Les travaux conduits au EMDS sont centrés sur l’écosystème microbien digestif et ses interactions avec l’hôte et l’environnement.
L'EMDS s'intéresse aux interactions bactéries-hôte et bactéries-bactéries au sein de cet écosystème dont une des fonctions est un effet barrière contre les micro-organismes pathogènes. Les travaux se divisent en trois axes tous liés au microbiote intestinal :
- Axe 1 : Clostridium difficile et ses interactions avec l’hôte
- Axe 2 : Etude moléculaire du microbiote intestinal et sa modulation par les conditions environnementales
- Axe 3 : Transfert de gènes de résistance aux antibiotiques dans le tube digestif : étude des transposons conjugatifs chez les Clostridia.
