M2 Agents infectieux - interaction avec leurs hôtes et l'environnement

Delphine Sitterlin Elyanne Gault.

L’UE se déroule sur 1 semaine, et est constituée de conférences de 2 heures données par des chercheurs, dont la recherche porte sur la thématique abordée lors de la conférence. L’évaluation de l’UE est constituée d’un examen écrit où il est demandé à l’étudiant de répondre à quelques questions synthétiques sur les conférences et d’analyser un article scientifique en lien avec l’adaptation des virus.

Cette UE portera sur les relations qui existent entre les virus et leurs hôtes, et plus particulièrement sur les stratégies d'adaptation que doivent mettre en place les virus pour se multiplier dans leur hôte (bactéries ou organismes eucaryotes). Dans ce cadre seront abordés :

1) l’origine des virus, ainsi que leur adaptation aux environnement extrêmes,
2) l'importance de la variabilité génétique dans l’adaptation du virus à son hôte,
3) la capacité de certains virus à persister dans l’organisme et pour certains à induire des cancers,
4) l'importance des vecteurs de transmission dans la propagation des virus,
5) les conditions d'émergences de nouveaux virus,
6) les stratégies d'échappement des virus aux défenses de leurs hôtes.
7) les stratégies d’adaptation des agents non conventionnels (prions, transposons, virus défectifs) qui ont des modes de multiplication et de fonctionnement proches des virus classiques.
Cette UE permettra à l’étudiant d’acquérir une vue d'ensemble des différents niveaux d’adaptation mis en jeu lors d’une infection virale. L’étudiant aura l’opportunité de discuter avec des chercheurs spécialistes du domaine.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation. Néanmoins, il serait souhaitable d’avoir suivi un cours introductif sur les virus en master 1.

Novembre.

VERSAILLES

Elisabeth Delarocque-Astagneau Lulla Opatowski.

Le cours a lieu pendant deux semaines complètes. Il s’articule autour d’une alternance de cours théoriques et d’applications pratiques basées sur des études de cas, simulations et des exercices sur Excel. Il inclue également des interventions d’acteurs des agences de santé publiques ou de laboratoires. L’évaluation se fait sur la base d’un examen terminal écrit.

L’UE abordera, à travers des cours théoriques, des études de cas et des exercices pratiques sous Excel :
- les déterminants et la conduite de situations de crise épidémiques et sanitaires,
- les enjeux de santé publique,
- la fonction des différents acteurs de l'organisation de la sécurité sanitaire, au national et à l’international,
- la surveillance des maladies infectieuses, les principes de l’investigation d’une épidémie

L’UE apportera une maitrise :
- des différents types d’études épidémiologiques et leurs principales applications dans le domaine des maladies infectieuses
- des outils statistiques nécessaires pour l’interprétation et l’analyse des données (tests statistiques, analyse cout efficacité)
- de l’analyse critique d’article utilisant ces méthodes

Exemples :
- études épidémiologiques : cohortes, cas-témoins, investigations d’épidémies (hépatites virales, maladies d’origine alimentaires, infections émergentes, Cholera, Malaria …)
- études d’efficacité vaccinale (dengue, hépatite E, papillomavirus, choléra, grippe)
- anticipation et gestion de l'émergence et du risque de pandémie (Coronavirus (MERS-CoV), virus zika, grippe H5N1, H1N1…)
- résistance aux antiinfectieux.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation.

Www.santepubliquefrance.fr www.ecdc.europa.eu Infectious Disease Surveillance, Nkuchia M. M'ikanatha Ruth Lynfield Chris A. Van Beneden Henriette de Valk, September 2007 Epidémiologie de terrain - Méthodes et applications, François Dabis, Jean-Claude Desenclos John Libbey ed Statistiques Epidémiologie Thierry Ancelle Maloine.

Septembre.

MONTIGNY-LE-BRETONNEUX

Nadia Haddad Sophie Le Poder.

Enseignement théorique sous forme de conférences interactives de 1 à 2 h avec le chercheur faisant la conférence. Si possible : visite du musée historique de l’ENVA : Musée Fragonard.

Examen écrit avec notes et documents (durée 3h), incluant : - Des questions portant sur les conférences - Des questions portant sur une analyse d’article (distribué le premier jour de l’UE).

Cette UE vise à sensibiliser aux problématiques de la santé animale et de la santé publique dans une approche globale de la santé « Une seule santé, un seul environnement ». La circulation des agents pathogènes chez les animaux d’élevage ou de compagnie et dans la faune sauvage est présentée à l’aide d’exemples. Certaines de ces maladies ont un impact économique et écologique considérable. D’autres, zoonotiques, affectent la santé humaine.

Seront abordées en fonction de l’actualité épidémiologique :

1/ Des notions générales sur la circulation des agents pathogènes animaux et zoonotiques dans les écosystèmes, notamment au sein de la faune sauvage, sur la notion de barrière d’espèces, de catégories d’hôtes (réservoirs, hôtes relais, vecteurs…), de modes de transmission, de méthodes d’étude de la diversité des agents pathogènes.

2/ L’illustration de ces notions par des exemples de maladies bactériennes, virales, parasitaires ou fongiques, d’importance économique et/ou zoonotique : tuberculose, morve et mélioïdose, rage, West Nile, fièvre catarrhale ovine, fièvre aphteuse, Ebola, parasitoses des poissons, varroose de l’abeille, aspergillose, mycoses émergentes de la faune sauvage.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation.

Asokan G.V., Asokan V. Bradford Hill's criteria, emerging zoonoses, and One Health. J Epidemiol Glob Health. 2016 Sep;6(3):125-9. Bonita R., et al. Eléments d’épidémiologie. Ed. OMS (2ème éd), 2010, 233 p. Christou L. The global burden of bacterial and viral zoonotic infections. Clin Microbiol Infect. 2011 Mar;17(3):326-30. Guégan J.-F., et al. Chapitre 9 : Écologie de la santé : le macroscope, un nouvel outil ! in « Thomas F., Guégan J.-F. et Renaud F. Ecologie et évolution des systèmes parasités ». Ed. De Boeck (2ème éd), 2012, p. 301-344 McMahon BJ, et al. Ecosystem change and zoonoses in

Octobre.

Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort (ENVA)

Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Pharmacie et Médecine de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Médecine et des Sciences de l'Université Versailles-Saint-Quentin Chercheurs de Paris-Saclay (I2BC, Micalis) Intervenants extérieurs, spécialistes de leur domaine.

L'UE se déroule en totalité dans une salle dédiée à la faculté de Pharmacie située à Châtenay-Malabry.

Les étudiants acquerront des connaissances approfondies sur les mécanismes moléculaires et cellulaires sous-tendant la virulence de micro-organismes "modèles" au travers de séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine, ainsi que sur les méthodes utilisées pour l'étude de ces interactions. Deux ateliers dirigés sur ces méthodes seront organisées. Les étudiants seront également entraînés à l'analyse critique d'articles scientifiques avec comme objectif secondaire d'apprendre à élaborer une démarche scientifique permettant de répondre à une question donnée dans le domaine des interactions hôte-micro-organisme.

L'objectif de cette UE est d'expliquer comment les interactions entre un micro-organisme (bactérie, virus, parasite) et son hôte peuvent aboutir au développement d'une pathologie infectieuse et de sa symptomatologie clinique. Le phénomène de virulence sera déchiffré d'un point de vue moléculaire et cellulaire, au travers d'exemples pertinents de maladies infectieuses humaines, présentées dans leur contexte. Les techniques d'études des interactions hôte-micro-organismes seront également abordées.
Au terme de cet enseignement, l'étudiant sera capable d'évaluer l'impact d'un micro-organisme pathogène sur un hôte en fonction du type d'interaction mise en oeuvre, et de définir une stratégie globale d'étude de ces interactions.
L'étudiant sera également capable de faire une analyse critique approfondie de la littérature du domaine, en lien avec les connaissances acquises.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries, les virus et les parasites importants en pathologie humaine. Notions sur les facteurs de virulence bactériens, les cycles de multiplication virale et les cycles parasitaires Notions sur les mécanismes de virulence des micro-organismes et sur le processus infectieux.

Septembre - Octobre.

CHATENAY

Elyanne Gault Marie-Anne Rameix-Welti Anne-Laure Roux.

L’étudiant dispose de quatre semaines réparties sur le premier semestre pour rencontrer son responsable de stage et préparer un mémoire synthétique et une présentation orale. Il peut participer à des séances d’encadrement organisées par les responsables de l’UE. A la fin du semestre, il remet son mémoire aux responsables de l’UE et le présente à l’oral en présence des autres étudiants du groupe.

L’étudiant apprendra à réaliser une synthèse bibliographique sur son sujet de recherche, à mettre en lumière les objectifs scientifiques de son stage de recherche, à comprendre les méthodologies qu’il mettra en œuvre pour les atteindre et à anticiper les résultats attendus de ses expérimentations.
Il sera encadré dans son travail par son responsable de stage et guidé par les responsables pédagogiques de l’UE.
Cette formation permet à l’étudiant :
(i) de s’approprier son futur projet de recherche
(ii) de s’intégrer à son laboratoire d’accueil en amont du début du stage
(iii) de se préparer à la présentation écrite et orale de ses travaux de recherche futurs.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation. Néanmoins, il est souhaitable d’avoir un niveau d’anglais permettant l’analyse d’articles scientifiques.

Octobre - Novembre - Décembre.

MONTIGNY-LE-BRETONNEUX

Cécile Lagaudrière-Gesbert, Delphine Sitterlin.

L’UE se déroulera sur une semaine. Les articles scientifiques à analyser et discuter seront transmis avant le début de l’UE. Chaque demi-journée sera dédiée à un thème et comportera une conférence, suivie d’une présentation en binôme ou trinôme. Les étudiants seront évalués sur cette présentation et la discussion qui en découlera.

L’objectif de cette unité d’enseignement est de fournir une connaissance détaillée des mécanismes moléculaires et cellulaires qui régissent les cycles infectieux de virus infectant les mammifères. Un cycle de conférences dispensées par des chercheurs spécialistes du domaine portera sur les interactions virus-hôtes :
-Structure et Fonctionnement des glycoprotéines de fusion virales
-Mécanismes d’entrée des virus dans les cellules cibles
-Structure et assemblage des virus
-Détournement de la machinerie cellulaire au profit de l’expression et de la réplication des génomes viraux : Structure-fonction des polymérases virales (exemple : polymérase des virus influenza) ; Détournement des mécanismes de traduction par les virus
-virus et immunité : Mécanismes d’échappement à la réponse Interféron
-propagation des virus au sein de l’hôte : mécanismes de franchissement des barrières naturelles
Une lecture critique d’articles de recherche sera demandée aux participants. Les exposés conduiront à des discussions sur des thématiques de recherche actuelles. Ces séances seront animées par les conférenciers invités, chercheurs en virologie dans le périmètre de Paris-Saclay et de l’Ile de France.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation. Néanmoins, de bonnes connaissances de bases en biologie moléculaire et biochimie structurale sont un atout.

Novembre.

GIF-SUR-YVETTE

Lulla Opatowski.

Le module est réalisé sur deux semaines. L’apprentissage s’organise autour d’une alternance de cours théoriques et d’exercices pratiques sur ordinateurs. Toutes les analyses sont réalisées sous le logiciel R. Les connaissances enseignées sont ensuite directement mises en pratique en situation « réelle » à travers la réalisation d’un projet portant sur l’analyse d’une épidémie.

Évaluation sur projet : rédaction d’un mémoire et soutenance.

Cet enseignement portera sur la compréhension et l'apprentissage des méthodes de modélisation mathématique et numérique en épidémiologie des maladies infectieuses, et sur l’application de ces méthodes dans le cadre de questions de recherche et de santé publique.

L’apprentissage se fait sur la base d’un projet individuel durant lequel chaque étudiant analyse une épidémie, s’interroge sur les mesures à mettre en place pour optimiser son contrôle et développe son propre modèle mathématique qu’il/elle analyse numériquement par une étude de simulations.

Toutes les applications informatiques et numériques sont réalisées à partir du logiciel R. Une initiation à ce logiciel est également prévue au début du module.

Les concepts suivants seront abordés : calcul de R0, modèle SIR, modèles structurés, modèles déterministes et stochastiques, simulations multi-agents, simulation numérique, analyse de sensibilité et analyse d’incertitude, ajustement de paramètres, exploitation des simulations des modèles pour l’application à des questions de recherche ainsi que le support à la prise de décision en santé publique.

A l’issue de l’UE, les étudiants sauront maîtriser le logiciel R.

Les enseignements généraux suivis en première année de master de biologie sont suffisants pour suivre cette formation. Néanmoins, un intérêt pour la programmation est nécessaire. Aucune connaissance en programmation n’est requise.

Anderson and May, 1991 Diekmann and Heesterbeek, 2000 Keeling and Rohani, 2007.

Octobre.

MONTIGNY-LE-BRETONNEUX

Florence Garnier (MC UVSQ), Guillaume Sapriel (MC UVSQ), conférenciers invités.

Cette unité d’enseignement vise à présenter les données récentes sur l’étude de la biodiversité de micro-organismes de niches écologiques variées avec une approche la plus exhaustive qu’est la métagénomique. Il sera exposé tout l’enjeu de l’ensemble de ces données qui permettent de mieux comprendre le fonctionnement d’une niche écologique et l’importance de certains taxons phylogénétiques dans l’équilibre d’un écosystème. La collecte de telles informations permet également de contribuer à une meilleure identification des différents types d’organismes impliqués dans les cycles de matière, tel que le cycle du carbone ou de l’azote. Plusieurs conférences seront également dédiées à souligner l’importance des virus dans la gestion des écosystèmes et de leur évolution. L’adaptation à un environnement extrême sera également traitée. Enfin il sera aussi étudié comment une meilleure compréhension du fonctionnement d’un écosystème peut contribuer à une optimisation du traitement biologique des déchets, un enjeu sociétal majeur.

Décembre.

VERSAILLES

Florence Garnier (MC UVSQ), Fabienne Malagnac (Pr UPSay), invited speakers.

Session 1 et session 2 : F EE (written examination).

This teaching unit highlights different types of possible microbial interactions with other organisms. The relationships of mutualism and parasitism will be exposed through different examples involving bacteria, fungi, micro-algae or protists hosted by plants, animals or even other micro-organisms. The context of interaction between individuals of the same species will be addressed by presenting the molecular mechanisms of microbial communication (quorum-sensing). The modalities of biofilm formation will also be presented.

Microbiology, Biochemistry, Molecular biology.

Décembre.

VERSAILLES

Enseignants-chercheurs et chercheurs des UFR de Pharmacie, Médecine et Sciences de l'Université Paris-Sud/Paris-Saclay Intervenants extérieurs, spécialistes de leur domaine.

L'UE se déroule en totalité dans une salle dédiée à la faculté de Pharmacie située à Châtenay-Malabry. Les étudiants acquerront les connaissances au travers de séminaires interactifs avec des spécialistes du domaine. Deux ateliers pratiques dédiés à l'acquisition de méthodologies largement utilisées dans les domaines de la recherche en anti-infectieux seront organisés, l'un sur les techniques de clonage et plus généralement de biologie moléculaire et l'autre sur la génomique et son apport dans l'identification du résistome. Les étudiants seront entraînés à l'analyse critique d'articles scientifiques avec comme objectif secondaire d'apprendre à élaborer une démarche scientifique permettant de répondre à une question scientifique donnée.

L'objectif de cette UE est d'apporter aux étudiants des connaissances approfondies sur les thérapeutiques anti-infectieuses : cibles de ces molécules ; approche moléculaire des mécanismes d'action ; mécanismes de résistance développés par les micro-organismes. L'épidémiologie de la résistance aux anti-infectieux est également abordée.
Au terme de cette UE, l'étudiant sera capable de décrire dans le détail les mécanismes d'action des principaux anti-infectieux (anti-bactériens, anti-viraux, anti-parasitaires, anti-fongiques), d'expliquer les différents mécanismes de résistance développés vis à vis de ces molécules, de relier l'analyse moléculaire à l'impact phénotypique et de combiner l'analyse génotypique à l'analyse phénotypique afin d'interpréter les profils de résistance.
L'étudiant sera également capable de faire une analyse critique approfondie de la littérature du domaine, en lien avec les connaissances acquises.

Connaissances en microbiologie fondamentale et en microbiologie médicale sur les bactéries, les virus et les parasites importants en pathologie humaine. Notions de génétique microbienne Notions de thérapeutiques anti-infectieuses, en particulier concernant leurs mécanismes d'action.

Septembre - Octobre.

CHATENAY

Delphine Sitterlin, Elyanne Gault.

Le stage se déroule de janvier à juin. A l'issue du stage, un mémoire est rédigé et soutenu à l'oral devant un jury.

Le deuxième semestre du master est consacré à la réalisation d'un stage de 6 mois à plein temps dans un laboratoire de recherche.
Le stage portera sur une problématique en lien avec les agents infectieux. Il pourra être réalisé dans tout laboratoire de recherche habilité à recevoir des étudiants, en France ou à l'étranger. Des offres de stage et des laboratoires d'accueil sont proposés aux étudiants qui peuvent par ailleurs prospecter par eux-même.

Janvier - Février - Mars - Avril - Mai - Juin.

VERSAILLES