familiaux. Cartographie, marqueurs moléculaires, haplotypes, études de liaison. Mutations et polymorphismes.

Pré-requis recommandés

Période : S5

Compétences à acquérir

mettre en pratique les connaissances théoriques abordées dans l'UE "De l’exploration des génomes à la fonction des macromolécules" dispensée au S5.

Description du contenu de l'enseignement

Cet enseignement vient en complément de l’UE « L’exploration des génomes à la fonction des macromolécules » du S5. En biologie moléculaire les étudiants acquerront des notions sur la biologie synthétique, les approches haut-débit et l’épigénétique/épigénomique. En biochimie, les étudiants complèteront leurs connaissances en enzymologie, analyse des séquences et structures des protéines et l’analyse/étude des membranes.

Pré-requis recommandés

Semestre S6. UFR des Sciences (campus d'Orsay).

Compétences à acquérir

OAV1. Acquérir des connaissances fondamentales sur l’organisation structurale des macromolécules biologiques. OAV2. Connaître les bases du fonctionnement des protéines et enzymes. OAV3. Consolider les bases de génétique et de biologie moléculaire. OAV4. Acquérir les outils associés à l’étude du polymorphisme moléculaire.

Description du contenu de l'enseignement

- Organisation, expression des génomes, transgénèse et détection d’OGM - Transmission héréditaire : phénotypage et génotypage moléculaire - Le polymorphisme moléculaire et son exploitation en génétique et biotechnologies - Bases des structures des protéines - Méthodologies pour étudier les protéines et les acides nucléiques - Quelques exemples de classes de protéines : structurales, membranaires, enzymes

Pré-requis recommandés

Semestre 1 (L3S5)

Compétences à acquérir

OAV1. Décrire, mémoriser, illustrer les grands processus cellulaires et leur dynamique : trafic intracellulaire, étapes de la maturation des protéines, transports membranaires, adhérence et motilité cellulaire, dynamique du cytosquelette, contribution du cytosquelette aux processus précédents. OAV2. Comprendre le concept de signalisation cellulaire et ses acteurs principaux; lister les grands types de récepteurs et leur mode d'action; mémoriser et illustrer certaines voies « classiques » de signalisation. OAV3. Décrire et schématiser les mécanismes moléculaires du contrôle du cycle cellulaire. OAV4. Décrire et schématiser la mort cellulaire par apoptose. OAV5. Décrire des techniques d’analyses couramment utilisées en biologie cellulaire; appliquer les connaissances de cours dans un contexte expérimental ; décrire et interpréter des résultats expérimentaux obtenus in vitro, in cellulo, in vivo ; illustrer ou formuler une synthèse d’un ensemble de résultats expérimentaux. OAV6. Réaliser des expériences simples de biologie cellulaire, analyser ces expériences à l’aide de logiciels adéquats et critiquer les résultats obtenus.

Description du contenu de l'enseignement

Cette UE complète la formation en biologie cellulaire acquise en L1 et L2. Elle s'organise autour de 3 thèmes illustrés avec des exemples physiologiques et pathologiques : I. Dynamique des processus cellulaires (trafic intracellulaire et transports) II Signalisation cellulaire (transduction du signal et réaction cellulaire) III Devenir des cellules (cycle et mort cellulaire) I Dynamique des processus cellulaires a) Trafic intracellulaire (adressage des protéines, endo- exocytose) b) Transport membranaire (diffusion, pompes, canaux) c) Cytosquelette (dynamique de polymérisation et son contrôle, moteurs moléculaires, interactions) d) Adhérence et mobilité cellulaire II Signalisation cellulaire a) Introduction à la biochimie de la transduction du signal (kinases/phosphatases, messagers secondaires) b) Échange d’informations avec l’environnement (récepteurs, messagers) c) Intégration du signal et réaction cellulaire (protéines G, tyrosine kinases, MAPK, échelle de temps, localisation subcellulaire) III Devenir des cellules a) Cycle cellulaire et son contrôle b) Mort cellulaire (apoptose,nécrose) Les TP couvrent les techniques suivantes: Culture cellulaire (cellules mammifères) / Transfection / Observation de la localisation sub-cellulaire de protéines-GFP / Test de viabilité cellulaire / Analyse quantitative d’images ou vidéos sur PC avec le logiciel ImageJ

Pré-requis obligatoires

Ceux de L1 et L2

Pré-requis recommandés

Semestre 1 (L3S5)

Bibliographie, lectures recommandées

Livres de biologie cellulaire tel que « Alberts et al., Biologie Moléculaire de la cellule » (certains chapitres)

Modalités d'organisation et de suivi

Les cours et les TD sont intercalés. Les TP sont concentrés sur 3 jours. Un compte rendu de TP est à rendre à l’issu de ceux-ci.

Compétences à acquérir

OAV1. Décrire et formaliser les fondements de la fonction cardiorespiratoire. L’étudiant sera capable de décrire l’anatomie du cœur et de l’appareil respiratoire ainsi que les éléments de base de la mécanique cardiorespiratoire. L’étudiant doit être capable de maitriser les lois physiques qui décrivent le mouvement de l’air entre l’atmosphère et les alvéoles, les échanges gazeux à travers la barrière alvéolo-capillaire, le transport des gaz respiratoires entre les alvéoles et le tissu, et l’écoulement du sang dans les vaisseaux sanguins. OAV2. Décrire les propriétés des cellules excitables (myocytes cardiaques et neurones) et schématiser le contrôle de la respiration et la modulation de la fonction cardiaque par le système nerveux. À l’issue de ces enseignements, l’étudiant devra être en mesure de citer un nombre limité de canaux ioniques intervenant dans la décharge des potentiels d’action cardiaques ainsi que les étapes qui relient l’excitation et la contraction du myocyte cardiaque. L’étudiant devra aussi être capable d’identifier les rôles du système nerveux dans la physiologie cardiorespiratoire : il sera capable de distinguer le rôle du système nerveux dans le "contrôle" et/ou dans la "modulation" de la fonction cardiorespiratoire. OAV3. Définir et mémoriser l’organisation anatomo-fonctionnelle et la physiologie de l’appareil digestif et de ses glandes annexes. À l’issue de cet enseignement l’étudiant sera capable de décrire l’anatomie et l’histologie de l’appareil digestif et de ses glandes annexes (le foie, le pancréas et la vésicule biliaire). Il devra définir les principales fonctions du tube digestif et leurs régulations par le système endocrinien et les systèmes nerveux central et entérique. Il identifiera/rappellera la transformation subie par les aliments lors des phases céphali que, buccale, gastrique et intestinale de la digestion, et il définira le rôle du foie et du pancréas dans la digestion intestinale des aliments. OAV4. Identifier et rappeler les principales voies métaboliques du catabolisme des glucides, des lipides et des protéines. À l’issue de cet enseignement l’étudiant doit être capable de décrire les voies métaboliques du catabolisme du glucose aérobie (glycolyse, cycle de Krebs et chaine respiratoire) et anaérobie (fermentation lactique ou alcoolique) et de construire le bilan énergétique de l’utilisation du glucose par la respiration et par la fermentation. On souhaite qu’il schématise les principales voies métaboliques du catabolisme des lipides (lipolyse, ß-oxydation et cétogenèse) et qu’il formule le bilan énergétique de la ß-oxydation des acides gras. Il devra retenir les voies métaboliques du catabolisme protéique (protéolyse et catabolisme oxydatif des acides aminés). OAV5. (Transversal) Collecter, analyser, interpréter et présenter des données scientifiques. Le but est que l’étudiant puisse se familiariser avec l’acquisition et l’analyse de données à partir de mesures des paramètres physiologiques (électrocardiogramme, pression artérielle, fréquence respiratoire et volume courant, consommation d’oxygène, régulation de la glycémie, analyse nutritionnelle...). On attend que l’étudiant soit capable de produire des résultats scientifiques cohérents, reproductibles, et de les analyser de façon autonome et critique. Il devra également décrire les conséquences de certaines dérégulations des appareils digestif et cardiorespiratoire sur le développement de maladies comme l’obésité, l’athérosclérose et l’ischémie cardiaque.

Description du contenu de l'enseignement

La physiologie puise dans des données apportées par l’anatomie et l’histologie pour comprendre les relations entre structure et fonction du corps et des organes qui le composent. Par ailleurs, la description des fonctions physiologiques nécessite également de connaitre les mécanismes cellulaires et moléculaires afin de comprendre l’ensemble du fonctionnement d’un organe. Dans ce sens, le module de Physiologie des Fonctions Cardiorespiratoires, Digestive et Métabolisme, offre une approche intégrée qui prend en compte les différentes échelles pour décrire certaines grandes fonctions. Le module est structuré en deux parties, l'une illustre les propriétés anatomiques, cellulaires et fonctionnelles du système cardio-respiratoire, et l'autre étudie le système digestif, le métabolisme et l'homéostasie énergétique. Ce module intègre les cours théoriques à des séances de travaux pratiques et dirigés. Physiologie cardiorespiratoire CM : - Anatomie du coeur et de l’appareil respiratoire - Révolution cardiaque - Loi de Poiseuille et réseau vasculaire - Système de conduction cardiaque - Potentiels d’action cardiaques - Modulation de la fréquence cardiaque par le système nerveux autonome (voies de signalisations associées) - Couplage excitation-contraction - Lois physiques du mouvement de l’air dans l’arbre respiratoire et échange et transport des gaz respiratoires (lois de Boyle-Marriot, Gay- Lussac, Fick) - Transport des gaz respiratoires par le sang - Rôle de l’hémoglobine dans le transport des gaz respiratoires et facteurs physiologiques et environnementaux qui en influencent le transport - Genèse du rythme respiratoire - Régulation mécanique de la ventilation pulmonaire par les récepteurs mécano-sensibles - pH sanguin et sa régulation : rôle des chémorécepteurs centraux et périphériques TP : - Histologie des voies r espiratoires - Electrocardiogramme - Adaptation à l’effort TD : - Fonction cardiaque - Fonction respiratoire - Physiopathologies Digestion & Métabolisme - Anatomie et physiologie de l’appareil digestif - Régulation nerveuse et endocrinienne des fonctions digestives - Rôle du pancréas et du foie dans le processus digestif - Métabolisme des nutriments (glucides, lipides et protéines) TP : - Analyse Nutritionnelle - Régulation hormonale de la glycémie - Impact de l’obésité et du diabète sur la régulation de la glycémie TD : - Digestion - Métabolisme des nutriments

Pré-requis obligatoires

Propriétés électriques de la membrane et potentiel d'action (niveau L2).

Pré-requis recommandés

Semestre 1 (L3S5)

Bibliographie, lectures recommandées

-Physiologie humaine : Une approche intégrée de Unglaub Silverthorn, Dee, Silverthorn, Andrew C, Johnson, Bruce R, Ober, William-C, ... ed. Pearson. -Physiologie Humaine de Vander et al., McGraw Hill's Primis Custom Publishing.

Modalités d'organisation et de suivi

L’UE se déroule principalement pendant la journée du lundi. La journée type est constituée par 2h de CM suivies par un TD le matin tandis que l’après-midi est dédié aux TP. Les TP sont effectués en binôme/trinôme et nécessitent la réalisation d’un compte-rendu commun qui sera noté. Certains TD prévoient un travail individuel sur des exercices notés.

Compétences à acquérir

Au terme de cet enseignement l'étudiant sera capable de : OAV1. Décrire les grands principes qui régissent les fonctions de nutrition et le métabolisme des végétaux terrestres. OAV2. Décliner les mécanismes de régulation et d'intégration des grandes voies métaboliques en fonction des besoins des plantes. OAV3. Démontrer quelles sont les stratégies d'acclimatation métabolique des plantes pour répondre aux contraintes de leur environnement. Le module aborde ces aspects par des approches théoriques (cours, analyse d'articles) et expérimentales d'écophysiologie (quatre journées pleines de travaux pratiques) complémentaires. Par l'accompagnement dont il bénéficiera, l'étudiant sera capable d'interpréter et discuter de résultats obtenus au regard des données de la littérature et de rédiger un compte-rendu sous le format d'un article scientifique.

Description du contenu de l'enseignement

Les plantes sont des organismes fixés à un support qui doivent en permanence faire face aux variations abiotiques (facteurs physiques comme la teneur en eau, la température, la luminosité, l'abondance en minéraux) de la niche écologique dans lesquelles elles sont implantées. Par le biais de cours magistraux, suivis d'exposés puis de quatre journées pleines de travaux pratiques d’écophysiologie sur les grandes voies métaboliques en rapport avec l’acclimatation aux conditions de l'environnement, les étudiants se familiariseront avec les capacités qu'ont les plantes de s'acclimater pour croître et survivre. Thèmes abordés: mécanismes et régulation de la photosynthèse; interactions métabolismes carbonés-azotés; spécificités et acclimatation du métabolisme végétal en réponse aux conditions de l’environnement.

Pré-requis obligatoires

Connaissances de base en Biologie Végétale, en Physiologie Végétale, en Biologie Moléculaire et Cellulaire

Pré-requis recommandés

Semestre 1 (L3S5)

Modalités d'organisation et de suivi

L'unité d'enseignement est organisée en 3 modalités d'enseignement permettant le passage progressif des connaisances académiques vers la littérature puis aux enseignements pratiques, en abordant les thématiques suivantes: (1) la nutrition carbonée des plantes et sa régulation, (2) la photorespiration, unique aux plantes, et les interactions entre métabolisme carboné et azoté, (3) les métabolisme azoté et soufré et leurs implications écologiques, (4) l'acclimatation des plantes aux variations des conditions abiotiques (physiques) de l'environnement (eau, température, lumière, minéraux), (5) le tout sous un angle de vue écophysiologique. Au cours succèderont des exposés des étudiants sur la littérature associée pour lesquels ces derniers seront accompagnés tant sur la plan théorique que pédagogique (capacité à retranscrire à l'oral à l'aide d'un support visuel), afin de renforcer les connaissances théoriques sur des exemples précis d'acclimation des plantes à leurs conditions environnementales fluctuantes. Le tout sera renforcé par une série de travaux pratiques pendants lesquels les étudiants seront accompagnés afin de pouvoir produire un compte-rendu sous forme d'un article scientifique. L'évaluation comporte un compte-rendu de travaux pratiques noté, une note d'exposé oral et un examen terminal écrit. L'examen écrit portera sur toutes les notions vues en cours, à l'occasion des exposés et des travaux pratiques.

Compétences à acquérir

OAV1. Appréhender la microbiologie dans son ensemble OAV2. Appréhender la classification et l’évolution des microorganismes OAV3. Décrire l’ultrastructure d’une cellule procaryote OAV4. Explorer la biodiversité morphologique, physiologique et métabolique des bactéries et archées OAV5. Explorer les différents aspects du règne fongique OAV6. Expliquer l'origine endosymbiotique des chloroplastes, témoins de la diversité et de l'histoire évolutive des eucaryotes unicellulaires OAV7. Appréhender l’utilisation des microorganismes dans l’industrie

Description du contenu de l'enseignement

Objectifs : Explorer la biodiversité microbienne, ses méthodes d’étude et son exploitation. Programme : Introduction à la microbiologie, histoire de la microbiologie Microscopies Évolution et biodiversité des microorganismes Procaryotes (bactéries et archées) : structure, diversité, métabolismes Bactériophages Champignons Protistes Microbiologie appliquée et industrielle

Pré-requis recommandés

Semestre 1 (L3S5)

Modalités d'organisation et de suivi

L’UE comprend 18h de cours magistraux et 27h de TD/TP. Les étudiants seront acteurs de leur apprentissage. En effet, ils devront à l’occasion de « classes inversées » réaliser des présentations/posters traitant de sujets touchant les nombreuses applications de la microbiologie (Antibiotiques, Bioremédiation, Phagothérapie, Produits fermentés etc…).

Compétences à acquérir

OAV1. Décrire et illustrer l’organisation anatomo-fonctionnelle globale du système nerveux central et périphérique, en sachant identifier les régions nerveuses associées à des fonctions nerveuses spécifiques complexes. Au terme de cet enseignement l’étudiant sera capable de rappeler l’organisation anatomique globale (sur coupes macroscopiques de cerveau) et le fonctionnement général des systèmes nerveux périphérique et central (modulation des réflexes spinaux), en sachant identifier les régions anatomiques associées à des fonctions nerveuses spécifiques complexes. Cet enseignement permettra également à l’étudiant d’élargir et de consolider ses connaissances en « neuro-anatomie fonctionnelle » en intégrant aux connaissances acquises, les concepts cellulaires et moléculaires fondamentaux impliqués dans la transmission et la communication nerveuse étudiés dans l’année antérieure. OAV2. Sur la base des connaissances théoriques et techniques acquises, analyser et interpréter des données expérimentales extraites de publications scientifiques, relatives à l’organisation anatomique globale et au fonctionnement général du système nerveux. À l’issue de cet enseignement, l’étudiant doit développer des compétences d’analyse de résultats expérimentaux relatifs à différentes mises en situations physiologiques ou pathologiques, de manière à intégrer les connaissances théoriques acquises sur des thèmes spécifiques de Neurosciences, ceci afin de résoudre des exercices basés sur des extraits de publications scientifiques. OAV3. Identifier les principales glandes endocrines, décrire leur rôle physiologique et la régulation de leurs sécrétions hormonales. À l’issue de cet enseignement, l’étudiant sera capable de décrire l’anatomie, l’histologie et la physiologie des principales glandes endocrines. L’étudiant doit être capable d’exposer le rôle : 1/ des Hormones thyroïdiennes et de la médullo-surrénale ; 2/ de la Parathyroïde dans la régulation de l’équilibre calcium/phosphate 3/ du pancréas endocrine dans la régulation de la glycémie. Par ailleurs, ces enseignements permettront à l’étudiant de s’approprier les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la régulation centrale de la prise alimentaire ainsi que dans le contrôle hormonal de la reproduction et de l’équilibre hydrominéral. OAV4. Lister et décrire les voies de signalisation contrôlées par les différentes hormones et leurs régulations dans un contexte physiologique et physiopathologique. Au terme de cet enseignement l’étudiant devra être capable de décrire et d’illustrer les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation impliquées dans le contrôle hormonal du métabolisme et de l’homéostasie des grands systèmes physiologiques. En particulier la signalisation des récepteurs couplés au protéines G, des récepteurs nucléaires, des récepteurs à activité tyrosine kinase et des récepteurs aux cytokines. L'étudiant devra également être capable de décrire et d’expliquer les conséquences des dérégulations de ses voies de signalisation sur le développement des maladies métaboliques notamment l’obésité, le diabète et l’athérosclérose. OAV5. Analyser, Interpréter et argumenter des données expérimentales. À l’issue de cet enseignement l’étudiant sera initié à la conception d’un protocole expérimental, à l’acquisition à l’analyse de données expérimentales collectés lors des TP (Electromyogramme, anatomie de l’encéphale, histophysiologie des glandes endocrines, régulation hormonale de la reproduction, régulation centrale de prise alimentaire) ainsi qu’à l’analyse et à la présentation de résultats scientifiques sous formes orale et écrite.

Description du contenu de l'enseignement

Objectifs : Le système nerveux central et le système endocrinien constituent les deux grands systèmes de communication de notre organisme. Ils assurent la transmission d’informations entre les tissus et les organes dans le but de réguler les nombreuses fonctions physiologiques de l'organisme et l’homéostasie de l’environnement intérieur. Dans ce sens, l’UE Physiologie des Régulations Endocrines et Neurosciences offre de solides connaissances théoriques dans le domaine de la physiologie endocrinienne et en neurophysiologie. Elle offre également une place importante aux enseignements pratiques afin que l’étudiant soit confronté précocement à la démarche expérimentale et puisse acquérir les bases des bonnes pratiques de laboratoire. Les enseignements de cette UE sont structurés en deux parties : 1/ des enseignements de Neurophysiologie, au terme desquels, l’étudiant maitrisera l’organisation anatomo-fonctionnelle globale des systèmes nerveux central et périphérique. Ces enseignements permettront à l’étudiant d’élargir et de consolider ses connaissances en neuro-anatomie fonctionnelle intégrant les concepts cellulaires et moléculaires fondamentaux impliqués dans la transmission et la communication nerveuse. 2/ des enseignements d’endocrinologie, au terme desquels, l’étudiant maitrisera l’organisation anatomique et la physiologie des principales glandes endocrines. Ces enseignements permettront à l’étudiant de s’approprier les mécanismes moléculaires et les voies de signalisation impliquées dans le contrôle hormonal du métabolisme et de l’homéostasie des grands systèmes de l’organisme dans un contexte physiologique et physiopathologique. Programme de la partie Neurophysiologie :

• Cours magistraux (10h)

Organisation générale du système nerveux central Contrôle spinal du mouvement Somesthésie Contrôle central du mouv ement

• Travaux pratiques (6h)

Electromyogramme (3h) Neuroanatomie (3h)

• Travaux dirigés (3h)

Techniques d’étude du SNC (3h) Programme de la partie Endocrinologie :

• Cours magistraux (11h)

Hormones thyroïdiennes et de la médullo-surrénale Parathyroïde et régulation de l’équilibre calcium/phosphate Hormones du pancréas endocrine Régulation hormonale de la reproduction Neuroendocrinologie de la prise alimentaire Contrôle hormonal de l’équilibre hydrominéral

• Travaux pratiques (9h)

Histologie des glandes endocrines (3h) Régulation centrale de la prise alimentaire (3h) Régulation hormonale de la reproduction (3h)

• Travaux dirigés (6h)

Neuroendocrinologie (2h) Récepteurs et signalisation cellulaire (2h) Régulation hormonale du métabolisme (2h)

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)

Bibliographie, lectures recommandées

• Physiologie humaine : Une approche intégrée de Unglaub Silverthorn, Dee, Silverthorn, Andrew C, Johnson, Bruce R, Ober, William-C, ... ed. Pearson.
• Neurosciences. Purves, Augustine et al. - (1999, 2006, 2010 … ed. De BOECK)

Modalités d'organisation et de suivi

L’évaluation des connaissances et des compétences consiste, pour la première session, en un examen écrit (contrôle terminal) qui représente 70% de la note finale et un contrôle continu (incluant les notes des comptes-rendus des TP, et la note du TD "Techniques d'étude du SNC") qui représente 30 % de la note finale. Pour l'ensemble des travaux pratiques, l'évaluation est basée sur la production d’un compte-rendu. Le TD Techniques d’étude du SNC est noté, l'évaluation consite en la présentation orale d'un poster. L’examen de la deuxième session consiste en une épreuve orale.

Compétences à acquérir

Au terme de cet enseignement, l’étudiant sera capable de : OAV1. Énumérer les grandes innovations et adaptations des végétaux au milieu terrestre, et les replacer dans leur contexte évolutif. OAV2. Démontrer les différentes stratégies adaptatives des végétaux (morpho-anatomiques et physio-métaboliques) en les connectant avec les caractéristiques majeures de leur milieu de vie (transition saisonnière, milieux extrêmes). OAV3. Décrire les principaux mécanismes (moléculaires, cellulaires et physiologiques) et principales voies de signalisation impliqués dans la réponse des plantes aux contraintes abiotiques (eau, sel, métaux lourds, changements climatiques – faibles/fortes températures, fort taux de CO2) et biotiques (organismes mutualistes/symbiotiques et parasitaires) de l’environnement. OAV4. Expliquer comment les variations environnementales impactent le développement des plantes et leurs écosystèmes, et comment ces dernières y répondent pour s'y adapter. Illustrer l'influence de ces variations sur les enjeux sociétaux et écologiques. OAV5. Appliquer un ensemble de techniques expérimentales variées et couramment utilisées dans le domaine des sciences du végétal, pour étudier l'influence de contraintes environnementales sur la croissance des plantes à différentes échelles (macroscopique, microscopique ou moléculaire/métabolique). Analyser, interpréter et discuter les résultats obtenus en regard des données de la littérature. Formuler des hypothèses et développer un esprit critique. Rédiger un compte-rendu écrit suivant le format d’un article scientifique.

Description du contenu de l'enseignement

Les plantes sont des organismes sessiles qui doivent constamment faire face à la pression exercée par des changements (contraintes ou facteurs de stress) de leur environnement biotique et abiotique. En réponse à une pression constante (ex : dérèglement climatique) ou une pression soudaine (ex : attaque d’un microorganisme), les plantes ont la capacité de répondre et de s’adapter à ces changements. Cette UE a pour objectif de donner aux étudiants une vision intégrée des réponses des plantes aux contraintes biotiques et abiotiques de l’environnement, et ceci à différentes échelles de l’organisme (de la cellule à l’organisme entier dans son environnement) et de temps. Programme détaillé : Cours (12h30) : 1. Innovations et adaptation des végétaux au milieu terrestre (1h) 2. Réponses des plantes aux contraintes abiotiques (eau, sel, température, métaux lourds) (3h) 3. Réponses des plantes aux contraintes biotiques (phytopathologie, symbiose) (7h) 4. La réponse redox des plantes au changement climatique (1h30) TD (4h30) : 1. Adaptations de l'appareil reproducteur en relation avec le mutualisme de pollinisation (1h30) 2. Contraintes abiotiques (1h30) 3. Analyse d’articles (intégration des signaux) (1h30) TP (28h) : 1. Adaptations de l'appareil végétatif à la contrainte hydrique (3h) 2. Réponses moléculaires, cellulaires et métaboliques de plantes soumises à un stress salin (9h) 3. Rôle de l’acide salicylique et de l’état redox cellulaire dans la résistance d’Arabidopsis thaliana à la bactérie phytopathogène Pseudomonas syringae pv. tomato (9h) 4. Analyse d’une interaction symbiotique et de l’impact du stress salin sur celle-ci (7h)

Pré-requis obligatoires

Connaissances de base (niveau L2) en biologie végétale, physiologie végétale, biologie moléculaire et cellulaire, microbiologie.

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)

Modalités d'organisation et de suivi

L’UE est organisée en 2 blocs thématiques : après une brève introduction sur l’adaptation des plantes au milieu terrestre, l’UE se focalisera sur 1) les réponses des plantes aux contraintes abiotiques (stress salin, stress hydrique, températures extrêmes, fort CO2), et 2) les réponses des plantes aux contraintes biotiques (interactions parasitaires et mutualistes/symbiotiques). Chaque bloc comporte une partie de cours, complétée par plusieurs séances de TP visant à renforcer les connaissances théoriques et pratiques sur des exemples précis d’adaptation des plantes aux contraintes de l’environnement. En fin d’UE, une séance de TD sous la forme d’une analyse d’article permettra de mettre en relief un des aspects abordés lors du cours interactions symbiotiques. L’évaluation de l’UE comporte 3 comptes-rendus notés de TP (dont 2 seront à rédiger sous la forme d’un article scientifique), un exercice noté (analyse de données issues de la littérature menée en parallèle d’expériences lors d’un TP), et une note d’examen écrit terminal. L’examen écrit porte sur toutes les notions vues au cours de l’UE (cours, TD et TP).

Compétences à acquérir

OAV1. Définir les différents types d’association des micro-organismes avec un hôte. Notion de microbiote, de micro-organismes opportunistes. OAV2. Lister et expliquer les principaux mécanismes de défense anti-bactérienne chez l’être humain. OAV3. Citer et décrire les principaux mécanismes de virulence des agents infectieux (bactéries, virus, champignons, protistes) et les conséquences physiopathologiques de cette virulence chez l’hôte infecté. OAV4. Citer des agents infectieux et décrire leurs principaux traits physiologiques en lien avec leurs stratégies d’infection à partir d’études de cas cliniques. OAV5. Énumérer et décrire les principales techniques de diagnostic des pathologies infectieuses et leurs traitements. OAV6. Citer plusieurs exemples de facteurs de virulence et exposer leur mécanisme d’action. Citer et décrire plusieurs méthodes permettant d’identifier des facteurs de virulence. OAV7. Interpréter des données expérimentales d’articles scientifiques visant à identifier des facteurs de virulence. Mettre en place une stratégie pour tester la fonction d’un gène potentiellement impliqué dans la pathogénie.

Description du contenu de l'enseignement

La pathogénie racontée par des pharmaciens, des physiopathologistes, des biochimistes et des biologistes moléculaires: Regards croisées à partir de quelques exemples Comprendre les infections observées sur l’organisme entier à partir des processus moléculaires et cellulaires Mener une réflexion combinant différentes échelles d’analyse, de la molécule à l’organisme en passant par la cellule La partie Clinique est sous la responsabilité de JC Marvaud, la partie moleculaire sous la responsabilité de Nicolas Bayan. Plan du cours: A- Cours introductifs 1- Les interactions hôtes pathogènes Interaction hôtes-microorganismes Bactéries pathogènes et bactéries opportunistes 2- Microbiote intestinal et infections digestives bactériennes et virales Généralités sur le microbiote Principaux pathogènes bactériens et viraux 3- La réponse de l’hôte à une infection microbienne Les barrières naturelles La phagocytose Les anticorps Le complément B- Exemples de grands pathogènes (Cours et TD) 1- Les infections à pneumocoques 2- Les infections à E. coli 3- Le cas d’Helicobacter pylori 4- Les infections virales (VIH, maladie éruptives, grippes) 5- Un cas de champignon opportuniste (cryptoccus neoformans) 6- Mycobacterium tuberculosis: pathogène primaire ou opportuniste

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)

Modalités d'organisation et de suivi

L'ensemble est organisé selon le schéma suivant: Une periode de cours intensifs suivie par une période de TD consistant en des analyses de données et des études de cas cliniques. Deux TD seront consacrés à chaque pathogène (ou groupe) étudié, 1 pour l'aspect clinique et 1 autre pour l'aspect moleculaire. Un partiel est organisé au milieu du semestre pour un controle de l'acquis des connaissances des cours avant la phase de TD.

Compétences à acquérir

OAV1. Reformuler un problème biologique en prenant en compte la dimension évolutive. OAV2. Savoir choisir les concepts évolutifs pertinents par rapport au problème à traiter. OAV3. Répondre à un problème biologique en utilisant l'information évolutive disponible. OAV4. Savoir apprécier les échelles de temps et replacer l’origine évolutive de grands groupes taxinomiques. OAV5. Comprendre la relation entre l'évolution et le développement : l'évo-dévo. OAV6. Comprendre la relation entre l'écologie, l'évolution et le développement : l'éco-évo-dévo. OAV7. Savoir construire, lire et interpréter un arbre phylogénétique d'espèces. OAV8. Savoir construire, lire et interpréter un arbre phylogénétique de gènes. OAV9. Savoir reconnaître des gènes homologues et déterminer s’ils sont des orthologues, paralogues ou ohnologues. OAV10. Comprendre et calculer le taux de substitutions au cours de l'évolution d'un gène. OAV11. Savoir identifier sur un arbre phylogénétique les homologies primaires et secondaires ainsi que les homoplasies. OAV12. Décrire les interactions durables entre organismes et leurs conséquences évolutives (coévolution, eusocialité). OAV13. Connaitre les grandes étapes de l'évolution de la lignée humaine et savoir les placer dans le temps. OAV14. Comprendre et expliquer l'origine de la diversité morphologique et culturelle chez l'homme. OAV15. Comprendre l'origine de la sexualité et ses différentes modalités.

Description du contenu de l'enseignement

Avec comme fil conducteur les relations phylogénétiques entre les taxons, la diversité biologique est mise en relation avec des mécanismes et des scénarios évolutifs. Les méthodologies propres à ce domaine sont d’abord vues : construction de phylogénies, analyse de caractères sur une base phylogénétique, concepts permettant de lier évolution moléculaire et phénotypique. Des exemples sont ensuite discutés en utilisant des supports écrits, des supports audiovisuels et de la recherche dans des bases de données.

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)

Maîtriser les outils mathématiques permettant de traiter un grand nombre de problèmes du domaine des probabilités.

• axiomes des probabilités
• variables aléatoires réelles, caractérisations de leurs lois par la fonction de répartition, définition des variables aléatoires discrètes et à densité
• lois de probabilités usuelles : Bernoulli, binomiale, binomiale négative géométrique, Poisson, uniforme, gaussienne, exponentielle, gamma, Cauchy…
• transformations de variables aléatoires par la méthode de la fonction muette
• simulation par inversion de la fonction de répartitition
• espérance, variance, moments
• couples et vecteurs aléatoires, indépendance et corrélation
• suites de variables aléatoires et convergences
• loi des grands nombres, théorème central limite
• vecteurs gaussiens

Manipuler les fonctions de plusieurs variables, comprendre la notion de différentielle, connaître et comprendre les théorèmes fondamentaux (inversion locale, fonctions implicites), acquérir les outils de base pour l’étude de problèmes d’optimisation.

• Fonctions d’une variable : dérivabilité, égalité des accroissements finis, courbes paramétrées.
• Espace vectoriel normé : norme et produit scalaire ; distance, ouverts et fermés ; convergence des suites, continuité des fonctions ; compacité, équivalence des normes dans R^n.
• Différentiabilité des fonctions de R^n dans R^p ; dérivées partielles, jacobiennes ; différentielles des fonctions composées ; théorèmes des accroissements finis, fonctions C^1 ;
• Théorème d’inversion locale ; Théorème des fonctions implicites ; Hypersurface de R^n ;
• Différentielles et dérivées partielles d’ordre supérieur ; fonctions C^k ; matrice hessienne ; formule de Taylor ;
• Extremums des fonctions de R^n dans R ; condition nécessaire et suffisante d’extremum ; cas des fonctions convexes ; extremums liés et multiplicateurs de Lagrange.

Maîtriser la notion d’intégrabilité ainsi que les propriétés de l’intégrale de Lebesgue. Savoir appliquer les grands théorèmes de l’intégrale de Lebesgue (convergence monotone et dominée, intégrale à paramètre, Fubini, changement de variable).

Rappels sur l’intégrale de Riemann et les limites de suites de fonctions. Intégrale de Lebesgue sur R, théorèmes de convergence monotone et de convergence dominée, exemples de fonctions intégrables, intégrales dépendant d'un paramètre. Intégrale de Lebesgue sur R^d (généralisation de la construction précédente), théorème de Fubini, changement de variable. Espaces L¹ et L². Présentation de la convolution et de la transformée de Fourier sur L¹.

Comprendre ce qu’est une EDO et savoir représenter les champs de vecteurs, portraits de phase et les solutions pour différentes données et paramètres. Comprendre et savoir appliquer les principaux résultats d’analyse concernant l’existence, l’unicité et la régularité des solutions. Maîtriser les outils permettant de résoudre exactement les edo linéaires et à variables séparées. Maîtriser les outils d’analyse numérique et de calcul scientifique pour résoudre numériquement une edo et étudier les propriétés de convergence de la solution approchée vers la solution exacte.

Pré-requis : Topologie de R^N, compacité, application contractante, intégration numérique.

Théorie des Equations différentielles ordinaires (EDO). EDO du premier ordre linéaire et à variables séparées. EDO d’ordre supérieur et systèmes d’EDO. Théorème de Cauchy-Lipschitz, Théorème des bouts, Continuité de la solution vis-à-vis des paramètres. Exercices sur des résolutions d’EDO, calcul de temps d’existence, propriétés des solutions. Schémas numériques pour les EDOs : étude des méthodes à un pas, notion de convergence (consistance, stabilité et convergence, ordre des schémas). Travaux dirigés sur ordinateurs avec programmation en python.

Se familiariser avec la notion d'espace de Hilbert qui généralise celle d'espace euclidien en dimension infinie

• Rappels sur les espaces vectoriels normés et de Banach
• Espace préhilbertien, inégalité de Cauchy-Schwarz, orthogonalité, projection sur un convexe complet
• Espace de Hilbert, dual d'un espace de Hilbert, théorème de Riesz, base hilbertienne.

Attendus de l'UE Langue-Anglais4 : Niveau B2+/C1 dans les 5 compétences linguistiques.

ANGLAIS DE SPÉCIALITÉ. Cette UE s'inscrit dans la continuité de l'UE Langue-Anglais3 et le travail sur la langue de spécialité (scientifique et/ou à visée professionnelle) : on prolongera l'approche actionnelle dans les 5 compétences et on s'attachera à la préparation de l'étudiant aux différentes tâches liées à son activité scientifique telles que la rédaction d'un compte rendu d'expérience, le commentaire d'un graphique, la desciption d'un processus mais aussi à son insertion dans le monde professionnel : rédaction d'un CV ou d'une lettre de motivation en vue d'un stage... On proposera une initiation au débat ainsi qu'un entraînement à la certification CLES 2. Le travail se fera par groupes de niveau.

Acquérir les outils mathématiques d’analyse numérique matricielle notamment les différents algorithmes de décompositions de matrices, les méthodes de résolution de systèmes linéaires et de problèmes aux valeurs propres.

Différentes méthodes de résolution de systèmes linéaires seront étudiées : les méthodes directes par décomposition LU et QR, les méthodes itératives de type Jacobi, Gauss-Seidel, relaxation. Différentes méthodes de recherche de valeurs propres et de vecteurs propres seront également étudiées, notamment dans le cas particulier des matrices symétriques. La notion de conditionnement sera évoquée afin de comprendre le comportement des erreurs numériques. Toutes ces notions seront appliquées en particulier à la matrice obtenue par discrétisation de l’opérateur Laplacien en dimension un par la méthode des différences finies.

Compétences à acquérir

Les objectifs d'apprentissage visés sont les suivants : OAV1. Expliquer les rôles des principaux acteurs moléculaires et cellulaires du système immunitaire :

• Mémoriser les types de cellules du système immunitaire.
• Comprendre le principe de distinction entre le soi et le non soi et la notion d'antigène.
• Identifier les mécanismes d'action de l'immunité innée et de l'inflammation.
• Expliquer la diversité et la spécificité des récepteurs aux antigènes des lymphocytes (BCR et TCR).
• Énumérer les types d'anticorps, leurs propriétés et leur mode de production.
• Comprendre les rôles des anticorps dans les réponses immunitaires.
• Illustrer le lien entre un antigène, une classe d'anticorps, leurs récepteurs cellulaires, les actions cellulaires et la nature de la réponse immunitaire.
• Décrire le principe de la présentation d'antigène, les acteurs et les mécanismes moléculaires.
• Illustrer le lien entre la source d’un antigène, son mode de présentation aux lymphocytes T et la réponse immunitaire initiée.
• Expliquer les rôles des lymphocytes T dans les réponses immunitaires à l’aide d’exemples.
• Identifier les mécanismes d'une réponse immunitaire en fonction de la nature de l'antigène.

OAV2. Expliquer les cycles de vie des virus animaux et leurs interactions avec l’hôte :

• Définir les composants d’un virus et expliquer les structures des virus.
• Expliquer les principes de classification des virus.
• Énumérer et décrire les différentes étapes des cycles viraux à l’aide d’exemples.
• Expliquer et comparer les stratégies de réplication virale selon la nature du génome viral.
• Décrire des stratégies virales pour échapper aux facteurs immunitaires et cellulaires de l'hôte (à l'aide d'exemples).
• Décrire les stratégies de vaccination et les principes d’action de molécules antivi rales.
• Expliquer comment les virus peuvent être utilisés comme outils pour étudier des processus biologiques ou en thérapie (ex : transfert de gènes, virus oncolytiques).
• Décrire et interpréter de façon critique des données expérimentales liées à l’étude des cycles viraux : études des mécanismes d’entrée virale, identification d’un nouveau virus, interactions virus-hôte.

OAV3. Expliquer et choisir des méthodes d'expérimentation en immunologie et virologie

• Analyser des données de cytométrie en flux et tirer une conclusion pour un cas clinique.
• Réaliser une titration d’anticorps par une méthode de référence, analyser les données et tirer une conclusion.
• Présenter des expériences d'immunologie dans leur contexte, avec leur méthodologie et conclusions.
• Identifier les applications expérimentales des anticorps.

Description du contenu de l'enseignement

L’objectif de cette unité d’enseignement est de délivrer un enseignement intégré d’Immunologie et Virologie en donnant aux étudiants les connaissances de base dans ces deux domaines. L’étude des principaux éléments du système immunitaire et l’analyse des mécanismes effecteurs de la réponse immunitaire seront présentées. Les concepts généraux de virologie seront abordés en mettant en lumière les interfaces avec la biologie cellulaire, la biologie moléculaire et l’immunologie. Les cours magistraux (20H) seront présentés en deux grandes parties et illustrés par les TD (16H) et les TP (9H) : Immunologie :

• Le système lymphoïde (cellules, organes lymphoïdes, lymphe)
• Antigène, anticorps et lymphocytes B (anticorps, BCR…)
• Complexe majeur d’histocompatibilité et présentation de l’antigène
• Lymphocytes T (TCR et activation)
• Effecteurs lymphocytaires (activité cytotoxique/helper, coopération)
• Immunité innée et inflammation

Virologie :

• Introduction générale : structure et classification des virus, cycle viral
• Stratégies de réplication virale
• Interaction virus – cellule hôte (entrée des virus dans la cellule, utilisation du cytosquelette, sortie des virus de la cellule)
• Interactions virus – système immunitaire : mécanismes d’échappement immunitaire
• Virologie appliquée

Deux séances de travaux pratiques permettront aux étudiants de manipuler des outils de base en immunologie et virologie : TP1 Cytométrie en flux (3H) : analyses de données par ordinateur. TP2 ELISA (6H) : détection d’anticorps antiviraux à l’aide d’outils immunologiques.

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)

Bibliographie, lectures recommandées

"Les bases de l'immunologie fondamentale et clinique", ed. Elsevier Masson, 4ème édition (2013 - version française de la 3ème édition en anglais). "Basic Immunology : Functions and Disorders of the Immune System", ed. Saunders, 4th edition (2012). "Principles of Virology", ed. American Society for Microbiology; 4ème édition (2015)

Modalités d'organisation et de suivi

Au cours de chaque séance de TD (x8), 30 minutes seront consacrées à des exposés réalisés par les étudiants. Ces exposés, préparés en binôme ou trinôme, porteront sur des techniques couramment utilisées en immunologie et virologie. Chaque séance de TP (x2) fera l'objet d'un compte-rendu dans lequel il est attendu une analyse critique des données expérimentales. Au cours du semestre, des questionnaires en ligne de type QCM et/ou QROC pourront être proposés aux étudiants pour leur permettre de tester les connaissances acquises.

Compétences à acquérir

Au terme de cet enseignement, l’étudiant ou l'étudiante sera capable de : OAV1. Décrire et comparer les grandes étapes du développement chez différentes espèces modèles (Drosophile, Xénope, Poulet, Arabette). Utiliser les approches de biologie évolutive du développement (évo/dévo) pour expliquer l’apparition et/ou l’évolution de caractères clés au sein des métazoaires et des plantes à fleurs (gènes homéotiques). OAV2. Décrire et expliquer, à différentes échelles et chez différents modèles (vertébrés et plantes à fleurs), le principe des inductions embryonnaires (mise en place des grands axes, segmentation et régionalisation de l’embryon). Expliquer la notion d’information de position, de centre organisateur, et de contrôle spatio-temporel. Illustrer, à l’aide de 2 exemples, la régionalisation tissulaire chez les animaux (induction du tissu neural et mise en place du bourgeon de membre). OAV3. Décrire de façon intégrée les mécanismes moléculaires impliqués chez les végétaux dans le maintien des cellules souches au sein des méristèmes apicaux. Détailler les caractéristiques des voies de signalisation du développement post-embryonnaire végétal vues en cours : signaux hormonaux et environnementaux (lumière). OAV4. Décrire les techniques couramment utilisées en biologie du développement (greffe, ablation, hybridation in situ, immuno-détection, détection de gènes rapporteurs, fusions protéiques, marqueurs fluorescents) et choisir la/les techniques appropriées pour répondre à des questions de développement. Utiliser les bases de données du NCBI et des outils simples d’analyse de séquence pour construire la structure de l’unité de transcription d’un gène eucaryote. OAV5. Appliquer un protocole expérimental pour réaliser, à l’aide d’outils appropriés, des observations et/ou des mesures. A nalyser, interpréter et discuter les résultats obtenus. Rédiger un compte-rendu écrit suivant le format d’un article scientifique. OAV6. Décrire et interpréter des résultats expérimentaux, modéliser une cascade de régulation génétique sous forme de schémas, dans le contexte d’un organisme en développement, en tenant compte de l’espace et du temps. Formuler des hypothèses à partir de ces analyses et proposer des expériences permettant de tester ces hypothèses. OAV7. Concevoir un protocole expérimental visant à identifier les séquences régulatrices d’un gène de développement.

Description du contenu de l'enseignement

Cette UE a pour objectif : 1. D’acquérir des connaissances sur les processus fondamentaux du développement à l’échelle moléculaire, cellulaire et de l’organisme chez les animaux et les végétaux. 2. De comprendre les approches génétiques et moléculaires utilisées pour mieux appréhender ces mécanismes. 3. De connaître et maîtriser certains des outils expérimentaux utiles dans ce domaine. Programme détaillé : Cours (18h30) :

• Développement animal – Modèle Drosophile (7h30)
• Développement animal – Modèle Vertébrés (4h30) + quizz (30 min)
• Développement végétal – Modèle Plantes à fleurs (6h)

TD (18h) :

• Techniques/Méthodologies appliquées à la biologie du développement
• Bioinformatique
• Analyse de profils d’expression de gènes au cours du développement embryonnaire précoce
• Réseau génétique et segmentation moléculaire
• Enhancers et contrôle spatial de l’expression de gènes
• Dissection de séquences régulatrices
• La régionalisation du système nerveux embryonnaire
• Mise en place du bourgeon de membre
• Approches Evo/Devo : étude des gènes homéotiques
• Différenciation cellulaire chez les végétaux
• Photomorphogenèse

TP (8h30) :

• TP-BA (2h) : Analyse phénotypique d’une perte de fonction hunchback
• TP-BV1 (3h30) : Effet de la lumière et de la température sur le développement précoce d’Arabidopsis thaliana – mise en place des expériences
• TP-BV2 (3h) : Effet de la lumière et de la température sur le développement précoce d’Arabidopsis thaliana – mesures et analyse des résultats

Pré-requis obligatoires

Pré-requis obligatoires :

• Rappeler l’organisation d’un animal et d’un végétal à différentes échelles (L1S2).
• Décrire les grandes étapes de leur développement embryonnaire et post-embryonnaire (L2S4).
• Différencier quelques modalités de morphogenèse à l’échelle cellulaire : division cellulaire, migration, expansion cellulaire, différenciation (L2S4).
• Décrire la structure et l’expression d’un gène eucaryote en identifiant les différents niveaux de sa régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle (L1S1, L2S4 et L3S5).
• Décrire une voie de signalisation impliquant les étapes ligand-récepteur-second messager-réponses cellulaires (L2S4 et L3S5).

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)

Modalités d'organisation et de suivi

L’UE est organisée en 3 blocs thématiques : 1) Développement animal – Modèle Drosophile, 2) Développement animal – Modèle Vertébrés, et 3) Développement végétal – Modèle Plantes à fleurs. Chaque bloc comporte une partie de cours, complétée par plusieurs TD visant à illustrer les connaissances théoriques sur des exemples précis, et des TP. Un quizz sur la gastrulation aura lieu au début de la partie Modèle Vertébrés, de façon à vérifier les acquis sur ce point, avant de passer au développement du système nerveux. L’évaluation de l’UE comporte 2 comptes rendus de TP notés, 1 exercice noté, et une note d’examen écrit terminal. L’examen écrit porte sur toutes les notions vues au cours de l’UE (cours, TD et TP).

Compétences à acquérir

À l’issue de cette UE, les étudiant?es seront capables de : OAV1. Expliquer comment les interactions plurispécifiques structurent les communautés. OAV2. Montrer les liens entre structure des communautés et flux de matières et d’énergie en utilisant différentes approches (interaction entre organismes, isotopes stables). OAV3. Justifier comment la crise de la biodiversité affecte le fonctionnement des communautés et des écosystèmes. OAV4. Identifier les processus fondamentaux du fonctionnement des écosystèmes aquatiques de l’échelle des communautés à celle du bassin versant et réaliser un diagnostic de l’état d’un écosystème aquatique. OAV5. Mobiliser des concepts et outils des mathématiques, de la physique et de la chimie dans le cadre des problématiques d’écologie des communautés et des écosystèmes

Description du contenu de l'enseignement

Les enseignements du module se repartissent en 22,5h de cours et 22,5h de TP. PROGRAMME : Liens structure des communautés et flux dans les réseaux trophiques (COURS 3h) Biogéo insulaire, compétition et prédation, réseaux trophiques, crise Biodiversité, écologie de la conservation (COURS 7,5h) Relations interspécifiques, foraging ecology, comportement prédation (COURS 3h) Écologie aquatique (COURS 3h, TP 3h) Isotopes stables (COURS 3h, TP isotopes stables et réseaux trophiques 3h) I2M2 (COURS 1,5h, TP 3h) Microbio (COURS 1,5h, TP 3h) Réponse fonctionnelle + dynamique des communautés (TP 6h) Bilan hydrique BV (TP 4,5h)

Pré-requis recommandés

Semestre 2 (L3S6)